マイクロバイオームの分類学的プロファイリングを高いコスト効率で可能にする16Sメタゲノムシーケンス
マイクロバイオームは、ヒトや動物の健康に大きく影響します。複雑なマイクロバイオームの働きを理解するため、次世代シーケンサー（NGS）を用いたさまざまな手法が開発されています。16Sメタゲノム解析は、細菌の16SリボソームRNAの可変領域をPCR増幅し、シーケンスを実施することでマイクロバイオームに含まれる細菌群の分類学的プロファイルを得る方法です。NIHのHuman Microbiome Projectで採用された実績のある、確立された手法であり、マイクロバイオーム研究において世界中で広く利用されてきました。
16Sシーケンスメソッドガイドをダウンロードして、16Sメタゲノム解析が可能にする多様なアプリケーションとイルミナが提供するサンプルからデータ解析までのエンドツーエンドのソリューションをご確認ください。
ダウンロードはこちら
NextSeq™ 1000/2000で実施する16Sメタゲノム解析アプリケーション紹介ウェビナー
NextSeq 1000/2000を用いた16Sメタゲノム解析について、詳細な実験プロトコールと解析コストなどの詳細を網羅したテクニカルウェビナーです。NextSeq 1000/2000が提供する高品質な16Sメタゲノム解析について、実際のデータ例を示しながらご紹介しています。
ウェビナーを視聴するアプリケーションノート：NextSeq 1000/2000での16S rRNAシーケンス
NextSeq 1000/2000試薬P1/P2 600サイクルキットと MiSeq試薬 600サイクルキットを用いた16S メタゲノム解析結果の高い一致性について、ライブラリー調製やシーケンサーへのサンプルローディングなどの詳細なプロトコールとともにご紹介しています。
詳細はこちらマイクロバイオームのRNAシーケンス：メタトランスクリプトーム解析
メタトランスクリプトーム解析は、マイクロバイオーム中のRNAを網羅的に解析することで、メタゲノム解析では知りえないマイクロバイオームの持つ活性のある遺伝子に対する機能的プロファイルを提供します。
Ribo-Zero™ Plus Microbiomeは、高効率でサンプル中の微生物およびホスト由来のrRNAを除去し、高品質でコスト効率の高いメタトランスクリプトーム解析を可能にします。
ウェビナー『ヒト腸内微生物叢のメタトランスクリプトーム解析』
日本人の腸内細菌叢解析にIllumina Ribo-Zero™ Plus Microbiome rRNA Depletion Kitを適用できるかを評価した結果を含め、メタトランスクリプトーム解析の有用性を解説いただきました。
ウェビナーを視聴する
アプリケーションノート：メタトランスクリプトーム研究のためのリボソームRNA除去
データシート：Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion Kit
製品フライヤー：高品質メタトランスクリプトーム解析のためのRibo-Zero Plus Microbiome
NextSeq™ 1000および2000は、75の画期的なイノベーション、複数のフローセル構成、内蔵データ解析オプションを備えた最も直感的なシーケンスシステムです。1億リード（60Gb）を出力する P1試薬（600サイクル）および3億リード（180Gb）を出力するP2試薬（600サイクル）を用いて取得する高品質・高出力のデータは、ショットガンメタゲノムシーケンスや16S rRNAシーケンスなどの長いシーケンスリード長での解析が適している微生物研究のためのアプリケーションに最適です。P1試薬（600サイクル）はMiSeq™ 試薬v3（600サイクル）の４倍のデータをおおよそ40%短いラン時間で出力し、ロバストでコスト効率の高い微生物研究を可能にします。
詳細はこちら
ショットガンメタゲノミクス メソッドガイド
ガイドをダウンロードして、ショットガンメタゲノム解析が可能にする多様なアプリケーションと、イルミナが提供しているライブラリー調製からデータ解析までのエンドツーエンドのワークフローをご確認ください。
都市マイクロバイオーム：人工環境におけるショットガン・メタゲノム
都市のマイクロバイオームを世界規模で調査しているMetaSUB国際コンソーシアムでは、ショットガンメタゲノム解析を実施することで、世界の都市のマイクロバイオームに関する知見を得ています。
マイクロバイオームに関する考察
高品質なメタゲノム解析を実現するためには、サンプル採取・調製、シーケンスの実施、データ解析のそれぞれのステップにおいて、検討すべき重要な考察事項があります。マイクロバイオーム研究のためのソリューションを提供するリーディングカンパニー、Microba Life Sciencesと協力して、これらの考察事項をまとめました。
関連資料
微生物全ゲノムシーケンスメソッドガイド
新規微生物のゲノムの特性評価や既知微生物のゲノムフィニッシングなどに有効な微生物全ゲノムシーケンス（WGS）を実施するにあたり、検討が必要な装置・試薬や解析手法の選定などにお役立ていただけるガイドです。
NextSeq™ 1000/2000を用いた微生物のWGS
NextSeq 1000/2000 P1 (600 cycles)キットを用いて実施した細菌の全ゲノムシーケンスのデータをまとめています。コスト効率が高く、高品質なデータ出力で、GC含量の高い細菌においても均一なゲノムカバレッジの取得が可能であることが示されています。
NextSeq 1000/2000が可能にする包括的な微生物研究
NextSeq 1000/2000で使用可能な最大出力360Gb、最長2×300 bpまでのデータを出力する豊富な試薬キットはあらゆる微生物研究の解析アプリケーションに対応し、さらに統合化された解析ソリューションBaseSpace™ Sequence Hubがエンドツーエンドのワークフローを提供します。
Cell Pressセレクション
本誌はイルミナがスポンサーになり、微生物叢の理解とターゲティングにおける最近の進展を紹介し、さらに微生物叢の可能性を引き出すために必要な今後の方向性を示す、研究論文、リソース、レビュー記事を収集したものです。
微生物叢のマルチオミクスがヒトの健康を支える仕組み
このインタビューで、Petrosino博士は自身の微生物研究と研究デザイン戦略、メタゲノム解析とメタトランスクリプトミクスの利用が過去10年間にどのように進化してきたか、そして将来はどうなるのかについて語っています。