Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome

コーディングトランスクリプトームとノンコーディングトランスクリプトーム全体にわたる明確で包括的な解析のための合理化されたRNA-Seqソリューションで、研究の優れた柔軟性を実現します。

約7時間

アッセイ時間

<3時間

ハンズオンタイム

標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1~1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 

インプット量

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概要

Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plusは、遺伝子や転写産物の量を正確に測定し、コーディングRNAや複数の種類のノンコーディングRNAにおける既知および新規の特徴を検出できます。研究者は、代替転写産物・遺伝子融合・対立遺伝子特異的発現の発見に信頼度を持つことができます。さらに、Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plusマイクロバイオームは、メタトランスクリプトミクスアプリケーションに高品質のデータを提供します。

主な特長

  • 卓越したパフォーマンス:原核生物および真核生物のリボソームのRNA(rRNA)とグロビンRNAを、1回の反応で複数種から除去し、豊富なトランスクリプトーム解析を可能にします

  • 高品質のデータ:ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)・糞便サンプル・その他の低品質サンプルを含む、低RNAインプット(1~1000 ng)や困難なサンプルタイプから高感度を達成

  • 迅速で柔軟なワークフロー:同等のキットより40%速くライブラリーを調製します。インキュベート時間の短縮やサンプルクリーンアップステップの削減など、ワークフローの革新により、総アッセイ時間は7時間になります


仕様


必要な製品

処理のニーズに合ったライブラリー調製キットのサイズ(16サンプルまたは96サンプル)を選択してください。

別途、マルチプレックス実行のためにインデックスを注文する必要があります。ターゲットシーケンススループットに最適なインデックスオプションを選択してください。シーケンススループットとマルチプレックスを行う機能は、シーケンサーとフローセル試薬によって異なります。

マルチプレックスの詳細はこちら

/ 結果

アプリケーション

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero PlusまたはRibo-Zero Plus Microbiomeキットを使用すると、低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンス対応ライブラリーを約7時間で、ハンズオンタイムは3時間未満で調製できます。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Mid output: 2 samples per flow cell 

High output: 8 samples per flow cell 

2 × 101 bp

NextSeq 2000 System

P2: 8 samples per flow cell 

P3: 24 samples per flow cell

2 × 101 bp

NovaSeq 6000 System

SP: 16 samples per flow cell 

S1: 32 samples per flow cell

S2: 82 samples per flow cell 

S4: 200 samples per flow cell 

2 × 101 bp

関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

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Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome TruSeq Stranded Total RNA TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin
アッセイ時間 約7時間 11.5時間 11.5時間
自動化に関する互換性 Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
コンテンツ仕様 コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー
説明

低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 

全トランスクリプトームシーケンシング研究用。トータルRNAバージョンは細胞質rRNAを除去し、トータルRNA Goldバージョンは細胞質およびミトコンドリアrRNAを除去します。 血液由来RNAの全トランスクリプトームシーケンシング研究用。細胞質およびミトコンドリアのrRNAおよびグロビンmRNAを除去します。
ハンズオンタイム <3時間 5.5時間 5.5時間
インプット量

標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1~1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 

高品質トータルRNA0.1~1 ug 低品質のサンプルは、さらなる最適化を必要とする場合があります。 0.1~1 ug血液由来高品質精製トータルRNA
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用機序 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 ビーズベースのrRNA除去、cDNA合成、PCR ビーズベースのrRNA除去、cDNA合成、PCR
手法 Whole-Transcriptome Sequencing, Metatranscriptome Sequencing Whole-Transcriptome Sequencing Whole-Transcriptome Sequencing
マルチプレックス 最大384のユニークデュアルインデックス ロースループットキット:最大12のサンプルをプールします。または、セットAとセットBを併せて最大24のサンプルをプールします。, ハイスループットキット:コンビナトリアルデュアルインデックスまたはユニークデュアルインデックスのいずれかを使用して、96個のインデックスサンプルを調製 ハイスループットキット:コンビナトリアルデュアルインデックスまたはユニークデュアルインデックスのいずれかを使用して、96個のインデックスサンプルを調製, ロースループットキット:最大12のサンプルをプールします。または、セットAとセットBを併せて最大24のサンプルをプールします。
核酸の種類 RNA RNA RNA
サンプルタイプ Microbiome Samples, Low-Input Samples, FFPE Tissue FFPE Tissue Blood
生物種 マウス, ヒト, ラット, Bacteria マウス, ヒト, ラット マウス, ヒト, ラット
生物種詳細

Ribo-Zero Plusは、ヒト細胞質およびミトコンドリアrRNA・マウスrRNA・ラットrRNA・細菌(大腸菌および枯草菌)rRNA・ヒトβグロビン転写産物を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 

Ribo-Zero Plus Microbiomeは、Ribo-Zero Plusが除去した転写産物だけでなく、多様な微生物種、ATCC MSA-2002、MSA-2005、MSA-2006を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 

rRNAの除去:ヒト、マウス、ラットのrRNAを除去 rRNAの除去:ヒト、マウス、およびラットのrRNA(細胞質およびミトコンドリア)およびグロビンmRNAを除去
Strand specificity Stranded
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

選択ツール:

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plusのワークフロー

Illumina Stranded Total RNA Prepは、ハンズオンタイムを短縮した高速ワークフローを実現します。時間は、使用する機器、処理されるサンプル数、自動化手順、またはユーザーエクスペリエンスによって異なる場合があります。

