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NGS規制の次のステップ

イルミナの最新の戦略に関する規制関連業務担当副社長

NGS規制の次のステップ
2015年2月4日

次世代シーケンサー(NGS)は、研究ツールから診断プラットフォームへと急速に進化しています。この新技術が創薬から患者ケアに移行するにつれ、米国食品医薬品局(FDA)を含む規制機関は、正確性、信頼性、および臨床的関連性に関する新しい要件を確立する任務を負っています。1月30日、オバマ大統領は、新しいプレシジョンメディシンイニシアチブを発表する際に、新しい要件の必要性に具体的に対応しました。イルミナの薬事担当副社長であるMya Thomaeが、この進化に対する同社の戦略について語ります。

次世代シーケンサー(NGS)の見出しの規制はどこにあると思いますか?

最近ホワイトハウスから直接聞いたように、規制の近代化はFDAにとって重要な優先事項です。彼らは現在、NGSの規制を最適化するためのフレームワークに取り組んでいます。これは、FDAがNGSを以前の技術と根本的に異なると見なしているためです。FDAは、2月20日に公開されたワークショップの前に発表された最近の議論論文で、この点についてよく述べています[NGS診断検査の監督を最適化するため〕。

 "ほとんどのIVD[in vitro診断〕は、1つまたは複数の特定の状態を診断するために、1つまたは定義された数の物質のみを検出します。対照的に、 NGS検査はヒトゲノムの30億を超える塩基を検出することができ、その中で 個人が持つ可能性のある約300万の遺伝的バリアントを特定します。NGS検査を1回使用すると、患者が有する1つ以上の疾患や状態の診断が可能になります。NGS検査は、特定の疾患を発症する患者のリスクを予測するのにも役立ちます。全ゲノムのシーケンスが可能であるため、NGS検査の実行と解釈に成功する前に、どのバリアントを同定したいかを知る必要はありません。これは従来のIVDの使い方とは大きく異なる概念です。

FDAは、NGSテクノロジーの複雑性とデータ豊富さに適した新しい規制アプローチを提案し、同時に分析および臨床性能基準を保証しています。

ディスカッションペーパーでは、イルミナのMiSeqDx装置のクリアランスを規制への新しいアプローチの一例として引用しています。MiSeqDx 510(k)については、3つの解析試験を実施しました。2つは従来の再現性/精度研究でした。しかし、精度研究は、提供されるデータにすべてのバリアントではなく、バリアントの代表的なサブセットが含まれているという点でユニークでした。

より具体的には、精度研究では、19の異なる染色体の24,434塩基を網羅し、臨床的に意義のある可能性のあるエクソンを含むさまざまな遺伝子をクエリするために設計された代表的なアッセイを使用しました。この研究で使用される13のユニークなサンプルは、複数のラボやシーケンス手法で頻繁にシーケンスされている2人の両親と11人の子供から採取されています。女性から6つのサンプル、男性から7つのサンプルがあります。研究データと十分に特性化された複合参照情報を比較することにより、一塩基バリアント(SNV)の精度を決定しました。

リファレンスデータベースのシーケンスは、複数のシーケンス手法、公開されているデータ、および遺伝情報の組み合わせから導き出されました。このサブセットでは、必要な性能基準を実証することができました。これにより、FDAは、検査で同定できるすべてのバリアントのデータを提出することなく、ゲノム全体の関連するバリアントを正常に同定できるという合理的な保証を得ることができました。

今月初め、イルミナは規制戦略の進化を発表しました。シフトの背景にある考え方は何ですか?

背景として、FDAはイルミナのMiSeqDx装置をクラスII 510(k)免除医療機器として分類しました。これはFDAによって初めて認可されたシーケンサーであり、クラスII 510(k)の免除ステータスの「オープンプラットフォーム」として認可を受けました。さらに、嚢胞性線維症での使用が認可された2つの検査とUniversal Reagent Kit 1.0」。つまり、将来のシーケンサーは510(k)プロセスを経る必要はなく、規制システムを通過する特定のアッセイを開発する必要はありません。その代わりに、データセットを入手した後、FDAに新製品として登録するだけで済みます。これにより、米国のIVD市場への機器の投入時間を大幅に短縮できます。この成功を基盤として、米国と欧州連合のCEマーク製品として、NextSeqDxをオープンプラットフォームとしてリリースする予定です。

現在、MiSeqDx装置を用いたアプローチを構築しています。MiSeqDx装置には、すでに血液サンプルへの適応があります。また、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルを含むように(510(k)を介して)使用目的を更新する予定です。これが整ったら、現在の腫瘍学プロジェクトをサポートするために適切な用途があり、NextSeqDxを登録すると、血液とFFPEの両方を同時に登録できるようになります。

次に、非侵襲的出生前検査(NIPT)に特化して、NextSeqDxを提出し、ペアエンドシーケンスを利用することで、ラボは一度に48のサンプルを測定することができます。VeriSeq NIPTと呼ばれる完全なソリューションは、NextSeqDxで実行され、NIPTの提出前にオープンプラットフォームとして登録されます。ペアエンドシーケンスとソフトウェアに基づくアッセイは、適切な臨床試験と解析研究を伴うクラスIII PMA装置としてFDAに提出されます。

この戦略の背後にある考え方の一部は、NIPTが実際に平均的なリスク集団に移行し始めていることです。FDAとの最近の会話では、平均的なリスク集団を表す少なくともいくつかのデータを得たいと望んでいることが明らかでした。 現在のサンプルコホートを評価し、これらの既存のコホートがサポートできる請求の種類を決定しています。次に、FDAと協力して、臨床業務を開始する前に、使用目的について合意に達します。

米国外では、規制戦略はどのように変化しますか?

ヨーロッパでは、NIPTに特有ですが、現在、技術移転プログラムの一環としてHiSeqシステムを使用しているお客様と協力しています。これらのお客様をサポートしたいと考えており、HiSeqに付属のソフトウェアをCEマークに申請する予定です。CEマークの付いたソフトウェアのバージョンを使用することにより、これらの顧客は、自分のCEマークアプリケーション用にラボで開発されたテストからデータを提出することができます。私たちは、彼らがすでに行った作業を促進したいと考えています。

次のステップは、アッセイのペアエンドシーケンスバージョン[NextSeqDx用〕をCEマークし、それに伴うソフトウェアバージョンをCEマークすることです。これは、NextSeqDxシーケンサー自体のアプリケーションに先駆けて行われます。欧州では、米国とは異なり、通常FDAが要求するシステム全体ではなく、CE-IVDアッセイの一部が許容されます。NextSeqDxも利用可能になったら、CEマークとそれに関連するケミストリーに進みます。

中国では、規制当局が最近NIPTの新基準を導入し、そのプロセスを一度に1ステップずつ進めています。また、カナダ、ロシア、非EU諸国、オーストラリアなど、世界中で数多くのアプリケーションを追求しています。地域ごとに異なるデータを求める場合があるため、当社は包括的な世界規模の計画に取り組んでいます。

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