NGSをはじめよう! BaseSpace で行う RNA-seq 入門 ~ TopHat/Cufflinks 編 ~【イルミナiSchool 初級】

NGSをはじめよう! BaseSpace で行う RNA-seq 入門 ~ TopHat/Cufflinks 編 ~【イルミナiSchool 初級】

イルミナ株式会社<br>バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト<br>癸生川 絵里
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RNA Seq をすぐに始めたい研究者をサポートするために、イルミナではクリックで進めるデータ解析ツール BaseSpace をご提案しております。 
BaseSpaceでは、非常に高速にアライメント、リード数のカウントと遺伝子発現の二群間比較までをノンストップで行う RNA Express、 より高度で詳細なアライメントとカウンティングに加えてcSNPや融合遺伝子の検出も行えるTopHat Alignment、そして新規転写産物予測や新規・既知転写産物レベルまでの詳細な二群間比較まで行えるCufflinks Assembly & DE、という3つのアプリをご提供しています。今回のウェビナーでは、まずRNA Seqのワークフローを概説した上で、この3つのアプリのご説明を行い、デモデータセットを用いたTopHatAlignmentとCufflinks Assembly &DE アプリの実行例をご紹介します 。

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