マイクロバイオームは、ヒトや動物の健康に大きく影響します。複雑なマイクロバイオームの働きを理解するため、次世代シーケンサー(NGS)を用いたさまざまな手法が開発されています。ショットガンメタゲノム解析は、微生物群に含まれるすべてのDNAを解析することで、その分類学的プロファイルのみでなく、微生物群の持つ遺伝的な機能情報を提供します。この解析手法は、ヒトのマイクロバイオームの持つ機能的理解の目的にとどまらず、薬剤耐性遺伝子モニタリングや病原菌サーベイランスなどのさまざまな用途で使用できます。
ショットガンメタゲノムメソッドガイドをダウンロードして、ショットガンメタゲノム解析が可能にする多様なアプリケーションとイルミナが提供しているライブラリー調製からデータ解析までのエンドツーエンドのワークフローをご確認ください。
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都市のマイクロバイオームを世界規模で調査しているMetaSUB (Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban Biomes) 国際コンソーシアムでは、ショットガンメタゲノム解析を実施することで世界の都市のマイクロバイオームに関する知見を得ています。本ウェビナーは、第96回日本細菌学会総会イルミナランチョンセミナーで録画されたものです。
詳細はこちらNextSeq™ 1000および2000は、75の画期的なイノベーション、複数のフローセル構成、内蔵データ解析オプションを備えた最も直感的なシーケンスシステムです。1億リード(60Gb)を出力する P1試薬(600サイクル)および3億リード(180Gb)を出力するP2試薬(600サイクル)を用いて取得する高品質・高出力のデータは、ショットガンメタゲノムシーケンスや16S rRNAシーケンスなどの長いシーケンスリード長での解析が適している微生物研究のためのアプリケーションに最適です。P1試薬(600サイクル)はMiSeq™ 試薬v3(600サイクル)の4倍のデータをおおよそ40%短いラン時間で出力し、ロバストでコスト効率の高い微生物研究を可能にします。
詳細はこちらメタトランスクリプトーム解析は、マイクロバイオーム中のRNAを網羅的に解析することで、メタゲノム解析では知りえないマイクロバイオームの持つ活性のある遺伝子に対する機能的プロファイルを提供します。
Ribo-Zero™ Plus Microbiomeは、高効率でサンプル中の微生物およびホスト由来のrRNAを除去し、高品質でコスト効率の高いメタトランスクリプトーム解析を可能にします。