ライブラリー調製自動化手法

高スループットライブラリー調製自動化

ライブラリー調製ワークフローの自動化

シーケンスライブラリー調製の自動化はエラーの最小限化、ハンズオン時間の低減、そしてさらなるスループットを可能にします。イルミナは業界をリードする液体操作および断片化、サイズ選択の自動化ベンダーとパートナーになることで、キットの自動化を進めています。下記のソリューションにより、手法の開発と最適化における費用を大きく減らすことができます。

自動化液体操作

液体操作ロボットは、スループットと一貫性を向上したいと思っている研究室にとって重要なツールです。ロボットは重労働のピペット作業を自動化することにより、手順の合理化、ハンズオン時間の短縮、人的ミスの削減をもたらします。イルミナのライブラリー調製キットは、汎用されているの液体操作ロボットでも自動化対応が可能です。多数の主要ベンダーがイルミナのキットに対応する手法を開発しており、これを使うことで、研究者は自身の手法開発のために必要とされる時間と労力をセーブすることができます。 下記の表は、現在可能な自動化サンプル調製方法とベンダーのサポートについて記載しています。「イルミナ認証」とあるのは、その手法で調製されたライブラリー解析の結果、手動で調製されたものと同等のパフォーマンスを示していることを意味します。 表にあるリンクをクリックすると、各ベンダーの詳しい情報を得ることができます。**新しい手法ができ次第、順次追加される予定です。

ライブラリー調製自動化が可能な手法

複数のベンダーがイルミナキットに対応した手法を開発しています。これらの自動化手法は、手法開発の時間と努力を大幅に削減します。イルミナ認証(Illumina Qualified)は、イルミナの解析にてこれらの手法で得られたライブラリーとマニュアルで行ったライブラリーのパフォーマンスが同等であることを示します。

ベンダーによる自動化手法を表示させるには、ロゴをクリックください。

 
Agilent Technologies
Beckman Coulter
Eppendorf
Hamilton Robotics
Perkin Elmer
Tecan
Agilent Technologies

Science for Life Laboratories is working with Illumina to develop methods for various Library Prep workflows. Methods and associated documentation are available on GitHub.

Available Automated Methods Liquid Handling Platforms
Kit Source Illumina Qualified Docs  
Nextera DNA Flex Other   Bravo Option B
TruSeq Stranded Total RNA Other   Bravo Option B
TruSeq RNA Exome Other   Bravo Option B
TruSeq Nano DNA Other   Bravo Option B
Nextera XT DNA Other   Bravo Option B
Nextera DNA Exome Other   Bravo Option B
TruSeq Stranded mRNA Other   Bravo Option B
TruSeq DNA PCR-Free Other   Bravo Option B

Beckman Coulter

*In order to accommodate for higher dead volume requirements associated with automated platforms and variation in overfill volumes by the original reagent manufacturer, more than one AmpliSeq for Illumina kit may be required when preparing the maximum number of libraries per kit.

Biomek Liquid Handlers –Robust systems that offer superior flexibility for low to high throughput automated library preparation. Industry leading software enables the creation of easy to use, pre-programmed solutions to address the essential steps of library construction, DNA purification and size selection as well as qPCR setup, normalization and pooling. For high throughput processing, the Biomek FXP Dual Multi- 96 and Span 8 system maximizes throughput and efficiency with combined whole plate and individual well processing on a single system.

Available Automated Methods Liquid Handling Platforms
Kit Source Illumina Qualified Docs  
AmpliSeq for Illumina* Vendor Biomek i5
Nextera DNA Flex Vendor Biomek FXp, Biomek iSeries
TruSight Tumor 170 Vendor Biomek NXp
TruSight Tumor 15 Vendor Biomek 4000
TruSight Cancer/TruSight Enrichment Vendor Biomek 4000
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Vendor Biomek 4000
TruSeq DNA Exome Vendor   Biomek FXp
Nextera DNA Exome Vendor   Biomek FXp
TruSeq RNA Exome Vendor Biomek FXp, Biomek iSeries
Nextera XT DNA Vendor Biomek FXp, Biomek iSeries
TruSeq Nano DNA Vendor Biomek FXp, Biomek iSeries
TruSeq DNA PCR-Free Vendor Biomek FXp
TruSeq Stranded Total RNA Vendor Biomek FXp
TruSeq Stranded mRNA Vendor Biomek FXp, Biomek iSeries
TruSeq RNA v2 Vendor   Biomek FXp

Eppendorf


*In order to accommodate for higher dead volume requirements associated with automated platforms and variation in overfill volumes by the original reagent manufacturer, more than one AmpliSeq for Illumina kit may be required when preparing the maximum number of libraries per kit.

The Eppendorf epMotion product family of automated pipetting systems are well known for accuracy, reproducibility and their ease of use. A variety of options like gripper transport, vacuum station, integrated mixer, temperature control of plates etc., optimize the epMotion system for laboratory routine tasks such as library preparation, PCR set-up, DNA/RNA purification, bead assays or even cell handling.

