農業コンソーシアムでは、メンバーは個人的または公的に協力して、アグリゲノミクスの総合的な理解を深めます。イルミナは、ブリーダーと研究者の間の数多くのコラボレーションを促進し、農業に関連する種のカスタム製品の開発を可能にしています。当社のマイクロアレイ技術は、以下の種のために開発されたものを含む、多くの農業コンソーシアム製品の基盤となっています。
リンゴジェノタイピングパネルは、RosBREEDによって開発されました。これは、繁殖プログラムの効率を高めるために、対象となるゲノミクスアプリケーションとツールを使用してバラ科作物の改良に取り組む多施設多国籍プロジェクトです。SNPは、世界中の繁殖遺伝資源で使用するために開発されたものです。サンガーベースのeSNPと、27の重要なファウンダーアクセッションのペアエンドシーケンスから特定されたSNPが含まれます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したリンゴジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたリンゴジェノタイピングアレイ用の80,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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Barley 50K Consortia Arrayは、厳選された170のオオムギ系統のエクソームキャプチャデータから得られた約44,000のSNPを備えています。これは、ヨーロッパの遺伝資源の広い範囲に存在する遺伝的変異をカバーしています。Barley 50K Consortia Arrayは、最近リリースされたオオムギ疑似分子ゲノムアセンブリを参照して、James Hutton Instituteによって設計されました。
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SNPは、Brassica napusから80系統、Brassica oleraceaから4系統、Brassica rapaから4系統から抽出または検証されているため、Brassica AまたはCゲノム種でうまく機能するように設計されています。Brassica napusの遺伝資源では、最も多くのSNPが多型になることが予想されます。最大16の独立したSNPのソースが、International Brassica SNP Consortiumによって提供され、SNPの選択で検討されました。これらのデータセットは、80を超えるアブラナ属の系統に由来し、トランスクリプトームとゲノムの次世代シーケンサー(NGS)データの両方を含みます。13,000を超えるSNPが複数の研究所によって検証され、独立したSNP発見パイプラインの有効性が保証されました。コミュニティは、この製品のクラスターファイルを開発し、TraitGenetics、GmbH、Agriculture and Agrifood Canadaからのクラスターファイル開発に主に貢献しています。アドオンコンテンツにより、真にカスタマイズされたアブラナ属のジェノタイピングアレイ用に最大30,000個の追加マーカーをこのアレイに追加できます。
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チェリージェノタイピングパネルは、RosBREEDによって開発されました。これは、繁殖プログラムの効率を高めるために、対象となるゲノミクスアプリケーションとツールを使用してバラ科作物の改良に取り組む多施設多国籍プロジェクトです。SNPは、世界中の繁殖遺伝資源で使用するために開発されたものです。サンガーベースのeSNPと、スイートチェリーの16の重要なファウンダーアクセッションとタルトチェリーの8つのファウンダーアクセッションのペアエンドシーケンスから特定されたSNPが含まれます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したRosBREEDチェリージェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたチェリージェノタイピングアレイ用の80,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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International Cotton SNP Consortiumジェノタイピングパネルは、Gossypium hirsutum、Gossypium barbadense、Gossypium tomentosum、Gossypium mustelinumのSNPを使用して開発された70,000マーカーアレイです。少数の試みられたビーズタイプは、Gossypium longicalyxとGossypium armourianumです。パネルは、遺伝的多様性分析、遺伝子マッピング、QTL分析、候補遺伝子発見、マーカー支援選択、ゲノム選択、ゲノム配列アセンブリなど、さまざまな用途に使用されています。種内SNPは、オーストラリア、米国、インド、中国の品種のGossypium hirsutumを含む遺伝資源系統で発見され、検証されました。このパネルは、カスタマイズされたコットンジェノタイピングアレイ用の20,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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International Cowpea SNP Consortium Genotyping Panelは、より高いデータ収量と品質、耐病性、害虫耐性、干ばつ耐性などの望ましい特性を備えた新しいササゲ品種の開発を促進することにより、成長する世界人口のニーズを満たすように設計されたツールです。主な焦点は、サハラ以南のアフリカと米国の生産地域に関連する繁殖遺伝資源内の多様性を強調することです。中国の繁殖遺伝資源も大幅にカバーしています。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したササゲジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供する予定です。このパネルは、カスタマイズされたササゲジェノタイピングアレイ用の30,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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Wheat Barley 40K v1.0 BeadChipは、実績のあるInfiniumアッセイ技術を搭載しており、業界最高のコール率と柔軟なコンテンツ設計を実現します。このBeadChipは、世界中のコムギとオオムギの品種にまたがるインピュテーション性能を備えており、次のような多数のアプリケーションをサポートしています:
