TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

サンプルから結果まで4~5日

アッセイ時間

自動ワークフロー約2.5時間。手動ワークフロー約10.5時間。

ハンズオンタイム

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40 ng

インプット量

仕様タブで詳細を確認する

TruSight Oncology 500 HRDが発売されました。ロバストかつ精確な相同組換え修復欠損(HRD)評価により、包括的ゲノムプロファイリングを可能にします。日本ではご利用いただけません。

概要

TruSight Oncology 500(TSO 500)は、FFPE組織からの包括的ゲノムプロファイリング(CGP)を可能にするNGSアッセイです。

  • 523の遺伝子をターゲットとし、すべてのDNAおよびRNAバリアントタイプ(SNV、CNV、Indel、融合遺伝子)のほか、MSI、TMBおよびHRD)を評価

  • ハイブリッドキャプチャーケミストリーと高度なバイオインフォマティクスで正確な結果を提供

  • オプションの自動化キットと手法により、ハンズオンタイムを短縮*

  • ハイスループット設定でも利用可能

徹底した結果

ガイドラインや臨床試験に沿った500を超える腫瘍横断型バイオマーカーを評価し、1回のアッセイで陽性バイオマーカーを見つける可能性を高めます。オプションのアドオンHRDキットでゲノム不安定性を評価します。

合理的なワークフロー

Illumina Connected Analyticsにより、即時利用可能なDRAGEN二次解析パイプラインと統合された手動または自動ワークフローを使用して、オンプレミスサーバーまたはクラウドで4~5日で結果が得られます。イルミナのConnected InsightsやPierianなど、複数のオプションを使用して、洞察にアクセスし、レポート作成を行うことができます。

*TSO 500 HRDでは利用できません。

HRD は、TruSight Oncology 500 HRDキットをTruSight Oncology 500に追加した場合にのみ利用できます。日本ではご利用いただけません。

国によってはご利用いただけない場合があります。Illumina Connected Insightsは、第三者のナレッジソースへのAPIコールを介してユーザー定義の三次解析をサポートします。


包括的なポートフォリオでCGPを実現

TruSight Oncology 500製品ラインで臨床研究の疾患関連バイオマーカーを同定します。

TruSight Oncology 500

FFPE腫瘍組織から関連DNAおよびRNAがんバイオマーカーを評価します。ゲノム不安定性スコア(GIS)を評価するアクセサリーキットが追加され、これにはHRDが含まれます。


仕様


必要な製品

TSO 500のランには、以下が必要です。

  • NextSeq 500/550またはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モードで)
  • TSO 500 ライブラリー調製キットと手動または自動ワークフロー(インデックス付きアダプターおよびDRAGENバリアントコーリングパイプラインを含む)
  • NextSeq 500/550 Reagent Kit v2.5またはNextSeqDx Reagent Kit v2.5(ライブラリー調製キットに含まれていない場合)
  • オプション:TSO 500 HRDキットおよびDRAGEN TSO 500 HRD解析ソフトウェア(オンプレミスサーバー専用、クラウド解析には不要)

 

DRAGENバリアントコーリングパイプラインで解析するには、以下が必要です。

  • ローカル解析用のDRAGENサーバーライセンス、または
  • クラウド解析のためのIllumina Connected AnalyticsサブスクリプションとiCredit

 

最終レポートを生成するには、以下が必要です。

/

アプリケーション

TruSight Oncology 500は、FFPE腫瘍サンプルの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、より少ないサンプルで幅広いバイオマーカーを評価し、単一遺伝子または小規模パネルアッセイよりも多くの結果をもたらします。

ワークフローの例



プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 500 System

8 samples per run (high output flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage 

2 × 101 bp

NextSeq 550Dx in Research Mode

8 samples per run (high output flow cell), 100M paired-end reads, 3,500× coverage 

2 × 101 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

比較する

TruSight Oncology 500 TruSight Oncology 500 High Throughput TruSight Oncology 500 ctDNA v2
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Cancer type Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Specialized sample types FFPE Tissue FFPE Tissue Circulating Tumor DNA, Blood
Variant class Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Novel transcripts, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Gene fusions, Somatic variants, Novel transcripts, Structural variants, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)
アッセイ時間

サンプルから結果まで4~5日

サンプルから結果まで4~5日

精製された核酸からバリアントレポートまで<4日

インプット量

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40 ng

DNA 40 ngおよび/またはRNA 40~80 ng

cfDNA 20 ng(血漿4 ml)

コンテンツ仕様

523の遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94 Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 

