薬物反応RNAバイオマーカー解析
創薬にRNA-Seqを採用
RNAシーケンス（RNA-Seq）は、薬剤開発プロセスの効率と成功率を改善する目的で、RNAベースの薬剤応答バイオマーカーを発見し、プロファイルするためにますます利用されています。このアプリケーションには多くのテクノロジーが使用されていますが、RNA-Seqの能力は特に有益であることが期待されています1,2,3。その結果、次世代シーケンサー（NGS）の経験のない研究者を含め、創薬や開発の研究者がRNAシーケンスベースのワークフローソリューションを利用しやすくする必要性が高まっています。
以下のリソースは、薬物応答RNAバイオマーカー解析にRNA-Seqを採用することを検討している、NGSの経験があらゆるレベルのユーザーを対象としています。RNA-Seqワークフローのステップの理解から、特定のプログラム要件に合わせた構成オプション、実装プロセスにおける迅速なナビゲーションのための計画の作成まで、導入プロセスの複数の段階で特に役立つことが判明した情報が含まれています。
応募
概要
RNA-Seq薬物応答バイオマーカーの発見とプロファイリングの紹介。
ワークフロー
はじめに
複数のアプリケーション使用事例における主な検討事項、要件、推奨コンポーネント。
ベスト
プラクティス
"ワークフローの実装を容易にするためのハウツー"ガイダンス。
スタートアップ
アドバイス
他のアプリケーションユーザーやイルミナの専門家が、迅速かつスムーズに稼働するためのヒントを提供します。
解析パイプライン
レビュー
生データからアウトプットまでのスクリーンショットベースのウォークスルーで、候補者の評価と優先順位付けに情報を提供します。
セクション1：アプリケーションの概要
このセクションでは、RNAベースの薬物応答バイオマーカーの発見とプロファイリングの概要について説明します。これには、定量PCR（qPCR）や遺伝子発現アレイなど、このアプリケーションに共通する手法と、それぞれの長所と短所に関するレビューが含まれます。また、NGSベースのワークフローがもたらすメリットや、医薬品開発プログラムの実施に関する実用的な検討事項についてもレビューします。
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セクション2：ワークフローの紹介
このセクションでは、薬物応答RNAバイオマーカーの発見とプロファイリングに推奨されるRNA-Seqワークフローを紹介し、トータルRNAサンプルの開始からデータの解析までのプロセスの概要を示します。
各ステップでは、以下が含まれます。
- プロセスの全ステップのハイレベルな説明
- ソリューション選択時に考慮すべき重要なポイント
- 推奨ソリューションの概要（複数可）
| ステップ | ライブラリー調製 | シーケンス | 機能検出 | バイオマーカー候補ID | フィルタリング/優先順位付け |
|---|---|---|---|---|---|
| 要件 |
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| コンポーネント |
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| ステップ | ライブラリー調製 | シーケンス | バイオマーカー検出 |
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| 要件への対応 |
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| コンポーネント |
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セクション3：ベストプラクティス
このセクションでは、研究の計画前に対処する必要があるシーケンス関連のデザインパラメーターについて概説します。リード長、リード深度、シーケンサー出力モード、およびプログラムの要件に合致するように検討すべきその他の変数に関する考慮事項が含まれています。また、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）や遺伝子発現（GEX）アレイなどのプラットフォームからRNA-Seqへの移行が日常業務にどのように影響するか、またどのように準備するのが最善かに関する実用的な検討事項も取り上げています。
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セクション5：解析パイプラインのレビュー
データ解析は、これまでNGSワークフローの採用において最も困難な障壁の1つでした。このセクションでは、薬剤応答RNAバイオマーカーの発見とプロファイリングのための推奨される解析パイプラインの全体像を、特徴量探索、RNAバイオマーカー候補の同定、バイオマーカーのフィルタリングと優先順位付けに分解して示します。より広範なパイプライン内の各ワークストリームについて、イルミナソリューションの段階的なスクリーンショットベースのウォークスルーが提供されます。
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参考文献
- Zhao S, Fung-Leung W-P, Bittner A, Ngo K, Liu X. 活性化T細胞のトランスクリプトームプロファイリングにおけるRNA-seqとマイクロアレイの比較。PLoS ONE. 2014;9(1):e78644. doi:10.1371/journal.pone.0078644.
- Atak ZK, Gianfelici V, Hulselmans G, et al. トランスクリプトーム変異の包括的解析により、T細胞急性リンパ芽球性白血病における既知および新規のドライバーイベントが明らかになります。PLoS Genet. 2013;9(12):e1003997。
- Kumar-Sinha C, Kalyana-Sundaram S, Chinnaiyan AM. 上皮がんにおける遺伝子融合のランドスケープ：seqとyeが見つかるはずである。Genome Med. 2015;7:129。