性能メトリクスの比較

上部- パフォーマンスメトリクスの比較 — Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero PlusをTruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zeroと比較しました。Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plusは、特に10 ngおよび1 ngのトータルUHR RNAの低インプットでさらに効果を発揮しました。

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion kitによるロバストなリボソームRNA除去

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion kitは、糞便サンプル中のrRNA(5S、16S、23S)レベルを効果的に除去します。結果は、2つの糞便サンプル混合物(サンプル1およびサンプル2)を用いて、Ribo-Zero Plus rRNA Depletion KitおよびX社の市販リボ欠失キットと比較されています。

削減対象となるRNA種

イルミナStranded Total RNA Prepキットには、ヒト、マウス、ラット、細菌、疫学サンプルなどの複数の種から豊富なrRNAを除去するための(A)Ribo-Zero Plus、またはメタトランスクリプトーム研究用の糞便サンプルなどの複雑な微生物サンプル中の豊富なrRNAを強力に枯渇させる(B)Ribo-Zero Plus Microbiomeが含まれます。

A. Ribo-Zero Plusキット

枯渇ターゲット rRNA ターゲット
ヒト細胞質rRNA 28S, 18S5.8S、および5S
ヒトミトコンドリアrRNA 12S、および16S
ヒトβグロビン転写産物 HBA1, HBA2、HBB、HBG1およびHBG2
マウスおよびラット 12S, 16S, 28S, 18S5.8S、および5S
グラム(-)細菌rRNA 大腸菌:5S, 16S, 23S
>グラム(+)細菌rRNA B. subtilis:5S, 16S, 23S

Ribo-Zero Plus Microbiome:

枯渇ターゲット rRNA ターゲット
マイクロバイオームrRNA* 一般的な成人、乳児の細菌種、ATCC MSA-2002, MSA-2005およびMSA-2006を含む多様な微生物からの5S, 16S, 23S、16S、23S

*Illumina Stranded Total Ribo-Zero Plus Microbiomeキット(カタログ番号20072063)にのみ含まれています。rRNAの枯渇はヒトマイクロバイオームrRNA用に最適化されており、他のサンプルタイプを使用する場合、性能は異なる場合があります。

リソース

メタトランスクリプトミクスによる偏りのない微生物プロファイリング

DiversigenおよびDNA GenotekのDr. Tonya Ward、Dr. Emily Hollister、Dr. Le Françoisが、メタトランスクリプトーム研究のワークフローをどのようにして開発したのか、未来に潜在的に強い影響力を持つこの研究分野に対する彼らの見解を参照してください。

メタトランスクリプトミクス:課題と機会

このウェビナーでは、この分野の3名の著名な専門家がサンプルの収集と処理、rRNA枯渇、およびバイオインフォマティクス解析に関する洞察と重要な検討事項を共有します。

ライブラリー調製 (3)

Illumina® Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus (16 Samples)

20040525

16サンプル調製用の試薬とRibo-Zero Plus Depletionモジュールが含まれます。IDT for Illumina RNA UDインデックス、Ligationとのみ互換性があります。インデックスおよび精製ビーズは別売りです。

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Illumina® Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus (96 Samples)

20040529

96サンプル調製用の試薬とRibo-Zero Plus Depletionモジュールが含まれます。IDT for Illumina RNA UDインデックス、ライゲーションにのみ対応しています。インデックスおよび精製ビーズは別売りです。

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Illumina® Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome (96 Samples)

20072063

96ライブラリー調製用の試薬とRibo-Zero Plus Microbiome Depletionモジュールが含まれます。IDT for Illumina RNA UDインデックス、Ligationとのみ互換性があります。インデックスは別売りです。

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インデックスアダプター (8)

Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091655

Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples) には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091657

Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091659

Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20091661

Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルおよびRNA Index Anchorプレートのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製試薬は別途ご購入ください。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040553

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040554

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040555

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)

20040556

96サンプルおよびRNAインデックスアンカープレートのラベリングに十分な96、10 bpインデックスを含みます。Illumina Stranded Total RNA PrepおよびStranded mRNA Prep Kitと併用します。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Illumina Stranded Total RNA Library Prep Training

20044764

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よくある質問(FAQ)

Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus Microbiomeキットには、一般的な成人および乳児の腸内細菌を含む多様な微生物種の5S、16S、および23S rRNAをターゲットとする拡張キャプチャープローブが含まれており、Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kitは大腸菌および枯草菌の5S、16S、および23Sをターゲットとしています。  

Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus Microbiomeは、ヒト、マウス、ラット、およびヒトの腸や皮膚に一般的に見られるさまざまな細菌株を含む複数の種から、ヒトグロビン転写産物およびrRNAを枯渇させます。イルミナは、記載されている以外の種のrRNA除去を保証することはできません。

Agilent TechnologiesのUniversal Human Reference RNA陽性対照(カタログ番号740000)は、Illumina Stranded Total RNA Prepとの併用を推奨します。

最終的なライブラリーの品質と濃度を確認するには、以下の2つの方法を使用できます:

  • NextSeq 1000/2000シーケンスシステムを使用する場合、1 μLのライブラリーを1:10,000に希釈し、KAPA qPCRライブラリー定量キットを用いて解析します

  • 他のすべてのシーケンスシステムでは、Agilent 2100バイオアナライザーおよびDNA 1000キットを使用して、1 μLのライブラリーを解析します

Illumina Stranded Total RNA Prepは、起点のストランドをターゲットとしています。

Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus Microbiomeキットを使用する場合、最適なパフォーマンスを得るために推奨されるRNAの最小投与量は25 ngです。

/ 結果

NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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