NovaSeq X Series Reagent Kits
NovaSeq Xシリーズ用試薬キットには、試薬カートリッジ、バッファーカートリッジ、フローセル、Lyoインサート、プレロードバッファー、ライブラリーチューブストリップが含まれます。
StrataMap Spatialは、ポリ（A）キャプチャー法を用いて、無傷の新鮮凍結組織切片内で、高解像度と空間分解能を備えた全トランスクリプトーム解析を実現します。
Illumina StrataMap Spatial Transcriptome
StrataMap Spatial Transcriptomeは、無傷の組織内で直接、細胞レベルの解像度による偏りのない全トランスクリプトーム解析を実現します。
2.5日
アッセイ時間
約 8.5時間
ハンズオンタイム
1～12セクション
インプット量
概要
偏りのない全トランスクリプトームプロファイル
既定の遺伝子パネルを使用することなく、無傷の組織全体で遺伝子発現をキャプチャーし、偏りのない空間的探索を可能にします。
高感度の希少な細胞検出
転写産物の回収率の向上と全トランスクリプトーム解析により、異なる細胞集団や希少な細胞集団を検出
汎用性の高いプロジェクトデザイン
ひとつの実験内で単一のスライドまたはバッチを実行することで、パイロットプロジェクトから大規模コホート研究まで簡単に拡張できます。15 mm×50 mmのキャプチャー領域が、ひとつの連続組織切片または複数の個別の組織切片のプロファイリングをサポートします。
仕様
| Analytical sensitivity | Sequencing-based spatial transcriptomics using poly(A)-capture chemistry |
|---|---|
| アッセイ時間 | 2.5日 |
| コンテンツ仕様 | poly(A)によるコーディングおよび長いノンコーディングRNA |
| 説明 | StrataMap Spatial は、完全な組織内で全トランスクリプトームの空間プロファイリングを可能にし、幅広い遺伝子発現解析と空間的コンテキストを組み合わせて、発見主導の研究、組織特性評価、 マルチオミクス 解析ワークフローをサポートします。 |
| ハンズオンタイム | 約 8.5時間 |
| インプット量 | 1～12セクション |
| システム | NextSeq 2000 System, NovaSeq X System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System |
| 手法 | 全トランスクリプトームシーケンス |
| Multiplexing | Multiplexing by each slide, not cross slides |
| 核酸の種類 | RNA |
| Sample type details | StrataMap Spatial is compatible with fresh-frozen tissues embedded in optimal cutting temperature (OCT) compound. |
| 対応サンプルタイプ | FFPE非対応 |
| 生物種カテゴリー | その他, 哺乳類, マウス, イヌ, 酵母, ヒト, ラット |
| Species details | Eukaryotic |
| テクノロジー | シーケンス |
必要な製品
すべてのユーザー：
- StrataMap Spatialスライドキット
- Illuminaイメージング適格性評価キット（初回ユーザーのみ必要）
データ解析（クラウド内）：
ICA BasicおよびICM BasicまたはICM Pro
ローカルユーザー：
V4 DRAGENサーバー
シーケンス試薬：
- NovaSeq X 10Bまたは25B 100cキット
- NovaSeq 6000 S2 100cまたはS4 200cキット
- NextSeq 2000 P4 100cキット
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件
アプリケーション
StrataMap Spatial Transcriptomeは、真核生物組織用の真に偏りのない全トランスクリプトームソリューションを提供し、健常サンプルおよび疾患サンプルを用いた組織アトラス作成、バイオマーカー探索、組織微小環境研究などのアプリケーションをサポートします。
ワークフローの例
ライブラリー調製
StrataMap Spatial Transcriptome
プロジェクトの推奨事項
| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| NovaSeq X Plus System | ランあたりのスライド数：10B：1（L）スライド以上、25B：2 Lスライド以上 |
