農業研究のための協力
農業コンソーシアムでは、メンバーは個人的または公的に協力して、アグリゲノミクスの総合的な理解を深めます。イルミナは、ブリーダーと研究者の間の数多くのコラボレーションを促進し、農業に関連する種のカスタム製品の開発を可能にしています。当社のマイクロアレイ技術は、以下の種のために開発されたものを含む、多くの農業コンソーシアム製品の基盤となっています。
作物およびその他の植物
RosBREED Apple Consortium
リンゴジェノタイピングパネルは、RosBREEDによって開発されました。これは、繁殖プログラムの効率を高めるために、対象となるゲノミクスアプリケーションとツールを使用してバラ科作物の改良に取り組む多施設多国籍プロジェクトです。SNPは、世界中の繁殖遺伝資源で使用するために開発されたものです。サンガーベースのeSNPと、27の重要なファウンダーアクセッションのペアエンドシーケンスから特定されたSNPが含まれます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したリンゴジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたリンゴジェノタイピングアレイ用の80,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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- DesignStudio Microarray Assay Designer（フルカスタムおよびセミカスタムのInfiniumジェノタイピングBeadChipの設計と注文）
Barley50K Consortium
Barley 50K Consortia Arrayは、厳選された170のオオムギ系統のエクソームキャプチャデータから得られた約44,000のSNPを備えています。これは、ヨーロッパの遺伝資源の広い範囲に存在する遺伝的変異をカバーしています。Barley 50K Consortia Arrayは、最近リリースされたオオムギ疑似分子ゲノムアセンブリを参照して、James Hutton Instituteによって設計されました。
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- Germinate Barley SNP Platform、The James Hutton Institute Barley 50K SNP Platform
- Barley 50k iSelect SNP Arrayの開発と評価
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International Brassica SNP Consortium
SNPは、Brassica napusから80系統、Brassica oleraceaから4系統、Brassica rapaから4系統から抽出または検証されているため、Brassica AまたはCゲノム種でうまく機能するように設計されています。Brassica napusの遺伝資源では、最も多くのSNPが多型になることが予想されます。最大16の独立したSNPのソースが、International Brassica SNP Consortiumによって提供され、SNPの選択で検討されました。これらのデータセットは、80を超えるアブラナ属の系統に由来し、トランスクリプトームとゲノムの次世代シーケンサー（NGS）データの両方を含みます。13,000を超えるSNPが複数の研究所によって検証され、独立したSNP発見パイプラインの有効性が保証されました。コミュニティは、この製品のクラスターファイルを開発し、TraitGenetics、GmbH、Agriculture and Agrifood Canadaからのクラスターファイル開発に主に貢献しています。アドオンコンテンツにより、真にカスタマイズされたアブラナ属のジェノタイピングアレイ用に最大30,000個の追加マーカーをこのアレイに追加できます。
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RosBREED Cherry Consortium
チェリージェノタイピングパネルは、RosBREEDによって開発されました。これは、繁殖プログラムの効率を高めるために、対象となるゲノミクスアプリケーションとツールを使用してバラ科作物の改良に取り組む多施設多国籍プロジェクトです。SNPは、世界中の繁殖遺伝資源で使用するために開発されたものです。サンガーベースのeSNPと、スイートチェリーの16の重要なファウンダーアクセッションとタルトチェリーの8つのファウンダーアクセッションのペアエンドシーケンスから特定されたSNPが含まれます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したRosBREEDチェリージェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたチェリージェノタイピングアレイ用の80,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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International Cotton SNP Consortium
International Cotton SNP Consortiumジェノタイピングパネルは、Gossypium hirsutum、Gossypium barbadense、Gossypium tomentosum、Gossypium mustelinumのSNPを使用して開発された70,000マーカーアレイです。少数の試みられたビーズタイプは、Gossypium longicalyxとGossypium armourianumです。パネルは、遺伝的多様性分析、遺伝子マッピング、QTL分析、候補遺伝子発見、マーカー支援選択、ゲノム選択、ゲノム配列アセンブリなど、さまざまな用途に使用されています。種内SNPは、オーストラリア、米国、インド、中国の品種のGossypium hirsutumを含む遺伝資源系統で発見され、検証されました。このパネルは、カスタマイズされたコットンジェノタイピングアレイ用の20,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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- 「SNPチップ」は、綿花育種研究者が大きな飛躍を遂げるのに役立ちます
