やってみよう！single cell RNA-seq解析ことはじめ
本セミナーではサンプルの前処理の例など実際のscRNA-seq実験の流れを紹介するとともに、インフォマティック解析の専門ではない者が自身の手でデータを解析するための環境構築・解析手法について実データを用いて説明いたします。また、scRNA-seqの標準手法となってきているmonocleやvelocytoなど偽時系列解析 (pseudotime analysis)についても紹介いたします。
ヒト細胞アトラス時代の高精度1細胞RNA-seq法
我々は複雑な臓器の細胞型を網羅的に同定するため、数千から数万の1細胞RNA-seqを高精度に実施できるQuartz-Seq2 の開発に成功した。この方法はHuman Cell Atlasの国際的ベンチマーク研究で、圧倒的な検出遺伝子数などで最高性能を示した(Mereu E et al. 2020 in press)。本講演ではQuartz-Seq2とHCAベンチマーク研究、1細胞RNA-seq技術の選び方について紹介する。
メタゲノムのその先へ ~ bit-MAP®によるシングルセルゲノム網羅解析 ~
本講演では、シングルセルゲノム網羅解析技術bit-MAP® を紹介する。本技術により、未培養細菌群集からのドラフトゲノムの網羅的獲得、株レベルでの細菌ゲノム比較解析、特定遺伝子の検出と保有細菌種の特定、リファレンスゲノムの拡充などが可能となる。最新事例として、腸内細菌・土壌細菌・海洋細菌などでのシングルセルゲノム網羅解析を紹介する。
シングルセルオミクスを用いたプロジェクトの紹介
本ウェビナーでは、現在市販されている代表的なシングルセルプラットフォームの比較・選択方法、DolomiteBioのNadia Innovateを用いた条件検討やデータ生成の最適化の具体的な例の紹介、scNuc-seqの核抽出ステップをS2 Genomics SingulatorとNadiaを併用して核の品質を決定する方法やNadiaプラットフォームの長所・短所について解説します。
次世代シーケンサーを用いた空間的遺伝子発現プロファイリングソリューション
腫瘍微小環境（TME）における免疫組織の空間的特性は、免疫細胞と腫瘍細胞の関係を理解するために不可欠です。ただし、限られたサンプルを使用して高度に多重化された方法でこのような研究を行うことは困難であることが判明しています。デジタル空間プロファイリング（DSP）と呼ばれる新しい技術を使用して、腫瘍の微小環境での免疫状態の体系的な調査を可能にする腫瘍内の定義された関心領域の多重化タンパク質およびRNA分析を示します。
シングルセル解析の可能性をさらに拡げる「Nadia＆Innovate」
シングルセル解析用プラットフォームとしてDolomiteBioは、NadiaとNadia Innovateを開発しました。本システムによってscRNA-seq,scNuc-seqの他、植物プロトプラスト研究やハイドロゲルドロップレットを用いた細胞培養やFACSソートの前処理などが行え、マイクロ流体技術がバイオロジストにとってより身近で使い易いシステムになっています。本ウェビナーでは、Nadia&Innovateのシステム概要と仕様、主なアプリケーションをご紹介します。
シングルセル解析に使用されるハイスループットシーケンサーNovaSeq 6000の試薬のアップデートについて
シングルセル解析には大量のリード数を低価格で取得することが必要とされる。NovaSeq 6000の新しいバージョンでは、クオリティー値や使用期限の改善がおこなわれ、これまでよりも、より低価格での提供が可能になる。今回の発表では、新しいバージョンのNovaSeq 6000について紹介する。