130+8（オプション） |
| NovaSeq 6000 System | 1ランあたりのスライド数：S2：1（S）スライド以上、S4：1 Lスライド以上 |
130+8（オプション） |
| NextSeq 2000 System | ランあたりのスライド数：P4 0.5～1（S）スライド |
130+8（オプション） |
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ドキュメント
製品資料
サポートドキュメント
この製品では専用サポートセクションは現在ご利用いただけません
図
StrataMap Spatialは細胞の多様性を明らかにします
高悪性度の浸潤性乳管がんの全トランスクリプトーム空間プロファイリングにより、腫瘍微小環境全体の遺伝子発現が明らかになります。腫瘍組織全体にわたる、増殖性腫瘍細胞（水色）、がん関連線維芽細胞（赤色）、および腫瘍促進性マクロファージ（紫色）の分布が示されています。
StrataMap Spatial Transcriptomeは、差次的な遺伝子発現の検出を向上させます
全トランスクリプトームの空間プロファイリングと、一般的に使用される5K（上）および18K（下）の遺伝子パネルの比較。StrataMap Spatialによって検出された、アップレギュレートされたすべてのバイオマーカーのうち、（A）P > 0.001で63.6%および13.0%、（B）P > 0.05で63.8%および14.6%が、それぞれのパネルで見逃されていました。
細胞解像度の空間マッピングにより、細胞集団と限局性遺伝子発現が明らかになります
非浸潤性乳管がん組織における細胞解像度での局所遺伝子発現。（A）細胞型の視覚化は、正常間質の線維芽細胞（黄色）と腫瘍間質境界面の筋線維芽細胞（赤色）を示しています。（B）同じ組織切片における、筋線維芽細胞バイオマーカーであるACTA2の空間的発現を示しています。
StrataMap Spatialによる、組織状態全体にわたる高感度転写産物検出
非浸潤性乳管がんおよびグレード1～3の浸潤性乳管がんの空間的トランスクリプトームプロファイルは、疾患状態全体にわたって一貫したトランスクリプト検出を示しています。H&E画像は空間的ヒートマップと一致しており、形態と遺伝子発現を関連付けています。
大型フォーマットの空間的キャプチャーが、マルチサンプル組織のプロファイリングをサポートします
StrataMap Spatialは750 mm²のキャプチャー領域を備え、より広い範囲をカバーします。（A）空間トランスクリプトミクスプラットフォーム全体にわたる空間キャプチャー領域の比較。（B）バージンマウスと妊娠マウスの心臓組織切片間の転写の変化。
Illumina Connected Multiomicsにより、統合された空間解析が可能になります
Illumina Connected Multiomicsで生成されたマウス腎臓サンプルの解析出力。（A）空間的領域 （B）サンキー図 （C）UMAPプロット （D）トランスクリプトヒートマップ （E）バイオリンプロット （F）遺伝子発現ヒートマップ
リソース
よくある質問（FAQ）
StrataMap Spatialは、1 µmの連続した表面構造を持つ、広く高度な組織配置領域を利用しています。
キャプチャーされた転写産物は、イルミナの空間解析パイプラインを通じて統合された細胞セグメンテーションでビニングされます。
StrataMap Spatialアッセイは、新鮮凍結組織での使用に最適化されています。現在、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織をサポートするバージョンを開発中です。
2種類のスライドフォーマット、すなわち50×15 mmのキャプチャー領域を持つ大型スライドと、17×15 mmのキャプチャー領域を持つ2つ目のフォーマットが利用可能です。いずれも標準的な75×25 mmの顕微鏡スライドを使用します。
カバレッジは組織の種類、組織の質、シーケンス深度によって異なります。製品開発中、StrataMap Spatialは、パネルベースの空間的ソリューションよりも2倍超多い遺伝子を検出しました。
検出感度は、組織の種類、発生段階、疾患の種類、サンプルの質や年齢によって異なります。製品開発中、StrataMap Spatialは、10×10 µmビンあたり最大4000の固有転写産物を検出しました。
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件
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