平素はNextSeq 1000/2000をご利用いただきありがとうございます。本ページでは、NextSeq 1000/2000のシーケンスラン試薬使用上の技術的な注意点をご紹介します。
NextSeq 1000/2000 の仕様 (Specification)
Table 1: Sequencing Output Per Flow Cell
| Flow Cell Type | P1 *1 | P2 | P2-300 M *2 | P3 *3 |
|---|---|---|---|---|
| 1 × 50 bp | 60 Gb | |||
| 2 × 50 bp | 10 Gb | 40 Gb | 120 Gb | |
| 2 × 100 bp | 80 Gb | 240 Gb | ||
| 2 × 150 bp | 30 Gb | 120 Gb | 360 Gb | |
| 2 × 300 bp | 60 Gb | 180 Gb | ||
| Single-End Reads Passing Filter | 100 M | 400 M | 300 M | 1.2 B |
| Paired-End Reads Passing Filter | 200 M | 800 M | 600 M | 2.4 B |
Table 2: Quality Scores
| 1 x 50 bp | ≥ 90% of bases higher than Q30 |
|---|---|
| 2 × 50 bp | ≥ 90% of bases higher than Q30 |
| 2 × 100 bp | ≥ 85% of bases higher than Q30 |
| 2 × 150 bp | ≥ 85% of bases higher than Q30 |
| 2 × 300 bp *4 | ≥ 80% of bases higher than Q30 |
*1: P1キットのご使用には、 NextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.4以上へのアップグレードが必要です。
*2: P1の100 cycle、600 cycle、およびP2の600 cycleキットのご使用には、NextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.5以上へのアップグレードが必要です。またこれらのランの評価には、SAV (Sequencing Analysis Viewer) v2.5.12以上が必要です。
*3: P3キットは、NextSeq 2000のみで使用可能です。NextSeq 1000では使用できません。
*4: P2 600 Cycle キットは300 M clusters (single read) passing filterの条件下となります。
*P1、P2、P3、各フローセルのレーン数、タイル数などの仕様は、こちらのページをご参照ください。
*オーダー番号などの情報のある、NextSeq 1000/2000用シーケンスラン試薬の製品ページはこちら。
使用前の注意点
フローセルは2-8 ℃保存*1です。ランの前には、保管場所から取り出し、結露が生じないように開封せずに10-15分室温においてください。その後、室温に戻ったことを確認してから、開封してランにお使いください。
カートリッジ解凍条件（時間）はお使いのキットによって異なりますのでご注意ください。
Table 3: Summary of Thawing Methods
表中黒字：100 cycle、200 cycle あるいは300 cycle kits。青字：600 cycle kits。
| Minimum Time to Complete Thaw | Do Not Exceed | Storage of Thawed Cartridge *2 *3 | |
| 25℃ Water Bath | 6 hours / 8 hours | 8 hours / 10 hours | 72 hours at 2-8°C |
| Refrigerator (2-8 ℃) | 6 hours (room temp) + 12 hours (2-8 ℃) / 6 hours (room temp) + 16 hours (2-8 ℃) | 72 hours (2-8 ℃) | 60 hours at 2-8°C / 56 hours at 2-8°C |
| Room temperature | 9 hours / 12 hours | 16 hours | 72 hours at 2-8°C |
カートリッジの解凍法、またフローセルの取り扱いの詳細については、NextSeq 1000/2000 Product Documentationのページをご参照ください。
*1: フローセルの輸送条件は室温です。
*2: “Storage of Thawed Cartridge” は、Minimum Thaw Timeの後にカートリッジを2-8℃に移動させた場合の時間です。
*3: 2-8℃に移動させた場合の保管時間については、100 cycle、200 cycle、300 cycle、600 cycle キット間で共通です(合計で最大72時間)。
よくある質問
- 各キットを使用する際に、Control Softwareのアップデートは必要ですか？
- シーケンス時間はどれくらいかかりますか？
- 各キットは、インデックスを含めて最大何サイクルまでランできますか？
- P1、P2、P3 キットで、ロードするライブラリ濃度に差はありますか？
- 各キットを使用したランの解析に、Onboard DRAGEN workflowのアップデートは必要ですか？
- SAV（Sequencing Analysis Viewer）を使いたいのですが、バージョンに制限はありますか？
P1 300 cycleキットを使用する際にはNextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.4以上、P1の100 cycle、600 cycle、およびP2の600 cycleキットのご使用にはNextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.5以上へのアップグレードが必要になります。
NextSeq 1000/2000 仕様 (Specification) のページの目安をご参照ください。
こちらの情報ページをご確認ください。
P1、P2、P3 キット間で、特にロードするライブラリ濃度を変える必要はございません。
P1 300 cycleキットのデータ解析では、onboard DRAGEN version 3.7以上（NextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.4以上）が必要です。600 cycleキットのデータ解析には、DRAGEN v3.10.11以上（NextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.5以上）がFASTQ generationのDemultiplexingに必要です。また、2 x 150 cycleを超えるデータのFASTQ generation以外の解析には、cloudベースのDRAGEN解析をお使いください。
600 cycleキットのランメトリクス評価には、SAV version 2.5.12以上が必要です。SAV v2.5.12は、NextSeq 1000/2000装置上ではなく、別PC（Windows 10以降）での使用を想定しています。NextSeq 1000/2000 かつ600 cycleキット以外の装置のランに関しては、ランメトリクス評価にv2.5.12は必要ありません。
＊参考ページ (1): [Knowledge]Introducing the NextSeq 1000/2000 P1 100 cycle, P1 600 cycle and P2 600 cycle reagent kits
＊参考ページ (2): [Knowledge] Introducing the NextSeq 1000/2000 P1 Reagent kit