オプションのTruSight Oncology 500 HRDキット(日本ではご利用いただけません)には、Myriad Geneticsによる包括的ゲノム不安定性スコア(LOH+TAI+LST)により相同組換え欠損を評価するための、約25,000のSNPが含まれます。 

523の対象遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 

合計1.94 Mbのパネルサイズに対する523遺伝子(完全コード配列)をターゲットとして選択。
• 免疫腫瘍学バイオマーカーのカバレッジ:TMBおよびMSI
• ガイドラインの適用範囲:複数の固形腫瘍タイプに関する主要ガイドラインを幅広く網羅
• 臨床試験のカバレッジ:600件を超える臨床試験(2023年2月現在、Pierian臨床ナレッジベースに基づく)
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 550Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System NovaSeq 6000 System
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
ハンズオンタイム 自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。
自動ワークフロー約2.5時間。
手動ワークフロー約10.5時間。

ライブラリー調製および濃縮時間約2.5時間

マルチプレックス 最大8プレックス

最大16プレックス(SPフローセル)、32プレックス(S1フローセル)、72プレックス(S2フローセル)、192プレックス(S4フローセル)

Xp-4レーンワークフローを使用して、S2で最大8、S4で最大24、最大16インデックス
核酸の種類 DNA, RNA DNA, RNA DNA
生物種 ヒト ヒト ヒト
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明

FFPE組織からの包括的ゲノムプロファイリングを可能にし、NextSeq 550システムまたはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モード)で実行し、一度に最大8サンプルをバッチ処理できるアッセイ。

NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(研究(RUO)モード)を使用した合理化されたワークフローから、ガイドラインおよび>1,000件の臨床試験における主要なバイオマーカーを同定するためのハイスループットの包括的なNGSアッセイ。免疫腫瘍学バイオマーカーのMSIおよびTMBのカバレッジが含まれます。

液体生検サンプル(血漿からのctDNA)の包括的ゲノムプロファイリングにより、がん研究アプリケーション用の固形腫瘍のプロファイリングのための非侵襲的方法を提供します。この液体生検アプローチは、組織ベースのCGPを補完する低侵襲性サンプル収集アプローチを使用して、腫瘍内および腫瘍間の不均一性に関する洞察を提供します。

TruSight Oncology 500 HRD GISはMyriad Genetics GISと一致性があります

TSO 500とWES間のTMB測定における高い一致性

MSIステータスとMSI-PCRスコアの定量的評価

BRCA大規模遺伝子再構成(LR)の高感度検出、(エクソンレベルのCNV)

小規模バリアントコーリング > 25 bpを実現

腫瘍横断型:BRAF、NTRK1、NTRK2、NTRK3、RET、MSI、TMB
重要なバイオマーカーを持つ遺伝子* 潜在的に重要なバイオマーカーを持つ遺伝子
乳がん
乳房
BRCA1 BRCA2 ERBB2 ESR1 PALB2 PIK3CA         180
結腸がん
結腸
ERBB2 KRAS NRAS               166
骨がん
EGFR ERG ETV1 ETV4 EWSR1 FEV FLI1 FUS H3F3A HEY1 140
IDH1 MDM2 NCOA2 SMARCB1            
肺がん
ALK EGFR ERBB2 KRAS MET NUTM1 ROS1       223
悪性黒色腫
黒色腫
KIT NRAS ROS1               172
卵巣がん
卵巣
BRCA1 BRCA2 FOXL2               149