Available Automated Methods Liquid Handling Platforms
Kit Source Illumina Qualified Docs  
AmpliSeq for Illumina* Vendor epMotion 5075t
Nextera DNA Flex Vendor epMotion 5075t
Nextera XT DNA Vendor epMotion 5075t
TruSight RNA Pan Cancer Vendor epMotion 5075t
TruSight RNA Fusion Vendor epMotion 5075t
TruSight Tumor 15 Vendor epMotion 5075t
TruSight Cancer/TruSight Enrichment Vendor epMotion 5075t
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Vendor epMotion 5075t
Nextera DNA Exome Vendor epMotion 5075t
TruSeq RNA Exome Vendor epMotion 5075t
TruSeq Nano DNA Vendor epMotion 5075t
TruSeq Stranded Total RNA Vendor epMotion 5075t
TruSeq Stranded mRNA Vendor epMotion 5075t
TruSeq DNA PCR-Free Vendor epMotion 5075t

Hamilton Robotics

A leader in liquid handling equipment and laboratory automation technology, Hamilton Robotics is known for advancing life science and biotechnology through reliability, performance and flexibility. Hamilton has partnered with Illumina to develop standard library prep automation solutions. Hamilton's platforms include Microlab ® NIMBUS ™, the first in its class of compact, high-speed, personalized pipetting workstations; Microlab STAR ™, Hamilton's highest selling automated pipetting platform; and Hamilton VANTAGE ™, its newest vertically-integrated liquid handler.

Available Automated Methods Liquid Handling Platforms
Kit Source Illumina Qualified Docs  
Nextera Flex Enrichment Vendor NGS STAR
Nextera DNA Flex Vendor NGS STAR
TruSight Tumor 170 Vendor NGS STAR
TruSeq RNA Exome Vendor NGS STAR
TruSeq Nano DNA Vendor NGS STAR
TruSeq Stranded Total RNA Vendor NGS STAR
TruSeq Stranded mRNA Vendor NGS STAR
TruSeq DNA PCR-Free Vendor     NGS STAR
Nextera XT DNA Vendor NGS STAR
16S rRNA Vendor NGS STAR

PerkinElmer

*In order to accommodate for higher dead volume requirements associated with automated platforms and variation in overfill volumes by the original reagent manufacturer, more than one AmpliSeq for Illumina kit may be required when preparing the maximum number of libraries per kit.

PerkinElmer's library prep automation solutions eliminate the processing bottlenecks presented by today's sequencing technologies. Our automation and microfluidics platforms enable scientists to process samples start to finish in a user-friendly, easy-to-implement manner. Standardized hardware configurations with pre-validated protocols and instrumentation to measure the fundamental characteristics of nucleic acid samples, provide the needed flexibility and quality control for dynamically changing applications and sample prep chemistries. PerkinElmer's library prep instrument is fully supported by a dedicated and knowledgeable applications team that provides full instrument training and on-going support.

Available Automated Methods Liquid Handling Platforms
Kit Source Illumina Qualified Docs  
AmpliSeq for Illumina* Vendor Sciclone
Nextera DNA Flex Vendor Sciclone
TruSight Tumor 15 Vendor Zephyr
TruSight Cancer/TruSight Enrichment Vendor Zephyr
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Vendor Zephyr
TruSeq DNA Exome Vendor     Sciclone
TruSeq RNA Exome Vendor Sciclone NGS and NGSx
TruSeq Nano DNA Vendor Sciclone NGS and NGSx
TruSeq DNA PCR-Free Vendor Sciclone NGS and NGSx
TruSeq Stranded Total RNA Vendor Sciclone NGS and NGSx
TruSeq Stranded mRNA Vendor Sciclone NGS and NGSx
TruSeq RNA v2 Vendor   Sciclone NGS and NGSx
Nextera XT DNA Vendor Sciclone

Tecan

The Tecan Freedom EVO ® platform offers the most flexible pipetting platform available today, providing you with the tools you need to automate your laboratory research. In addition, we provide numerous standardized packages for specific applications, including sequencing library preparation.

Available Automated Methods Liquid Handling Platforms
Kit Source Illumina Qualified Docs  
TruSeq RNA Exome Vendor Freedom EVO NGS
TruSeq Nano DNA Vendor Freedom EVO NGS
TruSeq Stranded mRNA Vendor Freedom EVO NGS
TruSeq Stranded Total RNA Vendor Freedom EVO NGS
TruSeq DNA PCR-Free Vendor Freedom EVO NGS
Nextera XT DNA Vendor Freedom EVO NGS

このリストは定期的に更新されますが、最新情報はそれぞれのベンダーまでお問い合わせください。
注意: トレードマークはそれぞれのベンダーが使用権を持っています。

断片化とサイズ選択は重労働で時間を要します。Covaris、PerkinElmerとSage社は、これらの行程ををより簡単に自動化するソリューションを提供します。Covarisの断片化システムは、ユーザーガイドに機械の推奨設定が記載されています。

