がんにおけるエピジェネティクスの変化を特徴づける

腫瘍パスウェイとがんの進行に洞察をもたらすがんエピジェネティクス手法

がんエピジェネティクス

メチル化異常や転写因子の結合の変化など、がんにおけるエピジェネティクスの変化の研究は、重要な腫瘍パスウェイにおける洞察をもたらすことがあります。メチル化の変化は遺伝子を活性化またはサイレンシングすることが多く、エピゲノムの変化は遺伝子発現やがん進行率に影響を及ぼします。

次世代シーケンシンサー(NGS)とマイクロアレイの技術は、メチル化のパターンの同定およびがんにおける他のエピジェネティクスの変化を検出することができます。イルミナは、がんエピジェネティクスの専門家と共にNGSおよびアレイソリューションがこの分野の急速に進化するニーズに応えられるように取り組んでいます。

メチル化異常は、がんにおけるエピジェネティクスに共通する特徴の一つです。NGSによって、研究者はがん細胞と正常細胞のゲノム全体のメチル化を同定・比較し、単一のヌクレオチドレベルでメチル化のパターンにおける洞察を得ることができます。

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腫瘍進化のトラッキング

トランスクリプトーム、エピゲノム、およびエピトランスクリプトームのシーケンスによる腫瘍形成のトラッキング法について、Dr. Christopher Masonが解説します。

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アレイによるメチル化解析では、ゲノムワイドな関連解析を実施でき、これにより複数のがんサンプルを同時に解析できます。アレイは、ゲノム全体のメチル化部位を定量的に探索できるため、研究者はがん関連遺伝子およびパスウェイの制御における洞察が得られます。

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メチル化および転移

研究者たちは、メチル化マイクロアレイやNGSを用いて、がんの発生や転移の背後にあるエピジェネティクスを調査しています。

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サイエンティストががんエピジェネティクス研究について語る

 
神経膠腫サンプル
脳腫瘍研究のためのNGSとメチル化アレイ

Se Hoon Kim医学博士が、NGSパネルとメチル化マイクロアレイを組み合わせることで、臨床研究のための腫瘍の特徴づけにどのような価値をもたらすことができるかを説明しています。

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クロマチンランドスケープ
クロマチンランドスケープを調査する

オープンクロマチン領域をマッピングするNGS法は、エピゲノムとそれががんや自己免疫疾患に与える影響について、研究者の理解を深めるのに役立ちます。

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タバコの葉
口腔がんの遺伝的基盤

研究者たちは、体細胞変異、生殖細胞変異、プロモーターメチル化および転写の変化を含む、致死率の高い口腔がんに関連するゲノム変化を特定。

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転写因子結合の変化も、がんに関連するエピジェネティックな変化としてよく知られています。クロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP)は、がん細胞と正常細胞のDNA関連タンパク質の作用のゲノムの全体像を提供することができます。

この方法は、遺伝子発現の制御について、仮説にとらわれない洞察を与えてくれます。ディープシーケンスにより、転写因子でしばしば観察される低存在量のタンパク質-DNA相互作用の検出が可能になりました。

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がんエピゲノム配列の決定

イルミナゲノミクスポッドキャストの第49話では、Susan Clark博士ががんとヒト生物学におけるエピジェネティクスの役割について話しています。

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DNAメチル化プロファイリングと髄膜腫の再発リスク
髄膜腫

Gelareh Zadeh博士とFarshad Nassiri博士が、髄膜腫の再発リスクを理解するためにDNAメチル化技術とメチロームベースの予測因子を用いた革新的な研究を紹介しています。

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脳腫瘍と肉腫のためのDNAメチル化分類法
がん細胞とDNA

Matija Snuderl博士は、固形腫瘍、特に脳腫瘍と肉腫の分類の精度を向上させるための機械学習とエピジェネティックシグネチャーの使用に関する博士のチームの研究について説明しています。

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がんエピジェノミクスと遺伝子発現の不協和音

イルミナゲノミクスポッドキャストの21話では、オハイオ州クリーブランドにあるケースウェスタンリザーブ大学の遺伝学およびゲノム科学教授であるPeter Scacheri博士と、がんのエピジェネティクスおよびエピゲノミクスについて議論しています。

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遺伝子発現の不協和音

ATAC-Seq(Assay for transposase-accessible chromatin with sequencing)では、ゲノム上のオープンクロマチンの領域をシークエンスします。この情報は、クロマチンのパッケージングがどのようにがん遺伝子発現に影響するかに関する見識を提供します。この方法は、制御要素に関する事前の知識を必要としないため、強力なエピジェネティックな発見ツールとなります。

ATAC-Seqについてもっと知る
Alt Name
Infinium MethylationEPIC BeadChip キット
  • 専門家が厳選したコンテンツを搭載したマイクロアレイ
  • 1サンプルあたり85万超のメチル化部位を1塩基の解像度でカバー
  • FFPE互換性
詳細について
iScan アレイスキャナー
  • 高いサンプルスループット
  • 複数アプリケーションに対応する柔軟性
  • 業界をリードするデータ品質
  • 自動化に関する互換性
詳細について
TruSeq Methyl Capture EPICライブラリー調製キット
  • ターゲットメチル化シーケンス
  • 330万以上のCpGをターゲットとする。生物学的に重要なメチロームターゲットを探索する。
  • 500 ng ヒトゲノム DNA 投入
詳細について
脳腫瘍研究のためのメチル化アレイ

ハイデルベルク大学のAndreas von Deimling教授が、神経腫瘍学研究におけるメチル化アレイとNGSを用いた結果を発表。これらの解析が将来、脳腫瘍の診断にどのように応用されるのか、その展望を語っています。

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エッペンドルフチューブへのピペッティング
乳がんと診断される数年前から平均メチル化レベルが低下していることが判明

診断前の血液サンプルを用いた研究で、乳がんリスクを予測する可能性のあるエピゲノム全体のハイポメチル化変化を同定。

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T細胞疲弊のエピジェネティックランドスケープ

本研究では、T細胞の疲弊に関連するエピジェネティックなパターンを特定し、キメラ抗原受容体(CAR)T細胞免疫療法において疲弊を克服するための今後のアプローチの可能性を提案します。

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前立腺がんのバイオマーカー:次世代テクノロジー

前立腺がんにおける最近のエピジェネティックな発見のレビューでは、診断、セグメンテーション、モニタリングにおけるバイオマーカーの可能性に触れています。

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メチル化解析法ガイド

がんにおけるエピジェネティクスのメチル化パターン解析用アレイおよびシーケンスのための総合ガイド

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Methylation Researcher
DNAメチル化解析

メチル化シークエンスとマイクロアレイのアプローチを比較し、研究に最適な戦略を決定することができます。

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