CNS
APC ATRX CDKN2A CDKN2B EGFR H3F3A HIST1H3B HIST1H3C IDH1 IDH2 140
MYCN PTCH1 RELA TERT TP53          
前立腺がん
前立腺
AR ATM BARD1 BRCA1 BRCA2 BRIP1 CDK12 CHEK1 CHEK2 FANCL 151
FGFR2 FGFR3 PALB2 RAD51B RAD51C RAD51D RAD54L      
甲状腺がん
甲状腺
HRAS KRAS NRAS RET TERT           165
子宮がん
子宮および子宮頸部
BRCA2 EPC1 ERBB2 ESR1 FOXO1 GREB1 JAZF1 NCOA2 NCOA3 NUTM2A 138
NUTM2B PAX3 PAX7 PHF1 POLE SMARCA4 SUZ12 TP53 YWHAE  
その他の固形がん腫瘍
その他の固形腫瘍
ALK APC ARID1A ASPSCR1 ATF1 ATIC BAP1 BCOR BRCA1 BRCA2 152
CAMTA1 CARS CCNB2 CDK4 CDKN2A CIC CITED2 CLTC COL1A1 COL6A3
CREB1 CREB3L1 CREB3L2 CSF1 CTNNB1 DDIT3 DDX3X DNAJB1 DUX4 EED
EGFR ERBB2 ERG ETV1 ETV4 ETV6 EWSR1 FEV FGFR2 FGFR3
FLI1 FOXL2 FOXO1 FOXO4 FUS GLI1 HEY1 HGF HMGA2 IDH1
KRAS LEUTX MAML3 MDM2 MYB MYOD1 NAB2 NCOA2 NF1 NFATC2
NFIB NR4A3 NRAS NUTMI NUTM2A NUTM2B PALB2 PATZ1 PAX3 PAX7
PDGFB PDGFRA PRKACA PRKD1 RANBP2 ROS1 SDHA SDHB SDHC SDHD
SMARCB1 SS18 SSX1 SSX2 SSX4 STAT6 SUZ12 TAF15 TCF12 TERT
TFE3 TFEB TFG TP53 TPM3 TPM4 TRAF7 TSPAN31 VGLL2 WT1
WWTR1 YAP1 YWHAE ZC3H7B            

この表に記載されている遺伝子とバイオマーカーは、パネルに含まれるすべての遺伝子のサブセットです。全遺伝子リストについては、TruSight Oncology 500データシートを参照してください。

参考文献

1. 社内計算データ Illumina, Inc. 2023.

マニュアル調製 (9)

TruSight Oncology 500 HRD Kit (24 samples)

20076480

TruSight Oncology 500 HRD Kit(HRD濃縮試薬を含みます。ライブラリー調製またはシーケンスコア試薬は含まれません。別売りのHRD解析ライセンスを必要とします。) 日本ではご利用いただけません。

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TruSight Oncology 500 DNA Kit (48 samples)

20028213

最大48のDNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA Kit, For Use with NextSeq (48 samples)

20028214

最大48のDNAサンプル、16のインデックス、NextSeq 500/550シーケンス試薬を調製および濃縮するための試薬が含まれます。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle, (16 indexes, 24 samples)

20028215

最大24のDNAおよびRNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle, for use with NextSeq (16 indexes, 24 samples)

20028216

最大24のDNAおよびRNAサンプル、16のインデックス、NextSeq 500/550シーケンス試薬を調製および濃縮するための試薬が含まれます。

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TruSight Oncology 500 DNA Kit plus Velsera interpretation report (16 indexes, 48 Samples)

20032624

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大48のDNAサンプル、16のインデックス、およびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA Kit for Use with NextSeq plus Velsera interpretation report (16 indexes, 48 Samples)

20032625

最大48のDNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬、Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用したデータ解釈レポート、NextSeq 500/550シーケンス試薬が含まれます。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle plus Velsera interpretation report (16 indexes, 24 Samples) 

20032626

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大24のDNAおよびRNAサンプル、16のインデックスおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Kit for Use with NextSeq plus Velsera interpretation report (16 indexes, 24 Samples) 

20032627

最大24のDNAおよびRNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬、Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用したデータ解釈レポート、NextSeq 500/550シーケンス試薬が含まれます。

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オートメーション (8)

TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit (16 indexes, 64 Samples)

20045504

最大64のDNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit, For Use with NextSeq (16 indexes, 64 Samples)

20045505

最大64のDNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬、およびNextSeq 500/550シーケンス試薬が含まれます。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit plus Pierian interpretation report (16 indexes, 64 samples)

20045506

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大64のDNAサンプルと16のインデックスおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit plus Pierian interpretation report, for Use with NextSeq (16 indexes, 64 samples)

20045507

最大64のDNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬、Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用したデータ解釈レポート、NextSeq 500/550シーケンス試薬が含まれます。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit (16 indexes, 32 Samples)

20045508

最大32のDNAおよびRNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit plus Pierian interpretation report (16 indexes, 32 Samples)

20045509

Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用して、最大32のDNAおよびRNAサンプル、16のインデックスおよびデータ解釈レポートを調製および濃縮するための試薬が含まれます。NextSeq 500/550シーケンス試薬は別売りです。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit, For Use with NextSeq (16 indexes, 32 Samples)

20045990

最大32のDNAおよびRNAサンプル、16のインデックス、NextSeq 500/550シーケンス試薬を調製および濃縮するための試薬が含まれます。自動化での使用を目的としています。

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TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit plus Pierian interpretation report, For Use with NextSeq (16 indexes, 32 Samples)

