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COVIDSeq Assay (96サンプル)

このロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイにより、あらゆる規模のラボで、新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。

概要

COVIDSEQ Assay（96サンプル）は、基礎研究室が新しいSARS-CoV-2バリアントを同定するのに役立つように設計された包括的なアンプリコンベースの次世代シーケンス（NGS）アッセイです。 

  • ARTIC v3プライマーを使用してSARS-CoV-2 RNAのゲノムを検出

  • 90以上のアンプリコンが検出されると、コンセンサス配列を

  • シームレスで柔軟なエンドツーエンドワークフローをサポート

迅速で費用対効果の高いシーケンス

COVIDSeq Assay（96サンプル）は、少数のサンプルを実行するように設計されており、イルミナのベンチトップシーケンスシステムに最適なロースループット構成を提供し、小規模なラボが新しいバリアントの分散サーベイランスを実施できるようにします。

均一なゲノムカバレッジ

カバレッジはスパイクタンパク質座位合わせています。詳細なシーケンスでは、オプションのARTIC v4プライマープールにより、新バリアントの詳細な特性評価が可能です。

統合ソリューション

キットには、cDNA変換、増幅、ライブラリー調製用の試薬がすべて含まれています。PCR中の63°Cのアニール温度は、バリアント解析と洞察を向上させます。

合理化されたデータ解析

BaseSpace Sequence HubのDRAGEN COVID Lineageアプリを含むオープンソフトウェアツールで系統を評価し、変異に注釈を付けます。

仕様

自動化機能 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る
Content specifications Whole viral genome coverage including the spike protein locus 
説明 COVIDSeq Assay（96サンプル）は、研究アプリケーション用のイルミナのベンチトップシーケンスシステムで処理することを目的とした、ロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイです。
システム MiSeq System, iSeq 100システム, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, 研究（RUO）モードのNextSeq 550Dx システム, 研究（RUO）モードのNovaSeq 6000Dx システム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム
手法 アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス
マルチプレックス iSeqシステム上の8プレックス MiSeqシステムの30～48プレックス MiniSeqシステムの48プレックス
核酸の種類 RNA
サンプルタイプの詳細 鼻咽頭、中咽頭、中鼻甲介の鼻腔スワブサンプル 
生物種カテゴリー ウイルス
生物種詳細 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3）
ストランド特異性 ストランド情報なし
テクノロジー イルミナシーケンサー

必要な製品

COVIDSeq Assay（96サンプル）が1つ必要です。4つのオプションがあり、同梱のインデックスプレート以外はすべて同一です。 

COVIDSeq Positive Controlはオプション製品です。

Illumina COVIDSeq v4 Primer Pools, 384 Samples RUOは、v3プライマープールに代わるオプションです。v4はDeltaおよびOmicronバリアントの追加変異に対応して更新され、スパイクタンパク質座位のカバレッジが改善されています。

/ 件

アプリケーション

COVIDSeq Assay（96サンプル）は、ベンチトップシーケンスシステムを使用するラボが、SARS-CoV-2バリアントと系統のゲノムサーベイランスを実行し、新しい株を同定してモニタリングすることを可能にします。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Illumina COVIDSeq Assay（96サンプル）

2
シーケンス
3
解析

アプリケーションノート

Illumina COVIDSeq Test（RUO版）を使用したCOVID-19サーベイランスのシーケンスガイドライン

関連するアプリケーションと手法

コロナウイルスのシーケンス

NGSは、新型コロナウイルスのバリアントの同定、COVID-19伝播トラッキングなどを可能にします。コロナウイルスシーケンスの様々な目的に応じたNGS法を比較してください。

ゲノムサーベイランス

NGSは、コロナウイルスやその他の新たな感染症病原体の新規株を特定することにより、効果的なゲノムサーベイランス戦略をサポートします。

公衆衛生サーベイランス

ゲノミクスは、新規病原体、新興病原体、および循環病原体を検出し、特性化することで、公衆衛生とウェルネスを向上させることができます。

ドキュメント

製品資料
  • テクニカルノート PDF < 1 MB
    3 バージョン
  • テクニカルノート PDF 1 MB
    2 バージョン
サポートドキュメント

