インフォマティクスインフラとパイプラインのセットアップ
適切なインフラがあれば、発見は可能です
バイオインフォマティクスとデータ解析のパイプラインを合理化し、重要な業務に集中することができます。
バイオインフォマティクス基盤とパイプラインに関する考慮事項
もし、次の大きなブレークスルーがゲノミクスとは関係なく、ゲノムデータを理解するために使用する基本的なバイオインフォマティクスパイプラインとすべて関係しているとしたらどうでしょう？ イルミナでは、シーケンサーから使用する解析ツールまで設定したバイオインフォマティクスインフラが、成功の重要な役割を果たすと考えています。
バイオインフォマティクスとゲノムデータ解析の学際的な性質は、コラボレーションを推進し、ゲノムデータを最も効率的かつ確実に処理して解析する方法を反映するようなバイオインフォマティクスパイプラインが、今も、これからも必要とされています。新しい次世代シーケンサー（NGS）パイプラインの構築または既存のパイプラインへのコンポーネントの追加には、綿密な検討と計画が必要です。
インフォマティクスツールを作るか買うか？
ラボでは、バイオインフォマティクスツールを信頼できるベンダーから購入することや、社内でカスタマイズする利点を比較検討することはよくあります。自作ツールの開発にかかるコストは、ツールを購入するよりも高くつくのは珍しいことではなく、ユーザーを念頭に開発される多くの商用ツールはスタッフにとって使いやすいものです。
ユーザーのニーズのほとんどを満たし、柔軟にカスタマイズでき、サポート体制が整っているツールを見つけることができれば、購入という選択肢はリソースの有効利用だということについて多くの研究室に異論はありません。
最近になってLIMSの購入を決めた研究所の経験談を紹介します。
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ラボ自動化の利点
オートメーションの導入により、ハイスループットゲノム研究室が直面している、たとえば一貫性と再現性の確保など、代表的な課題を解決することができます。LIMSが提供するもの：
- サンプル追跡と標準化されたレポート作成
- 自動ライブラリー調製
- 機器関連や自動液体分注システムのワークフローへの統合
- サンプル、テスト、結果のエンドツーエンド管理
自動ライブラリー調製ソリューション
私たちはさまざまな液体分注システムでライブラリー調製キットを自動化するため有数のオートメーションベンダーと協力体制を組んでいます。これらの方法により、自らの手でオートメーションスクリプトを開発する時間と労力を削減できます。
ライブラリー調製の自動化の詳細はこちらシーケンスラボの自動化
生産規模のシーケンサーから、大量のマルチオミクスデータ解析や管理、マルチプレックスなど、大規模なゲノム解析ラボのニーズに対応したソリューションをご紹介します。大容量のシーケンスラボと自動化されたワークフローを構築したサイエンティストの話を聞くことができます。
ハイスループットシーケンスの詳細はこちらマイクロアレイラボの自動化
私たちは、マイクロアレイベースのジェノタイピングやメチル化研究を行っている研究室で活用されるような自動液体分注システム、アレイローダー、その他オートメーションパッケージを提供しています。これらのパッケージは、アッセイワークフローの合理化とサンプル調製やアレイスキャニングの統合に役立ちます。
ハイスループットジェノタイピングの詳細はこちらアレイ自動化パッケージを調べる
ゲノミクスラボに合わせたLIMS
BaseSpace Clarity LIMSは、当社のラボ情報管理システムです。ゲノミクスラボ向けに特別に設計され、NGSに最適化されたBaseSpace Clarity LIMSは、機器関連との統合、ラボのサンプル追跡や管理、ラボの全体的な操作の合理化などを支援します。BaseSpace Clarity LIMSは、ラボ内で開発された複雑なシステムとは異なり、エンドユーザーを考慮してデザインされているため、幅広いラボスタッフに採用されています。
製品を見るデータ共有と連携
論文データの準備
シーケンスデータは、これまでバイオインフォマティクスの専門家でなければ簡単に理解できませんでした。イルミナソリューションでは、生物学者向けに、そのまま発表できる形式の直感的なレポート形式を用意しました。
研究者は、ボタンをクリックするだけでワークフローを起動し、共同研究者や公開データベースと簡単に共有できるユーザーフレンドリーなレポートを出力することができます。
コラボレーション
大量データを共有すると、難解なFTPプロトコール、ハードディスクの制限、互換性のないデバイスのインターフェイスなどの障害があります。
Illumina Connected AnalyticsとBaseSpace Sequence Hubにより、信頼できる共同研究者とのデータ共有がこれまでのように簡単になります。ボタンをクリックするだけで、ユーザーは個別のシーケンスランやプロジェクト全体を共有することができます。共有は瞬時に行われ、どこからでもアクセス可能です。
ソリューションの共有
Illumina Connected Analytics
スケーラブルなマルチオミクスデータ管理、解析、調査のためのモジュール式で安全なデータプラットフォームです。共有されたデータセットから、迅速に洞察を生成します。
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BaseSpace Sequence Hub
NGSデータ管理と解析を行うイルミナのクラウドベースゲノミクスコンピューティング環境です。簡素化されたデータ共有により、連携とイノベーションを促進します。
詳細はこちら
BaseSpace Clarity LIMS
ラボのサンプル追跡とワークフローの最適化を支援するLIMSです。ラボマネージャーは、モバイルデバイスからリアルタイムにデータにアクセスし、利害関係者や共同研究者に情報を提供することができます。
詳細はこちらサンプル管理
サンプル管理と実験のセットアップが簡単
ハイスループットゲノミクスラボは、サンプルの管理/追跡やカスタムアッセイの設計の難しさに直面しています。シーケンスやマイクロアレイのプロジェクトを開始し、管理に役立つユーザーフレンドリーなツールを提供しています。
当社のインフォマティクスツールは、生体サンプル情報のインポート、ライブラリーの設計とプール、シーケンスランの準備、カスタムターゲットシーケンスパネルの作成、およびサンプルシートの作成を支援します。
ハイスループットラボのためのサンプル管理
現代のゲノミクス研究では、かつてないほどの大量のデータが生成されています。データ量とサンプルスループットの増加に直面し、ラボ運用の合理化とコスト削減を目指すラボは、そのアプローチを最新化する必要があります。
ラボ情報システム（LIMS）は、サンプルと関連データを効果的に管理できるようにするソフトウェアです。このシステムにより、ラボはワークフローの自動化、機器関連との連携が可能となりラボの効率化を図ることができます。
LIMSの詳細はこちら簡単なシーケンス実験のセットアップ
シーケンス実験のセットアップと実行は、イルミナのシーケンスシステム用にデザインされたソフトウェアを用いるとより容易になります。使用するイルミナシーケンサーにより、使用するソフトウェアツールは異なります。
詳細はこちら
シーケンスファイル形式
FASTQやBCLのファイル形式から生シーケンスファイルの変換まで、弊社のツールは、NGSデータの二次次解析や三次解析に必要な形式に対応しています。
シーケンスデータ解析
ユーザーフレンドリなツールでは、シーケンスデータがスムーズに処理されるため、ユーザーは余った時間を実験に費やすことができ、ワークフローの構築時間を節約することができます。
ラボ情報管理システム
LIMSとは何か、およびサンプル追跡、ワークフローの自動化、ダウンストリームデータ解析においてLIMSがどのようにゲノミクスラボを支援するかを理解します。