20045991

最大32のDNAおよびRNAサンプルと16のインデックスを調製および濃縮するための試薬、Pierian Clinical Genomics Workspaceを使用したデータ解釈レポート、NextSeq 500/550シーケンス試薬が含まれます。自動化での使用を目的としています。

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サービス (2)

TruSight Oncology 500 Training (DNA, optional HRD) - Customer Site

20031667

TruSight Oncology 500ワークフローの必須ステップをユーザーに理解してもらうための、顧客サイトでの3日間のハンズオンインストラクション。コースでは、最大4人のトレーニーを対象に、サンプルとライブラリーの調製、エンリッチメント、シーケンス、データ解析のハンズオントレーニングを提供します。

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TruSight Oncology 500 Training (DNA and RNA, optional HRD) - Customer Site

20031668

TruSight Oncology 500ワークフローの必須ステップをユーザーに理解してもらうための、3.5日間の顧客サイトでのハンズオンインストラクション。コースでは、最大4人のトレーニーを対象に、サンプルとライブラリーの調製、エンリッチメント、シーケンス、データ解析のハンズオントレーニングを提供します。

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ソフトウェアおよびインフォマティクスオプション (12)

Illumina DRAGEN Server v3

20040619

初年度Avance Exchangeサポートが含まれます。年間DRAGENライセンスの購入が必要です。

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Illumina DRAGEN Server v4

20051343

初年度Avance Exchangeサポートが含まれます。年間DRAGENライセンスの購入が必要です。

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DRAGEN TruSight Oncology 500 HRD Analysis Software, On-Premise

20073738

TSO 500 HRD用オンプレミス解析ソフトウェアのライセンスが同梱されています。

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ICA Basic Annual Subscription

20044874

Illumina Connected Analytics (ICA) Basic Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセスなど、TSO500をご使用のお客様を対象としたICAへの一年間のアクセスが含まれています。

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ICA Professional Annual Subscription

20044876

Illumina Connected Analytics (ICA) Professional Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセス、およびツール、パイプライン、データウェアハウス、ノートブックで構成されるカスタマイズされたワークフローの作成機能を含むICAへの一年間のアクセスが含まれます。

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ICA Enterprise Annual Subscription

20038994

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、カスタムおよびパッケージ化された解析ツール、データ保管およびマイニング用のベースモジュールなどを含むICA Enterpriseへの一年間のアクセスが含まれます。ICA Enterpriseには、オプションとしてHIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)も含まれます。

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ICA Enterprise Service and Compliance Add-on (applies to Basic only)

20066830

Illumina Connected Analytics (ICA) Enterprise Service and Compliance Add-on。本製品は、ICA Basic Annual Subscriptionを対象とした一年間のサービスで、HIPPAA BAA(米国のみ)、シングルサインオン(SSO)、およびサービスレベル契約(SLA)が含まれます。

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Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 50,000 iCredits

20042041

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics - 100,000 iCredits

20042042

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Connected Insights-Annual Subscription

20090137

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Illumina Connected Insights‒Oncology Genome Equivalent Sample-VCF

20090138

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Illumina Connected Insights‒Training and Onboarding

20092376

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Informatics Professional Services

20071787

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よくある質問(FAQ)

アッセイの主な違いはスケールです。TruSight Oncology 500は、NextSeq 550またはNextSeq 550Dx システム(研究(RUO)モード)で実行され、一度に最大8つのサンプルをバッチ処理できます。TruSight Oncology 500 HTは、NovaSeq 6000 システムまたはNovaSeq 6000Dx システム(研究(RUO)モード)で実行され、一度に16~192のサンプルのバッチ処理が可能で、より高いサンプルスループットへのスケーラビリティを提供します。その他の違いについては、このページの比較表を参照してください。

解析は、2 x 101 bpの最小リード長に最適化されています。75 bpまでの短いリード長でも許容される可能性がありますが、完全には検証されていません。

はい、ベンダーが開発した手法でTruSight Oncology 500ワークフローを自動化できます。

イルミナのDRAGEN二次解析プラットフォームは、非DRAGENオプションの2倍の速度でより高いバリアントコール精度を実現します。1  精度の向上により、サンプルQC、複雑なバリアント、小さなバリアント、融合遺伝子、スプライスバリアント、およびBRCA1/BRCA2を呼び出すエクソンレベルのCNVで高いパフォーマンスを実現します。DRAGENパイプラインは、HRD同定用のTruSight Oncology 500 HRDアッセイとも互換性があります。 

はい、ご自身のソフトウェアで解析できます。ただし、その場合は、イルミナからテクニカルサポートを直接提供することはできません。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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