腫瘍サンプルを用いたエピジェネティクス解析
メチル化異常や転写因子の結合の変化など、がんにおけるエピジェネティクスの変化の研究は、重要な腫瘍パスウェイにおける洞察をもたらすことがあります。メチル化の変化は遺伝子を活性化またはサイレンシングすることが多く、エピゲノムの変化は遺伝子発現やがん進行率に影響を及ぼします。
次世代シーケンシンサー（NGS）とマイクロアレイの技術は、メチル化のパターンの同定およびがんにおける他のエピジェネティクスの変化を検出することができます。イルミナは、がんエピジェネティクスの専門家と共にNGSおよびアレイソリューションがこの分野の急速に進化するニーズに応えられるように取り組んでいます。
次世代シーケンジングによるがんのメチル化パターンの研究
メチル化異常は、がんにおけるエピジェネティクスに共通する特徴の一つです。NGSによって、研究者はがん細胞と正常細胞のゲノム全体のメチル化を同定・比較し、単一のヌクレオチドレベルでメチル化のパターンにおける洞察を得ることができます。
メチル化シーケンスの詳細はこちら腫瘍進化のトラッキング
トランスクリプトーム、エピゲノム、およびエピトランスクリプトームのシーケンスによる腫瘍形成のトラッキング法について、Dr. Christopher Masonが解説します。
がんにおけるエピジェネティックな変化を解析するアレイ
アレイによるメチル化解析では、ゲノムワイドな関連解析を実施でき、これにより複数のがんサンプルを同時に解析できます。アレイは、ゲノム全体のメチル化部位を定量的に探索できるため、研究者はがん関連遺伝子およびパスウェイの制御における洞察が得られます。
メチル化アレイの詳細はこちらメチル化および転移
研究者たちは、メチル化マイクロアレイやNGSを用いて、がんの発生や転移の背後にあるエピジェネティクスを調査しています。
腫瘍におけるDNA-タンパク質相互作用を検出する
転写因子結合の変化も、がんに関連するエピジェネティックな変化としてよく知られています。クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP）は、がん細胞と正常細胞のDNA関連タンパク質の作用のゲノムの全体像を提供することができます。
この方法は、遺伝子発現の制御について、仮説にとらわれない洞察を与えてくれます。ディープシーケンスにより、転写因子でしばしば観察される低存在量のタンパク質-DNA相互作用の検出が可能になりました。
ChIP-Seqの詳細はこちらがんエピゲノム配列の決定
イルミナゲノミクスポッドキャストの第49話では、Susan Clark博士ががんとヒト生物学におけるエピジェネティクスの役割について話しています。
がんエピジェノミクスと遺伝子発現の不協和音
イルミナゲノミクスポッドキャストの21話では、オハイオ州クリーブランドにあるケースウェスタンリザーブ大学の遺伝学およびゲノム科学教授であるPeter Scacheri博士と、がんのエピジェネティクスおよびエピゲノミクスについて議論しています。
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アクセシブルクロマチンのプロファイリング
ATAC-Seq（Assay for transposase-accessible chromatin with sequencing）では、ゲノム上のオープンクロマチンの領域をシークエンスします。この情報は、クロマチンのパッケージングがどのようにがん遺伝子発現に影響するかに関する見識を提供します。この方法は、制御要素に関する事前の知識を必要としないため、強力なエピジェネティックな発見ツールとなります。
ATAC-Seqについてもっと知る
脳腫瘍研究のためのメチル化アレイ
ハイデルベルク大学のAndreas von Deimling教授が、神経腫瘍学研究におけるメチル化アレイとNGSを用いた結果を発表。これらの解析が将来、脳腫瘍の診断にどのように応用されるのか、その展望を語っています。
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