プロテオミクス

プロテオミクスは、ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトームなど、その他すべての細胞制御レベルの結果を反映し、細胞の表現型と機能を明らかにします。プロテオミクスにより、サイエンティストは、疾患メカニズムや新規薬剤ターゲットの開発など、重要な研究分野のバイオマーカーについて有用な知見を得ることができます。

プロテオミクスは、他のオミクスデータの検証に必要な知見を提供し、生物学の理解を深めることで、マルチオミクスアプリケーションに多大な価値をもたらすことができます。さらに、プロテオミクスは、疾患の潜在的な原因となるタンパク質発現の変異や変化に関する重要なデータを提供しつつ、バイオマーカーを同定することもできます。Illumina Protein Prepなどの製品では、サイエンティストは既存のイルミナのNGSシステムを使用して、データ解析を含む単一のプラットフォーム上で生物学的プロセスを包括的に研究できます。

質量分析はプロテオミクスに不可欠なツールであり、高い特異性と様々なサンプルタイプを定量的に解析できる能力を備えています。さらに、この方法は、単一アミノ酸変異や翻訳後修飾に関する定性的情報を提供できます。しかし、このワークフローは労働集約的で、NGSベースのプロテオミクスに比べてスループットが低くなります。Illumina Protein Prepは、拡張性やハイスループット機能などの明確な利点があり、96サンプルで9,000を超えるタンパク質を1回のランで解析できます。「このシステムは、全自動ワークフローにより、発見研究とスクリーニング研究の両方をサポートします。このワークフローでは、ゴールドスタンダードである質量分析法を用いて、結果を検証・確認できます。全体として、NGSベースのプロテオミクスは、バイオマーカー発見の研究を行う際にコストを節約しつつ、ワークフロー全体の効率を高めることができます。

lllumina Protein Prepは、SomaScanアッセイを用いて、タンパク質エピトープを特定のSOMAmer試薬に基づくDNAシグナルに変換します。次に、一連のビーズキャプチャーおよび洗浄ステップにより、相対的なタンパク質濃度をSOMAmer試薬の量に変換します。これらのSOMAmer試薬は、ハイブリダイゼーションベースの手法を用いて、バーコード付きシーケンスライブラリーに変換されます。プローブのペアは、磁気ビーズにキャプチャーされる前に、SOMAmer試薬とハイブリダイゼーションされます。各SOMAmer試薬には固有のプローブペアがあり、そのうちの1本には特定のSOMAmer試薬に対応するバーコードが付与されています。未結合のプローブは洗い流され、バーコード付きプローブの量に変換されます。インデックスPCRプライマーを加えてシーケンス用のサンプルインデックスを付け、増幅して個別にインデックス化されたバーコードライブラリーを作ります。これらのインデックスバーコードライブラリーはシーケンスされ、アッセイの出力としてサンプル中のタンパク質の相対的な定量測定値が得られます。Illumina Protein Prepアッセイ全体は、Illumina Protein Prep Automation Systemという単一のプラットフォーム上で自動化されています。詳細については、データシートをダウンロードしてください。

Illumina Protein PrepはNovaSeq 6000システム、NovaSeq X、NovaSeq X Plusシステムに対応しています。