RNAシーケンス

はい、RNA-Seq は遺伝子発現を定量化する手法として確立され、受け入れられています。RNA-Seqとマイクロアレイおよび定量PCR（qPCR）との比較については、以下のページをご覧ください。

• RNA-Seqとマイクロアレイの比較
• RNA-SeqとqPCRの比較

トランスクリプトミクスは、RNAの発現レベル、機能、構造、および制御に関連する研究を広く指しています。RNA-Seqはより特異的で、RNAの配列と量の両方を研究する技術を指します。

RNA シーケンスの深度は、シーケンシングによって得られた塩基の総数とゲノムのサイズ、または各塩基がゲノム内で測定された平均回数の比を意味します。

バルクRNA-Seqは、細胞や組織からプールされたRNAを解析する手法です。

RNAシーケンスのストランドネスにより、研究者は転写産物がどのDNA鎖（センスまたはアンチセンス）に由来するかを決定できます。通常のRNAシーケンス法と比較して、ストランドRNAシーケンスでは、新規転写産物の検出、重複遺伝子からの転写産物の区別、アンチセンス配列の検出、遺伝子のアノテーションを行うことができます。

詳細については、Illumina Stranded mRNA Prepのページをご覧ください。

mRNAライブラリー調製法では、mRNAはトータルRNAのoligodTビーズを介して選択されるため、ライブラリーはサンプルのポリアデニル化転写産物からのみ調製されます。トータルRNAワークフローでは、rRNAおよび選択されたその他の豊富な転写産物がサンプルから除去され、残りのRNAがポリアデニル化RNAおよび非ポリアデニル化RNAを含むシーケンスライブラリーに調製されます。エンリッチメントワークフローでは、ライブラリーはすべてのRNAサンプルから調製されます。これらのライブラリーはその後、オリゴプローブパネルを用いて濃縮されます。パネルにより、完全なコーディングエクソーム、特定の疾患に関連する転写産物、病原体からのRNA、またはカスタムターゲットをターゲットにすることができます。これらのワークフローの詳細については、以下のページを参照してください。

• mRNAシーケンス
• トータルRNAシーケンス
• RNAライブラリー調製

抽出されたRNAは精製され、コンタミネーションがない状態でなくてはなりません。イルミナは、特定のRNA単離キットに記載されているガイドラインに従い、サンプルタイプに応じた適切なプロトコールを選択することを推奨します。

選択したメソッドのRNAのインプット量の範囲を以下に示します。

• Illumina Stranded Total RNAおよびIllumina Stranded mRNAワークフローの場合、トータルRNAインプット量は、25 ng～1 ugです。
• TruSeq RNA Exomeの場合、トータルRNAインプット量は、10 ng～100 ngでインプットの品質によって異なります。
• Illumina RNA Prep with Enrichmentの場合、トータルRNAインプット量は、10 ng～200 ngでインプットの品質によって異なります。

Illumina Stranded Total RNA、Illumina RNA Prep with Enrichment、およびTruSeq RNA Exomeは、分解の進んだRNAおよびFFPE RNAインプットと互換性があります。

RNA-Seqはすべてのイルミナシーケンサーと互換性があります。ライブラリー調製キット、アプリケーション、およびデータのニーズによっては、より高いスループットのシーケンサーまたは低いスループットのシーケンサーの方が適している場合があります。

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詳細については、イルミナの販売担当者にお問い合わせください。

はい、RNA-Seqライブラリー調製は自動化できます。詳細については、ライブラリー調製の自動化のページをご覧ください。

はい、イルミナはお客様のアプリケーションに応じた品質管理ソリューションを提供しています。詳細については、ライブラリー定量化およびQCリファレンスガイドを参照してください。