がんエピジェネティクス
がん研究にとってエピジェネティクスが重要な理由
がんはゲノムの疾患ですが、遺伝子変異は1つの要因にすぎません。遺伝子以外の変化も表現型に影響を与えます。がんのエピジェネティックな構造を理解することは、がんの発生、進行、治療奏功のモデル化においてますます重要になっています。がんエピジェネティクス研究では、DNAメチル化などのプロセスを通じて、細胞が遺伝子活性をどのように制御するかを調べることができます。
エピゲノムテクノロジーは、がん遺伝子または薬剤耐性の制御に関連する細胞バイオマーカーを同定することができます。
- クロマチンアクセシビリティ
- クロマチン相互作用
- メチル化などのDNA修飾
- DNA-タンパク質相互作用
がんにおけるエピジェネティックな変化を研究する方法
クロマチンアクセシビリティを評価するATAC-Seq
がん研究者は、ATAC-Seqを利用して制御エレメントの事前知識なしに、ゲノム全体のエピジェネティックな特徴を研究することができます。ATAC-Seqは、ゲノムDNAをTn5に曝露します。Tn5は、オープンクロマチンSiteに優先的に挿入し、シーケンスプライマーを追加する活性が高いトランスポーゼです。ゲノムプロファイリングまたはトランスクリプトームプロファイリングを含むその後のNGS解析は、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティに関する洞察を提供します。
クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）、ホルムアルデヒド補助型制御因子分離シーケンス（FAIRE-Seq）、または DNase I高感受性部位シーケンス（DNase-Seq）などの複数の従来の手法は、クロマチンとDNAの相互作用Siteを研究することができますが、ATAC-Seqはオープンクロマチンの領域に光を当てます。
ATAC-Seqの主な利点
- 研究者は、Tn5トランスポゼースを使用することで、クロマチンの高感度な酵素消化または抗体の厳密な検証を回避することができます
- わずか500～50,000個の細胞というインプット要件で、貴重ながんサンプルを精査することができます。
- 研究者は、3時間以内に完了できる合理化されたワークフローにより、迅速に結果を得ることができます。
- ATAC-SeqはRNA-Seqと対合させることで、オープンクロマチン領域が発現しているかどうかを直接判定することができます
ゲノムワイドなDNAメチル化研究のためのメチル化アレイ
メチル化アレイにより、研究者はがん細胞のエピゲノム全体のメチル化Siteを一塩基分解能で定量的に精査することができます。アレイベースのソリューションは、CpGアイランド、CHH Site、エンハンサー、オープンクロマチン、転写因子結合部位を含むが、これらに限定されない包括的なゲノムワイドカバレッジを提供します。ハイスループットの研究手法として、メチル化シーケンスの代替法と比べて、サンプルあたりのコストは最小限です。
メチル化アレイのプロトコールは、98%を超えるアッセイ再現性とFFPEサンプルのサポートにより、ユーザーフレンドリーで合理化されたワークフローを備えており、バイオバンク組織へのメチル化アレイの適用性を高めます。
メチル化アレイの主な利点
- サンプルからデータのシンプルさ
- FFPEサンプルなどの難しいサンプルタイプへの適合性
- サンプル間の組織特異的差異の分類
- その他の方法に比べて低コスト
DNA-タンパク質相互作用研究のためのクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq)
クロマチン免疫沈降（ChIP）アッセイとシーケンスを組み合わせるChIPシーケンス（ChIP-Seq）は、転写因子やその他のタンパク質のゲノムワイドなDNA結合部位を同定するための強力な手法です。この方法では、一部のがんの発生と進行に重要な役割を果たす遺伝子制御イベントや生物学的パスウェイに関する洞察を明らかにすることができます。イルミナは、クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq)を用いてゲノムワイドな遺伝子制御調査を実施できる効率的なワークフローソリューションを提供します。
クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq)の詳細はこちら
ChIPシーケンスの主な利点
- あらゆる生物の全ゲノムにわたり、転写因子やヒストン修飾のターゲットとなるDNAを捕捉
- 転写因子結合部位を定義
- RNAシーケンスとメチル化解析との組み合わせで、遺伝子制御ネットワークを明らかにする
- さまざまなインプットDNAサンプルに対応
エピジェネティクスの詳細については、こちらのガイドをご覧ください
がん研究手法に関するガイド
イルミナシーケンスの概要と、がん研究手法のワークフローの提案。
マルチオミクス手法ガイド
このガイドでは、詳細なエンドツーエンドのワークフローとともに、最近の文献からのマルチオミクス研究の例を紹介します。サンプル分離、ライブラリー調製、シーケンス深度、データ解析などの推奨事項を参照してください。
がん研究用エピジェネティックな解析製品
Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit
- 専門家が厳選したコンテンツを搭載したマイクロアレイ
- 1サンプルあたり85万を超えるメチル化Siteを1塩基の解像度でカバー
- FFPEサンプルへの対応
iScan アレイスキャナー
- 高いサンプルスループット
- 複数アプリケーションに対応する柔軟性
- 業界をリードするデータ品質
- 自動化への対応
TruSeq ChIPライブラリー調製キット
- ChIP由来のDNAからクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）ライブラリーを生成
- 低DNAインプット要件
- 24の固有インデックスを持つマルチプレックスシーケンス
がんエピジェネティック解析の主なリソース
がん研究におけるエピジェネティクスの重要性
このインフォグラフィックは、エピゲノミクスががんの理解に大きく貢献する理由を明らかにするビジュアルガイドです。
メチル化マイクロアレイによるがん生物学の理解
がん生物学の専門家が、生物医学研究にメチル化マイクロアレイを活用する多くの利点について語ります。
マルチオミクスでがん研究を加速
マルチオミクスを通じて複雑な表現型の原因と結果を結び付け、これまで不可能だった探索を可能にする方法を学びます。