NGSの力で微生物集団の遺伝子発現を解明
メタトランスクリプトミクスとは、複雑な微生物群集から発現したmRNAを総合的に研究する分野です。1 微生物集団における遺伝子発現を研究するためにメタトランスクリプトームシーケンスを用いることで、研究者は特定の時点で微生物が特定の環境にどのように反応するかについて重要な洞察を得ることができます。マイクロバイオームからRNAをシーケンシングすることで、存在する微生物の種類だけでなく、それらの機能的活動も明らかにすることができます。
次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーを搭載したメタトランスクリプトミクスは、農業、バイオテクノロジー、医学など、多様な分野に応用可能な研究領域です。1-4 メタトランスクリプトームシーケンスは、複雑な微生物群集の挙動や機能に関するデータを提供するだけでなく、その群集が存在する環境や宿主に関する貴重な情報も引き出すことができます。
膨大な数（数百万）の遺伝子の調節システムがまだ解明されていないことを考えると、メタトランスクリプトミクスは、自然環境におけるコミュニティーレベルで重要な生物学的洞察をもたらす可能性を秘めています。
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メタゲノミクスからメタトランスクリプトミクスへの移行について話し合い、健康を促進する経路を理解します。
Scott Kuersten博士とBrice Le François博士によるこのプレゼンテーションで、RiboZero Plus Microbiomeを用いた微生物の多様性と代謝活性の高感度プロファイリングを実現する方法について詳しくご紹介しています。
Stefan Green博士が、宿主の影響が大きい場合や微生物バイオマスが少ない場合の問題、PCR増幅バイアス、および複雑な微生物群集を解析するための代替手法について説明します。
DiversigenおよびDNA Genotekのサイエンティストが、メタトランスクリプトミクス研究のワークフローをどのようにして開発したのかについてご紹介します。この研究分野が今後もたらす可能性のある影響についての彼らの見解をお読みください。
バイオガスプラントの代謝活性を持つ微生物群集について、研究者がメタトランスクリプトミクスを用いてどのように解明したかについてご紹介します。
メタトランスクリプトミクスがRNAウイルスの驚異的かつ広大な世界を明らかにする上で果たした役割について探ります。
研究者がメタトランスクリプトミクスを用いて、ヒトの肺ウイルス叢におけるRNAウイルスの豊富さと多様性を解明した過程をご紹介します。
この研究は、ラブドウイルスの系統を網羅的に解明することにより、ラブドウイルスと植物との進化的関係に関するより深い理解へと導きました。その詳細をご紹介します。
この論文では、南極の氷棚下における微生物群集の系統的および機能的多様性を明らかにしています。
サイエンティストがメタトランスクリプトミクスを活用してSARS-CoV-2のバイオマーカーを検出・追跡・同定し、さらにこのウイルスが呼吸器のマイクロバイオームにどのように影響を与えるかを解明しています。その詳細をご覧ください。
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome
コーディングトランスクリプトームとノンコーディングトランスクリプトーム全体にわたる明確で包括的な解析のための合理化されたRNA-Seqソリューションで、研究の優れた柔軟性を実現します。
メタトランスクリプトミクス研究のための最速で最もシンプルなベンチトップシステム。
包括的なワークフローにより、プロセス全体を通して研究の成果に貢献します。
データ集約型アプリケーションを生産規模で実行するための卓越したスループットと精度を実現します。
BaseSpace Microbiome Metatranscriptomics
メタゲノムサンプルについて、分類学的およびパスウェイエンリッチメント解析を実施します。
複雑な微生物サンプルのRNAシーケンシングワークフローを最適化する方法についてご紹介します。ライブラリー調製、シーケンシング、およびIllumina Ribo-Zero Plus Microbiomeを活用したメタトランスクリプトミクス解析における直感的なソフトウェアの利用方法など、詳しく解説しています。このアプリケーションノートをダウンロードして、トランスクリプトームの高価値部分に焦点を当て、マイクロバイオームが健康と疾患において果たす役割を明らかにしましょう。
タゲノミクスとは、微生物群集サンプル内に存在するすべての遺伝子を研究する分野です。5一方、メタトランスクリプトミクスは、発現している遺伝子、つまり群集内のトランスクリプトームを研究する分野です。1
16S rRNAシーケンシングは、原核生物（細菌や古細菌）にのみ存在する16S rRNA遺伝子をターゲットとした特定の手法です。6メタトランスクリプトミクスやメタゲノミクスとは異なり、16S rRNAシーケンシングでは、ウイルスや真菌など他の微生物を検出することはできません。この手法は宿主のDNAのコンタミネーションによる影響を受けにくい一方で、メタトランスクリプトミクスやメタゲノミクスのシーケンシングと比較すると、機能的な情報の検出や株・変異株の同定には限界があります。
RNAの抽出は、RNA Integrity Number（RIN）が5以上となる市販の微生物叢RNA抽出キットを使用して行うことができます。
メタトランスクリプトームデータの解析には、BaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリを使用することができます。このアプリはRibo-Zero Plus Microbiome Depletion Kitに含まれており、バイオインフォマティクスツールが搭載されているため、網羅的なメタトランスクリプトーム解析を行うことができます。
全ゲノムショットガンシーケンスとトランスクリプトミクスにより、研究者は創薬や薬剤開発の精度を高めるためのデータを得ることができます。その詳細をご覧ください。
ラボでメタトランスクリプトミクス研究を始める際のご質問はありませんか？
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