動物と植物のジェノタイピングは、近代の農業研究の中心となってきました。イルミナのマイクロアレイは、選抜と育種の決定を知らせるための、既知のゲノムマーカーのハイスループットのスクリーニングを可能にします。アレイベースの研究は、SNP(一塩基多型)マーカーと形質または疾患の間の新しい関連性を発見するためにも使用できます。
すべてのヒト以外の生物に遺伝学的調査が広範に行われているわけではないため、特定の動植物種の市販のジェノタイピングアレイが欠如しています。イルミナは、関心のある生物種向けに、発見されたすべてのマーカーを考慮してデザインすることができるカスタムマイクロアレイを提供しており、ジェノタイピング研究による望ましい表現型形質に関連するバリアントの同定を可能にします。イルミナの技術は、主要なアグリゲノミクス共同体との継続的な作業を通して、広範な生物種における新しい関連マーカーの同定に使用されています。
自然多様性の一般的な形態であるコピー数バリエーション(CNV)も遺伝性です。それは、アグリゲノミクスにおいて重要な役割を果たしているように思われます。CNVの違いは健康形質と生産形質に関連付けることができ、表現型の多様性をもたらします。動物および植物のジェノタイピング研究において、高濃度プローブの分布はCNVのブレークポイントの同定に使用でき、最終的にゲノム改善を加速します。CNVの影響が主要なゲノムセグメントのコピー数の違い、ゲノムの構造的変化またはその両方の組み合わせの結果なのかを判断するために、研究は現在も進行中です。
マイクロアレイベースの動物と植物のジェノタイピングは、ファインマップ形質の作成および/または遺伝子型・表現型の仮説試験に使用することができます。定量的形質遺伝子座(QTL)分析は、差次的遺伝子発現がどのように表現型バリエーションをもたらすかを明らかにするために、結果上で実行することができます。
動物または植物のゲノム全体にわたる関連性マッピングは、生物種の適応性(例:多種多様の環境条件に対して)に対する連鎖形質の遺伝的位置と構造を知るきっかけとなります。これらの解析の結果は、商業的な農作物と動物の群れの価値を高める全ゲノム選抜アプリケーション(例:指紋、ネットメリット、マーカー支援育種)をサポートします。イルミナのマイクロアレイは、焦点を絞ったコンテンツ、カスタム機能、便利なアドオンコンテンツ機能を提供します。
Evolutionの食肉部門マネージャーであり、選択会社Charolais UniversのディレクターでもあるSébastian Clairand氏と、4代目のウシ育種家であるAntoine Chedru氏が、育種計画の改善、特定の遺伝子の選択能力、そしてブルの遺伝的価値をより早く、より良く理解することで、どのようにゲノム選択が牛の増産に貢献したかについて語っています。
Canadian Dairy NetworkのゼネラルマネージャーであるBrian Van Doormaal氏が、ゲノム検査によってウシの搾乳の価値をより明確に定義し、酪農群れを改善する方法について語ります。5代目の酪農家であるBrian Anderson氏は、2倍生産、長持ちする牛、ジェノタイピングが将来もたらす大きなメリットなど、ウシのジェノタイピングに関する自身の経験を共有しています。