シーケンス後、装置ソフトウェアはヌクレオチド（ベースコーリングと呼ばれるプロセス）とそのベースコールの予測精度を同定します。データ解析中に、シーケンスデータを標準解析ツールにインポートしたり、独自のパイプラインを設定したりできます。

今では、直感的なデータ解析アプリを使用して、バイオインフォマティクストレーニングやラボスタッフを追加することなく、NGSデータを解析することができるようになりました。これらのツールにより、シーケンスアライメント、バリアントコーリング、データ可視化、または解釈が得られます。