環境メタゲノム
環境メタゲノムの概要
環境メタゲノミクスは、環境サンプル中のDNAの分析に基づいた、微生物群集における生物の研究です。
例としては、深海の噴出孔から採取した水サンプルや、稼働中の鉱山などの人工環境から採取した土壌サンプルの中に生息する微生物集団のプロファイリングがあります。環境メタゲノムの研究データは、農業微生物叢分析、生態学的修復、またはその他の生物学的調査に使用されます。
環境メタゲノムのための次世代シーケンサー
次世代シーケンサー（NGS）が登場する前は、環境メタゲノムという分野は非常に限られていました。NGSは、複雑なサンプルから微生物群集全体をプロファイルし、新しい生物を発見し、変化する条件下で微生物集団の動的な性質を研究することができる機能を提供します。
環境メタゲノム研究のための一般的なNGS法には以下が含まれます。
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Earth BioGenome Projectが生物のシーケンスの基盤を構築
Earth BioGenome Projectは、地球上で確認されている全150万種の真核生物のゲノムシーケンスとアノテーションを10年間で完了するという共通の目標を持つパートナー組織と関連プロジェクトの連合ネットワークです。
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環境メタゲノムとeDNA
環境DNAシーケンスは、生物多様性を研究し、生態系の変化を監視するための急速に台頭している手法です。一部のサンプルタイプでは、環境DNAシーケンス手法を組み合わせて使用することで、細菌種と真核生物種の両方を含む生態学的サンプルにおける多様性の全容を明らかにすることができます。
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補足資料
参考文献
- McLean JS, Lombardo MJ, Ziegler MG, Novotny M, Yee-Greenbaum J, et al. (2013) Genome of the pathogen Porphyromonas gingivalis recovered from a biofilm in a hospital sink using a high-throughput single-cell genomics platform. Genome Res 23:867–77.
- Schofield MM, Sherman DH. (2013) Meta-omic characterization of prokaryotic gene clusters for natural product biosynthesis. Curr Opin Biotechnol 24:1–8.
- Wilson MC, Piel J. (2013) Metagenomic approaches for exploiting uncultivated bacteria as a resource for novel biosynthetic enzymology. Chem Biol 20:636–47.