Illumina

イルミナInfiniumジェノタイピングアレイは、最先端のテクノロジーと、農業研究および育種アプリケーションのための実証された品質と信頼のある確かな実績を兼ね備えています。イルミナはアグリゲノミクスにおける研究、スクリーニング、検査用アプリケーションに対応するための幅広い市販製品および完全にカスタマイズ可能な製品を取り揃えています。

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イルミナのAgrigenomics Consortia Array製品は、動物および植物の研究とゲノミクスに基づく育種の主要な専門家と共同で開発されています。これらのアレイは、すぐに使用できる製品として利用できるほか、特定の研究、検査、育種の目的に合わせてカスタマイズすることもできます。

 
ヒツジ 製品名:OvineSNP50 v3-24 (HTS-24) / OvineSNP50 v3-XT (XT-96)このアレイは、International Sheep Genomics Consortium およびWheatherbys Scientificと共同で開発され、20種類以上のヒツジの品種から採取した数万サンプルで検証された、等間隔に配置された50,000以上のプローブを備えています。OvineSNP50 v3アレイは、オリジナルのOvine SNP50 v1アレイとの互換性を備えており、ゲノムワイド関連解析、量的形質遺伝子座のマッピング、ゲノミックセレクション、血統検証、集団遺伝学、遺伝的多様性解析、およびスクレイピーアリルのジェノタイピングなどの商業的に重要な単一遺伝子形質のスクリーニングなどのアプリケーションに対応するように設計されています。
ヤギ 製品名:Goat_IGGC_75K_v3-24 (HTS-24)このアレイは元々、International Goat Genome Consortium によって設計されたものであり、最近 VarGoats Consortium によって提供された10,000を超える新規アリルが更新されました。この更新内容には1,600を超える機能喪失(LOF)変異、約1,500の追加の祖先SNP、60を超える新規カゼインクラスターアリル、経済的に重要な形質に関連する遺伝子領域に位置する800を超えるSNPが含まれます。本アレイの現在のバージョンには、常染色体、XY、mtDNA、機能的アリルなど、約79,000のマーカーが含まれており、ゲノムワイド関連解析、量的形質遺伝子座のマッピング、ゲノミックセレクション、血統検証、集団遺伝学、遺伝的多様性解析、商業的に重要な単一遺伝子形質および複合形質のスクリーニングなどのアプリケーションに対応するように設計されています。
ブタ 製品名:PorcineSNP80 v1-24 (HTS-24) / PorcineSNP80 v1-XT (XT-96)このアレイは80,000を超える等間隔のプローブを備え、ゲノムワイド関連解析、量的形質遺伝子座のマッピング、ゲノミックセレクション、血統検証、集団遺伝学、遺伝的多様性解析、商業的に重要な単一遺伝子形質および複合形質のスクリーニングなどの幅広いアプリケーション用に最適化されています。本アレイの現在のバージョンには、この製品の以前のバージョンのマーカーのほとんどが含まれているため、Porcine60k v2アレイと完全に互換性があります。さらに、更新された製品では、ゲノム全体のカバレッジが拡大したとともに、一般的な商業品種の関心領域をカバーするための約20,000の新しいマーカーが含まれています。
ウマ 製品名:Equine80select-24 (HTS-24) / Equine80Kselect-XT (XT-96)この新しいアレイには平均SNPコール率が99%以上の、複数品種の評価で優れたパフォーマンスを示した約76,000の高度に多型的なSNPが含まれており、研究や育種を実践するための信頼できるツールとして機能します。検証済みのSNPの85%以上が以前のバージョンのウマジェノタイピングアレイから直接取得されており、その他のウマジェノタイピングアレイとの最適な後方互換性および相互互換性があります。本アレイには、広範囲にわたる複雑な単一遺伝子形質に関連する最新のマーカーが含まれており、遺伝子スクリーニングアプリケーションが可能になります。また、ISAGが推奨する親子鑑定と検証のためのSNPの暫定基準パネルも含まれています。このパネルは、親子鑑定のためのマイクロサテライトベースのジェノタイピングからSNPベースのジェノタイピングへの移行を容易にするために、ISAGメンバーによって設計および検証されています。更新されたアレイコンテンツは、VITおよびIFN Schönow(ドイツ)と共同開発されました。Equine80selectアレイのアプリケーションについて説明した、Kathrin Stock博士によるイルミナウェビナーは、こちら からご覧ください。
ラクダ 製品名:CamelSNP60K-24 (HTS-24) CamelSNP60アレイには、X染色体とミトコンドリアゲノムを含むゲノム全体をカバーし、等間隔に配置された56,000を超えるSNPが含まれています。本アレイは、Illumina Greater Good Initiative賞によって達成されたシーケンスに基づいて、International Camelid Consortiumによって開発されました。ラクダの主要な個体群を代表する24カ国358頭のラクダ科動物を15倍以上のカバレッジでシーケンスし、DRAGEN Germlineパイプラインを使用してバリアントが特定されました。すべてのバリアントは多様な集団において有益です。したがって、Infinium CamelSNP60アレイは、ゲノミックセレクション、血統検証、形質関連バリアントを発見するためのゲノムワイド関連解析(GWAS)などを実施するためにリファレンス集団を構築するための包括的なソリューションです。
ミツバチ 製品名:HoneyBeeHTS-24 (HTS-24)ヨーロッパミツバチ(Apis mellifera)の複雑な遺伝的形質のマッピングと遺伝的多様性のプロファイリング用に設計されたこのアレイには、事前検証済みの多型マーカーが約60,000含まれており、ミツバチのゲノミクス研究アプリケーション向けにコスト効率の良いソリューションを提供します。本アレイの初期バージョンの開発についての説明は、こちら からご覧ください。
 