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ピーチジェノタイピングパネルは、RosBREEDによって開発されました。これは、繁殖プログラムの効率を高めるために、対象となるゲノミクスアプリケーションとツールを使用してバラ科作物の改良に取り組む多州多施設多国籍プロジェクトです。SNPは、世界中の繁殖遺伝資源で使用するために開発されたものです。サンガーベースのeSNPと、23の重要なファウンダーアクセッションのペアエンドシーケンスから特定されたSNPが含まれます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したRosBREEDピーチジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このチップは、カスタマイズされたピーチジェノタイピングアレイの80,000を超えるアドオンSNPコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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Pepper Consortium Arrayは、複数のトウガラシ種の費用効果の高いジェノタイピングを可能にするように設計されています。TraitGenetics GmbH、カリフォルニア大学デービス校(UC Davis)、イルミナによって形成されたコンソーシアムによって開発されたこのアレイには、スイートブロッキーペッパーやホットペッパーを含む22のトウガラシ系統の高品質シーケンスデータから得られた専門的に選択されたコンテンツが含まれています。アレイには16,405個のSNPが含まれています。UCD/TraitGeneticsは、まもなくコミュニティでクラスターファイルを利用できるようにする予定です。
このパネルは、カスタマイズされたトウガラシジェノタイピングアレイ用の50,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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ジャガイモジェノタイピングパネルは、Solanaceae Coordinated Agricultural Project(SolCAP)によって開発されました。SNP発見は、イルミナのトランスクリプトームシーケンスから特定されたSNPとともに、Kennebec、Bintje、およびShepodyESTからのサンガーベースのSNPを使用して完了しました。コミュニティは、ジャガイモ遺伝資源の高速自動分析用のクラスターファイルを提供しています。SolCAP Potato Consortium Beadchipは、カスタマイズされたジャガイモジェノタイピングアレイの70,000を超えるアドオンコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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Sorghum Consortia Arrayは、Sorghum bicolor遺伝子の97%以上をカバーする約50,000のSNPを備えており、平均して13.5kbごとにSNPがあります。これには、Sorghum bicolor基準からの約34,000の遺伝子、繁殖用の約8,500のSNP、エクソン遺伝子の約22,700のSNP、残りの遺伝子の5kb上流/下流内の約4,200のSNP、Brentonらによって特定された追加のターゲットが含まれます。Sorghum Consortia Arrayにより、研究者は低コストで世界のモロコシ集団全体で一般的/まれな変異体を検出できます。
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BARCSoy6Kパネルは、大豆コミュニティのより大きな利益をもたらすために、Beltsville Agricultural Research Center(BARC)のSoybean Genomics and Improvement Labによって開発されました。これにより、量的形質遺伝子座(QTL)分析、大豆遺伝資源のスクリーニング、アドオンコンテンツの開発に関心のあるグループは、より高密度のカスタム大豆パネルを作成するためにゲノムを均等にカバーする基本コンテンツを提供できます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適した大豆ジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされた大豆ジェノタイピングアレイ用の84,000を超えるアドオンプローブの基本コンテンツとして適しています。
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SolCAPトマトジェノタイピングパネルは、Solanaceae Coordinated Agricultural Project(SolCAP)によって設計され、最新のゲノムの進歩をナス科育種プログラムに変換することに焦点を当てています。SNPには、TA496 ESTおよびHeinz 1706(トマトの加工)系統のゲノムシーケンスからのサンガーベースのeSNP、NC84173(生鮮市場)、FL7600(生鮮市場)、OH08-6405(生鮮市場)、OH9242(トマトの加工)、PI114490(チェリー)、PI128216(Solanum pimpinellifolium)系統のイルミナトランスクリプトームシーケンスによって同定されたSNPが含まれます。SolCAPは、4つの栽培品種のシーケンスデータ、Solanum lycopersicum var. cerasiformaeアクセッション、Solanum pimpinellifoliumアクセッションを生成しました。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したSolCAP Tomato SNPアレイ用のクラスターファイルを提供しています。