比較する

COVIDSeq Assay (96サンプル) COVIDSeqテスト（RUO版） Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit Pan-Coronavirus Panel
自動化機能 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
Content specifications Whole viral genome coverage including the spike protein locus  スパイクタンパク質座位全体で均一なウイルスゲノムカバレッジ   呼吸器病原体のDNAとRNAを同時に検出し、抗菌薬耐性（AMR）遺伝子発現を同時にプロファイリングします。
説明 COVIDSeq Assay（96サンプル）は、研究アプリケーション用のイルミナのベンチトップシーケンスシステムで処理することを目的とした、ロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイです。 COVIDSeq テスト（RUO版）は、研究アプリケーション用のスケーラブルなハイスループットNGSアッセイ（最大3,072サンプル）です。   呼吸器感染症と複数感染を同定し、抗菌薬耐性マーカーを検出し、重要な病原体（SARS-CoV-2およびインフルエンザA/Bウイルス）の系統タイピングを実行して、ウイルスの進化と伝播を研究します。 Pan-Coronavirus Panelは、さまざまな動物宿主における200を超える既知および新型コロナウイルス株の検出と全ゲノムシーケンスを可能にする統合ワークフローの一部です。
システム MiSeq System, iSeq 100システム, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, 研究（RUO）モードのNextSeq 550Dx システム, 研究（RUO）モードのNovaSeq 6000Dx システム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム MiSeq System, iSeq 100システム, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, 研究（RUO）モードのNextSeq 550Dx システム, 研究（RUO）モードのNovaSeq 6000Dx システム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム MiSeq System, NextSeq 550 System, MiniSeq System MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System
手法 アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 全ゲノムシーケンス, ターゲット濃縮
マルチプレックス iSeqシステム上の8プレックス MiSeqシステムの30～48プレックス MiniSeqシステムの48プレックス NextSeqの384プレックス NovaSeqの384プレックス ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル
核酸の種類 RNA RNA DNA, RNA RNA
サンプルタイプの詳細 鼻咽頭、中咽頭、中鼻甲介の鼻腔スワブサンプル  鼻咽頭、中咽頭、中鼻甲介の鼻腔スワブサンプル 
生物種カテゴリー ウイルス ヒト, ウイルス 真菌, ウイルス, 細菌 ウイルス
生物種詳細 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） 呼吸器病原体（180以上の細菌、50以上の真菌、SARS-CoV-2を含む40以上のウイルス）および抗菌薬耐性アリル（1200以上）を検出します。
ストランド特異性 ストランド情報なし ストランド情報なし ストランド情報なし
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー

選択ツール：

ライブラリー調製とアレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングでき、キットの比較や共有も可能です。

図

ゲノムカバレッジ性能

リード長と深度の関数としてのヒートマッププロット性能は、シングルリードよりもペアエンドリードで大幅に改善しています。確実に0.99を超えるゲノムの割合が示されており、1に近い値はSARS-CoV-2ゲノムのより完全なカバレッジを表します。

ライブラリー調製 (4)

COVIDSeq Assay (96 samples) index 1

20049393

SARS-CoV-2検出用の96サンプル調製用試薬が含まれます。96の固有デュアルインデックスを持つインデックスプレート1が含まれます。オプションのポジティブコントロールとオプションのv4プライマープールを別々に購入

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COVIDSeq Assay (96 samples) index 2

20051772

SARS-CoV-2検出用の96サンプル調製用試薬が含まれます。96のユニークデュアルインデックスを持つインデックスプレート2が付属しています。オプションのポジティブコントロールとオプションのv4プライマープールを別々に購入

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COVIDSeq Assay (96 samples) index 3 RUO

20051773

SARS-CoV-2検出用の96サンプル調製用試薬が含まれます。96のユニークデュアルインデックスを持つインデックスプレート3が付属しています。オプションのポジティブコントロールとオプションのv4プライマープールを別々に購入

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COVIDSeq Assay (96 samples) index 4 RUO

20051774

SARS-CoV-2検出用の96サンプル調製用試薬が含まれます。96のユニークデュアルインデックスを持つインデックスプレート4が含まれます。オプションのポジティブコントロールとオプションのv4プライマープールを別々に購入

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アクセサリー製品 (2)

COVIDSeq Positive Control

20051775

品質管理をサポートする100 uLのCOVIDSeq Positive Controlを含む

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Illumina COVIDSeq v4 Primer Pools, 384 Samples RUO

20065135

オプションのARTIC v4プライマープール試薬が付属しており、最大384サンプルまで使用できます。COVIDSeq Test（RUO）およびCOVIDSeq Assay（96サンプル）に含まれるv3プライマープールを置き換えます。

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よくある質問（FAQ）

主な違いは、各アッセイで実行できるサンプル数です。COVIDSeq Assay（96サンプル）は、イルミナのベンチトップシーケンスシステムで最大96サンプルを実行し、小規模の研究ラボに対応します。一方、COVIDSeqテスト（RUO）は、NovaSeq 6000 システムまたはNextSeqシーケンスシステムのラインで最大3,072のサンプルを実行できます。

調製済みライブラリーは、どのイルミナシーケンスシステムでもシーケンスできます。しかし、COVIDSeq Assay（96）サンプルのロースループット構成は、iSeq 100、MiniSeq、MiSeq、NextSeq 550、NextSeq 1000、NextSeq 2000システムを含むイルミナのベンチトップシーケンスシステムに最適です。

ARTIC v3プライマープールは、COVIDSeq Assay（96サンプル）キットに含まれています。SARS-CoV-2の原株に対して設計された98のアンプリコンと11のヒト遺伝子用のプライマーが含まれています。オプションのARTIC v4プライマープールには、99アンプリコンが含まれており、Deltaバリアントに対して設計されたヒトコントロールは含まれません。スパイクタンパク質座位全体のゲノムカバレッジを改善し、SARS-CoV-2バリアント検出の分析感度を向上させます。

/ 件

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

COVIDSeqテスト（RUO版）

このハイスループットのNGSアッセイにより、ラボは新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡することができます。

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