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Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2

当社の最高性能のヒト全エクソームシーケンスソリューションにより、特化型かつ包括的なエクソーム濃縮が可能となります。

6.5時間

アッセイ時間

約2時間

ハンズオンタイム

DNA 50～1,000 ng 

インプット量

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概要

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Plus Enrichment v2キットは、高信頼度のヒト全エクソームシーケンス（WES）を実現するための、迅速かつ高性能で費用対効果の高いワークフローを提供します。

  • 公開データベースに報告されているバリアントに対して高カバレッジを提供するこの特化型パネルにより、ヒトエクソームの包括的なカバレッジを取得できます。

  • 更新済みのワークフローによってGCドロップアウトを低減し、カバレッジの均一性を向上させることで、GC含量の高いターゲット領域のカバレッジを改善しています。

     

  • 内蔵の収量ノーマライゼーションと、断片化とインデックス付加を組み合わせた高速プロトコールを備えた、迅速で使い易い全エクソームシーケンス（WES）ワークフローにより、時間と労力を節約します。

  • 標準添加パネルを用いることで、ターゲットカバレッジを容易に追加または強化できます。ミトコンドリアゲノムのカバレッジを選択することも、関心のあるターゲットに特化したカスタムパネルを設計することも可能です。

エクソームコンテンツのカスタマイズ

補足的なカスタム濃縮パネルを使用して、WES実験にターゲットを簡単に追加したり、重要なターゲットのカバレッジを強化したりすることができます。カスタマイズされたイルミナカスタム濃縮パネルv2を、Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2ハイブリダイゼーション反応の標準添加として追加します。IlluminaのDesignStudioツール（無償のシーケンスアッセイデザインツール）を使用するか、またはIllumina Concierge design teamのサポートを受けて、カスタマイズしたWES標準添加パネルを設計できます。さらに、Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panelを使用することで、ミトコンドリアゲノムの追加カバレッジを組み込むことが可能です。これは単独でも、カスタム標準添加パネルと組み合わせても利用できます。

Illumina Custom Enrichment Panel v2を閲覧します

単一ベンダーによる全エクソームシーケンスワークフロー

キットには、ライブラリー調製試薬とハイブリダイゼーション試薬、Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel、クリーンアップビーズとサイズ選択ビーズ、インデックスコンポーネントが含まれます。ライブラリー調製、シーケンス、DRAGEN解析までをイルミナから直接調達することで、WESワークフローを完結させることができます。

仕様

アッセイ時間 6.5時間
自動化機能 Liquid handling robot(s)
コンテンツ仕様 Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Exome 2.5 Panel 
37.5 Mbのコーディング領域（ RefSeq、CCDS、 ClinVar およびACMGの病原性/病原性が考えられる バリアントの≥ 99%、COSMIC Cancer Gene Census）、OMIM Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panelは、環状ミトコンドリアゲノム ChrM （16,659 bp、37遺伝子）を網羅
ハンズオンタイム 約2時間
インプット量 DNA 50～1,000 ng 
システム NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム
作用機序 ビーズ結合トランスポソームおよびハイブリッドキャプチャーケミストリー
手法 ターゲットDNAシーケンス, エクソームシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス 最大12プレックスの濃縮前プーリングをテスト。キット構成は最大192 のサンプルのマルチプレックスをサポートし、独自のデュアルインデックスセットを追加することで 最大384のサンプルが可能です。
核酸の種類 DNA
オンターゲットリード >90%は社内テスト中のパフォーマンスに基づく 
対応サンプルタイプ 血液, 唾液
生物種カテゴリー ヒト
テクノロジー シーケンス
均一性 >97%は、対照gDNAサンプルに対する内部テストの平均性能に基づく
バリアントクラス 1塩基変異多型（SNP）, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 生殖細胞系列バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）

必要な製品

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2キットには、ライブラリー調製、濃縮、濃縮用プローブパネル、精製用ビーズ、およびインデックスアダプター試薬が含まれています。ご希望に応じて、別のインデックスセットを選択することも可能です。

Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panelは、ミトコンドリアDNAバリアントの濃縮とシーケンシングを可能にするオプションの固定コンテンツ標準添加パネルです。

Illumina Custom Enrichment v2のプローブパネルは、オプションのカスタマイズ可能な濃縮パネルであり、エクソームワークフローに標準添加として追加することで、ターゲットカバレッジを拡張または強化することができます。

直接血液をインプットするには、Flex溶解試薬キットが必要です。

Infinium MIDI Heatblock Insertは、SciGene HybExマイクロヒートシステムに適合し、濃縮処理に必要です。

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Plus Enrichment v2キットには、Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5パネルが含まれています。オプションパネルは、カバレッジを強化または拡張するために、ハイブリダイゼーション反応に追加することができます。

Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial PanelまたはIllumina Custom Enrichment Panel v2は標準添加パネルとして使用できます。本ユーザーガイドは、エクソームのハイブリダイゼーション反応において、最大2種類の標準添加パネルの使用をサポートしています。

