微生物ゲノム

Video: MetaSUB - 世界の都市の分子ポートレート

NGSを使用してストックホルムの地下鉄の微生物叢をマッピングする

MetaSUB - 世界の都市の分子ポートレート
2017年6月13日

7月には、ストックホルムが第3回Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes(MetaSUB)年次会議を開催し、世界67都市以上の都市メタゲノムのマッピングに専念する研究者が一堂に会します。


この野心的なプロジェクトは、2年前、Christopher Mason教授と彼のチームがニューヨーク市で初めて表面ベースの都市規模の微生物叢とメタゲノム研究を立ち上げた時に始まりました。 DNAデータを用いて、この都市微生物叢が天候、清潔度、建設資材、さらには近隣の社会経済レベルなどの変数によってどのように変化するかを調べました。チームは、地下鉄システム全体でベースラインプロファイルを確立し、潜在的なバイオ脅威を特定し、都市がスマートシティを構築するために使用できる追加レベルのデータ、つまり都市計画、管理、および人間の健康を改善するためにデータを使用するデータを提供することを目指しました。特に、シーケンスされたDNAのほぼ半数(48%)は既知の生物と一致しておらず、毎日乗客を取り囲む広大な微生物叢が強調されています。


ニューヨーク市の地下鉄プロジェクトは始まったばかりで、国際ラボコンソーシアムを設立し、マストランジットシステムにおける微生物の世界的なDNAマップを確立しました。イルミナはこのプロジェクトの産業パートナーです。

スウェーデンのストックホルム大学のKlas Udekwu氏に、イルミナの次世代シーケンサーがこの研究をどのように実現しているかを聞き、プロジェクトの範囲をアフリカのナイジェリアに広げたいという彼の願いを聞きました。

 

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