- 国際コンソーシアムベースのコラボレーションによるコットンSNPチップの開発
- 国際コンソーシアムベースのコラボレーションから派生したコットンSNPチップ
- COTTON 「SNP CHIP」 Illumina BeadArray
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International Cowpea Consortium
International Cowpea SNP Consortium Genotyping Panelは、より高いデータ収量と品質、耐病性、害虫耐性、干ばつ耐性などの望ましい特性を備えた新しいササゲ品種の開発を促進することにより、成長する世界人口のニーズを満たすように設計されたツールです。主な焦点は、サハラ以南のアフリカと米国の生産地域に関連する繁殖遺伝資源内の多様性を強調することです。中国の繁殖遺伝資源も大幅にカバーしています。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したササゲジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供する予定です。このパネルは、カスタマイズされたササゲジェノタイピングアレイ用の30,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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Wheat-Barley40K
Wheat Barley 40K v1.0 BeadChipは、実績のあるInfiniumアッセイ技術を搭載しており、業界最高のコール率と柔軟なコンテンツ設計を実現します。このBeadChipは、世界中のコムギとオオムギの品種にまたがるインピュテーション性能を備えており、次のような多数のアプリケーションをサポートしています：
- Hordeum vulgareの遺伝資源の特性、パンから合成小麦までの六倍体コムギ、Triticum dicoccumからTriticum durumまでの四倍体コムギ
- 全ゲノム関連解析（GWAS）から遺伝子マッピングまでの形質解剖
- マーカー支援選択
- ゲノム予測
- 関連種からの形質の遺伝子移入の追跡
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- データシートInfinium™ Wheat Barley 40K v1.0 BeadChip
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RosBREED Peach Consortium
ピーチジェノタイピングパネルは、RosBREEDによって開発されました。これは、繁殖プログラムの効率を高めるために、対象となるゲノミクスアプリケーションとツールを使用してバラ科作物の改良に取り組む多州多施設多国籍プロジェクトです。SNPは、世界中の繁殖遺伝資源で使用するために開発されたものです。サンガーベースのeSNPと、23の重要なファウンダーアクセッションのペアエンドシーケンスから特定されたSNPが含まれます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したRosBREEDピーチジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このチップは、カスタマイズされたピーチジェノタイピングアレイの80,000を超えるアドオンSNPコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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Pepper Consortium
Pepper Consortium Arrayは、複数のトウガラシ種の費用効果の高いジェノタイピングを可能にするように設計されています。TraitGenetics GmbH、カリフォルニア大学デービス校（UC Davis）、イルミナによって形成されたコンソーシアムによって開発されたこのアレイには、スイートブロッキーペッパーやホットペッパーを含む22のトウガラシ系統の高品質シーケンスデータから得られた専門的に選択されたコンテンツが含まれています。アレイには16,405個のSNPが含まれています。UCD/TraitGeneticsは、まもなくコミュニティでクラスターファイルを利用できるようにする予定です。
このパネルは、カスタマイズされたトウガラシジェノタイピングアレイ用の50,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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SolCAP Potato Consortium
ジャガイモジェノタイピングパネルは、Solanaceae Coordinated Agricultural Project（SolCAP）によって開発されました。SNP発見は、イルミナのトランスクリプトームシーケンスから特定されたSNPとともに、Kennebec、Bintje、およびShepodyESTからのサンガーベースのSNPを使用して完了しました。コミュニティは、ジャガイモ遺伝資源の高速自動分析用のクラスターファイルを提供しています。SolCAP Potato Consortium Beadchipは、カスタマイズされたジャガイモジェノタイピングアレイの70,000を超えるアドオンコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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- SolCAPジャガイモ情報
- SolCAP Potato Infinium SNP Platform
- SolCAP: 統合的な研究、教育、拡張を通じて、ナス科シーケンスの多様性と形質の変化を応用成果に変換する
- SolCAP SNPアレイを使用したゲノムワイドな高密度ジェノタイピングによって明らかにされた二倍体および四倍体ジャガイモの個体群構造と連鎖不平衡
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Sorghum Consortium