イルミナのパートナー社が提供するサンプル調製自動化ソリューションの詳細は、下記をお読みください。

Available Library Prep Automation Methods
Advanced Analytical
Fragment Analyzer: ゲノムDNA、RNA、NGSライブラリーの定量と定性
  • 2014 Frost & Sullivan New Product Innovation Award
  • 自動化: 12あるいは96サンプルバッチで、最大288サンプルまで解析
  • 高感度: 5 pg/µl 以下のピークと 50 pg/µl のスメアを検出
  • 幅広いサイズレンジ: 10 bp から 40,000 bp までのDNAを分析
  • 信頼のおける操作: 簡単なセットアップ、迅速なランタイム、低い失敗率
詳細はこちらから
Covaris
Covaris M220: 簡単なライブラリー調製 – クリックで断片化(1サンプル毎の処理)
  • 迅速:  2分以内でサンプルを処理
  • 簡単:  直感的なオペレーション、トレーニングは不要
  • 冷却: 温度調製機能を搭載、氷や外部チラーは不要
  • 多様性: サイズ分布を150 bpから5kb内で選択
  • 静音: 研究室のどこでも使用可
詳細はこちらから
Covaris
Covaris S220: 多様なDNA断片化(1サンプル毎の処理)
  • S220はフォーカスしたウルトラソニケーターで、DNA断片化や解析前のサンプル処理アプリケーションのための多様性をもつ強力なシステム
  • S220 は制御されたエネルギーを正確かつ精密に、25ulから10ml のサンプル液量に伝達
詳細はこちらから
Covaris
Covaris E220: マルチサンプルDNA断片化(バッチサンプル処理)
  • E220はフォーカスしたウルトラソニケーターで、マルチサンプルやバッチ処理、広範囲のサンプル種類や液量の処理、バッチあたり1〜96のサンプル処理が可能
詳細はこちらから
High-Throughput Genomics for Disease Research

High-throughput genomic studies with tens to hundreds of thousands of samples require fast, cost-effective tools. We offer array and NGS technologies with sample-to-analysis solutions and collaborative expertise to meet these needs.

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High-Throughput Genomics for Disease Research
Perkin Elmer
LabChip GX Touch: ゲノムDNA、RNA、NGSライブラリーの定量および分解評価
  • 自動化: 操作員不要で最大384サンプルまで分析
  • 柔軟性: 96および384ウェルプレートから直接サンプルウェルを自由に選択
  • 迅速分析: ウェルあたり最速30秒でデータを産出
  • サンプル分解評価: 自動化されたサンプルクオリティスコア(RNAとgDNA)
  • 経済的なサンプル必要量: 分析あたりわずか 2 µl サンプル使用
  • 包括的なアッセイ選択: 標準DNAあるいはRNA、高感度DNA、ゲノムDNA、ピコDNAから選択
詳細はこちらから
Perkin Elmer
LabChip XT: 自動化DNAサイズ選択
  • 迅速で再現性のある、高いレゾリューションのDNAサイズ選択;30分以内で処理
  • 定量分析、デジタルデータ
  • 乾燥した電極との接触と、独立したチャンネルの使用でコンタミを最小限に制圧
  • 断片しなかったサンプルを再回収する機能をもち、1サンプルから複数の断片が回収可能
詳細はこちらから
Sage Science
Pippin Prep and BluePippin: Automated DNA size selection
  • Eliminate variability and time spent on manual gels with a cost-effective, load-and-go automated size selection system that delivers high yields
  • Fractionate up to 5 samples per run and collect targets from 50 bases to 1.5 Kb with Pippin Prep, and up to 50 Kb for mate pair libraries with BluePippin
  • Improve your genome assembly quality with more reliable, precise sizing information
Learn More
Sage Science
Pippin Prep and BluePippin: 自動化DNAサイズ選択
  • 手動ゲル手法におけるばらつきと時間を減らし、ロード後即実行の自動化サイズ選択システムでコスト効率よく高い回収率を達成
  • 1ランにつき5サンプルまで対応し、Pippen Prepで50 bpから1.5Kb bpまでのターゲットを回収; BluePippinでは50 Kbpのメイトペアライブラリーにも対応
  • より信頼性のある、正確なサイズ情報でゲノムアセンブリの品質を向上
詳細はこちらから

電子メールにてゲノム解析研究手法における最新のニュース、事例研究、アプリケーションなどの情報をご提供します。ぜひご登録ください。

NeoPrep Library Prep System
NeoPrepライブラリー調製システム

自動のライブラリー調製ソリューションで、ランあたり16ライブラリーをわずか30秒のハンズオンタイムで実施します。

詳細はこちらから
Multiplex Sequencing
マルチプレックスシーケンス

1回のシーケンスランで、多くのライブラリーをプールしてシーケンス

詳細はこちらから
HiSeq 3000/HiSeq 4000 Systems
HiSeq 3000/HiSeq 4000システム

複数のアプリケーションにおいて、最も高い1日あたりのスループットと、最も低いサンプルあたりの価格をご提供します。.

システムを見る
Automated Library Prep Buyer's Guide
ライブラリー調製自動化システム購入ガイド

NGSライブラリー調製自動化システムを検討するときの考慮点のヒントをご紹介します。.

ガイドを読む

The NeoPrep System has been discontinued. Alternative automation solutions are shown above. Illumina remains committed to providing you with high-quality support and service.