CITE-Seq（トランスクリプトームとエピトープの細胞インデックス）は、単一細胞のリードアウト内で細胞表面タンパク質とトランスクリプトームデータを同時に定量するシーケンスベースの手法です。トランスクリプトームレベルとプロテオームレベルで同時に細胞を研究することで、新しい細胞タイプ、疾患状態、その他の状態について、これまでにない洞察を得ることができます。
CITE-Seqの開発前は、トランスクリプトームとタンパク質発現の同時研究は、単一細胞レベルでは達成が困難でした。転写情報を使用して細胞の生理学を理解することは有用ですが、タンパク質発現情報なしでは細胞機能が不完全であるため、全体像を提供することはできません。RNA解析では、タンパク質分解、アイソフォーム検出、グリコシル化などの転写後修飾や翻訳修飾を正確に測定することはできません。フローサイトメトリーなど、従来の表面タンパク質発現の研究方法は、堅牢ですが、解析可能なターゲット数に制限があるうえに、トランスクリプトームデータの同時提供はできません。CITE-seqは、単一アッセイでこれらの目標を達成し、単一細胞機能の包括的な情報を提供します。
CITE-Seqは、シングルセルシーケンスを使用して偏りのない方法で転写産物を研究する際に、検出できるタンパク質の数が限られているという問題を解決します。CITE-Seqは、バーコード抗体の技術を結集し、ほぼ無制限の数の細胞マーカーと転写産物を1回のランで解析することができます。当社のシーケンスプラットフォームは、既存のシングルセルシーケンス手法と組み合わせることで、スムーズなワークフローを実現し、ハイスループット、スケーラビリティ、スピードで新しい進歩を同定します。
CITE-seqは、独自のオリゴタグ抗体を使用して、シーケンスをリードアウトとして使用して表面タンパク質を同定します。抗体に標識できるバーコードの数は、フローサイトメトリーやCyTOFで使用される蛍光色素や重金属タグの数を上回り、RNAと同時に測定できるタンパク質の数が増えます。これらのバーコード抗体は、次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーを使用してタンパク質と核酸のデータを生成する独自のワークフローの一部です。
単一細胞の表面タンパク質とmRNAを同時にプロファイリングするソリューションをご覧ください。
CITE-Seqは、タンパク質のマルチプレックス定量とトランスクリプトームデータをすべて単一細胞内で使用することで、重要な発見を可能にしました。以下は、CITE-Seqの機能の例です。
ゲノミクスとトランスクリプトミクス、エピジェネティクス、プロテオミクスを組み合わせることで、全体像を把握できます。
RNA発現とタンパク質シーケンス（REAP-seq）およびCITE-seqは、同様の原理に基づいています。両方のプロトコールに対応した市販試薬が開発されたことに伴い、多くの研究者がそれらを同義のものとして扱ったり、プロテオゲノミクスまたはマルチオミクス解析という用語を使用しています。
BD AbSeq Antibody-Oligonucleotide Conjugatesは、1回の実験でタンパク質とmRNAの発現の検出を可能にします。これらの試薬は、BD Rhapsody Single-Cell Analysisシステムとシームレスに連携するように設計されています。
BioLegendは、単一細胞解析用のTotalSeqオリゴ結合抗体を用いたシーケンスにより、タンパク質とRNAまたはDNAを同時に検出するための、多様な形式の抗体を提供しています。
BD RhapsodyとIllumina NGSシステムを使用して、197の表面マーカーを1回の実験で単一細胞解像度で細胞プロファイルにマッピングする方法についてお読みください。
Th1-polarized細胞における独自の分子シグネチャ検出
Th1細胞におけるバルクタンパク質と遺伝子発現プロファイリングには、Illumina NGSとBioLegend TotalSeq抗体を使用してBEN-Seqを最適化します。
プロテオミクス解析とRNA-Seq実験のためのTotalSeq-A
TotalSeq-A（BioLegend）抗体とRNASeqを最適化して、費用対効果の高いプロテオミクス解析をワークフローに追加する方法をご覧ください。
10x Genomics Chromium Single Cell Immune Profilingとイルミナのシーケンスシステムを使用して、B細胞とT細胞の遺伝子とタンパク質の発現を単一細胞解像度で同時にプロファイリングします。
ユーザーフレンドリーな幅広いツールにより、バイオインフォマティクスのバックグラウンドを持たなくてもデータ解析ができる、シンプルかつ強力な方法が得られます。10x Genomics、BD、およびBiolegendは、CITE-Seqデータの解釈に役立つ堅牢な解析パイプラインと視覚化ツールを提供します。あるいは、SeuratやCiteFuseなどの無料のオープンソースソフトウェアを使用して、CITE-Seq実験の遺伝子およびタンパク質発現データを、手軽にノーマライズおよび統合できます。
遺伝子発現とタンパク質産生が、様々な細胞タイプでどのように制御されているかをご覧ください。
NextSeq 2000およびNovaSeq 6000システムは、CITE-Seqアッセイにパワーを与えるハイスループットシーケンス能力をサポートします。シングルセルライブラリー調製ソリューションと組み合わせたオリゴ標識抗体は、バーコードを使用してプロテオームプロファイルとトランスクリプトームプロファイルをシングルセルにリンクします。高度なソフトウェア解析プラットフォームは、タンパク質と遺伝子発現データをデコードし、ユニークな細胞表現型の同定に役立ちます。
遺伝子とタンパク質の発現アッセイをひとつのワークフローにまとめます。
1回のシーケンスランでデータを定量化します。
強力な解析および視覚化ソフトウェアプラットフォームを使用して洞察を発見します。
S2 Genomics、Dolomite Bio、イルミナの専門家が、scRNA-Seq、SNuc-seq、ATAC-Seqなどのシングルセル研究を最適化するための重要な洞察とヒントを提供します。
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CRISPRは、正確なゲノム編集を可能にすることで、遺伝子研究に革命をもたらしました。NGSベースのアプローチを使用して、CRISPRベースの編集を確認し、オフターゲット効果を分析する方法をご覧ください。