Sorghum Consortia Arrayは、Sorghum bicolor遺伝子の97%以上をカバーする約50,000のSNPを備えており、平均して13.5kbごとにSNPがあります。これには、Sorghum bicolor基準からの約34,000の遺伝子、繁殖用の約8,500のSNP、エクソン遺伝子の約22,700のSNP、残りの遺伝子の5kb上流/下流内の約4,200のSNP、Brentonらによって特定された追加のターゲットが含まれます。Sorghum Consortia Arrayにより、研究者は低コストで世界のモロコシ集団全体で一般的/まれな変異体を検出できます。
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BARCSoy6K Consortium
BARCSoy6Kパネルは、大豆コミュニティのより大きな利益をもたらすために、Beltsville Agricultural Research Center（BARC）のSoybean Genomics and Improvement Labによって開発されました。これにより、量的形質遺伝子座（QTL）分析、大豆遺伝資源のスクリーニング、アドオンコンテンツの開発に関心のあるグループは、より高密度のカスタム大豆パネルを作成するためにゲノムを均等にカバーする基本コンテンツを提供できます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適した大豆ジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされた大豆ジェノタイピングアレイ用の84,000を超えるアドオンプローブの基本コンテンツとして適しています。
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SolCAP Tomato Consortium
SolCAPトマトジェノタイピングパネルは、Solanaceae Coordinated Agricultural Project（SolCAP）によって設計され、最新のゲノムの進歩をナス科育種プログラムに変換することに焦点を当てています。SNPには、TA496 ESTおよびHeinz 1706（トマトの加工）系統のゲノムシーケンスからのサンガーベースのeSNP、NC84173（生鮮市場）、FL7600（生鮮市場）、OH08-6405（生鮮市場）、OH9242（トマトの加工）、PI114490（チェリー）、PI128216（Solanum pimpinellifolium）系統のイルミナトランスクリプトームシーケンスによって同定されたSNPが含まれます。SolCAPは、4つの栽培品種のシーケンスデータ、Solanum lycopersicum var. cerasiformaeアクセッション、Solanum pimpinellifoliumアクセッションを生成しました。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したSolCAP Tomato SNPアレイ用のクラスターファイルを提供しています。カスタマイズされたトマトジェノタイピングアレイの80,000を超えるアドオンコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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International Grape ReSeq Consortium
ブドウジェノタイピングパネルは、フランス、スペイン、イタリア、ドイツのメンバーで構成される、Transnational Plant Alliance for Novel Technologiesの研究プロジェクトであるGrapeReSeqコンソーシアムによって設計されました。SNPには、Infinium技術を使用して検証されたVitis9kSNPセットから公開されているSNPデータと、コラボレーションから生成された新しいコンテンツが含まれます。このSNPジェノタイピングツールは、ブドウ科の遺伝子プールの遺伝的多様性をマッピングおよび評価して、ブドウ栽培での化学処理の使用を減らす遺伝資源および育種プログラムの開発をサポートするのに役立ちます。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の高速自動分析に適したGrapeReSeq Consortium Genotypingアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたブドウジェノタイピングアレイの70,000を超えるアドオンコンテンツの基本コンテンツとして適しています。
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- テーブルおよびレーズンブドウ育種のためのRen4うどんこ病抵抗性および無種子の早期選択に有用なマーカーセットの開発
- Vitis Phylogenomics: SNPアレイからのハイブリダイゼーション強度は遺伝子型の呼び出しよりも優れています
- ブドウ属リファレンスゲノムシーケンス
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家畜
（市販BeadChipが利用可能）
その経済的重要性のために、牛はそのゲノムがマッピングされた最初の家畜でした。イルミナはさまざまなコンソーシアムと協力して、Bos taurus taurus（Btt）、Bos taurus indicus（Bti）、いくつかのBti x Btt品種を、これらのグループ内の温帯および熱帯に適応した品種を含む、牛および乳牛の3つの集団の遺伝的多様性を表す新しいSNP遺伝子座を含むInfinium BeadChipを開発しました。これらのBeadChipを使用すると、研究者はあらゆる品種の牛のゲノム全体の遺伝的変異を調べることができます。
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- USDA-ARS、UNCEIA-INRA、Pfizer Animal Genetics、ミズーリ大学と共同で開発された、BovineHD BeadChipは、ウシゲノム全体に均一に広がる777,962個のSNPを特徴とする最も包括的なゲノムワイドジェノタイピングアレイです。
- USDA-ARS、USDA-MARC、ミズーリ大学、アルバータ大学と共同で開発された、受賞歴のあるBovineSNP50 BeadChipウシゲノム全体に等間隔に配置された54,609の有益なSNPプローブを備えています。
Equine80K
Equine80Kは、以下をカバーする約80,000のSNPを備えています。
- Equus caballus常染色体の31ペアすべてとX染色体全体に等間隔のマーカーを使用したゲノムスクリーニング（染色体あたりの平均マーカー距離は29〜35 kb）
