はじめに： トータルRNAシーケンス
TruSeq Stranded Total RNAによるトータルRNAシーケンス（全トランスクリプトーム解析）により、コーディングRNAおよび複数のノンコーディングRNAを含むトランスクリプトームの完全な全体像が得られます。また、高感度かつ高精度で発現を定量化でき、同様にトランスクリプトームの既知および新規の特長を同定することができます。
Ribo-Zeroケミストリーは豊富なRNA種を効率的に除去し、分解した転写産物、および良質な転写産物どちらについてもライブラリー作成ができます。Total RNAシーケンス（Total RNA-Seq）は、正常サンプルおよび低品質／FFPEサンプル双方を最適にカバーします。
トータルRNAシーケンスの利点
トータルRNA-SeqはコーディングRNAおよび複数のノンコーディングRNAを解析し、トランスクリプトームの全体像を示します。
- 既知および新規特長双方の捕捉
- 研究者は広範囲な転写産物全体でバイオマーカーを同定することが可能
- 対象となる表現型のより包括的な理解
- 幅広いダイナミックレンジにわたるトランスクリプトームのプロファイリングが可能
全ゲノムアレイからトータルRNAシーケンスへの移行
ボストン大学医学センターの肺専門医、救命救急医のDr. Avrum Spiraは、肺障害の診断および治療のためのバイオマーカーを開発するために、全ゲノム遺伝子発現アレイを用いて臨床サンプルを解析することを目標として研究室を始めました。今日、Dr. Spiraの研究室では、トータルRNA-Seqを使って発現アレイでは検出できない可能性のある新規で稀な転写産物を解明しています。
ケーススタディを読む
トータルRNAシーケンスのワークフロー
イルミナはライブラリー調製からデータ解析や生物学的解釈に至るまでのプロセス全体を単純化する統合化トータルRNA-Seqワークフローを提供します。
ワークフローが合理化かつ統合されているだけでなく、イルミナのSequence by Synthesis (SBS)ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、全世界のシーケンスデータの約90%を生み出しています*。*
以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。
Ribo-Zeroを用いたTruSeq Stranded Total RNAサンプル調製キット
ストランド情報を精確に測定することで、全トランスクリプトームの全体像が得られます。FFPE RNAサンプルとの互換性があります。NeoPrepライブラリー調製システム
イルミナのすべてのシーケンスプラットフォーム向けに、簡単に高品質なNGSライブラリーを調製するシステムです。
トータルRNA-Seqライブラリー調製キットの比較ニーズに最適なキットを探すことができます。
NextSeqシリーズ
全ゲノム、エクソーム、またはトランスクリプトームのシーケンスに適した自由度を備えた性能と使いやすさ。1ランあたりトータルRNAサンプル3～10を実現。
HiSeq 2500システム1ランあたりトータルRNAサンプル8～96のシーケンスを実現する性能と効率性。
HiSeq 3000／HiSeq 4000システム高スループットRNA-Seqで、ヒトトランスクリプトームに関しHiSeq 3000では1ランあたり50、HiSeq 4000では100を実現。
プラットフォーム比較ツール
シーケンスプラットフォームを比較して、検査室およびアプリケーションそれぞれに合った最良のシステムを特定するためのツール。
シーケンス試薬各イルミナシーケンスシステムに適したシーケンス試薬、フローセル、およびバッファーを含むキットを選択してください。
RNA Expressアプリ
STARアライナーでRNAシーケンスをアラインし、アラインしたリードを遺伝子に対応付けした後で、DESeq2により差異的遺伝子発現を実行します。
TopHat Alignmentアプリリードのマッピング、リファレンス遺伝子および転写産物の存在量の推定、変異コール、オプションの融合遺伝子コールの各機能があります。
Cufflinks AssemblyおよびDifferential Expression (DE)アプリ新規転写産物のアセンブリと新規およびリファレンス転写産物の差異的遺伝子発現を実行します。
Broad IGVMITおよびハーバードのBroad研究所によって開発されたゲノムブラウザーで、複雑な変異解析用のNGSデータを表示します。
Genomatix Pathway System（GePS）
単一遺伝子または遺伝子のリストに、パスウェイ、疾患、組織、低分子に関するアノテーションデータを関連付けます。
iPathway Guide差異的遺伝子発現、薬物間相互作用、および疾患解析。
BaseSpace CloudまたはOnsiteNGSデータの解析と管理のためのイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。
NextBio Research研究者の疾患機序、薬剤標的、およびバイオマーカーの特定を支援するキュレーションされた、増大しつつあるゲノムデータライブラリー。
関連ソリューション
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関連論文
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その他のリソース
NextSeq 500システムによるRNA-Seq
トータルRNA-Seqを用いた全トランスクリプトーム解析のための柔軟でコスト効率の良いソリューションにより、生物学のより深い理解が得られます。
* データはイルミナにて公的データベースをもとに計算（2015）