メタゲノム解析は、菌叢組成や全遺伝子組成を明らかにし、微生物群集の全体像を捉えることができる強力な手法である。しかし、多様性に富む微生物群集から、特定の細菌種と機能遺伝子を結びつけることや、種内多様性を知ることは未だ容易ではない。また、微生物群集解析が盛んに進められる中で、未培養細菌のリファレンスゲノムの拡充が重要な課題となっている。本講演では、メタゲノム解析で得た全体像に加えて、個別の微生物に対する理解を深める技術として、bitBiome社が提供する「シングルセルゲノム網羅解析技術bit-MAP®」を紹介する。本技術により、未培養細菌群集からのドラフトゲノムの網羅的獲得、株レベルでの細菌ゲノム比較解析、特定遺伝子の検出と保有細菌種の特定、リファレンスゲノムの拡充など様々な展開が可能となる。bit-MAP®がもたらすブレイクスルーの最新事例として、腸内細菌・土壌細菌・海洋細菌などでのシングルセルゲノム網羅解析を紹介する。