RNAシーケンス

RNAシーケンスのご紹介

RNAシーケンス(RNA-Seq)は、トランスクリプトーム研究を急進的に変えています 高感度かつ高精度なツールでトランスクリプトーム全体の発現を評価することにより、他の研究デザインでは環境条件をさまざまに変えてもこれまで検出されなかった、例えば治療に反応して起こるさまざまな病態の変化などが明らかになっています。

RNA-Seqでは、一回のアッセイで既知と新規の両者の特性を検出でき、予備知識の有無に関わらず、転写産物アイソフォーム、遺伝子融合、一塩基多型、アリル特異的遺伝子発現などの現象を検出できます。1,2

日暮れ時に湖の近くに佇む子どもたち - RNA-Seqは私たちを取り巻く世界を変革しています
RNA-Seqで発展を促進する

RNAシーケンスが研究および革新にもたらす影響は、私たちの世界観を変えるほど広範に及びます。

RNAシーケンスの利点

次世代シーケンサー(NGS)によるRNA-Seqは、トランスクリプトーム研究に用いる手法としてRNA-Seqを選択する研究者が増え続けています。

  • 極めて広範囲なダイナミックレンジを網羅
  • 高感度かつ高精度な遺伝子発現の評価を提供
  • 既知と新規の両方の現象を検出し、設計済みプローブは不要
  • 定量的および定性的データの両方を生成
  • いくつかの選択済みトランスクリプトではなく、全トランスクリプトームを解析
  • リファレンス配列方法がない場合でも、あらゆる生物種に適用可能
RNAシーケンスがトランスクリプトミクスを進化させる

RNA-Seqがさまざまな分野のトランスクリプトーム研究をどのように進めているか、また、遺伝子制御研究がどのように補完的な情報を提供できるかご紹介します。

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RNA Sequencing Publication Review

RNA-Seq is by far the most cited NGS method. This collection contains protocol diagrams, advantages and disadvantages, and related peer-reviewed publications on various RNA-Seq methods featuring Illumina technology.

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イルミナのNGSテクノロジーがどのように機能し、どのような実験に対応できるのかをご紹介します。

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RNAを解析するためのNGS利用法

RNA-Seqの主要な手法をご紹介します。それぞれの違いを知ることで、研究に最適な手法を見つけることができます。

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RNA-Seqの実施方法を学ぶ
RNA-Seqの実施法について

がんRNA-Seqによる遺伝子発現とトランスクリプトーム変化を研究します。

微生物RNA-Seqによる病原体トランスクリプトームシグネチャを解析する。

薬物反応RNAバイオマーカーを研究します。

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RNA-Seqに対する実験検討事項

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はい、RNA-Seq は遺伝子発現を定量化する手法として確立され、受け入れられています。RNA-Seqとマイクロアレイおよび定量PCR(qPCR)との比較については、以下のページをご覧ください。

トランスクリプトミクスは、RNAの発現レベル、機能、構造、および制御に関連する研究を広く指しています。RNA-Seqはより特異的で、RNAの配列と量の両方を研究する技術を指します。

RNA シーケンスの深度は、シーケンシングによって得られた塩基の総数とゲノムのサイズ、または各塩基がゲノム内で測定された平均回数の比を意味します。

バルクRNA-Seqは、細胞や組織からプールされたRNAを解析する手法です。

RNAシーケンスのストランドネスにより、研究者は転写産物がどのDNA鎖(センスまたはアンチセンス)に由来するかを決定できます。通常のRNAシーケンス法と比較して、ストランドRNAシーケンスでは、新規転写産物の検出、重複遺伝子からの転写産物の区別、アンチセンス配列の検出、遺伝子のアノテーションを行うことができます。

詳細については、Illumina Stranded mRNA Prepのページをご覧ください。

mRNAライブラリー調製法では、mRNAはトータルRNAのoligodTビーズを介して選択されるため、ライブラリーはサンプルのポリアデニル化転写産物からのみ調製されます。トータルRNAワークフローでは、rRNAおよび選択されたその他の豊富な転写産物がサンプルから除去され、残りのRNAがポリアデニル化RNAおよび非ポリアデニル化RNAを含むシーケンスライブラリーに調製されます。エンリッチメントワークフローでは、ライブラリーはすべてのRNAサンプルから調製されます。これらのライブラリーはその後、オリゴプローブパネルを用いて濃縮されます。パネルにより、完全なコーディングエクソーム、特定の疾患に関連する転写産物、病原体からのRNA、またはカスタムターゲットをターゲットにすることができます。これらのワークフローの詳細については、以下のページを参照してください。

抽出されたRNAは精製され、コンタミネーションがない状態でなくてはなりません。イルミナは、特定のRNA単離キットに記載されているガイドラインに従い、サンプルタイプに応じた適切なプロトコールを選択することを推奨します。

選択したメソッドのRNAのインプット量の範囲を以下に示します。

RNA-Seqはすべてのイルミナシーケンサーと互換性があります。ライブラリー調製キット、アプリケーション、およびデータのニーズによっては、より高いスループットのシーケンサーまたは低いスループットのシーケンサーの方が適している場合があります。

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詳細については、イルミナの販売担当者にお問い合わせください

はい、RNA-Seqライブラリー調製は自動化できます。詳細については、ライブラリー調製の自動化のページをご覧ください。

はい、イルミナはお客様のアプリケーションに応じた品質管理ソリューションを提供しています。詳細については、ライブラリー定量化およびQCリファレンスガイドを参照してください。

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補足資料

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参考文献
  1. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
  2. Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.