RNA-Seqをはじめよう!:Session 3 - データ解析のリテラシー【イルミナiSchool プロフェッショナル】

RNA-Seqをはじめよう!:Session 3 - データ解析のリテラシー【イルミナiSchool プロフェッショナル】

門田 幸二 先生, 東京大学大学院 農学生命科学研究科
Topic: Sequencing : Customer

第3回のセッションは、東京大学の門田先生によるデータ解析です。
(1) RNA-Seqデータ取得(マップする側)
・基本形式(FASTQ形式)
・公共データベースから取得する場合
・クオリティのカットオフ
(2) マッピングに使うリファレンス配列(マップされる側)
・ゲノム配列、(RefSeqのような)トランスクリプトーム配列
(3) リード数のカウントやデータの正規化(RPKM)
(4) データの分布とデータ解析ガイドライン



次世代シークエンサーを用いた腸内細菌叢解析のためのサンプル調製法と腸内細菌叢データを活用した健康科学への展開【イルミナiSchool プロフェッショナル】
国立研究開発法人
医薬基盤・健康・栄養研究所
國澤 純 先生
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Customer