カスタム濃縮パネルは、DesignStudioデザインツールまたはIlluminaコンシェルジュデザインチームを通じて設計することができます。

/ 件

アプリケーション

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2は、サンプル調製からデータ解析および解釈までの全エクソームシーケンスをサポートする包括的なワークフローの一部です。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2

2
シーケンス
3
解析

**国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insights は、サードパーティのナレッジソースへの API コールを通じて、ユーザー定義の三次解析をサポートします。

プロジェクトの推奨事項

装置 推奨サンプル数 リード長
NextSeq 2000システム

ランごとのサンプル数（フローセルタイプ別）：P2：19、P3：57（平均ターゲットカバレッジ50×、リード数42M、データ量4.2 Gbに基づく）

2 × 101 bp
NovaSeq 6000システム

ランごとのサンプル数（フローセルタイプ別）：SP：34、S1：69、S2：176、S4：428（平均ターゲットカバレッジ50×、リード数42M、データ量4.2 Gbに基づく）。備考：S4：428ではNovaSeq Xpワークフローまたは追加インデックスが必要となります。

2 × 101 bp

関連するアプリケーションと手法

全エクソームシーケンス

全エクソームシーケンスは、ゲノムのタンパク質コード領域を調べ、疾患や集団の健康に対する遺伝的影響を明らかにするために使用されます。

遺伝的および複雑な疾患の研究

様々な複雑な遺伝的疾患の研究を加速する、アレイおよび次世代シーケンスの包括的ソリューション。

がんゲノム研究

イルミナのシーケンステクノロジーとマイクロアレイテクノロジーは、DNAからRNA解析、エピジェネティクスなど、がんゲノム研究の応用分野を幅広くサポートしています。

ドキュメント

製品資料
  • パンフレット PDF 5 MB
    3 バージョン
サポートドキュメント

図

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2の性能向上

ライブラリーは、Illumina DNA Prep with Exome 2.5 EnrichmentまたはIllumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2のいずれかを用いて構築および濃縮されました。NovaSeq 6000システムで濃縮ライブラリーをシーケンスし、DRAGEN Enrichmentアプリを用いて解析しました。

疾患関連ターゲットに対する一貫したカバレッジ

1.5時間（オレンジ）または16時間（青）のハイブリダイゼーション時間を使用したIllumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2は、公開データベースにあるターゲットの20×以上の高いカバレッジを示しています。

性能メトリクス

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2は、1.5時間（オレンジ）と16時間（青）の両方のハイブリダイゼーション時間において、高い濃縮とカバレッジ指標を示します。

カスタムスパイクインパネルによる、特定ターゲットのカバレッジ向上

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2プロトコールは、Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panelでカバーされる領域をターゲットとするカスタムスパイクインパネルを使用する場合と使用しない場合で実施しました。次いで、カスタムスパイクインパネルでターゲット化された領域にわたってカバレッジが評価されました。

リソース

動画資料

サムネール

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2 - 科学者の視点

エクソームの均一性は、想像以上に重要です。イタリアのProfessor of Genetics at University of VeronaであるMassimo Delledonne氏が、Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2を評価した実体験に基づく知見を紹介します。エクソームの均一性、再現性、ワークフローの簡便さが実際の研究現場においてなぜ重要であるのかについて語っています。

ライブラリー調製 (2)

Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2, (S) Tagmentation Set B (96 Samples, 12-plex)

20155541

Includes Illumina DNA Prep with Enrichment library preparation and enrichment reagents, Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel, Illumina Purification Beads, and Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation for whole exome enrichment of 96 libraries (eight, 12-plex enrichment reactions).

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Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2, (S) Tagmentation Set D (96 Samples, 12-plex)

20155543

Includes Illumina DNA Prep with Enrichment library preparation and enrichment reagents, Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel, Illumina Purification Beads, and Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation for whole exome enrichment of 96 libraries (eight, 12-plex enrichment reactions).

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よくある質問（FAQ）

はい、10～49 ngのgDNAインプットを使用できます。しかし、このプロトコールでは、濃縮前のライブラリーの最終収量が<50 ngにノーマライズされないため、濃縮前後のライブラリーの定量化とノーマライゼーションが必要です。

このプロトコールは、EDTAコレクションチューブに採取した新鮮血で検証されています。他の抗凝固薬を使用できますが、このキットを使用する際には保証されません。

唾液サンプルについては、本プロトコールはOragene DNA Salivaコレクションチューブで採取された唾液にのみ適用が検証されています。

旧称Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichmentは、現在、Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment（カタログ番号 20077595および20077596）に名称が変更されています。エクソームパネルオリゴは変更されていませんが、含まれるインデックスは Illumina DNA/RNA UD インデックスに更新されています。

新しいIllumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment v2キット（カタログ番号20155541および20155543）には、従来と同じエクソームパネルのコンテンツに加えて、GCが豊富なターゲット領域に対してより良好なカバレッジを可能にする改良された試薬も含まれています。

/ 件

Illumina Custom Enrichment Panel v2

複数のターゲットシーケンスアプリケーションに対応する、シンプルかつ効率的なターゲットカスタムエンリッチメントパネル。

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