コムギおよびオオムギ 製品名:WheatBarley40k-24 (HTS-24) / WheatBarley40k-XT (XT-96) Agriculture VictoriaおよびIntergrainと共同開発されたWheat Barley 40K v1.0アレイは、業界最高のコール率と柔軟なコンテンツ設計を提供します。このBeadChipは、世界中のコムギとオオムギの品種に対するインピュテーション性能を備え、H. vulgareの生殖質特性解析、パンコムギから合成コムギまでの六倍体コムギ、T. diccocumからT. durumまでの四倍体コムギ、ゲノムワイド関連解析(GWAS)から遺伝子マッピングまでの形質解析、マーカー支援選択、ゲノム予測、近縁種からの形質導入の追跡、など多数のアプリケーションに対応します。このアレイの開発と検証を説明した査読済み論文はこちらからご覧ください。International Wheat Genome Sequencing Consortiumが主催する ウェビナー では、このアレイの設計とアプリケーションに関する追加情報が提供されています。この製品のデータシートはこちらからご覧ください。
オオムギ 製品名:Barley50k-24 (HTS-24) Barley 50K Consortia Arrayには、厳選された170のオオムギ系統のエクソームキャプチャーデータから得られた約44,000のSNPを備えています。これは、ヨーロッパの広範囲の遺伝資源に存在する遺伝的バリエーションを網羅しています。Barley 50K Consortia Arrayは、最近公開されたオオムギ擬似分子ゲノムアセンブリを参考に、James Hutton Instituteによって設計されました。このアレイの開発と検証を説明した査読済み論文はこちらからご覧ください。詳細はJames Hutton Instituteのウェブサイトをご覧ください。
モロコシ 製品名:Sorghum v1 (50K)-24 (HTS-24)本Sorghum Consortia ArrayはDonald Danforth Plant Science Centerと共同で、世界中のモロコシ遺伝資源の大規模かつ多様なコレクションのリシーケンスを行った後に開発され、Sorghum bicolor遺伝子の97%以上をカバーする約50,000のSNPを備えており、平均して13.5kbごとにSNPがあります。これには、Sorghum基準からの約34,000の遺伝子、育種用の約8,500のSNP、エクソン遺伝子の約22,700のSNP、残りの遺伝子の5kb上流/下流内の約4,200のSNP、Brentonらによって特定された追加のターゲットが含まれます。Sorghum Consortia Arrayにより、研究者は低コストで世界のモロコシ集団全体で一般的/まれな変異体を検出できます。
豆類 製品名:AVRGRDC_Pulses_v1-24 (HTS-24) / AVRGRDC_Pulses_v1-XT (XT-96) Agriculture Victoria(オーストラリア)と共同開発された豆類の多種アレイには、レンズ豆(約10,000マーカー)、エンドウ豆(約10,000マーカー)、ヒヨコマメ(約4,500マーカー)、ルパン豆(約5,500マーカー)の4種の多様な遺伝資源を表す約30,000マーカーが含まれています。これは、ゲノム選抜を含む育種アプリケーション、および集団遺伝学や遺伝的多様性解析、形質マッピング、全ゲノムインピュテーションなどのその他のアプリケーション向けに最適化されています。イルミナ主催のウェビナー「豆類作物におけるゲノム選抜の開発と実施」は、Agriculture VictoriaのSukhjiwan Kaur博士が講演し、こちらからご覧いただけます。
小穀物 製品名:USDA_SoyWheBarOat_3k-24 (HTS-24) / USDA_SoyWheBarOat_3k-XT (XT-96)本アレイは、大豆、コムギ、オオムギ、オーツムギのそれぞれに約3,000のSNPを備えています。コンテンツは、USDAのKOLによって、レガシーコンソーシアムのSoy6k、wheat9k、barley50k、およびoat3kアレイから選択されました。ウェビナーはこちらからご覧いただけます。
 



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