カスタマイズされたトマトジェノタイピングアレイの80,000を超えるアドオンコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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ブドウジェノタイピングパネルは、フランス、スペイン、イタリア、ドイツのメンバーで構成される、Transnational Plant Alliance for Novel Technologiesの研究プロジェクトであるGrapeReSeqコンソーシアムによって設計されました。SNPには、Infinium技術を使用して検証されたVitis9kSNPセットから公開されているSNPデータと、コラボレーションから生成された新しいコンテンツが含まれます。このSNPジェノタイピングツールは、ブドウ科の遺伝子プールの遺伝的多様性をマッピングおよび評価して、ブドウ栽培での化学処理の使用を減らす遺伝資源および育種プログラムの開発をサポートするのに役立ちます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したGrapeReSeq Consortium Genotypingアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたブドウジェノタイピングアレイの70,000を超えるアドオンコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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その経済的重要性のために、牛はそのゲノムがマッピングされた最初の家畜でした。イルミナはさまざまなコンソーシアムと協力して、Bos taurus taurus(Btt)、Bos taurus indicus(Bti)、いくつかのBti x Btt品種を、これらのグループ内の温帯および熱帯に適応した品種を含む、牛および乳牛の3つの集団の遺伝的多様性を表す新しいSNP遺伝子座を含むInfinium BeadChipを開発しました。これらのBeadChipを使用すると、研究者はあらゆる品種の牛のゲノム全体の遺伝的変異を調べることができます。
Equine80Kは、以下をカバーする約80,000のSNPを備えています。
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ヤギジェノタイピングパネルは、International Goat Genome Consortiumによって開発されました。コンソーシアムによって生成されたいくつかのデータセットは、ヤギゲノムスキャフォールドのde novoシーケンス、次世代シーケンス(NGS)からのSNP発見シーケンスデータ、発現(EST)シーケンスからのシーケンスデータを含む、SNP発見で考慮されました。ヤギのジェノタイピングパネルのSNPは、ヒツジゲノムからのデータと一緒に発現されたシーケンスを使用して注釈が付けられました。ヤギの候補SNPは、アルパイン、アンゴラ、ボーア、クレオール、ジンラン、ハタササゲ、ザーネン、サバンナ、スコペロスの各品種で検証されました。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の迅速な自動分析に適したヤギジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたヤギジェノタイピングアレイの30,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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羊産業では、最も重要な動物は「種親を繁殖させる種親」、つまり業界全体で使用される雄を生み出す動物です。何千もの種親をジェノタイピングすることにより、研究者は経済的に重要な形質について膨大な数のバリアントを評価することができます。イルミナは、Ovine BeadChipを開発するために、AgResearch、ベイラー大学、UCSC、オーストラリア連邦科学産業研究機構(CSIRO)の主要な研究者で構成されるInternational Sheep Genomics Consortium(ISGC)と協力しました。低密度のヒツジアレイを開発するために、イルミナはニュージーランドのAgResearchと協力しました。
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これらのBeadChipに関する追加情報を入手する、または注文するには、イルミナにお問い合わせください。
平均的な豚の同腹児数は8〜14頭で、豚は最も多産な家畜の1つです。Porcine BeadChipの開発において、イルミナは、ヴァーヘニンゲン大学、デンマーク農業科学研究所、USDA-ARS、USMARC、ロスリン研究所、イリノイ大学、アイオワ州立大学、INRA、ミズーリ大学、ケンブリッジ大学の研究者で構成されるInternational Porcine SNP Chip Consortiumと協力しました。
犬は間違いなく人間の最大の発明であり、もともとは10万年以上前に灰色のオオカミから飼いならされてきました。過去数世紀にわたる品種改良は、現代の飼い犬の品種において、信じられないほどの生物学的多様性をもたらしました。Canine BeadChipの開発において、イルミナは、ウプサラ大学などの22のヨーロッパの大学、Broad Instituteなどの他のパートナーを含むLUPA Consortiumと協力しました。
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イルミナはNaked Geneticsと提携し、次世代シーケンサーの世界にオーディエンスを惹きつけています
詳細はこちらThe group sequences environmental DNA to detect which organisms live in an ecosystem, assist in biodiversity audits, identify invasive species, contribute to the conservation of rare and elusive organisms, and more.
インタビューを読むWorldFishとEarlham Instituteは、世界的な食糧持続可能性のために、ゲノミクスを使用してティラピアを改善しています
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