- 以前のゲノムワイドSNPジェノタイピングシステムとの最適な連続性（以前のアレイから供給されたSNPの85%超）
- ウマコミュニティが待ち望んでいたユーザビリティのアップグレードを実現する新しいマーカーのアプリケーション指向の統合
- ISAG基準パネルによるSNPベースの親子鑑定のサポート
- さまざまな形質関連および因果的SNPを介した遺伝子特性に関する最大の情報
- 76,000を超えるSNPを使用した研究と実践の信頼できる基盤。複数品種の評価で非常に強力なパフォーマンスを示しました（平均SNPコール率99%超）
- SNPジェノタイピングおよび関連サービスのために確立されたインフラストラクチャとパイプラインを使用した効率的な分析の世界的な可用性
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International Goat Genome Consortium
ヤギジェノタイピングパネルは、International Goat Genome Consortiumによって開発されました。コンソーシアムによって生成されたいくつかのデータセットは、ヤギゲノムスキャフォールドのde novoシーケンス、次世代シーケンス（NGS）からのSNP発見シーケンスデータ、発現（EST）シーケンスからのシーケンスデータを含む、SNP発見で考慮されました。ヤギのジェノタイピングパネルのSNPは、ヒツジゲノムからのデータと一緒に発現されたシーケンスを使用して注釈が付けられました。ヤギの候補SNPは、アルパイン、アンゴラ、ボーア、クレオール、ジンラン、ハタササゲ、ザーネン、サバンナ、スコペロスの各品種で検証されました。コミュニティは、すべてのプロジェクト規模の迅速な自動分析に適したヤギジェノタイピングアレイ用のクラスターファイルを提供しています。このパネルは、カスタマイズされたヤギジェノタイピングアレイの30,000を超えるアドオンマーカーの基本コンテンツとして適しています。
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（商用およびConsortium BeadChipが利用可能）
羊産業では、最も重要な動物は「種親を繁殖させる種親」、つまり業界全体で使用される雄を生み出す動物です。何千もの種親をジェノタイピングすることにより、研究者は経済的に重要な形質について膨大な数のバリアントを評価することができます。イルミナは、Ovine BeadChipを開発するために、AgResearch、ベイラー大学、UCSC、オーストラリア連邦科学産業研究機構（CSIRO）の主要な研究者で構成されるInternational Sheep Genomics Consortium（ISGC）と協力しました。低密度のヒツジアレイを開発するために、イルミナはニュージーランドのAgResearchと協力しました。
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- OvineSNP50 BeadChipは、多様なOvis ariesの品種と外群種を表す54,000を超えるSNPを備えた高密度アレイであり、全ゲノムヒツジ研究に包括的なソリューションを提供します。
- OvineHD（AgResearchのSheepHD）
これらのBeadChipに関する追加情報を入手する、または注文するには、イルミナにお問い合わせください。
（商用BeadChipが利用可能です）
平均的な豚の同腹児数は8〜14頭で、豚は最も多産な家畜の1つです。Porcine BeadChipの開発において、イルミナは、ヴァーヘニンゲン大学、デンマーク農業科学研究所、USDA-ARS、USMARC、ロスリン研究所、イリノイ大学、アイオワ州立大学、INRA、ミズーリ大学、ケンブリッジ大学の研究者で構成されるInternational Porcine SNP Chip Consortiumと協力しました。
- 62,000を超えるSNPを備えるPorcineSNP60 BeadChipは、デュロック、ランドレース、ピエトレン、ラージホワイトを含む7つの経済的に重要な豚の品種で検証されており、研究者はブタゲノムにおける全ゲノム研究を費用効果の高い方法で実行できます。
コンパニオンアニマル
（市販BeadChipが利用可能）
犬は間違いなく人間の最大の発明であり、もともとは10万年以上前に灰色のオオカミから飼いならされてきました。過去数世紀にわたる品種改良は、現代の飼い犬の品種において、信じられないほどの生物学的多様性をもたらしました。Canine BeadChipの開発において、イルミナは、ウプサラ大学などの22のヨーロッパの大学、Broad Instituteなどの他のパートナーを含むLUPA Consortiumと協力しました。
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- CanineHD BeadChipは、メガベースあたり70を超えるマーカーを備えた170,000を超える等間隔のSNPを備えており、品種内関連およびコピー数バリエーションの研究に十分なSNP密度を提供します。
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補足資料
Consortium to Grow Better Cotton
Researchers developed a cotton genotyping array, enabling breeders to produce more sustainable and valuable cotton.
Modern Breeding Programs for the Sunflower
The sunflower industry adopts genomics tools to better inform breeding decisions and improve disease resistance.
Researchers Design Goat Genome Microarray
The International Goat Genome Consortium developed and characterized a goat genotyping array.
1000 Bull Genomes Consortium Fosters Collaboration
Through large-scale sequencing, the 1000 Bull Genomes Project helps researchers share genomic data to aid in livestock improvement.