NGSの力で微生物集団の遺伝子発現を解明
メタトランスクリプトミクスは、複雑な微生物群から発現されたmRNAの集合研究です。1 メタトランスクリプトームシーケンスを使用して微生物群における遺伝子発現を研究することで、研究者は特定の時間に特定の環境に対して微生物がどのように反応するかについて重要な洞察を得ることができます。微生物叢からRNAをシーケンスすると、どの微生物が存在するかだけでなく、その機能的活動も明らかにできます。
次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーを搭載したメタトランスクリプトミクスは、農業、バイオテクノロジー、医学などにおける多様なアプリケーションにまたがる研究分野です。1-4 複雑な微生物コミュニティの行動や機能に関するデータを提供することに加えて、メタトランスクリプトムシーケンスは、コミュニティの環境や宿主に関する貴重な情報も提供できます。
調節系が未解明の膨大な数（百万）の遺伝子を考慮すると、メタトランスクリプトミクスは、ネイティブ環境からコミュニティレベルで重要な生物学的洞察を得る準備が整っています。
研究者がメタトランスクリプトミクスを使用して、バイオガスプラントの代謝的に活性な微生物群集についてどのように学習したかをご覧ください。
Scott Kuersten博士とBrice Le François博士によるこのプレゼンテーションで、RiboZero Plus Microbiomeを使用して微生物多様性と代謝活性の高感度プロファイリングを可能にする方法を学びます。
Stefan Green博士は、高宿主および低微生物バイオマスの問題、PCR増幅バイアス、および複雑な微生物群集を分析するための代替品について述べています。
DiversigenとDNA Genotekのサイエンティストがメタトランスクリプトーム研究のワークフローをどのように開発したか、そしてこの研究分野の潜在的にインパクトのある未来についての彼らの見解をご覧ください。
研究者がメタトランスクリプトミクスを使用して、バイオガスプラントの代謝的に活性な微生物群集についてどのように学習したかをご覧ください。
RNAウイルスの驚異的な広大な世界が明らかになったことを明らかにするメタトランスクリプトミクスの役割を探ります。
研究者がメタトランスクリプトミクスを使用して、ヒト肺ウイルス叢内のRNAウイルスの多さと多様性に光を当てた方法をご覧ください。
この研究が、植物と共通の進化関係をよりよく理解するために、どのようにラブドウイルスの包括的な系統を提供したかをご覧ください。
本論文では、南極氷棚下の微生物群集の系統的および機能的多様性について解説します。
SARS-CoV-2のバイオマーカーの検出、追跡、同定にメタトランスクリプトミクスをどのように使用したか、またウイルスが呼吸器微生物叢にどのように影響するかについてお読みください。
ライゲーション、Ribo-Zero Plus MicrobiomeによるIllumina Stranded Total RNA Prep
コーディングトランスクリプトームとノンコーディングトランスクリプトーム全体にわたる明確で包括的な解析のための合理化されたRNA-Seqソリューションで、研究の優れた柔軟性を実現します。
実績のあるNGSテクノロジーと調整可能な出力を組み合わせることで、幅広いアプリケーションにわたるシーケンスとアレイ機能を実現します。
最初から最後まで包括的なワークフローで発見を強化します。
並外れたスループットと精度を実現し、生産規模でデータ集約型アプリケーションを実行します。
BaseSpace Microbiomeメタトランスクリプトミクス
メタゲノムサンプルに対して、分類学的およびパスウェイエンリッチメント解析を実施します。
イルミナRibo-Zero Plus Microbiomeによるメタトランスクリプトーム解析のためのライブラリー調製、シーケンス、直感的ソフトウェアの使用に関する詳細とともに、複雑な微生物サンプルに対するRNAシーケンスワークフローを最適化する方法を学びます。このアプリケーションノートをダウンロードして、トランスクリプトームの高価値部分に焦点を当て、健康と疾患における微生物叢の役割を理解してください。
メタゲノミクスは、微生物集団サンプルに含まれるすべての遺伝子の研究です。5 一方、メタトランスクリプトミクスは、集団の発現遺伝子またはトランスクリプトームの研究です。1
16S rRNAシーケンスは、16S rRNA遺伝子をターゲットとする特定の手法で、原核生物（細菌や古細菌など）にのみ見られます。6メタトランスクリプトミクスやメタゲノミクスとは異なり、16S rRNAシーケンスではウイルスや真菌などの他の微生物を検出することはできません。この方法は宿主DNA汚染の影響を受けやすいものではありませんが、メタトランスクリプトームまたはメタゲノムシーケンス法と比較して、機能情報を検出し、系統/バリアントを特定するには限界があります。
RNA抽出は、5以上のRNA Integrity Number（RIN）を提供する市販のマイクロバイオームRNA抽出キットを使用して行うことができます。
BaseSpace Microbiome MetatranscriptomicsアプリはRibo-Zero Plus Microbiome Depletion Kitに付属しており、包括的なメタトランスクリプトーム解析を行うためのバイオインフォマティクスツールを提供します。
全ゲノムショットガンシーケンスとトランスクリプトミクスが、どのように研究者に創薬と開発を精緻化するデータを提供するかをご覧ください。
ラボでのメタトランスクリプトミクス研究の開始についてご質問がありますか？
ご提供いただいた個人情報は、お客様へのサポート、サービス、および販売活動の目的にのみ使用させていただきます。
References