GenomeStudioソフトウェアの概要
GenomeStudio Softwareにより、イルミナアレイプラットフォームで生成されたデータを可視化し、解析します。この強力なソリューションは、マイクロアレイデータのジェノタイピング解析をサポートします。パフォーマンスが最適化されたツールと使いやすいグラフィカルインターフェースにより、データを迅速かつ簡単に意味のある結果に変換できます。
GenomeStudioソフトウェアモジュール
ジェノタイピングモジュール
- 500万のマーカーとプローブにわたるSNPおよびCNVデータを解析
- サンプル外れ値の検出
GenomeStudioのジェノタイプのグラフィック表示はGenoplotで、コールのデータポイントが色分けされています（赤=AA、紫=AB、青=BB）。ジェノタイプは、特定のSNPマーカーの標準的なクラスター位置（暗いシェーディング）に対するシグナル強度（標準R）およびアリル頻度（標準シータ）によって、各サンプル（ドット）に対して呼び出されます。
GenomeStudio Genotyping（GT）モジュールは、InfiniumおよびGoldenGateジェノタイピングアレイデータの解析をサポートします。このモジュールにより、効率的なジェノタイピングデータのノーマライゼーション、ジェノタイピングコール、クラスター化、データ強度解析、ヘテロ接合性喪失（LOH）計算、コピー数変動（CNV）解析が可能になります。Infinium LIMSサーバーと完全に統合されたGTモジュールにより、GenomeStudio内から直接データにアクセスし、プロジェクトを管理できます。
すべてのGenomeStudioモジュールと同様に、GenomeStudio Frameworkは表形式でデータ出力を表示し、イルミナゲノムビューアーとイルミナ染色体ブラウザのグラフィカルツールを使用して迅速かつ簡単に結果を視覚化できます。
GTモジュールのハイライト
- 500万マーカーのSNPおよびCNVデータを解析
- コピー数解析のためのLog R比とB対立遺伝子頻度の推定
- ジェノタイプを呼び出し、データをノーマライズおよびクラスター化し、SNP統計を生成
- ジェノタイプデータをさまざまなサードパーティのアプリケーションにエクスポートし、複数のCNVアルゴリズムにアクセスし、数値バリエーション解析ツールをコピー
- 複数サンプルのゲノム全体のコピー数異常を調べるための染色体ヒートマップを作成します
- 同じプロジェクト内の2つの異なる製品バージョンのデータを解析
遺伝子発現モジュール
- 異なるゲノム間で発現差のある遺伝子を解析
- miRNA発現のプロファイリング
- mRNAデータとマイクロRNAデータを1つのプロジェクトに統合
このGenomeStudioヒートマップデンドログラムは、行（ターゲットID）と列（差分スコア）をクラスター化します。GenomeStudio Gene Expression Moduleのヒートマップツールを使用すると、大量のデータを簡単に視覚化して解析できます。
GenomeStudio Gene Expression（GX）モジュールは、Direct HybおよびDASL発現アレイデータの解析をサポートします。これにより、ラインプロット、ヒストグラム、デンドログラム、ボックスプロット、ヒートマップ、散布図、サンプルテーブル、および遺伝子クラスターダイアグラムとして、mRNAとmicroRNA発現の差異解析を視覚化できます。GenomeStudio Softwareの簡素化されたデータ管理ツールには、サンプル、グループ、グループセット、および関連するすべてのプロジェクト解析の階層的編成が含まれます。
すべてのGenomeStudioモジュールと同様に、GenomeStudio Frameworkは表形式でデータ出力を表示し、イルミナゲノムビューアーとイルミナ染色体ブラウザのグラフィカルツールを使用して 迅速かつ簡単に結果を視覚化できます。
GXモジュールのハイライト
- 遺伝子レベルの統計解析ツールを用いた差次的発現の解析
- ラインプロット、ヒストグラム、デンドログラム、ボックスプロット、ヒートマップ、散布図、サンプルテーブル、および遺伝子クラスターダイアグラムとして結果を視覚化
- サンプル、グループ、グループセット、およびプロジェクト解析の階層的編成のためのデータ管理の簡素化
- フォールドレベルの変化を特定し、T検定とANOVAを実施し、異なるサンプルグループセット間で結果を比較します
- 遺伝子発現データとDNAメチル化およびmiRNAプロファイリングデータを同じプロジェクト内で組み合わせて統合
- 全ゲノム発現とジェノタイピングデータを、eQTL解析用のさまざまなサードパーティツールにエクスポート
メチル化モジュール
- シングル塩基分解能でシトシンメチル化を検出
- ゲノム全体のメチル化シグネチャーを同定
GenomeStudio Methylation（M）モジュールは、InfiniumおよびGoldenGateメチル化アレイデータの解析をサポートします。このモジュールは、メチル化レベル（ベータ値）を計算し、実験グループ間の異なるメチル化レベルを分析します。イルミナゲノムブラウザとイルミナ染色体ブラウザを使用して、ゲノム全体のCpGアイランドメチル化ステータスを表示できます。
シングルサイト解像度データは、ラインプロット、棒グラフ、散布図、ヒストグラム、デンドログラム、ボックスプロット、またはヒートマップとして視覚化できます。このモジュールでは、同じGenomeStudioプロジェクト内でメチル化データと遺伝子発現プロファイリング実験を組み合わせて、メチル化部位のレベル（ベータ値）と差次的遺伝子発現レベル（p値）の相関関係を構築することもできます。
メチル化モジュールのハイライト
- メチル化レベルを計算し、CpGアイランド情報を可視化
- 2つの実験グループ間の異なるメチル化レベルの解析
- ラインプロット、棒グラフ、散布図、ヒストグラム、デンドログラム、ボックスプロット、ヒートマップ、またはコントロールサマリーレポートとして結果を視覚化
- 遺伝子発現プロファイリングデータを同じプロジェクト内のメチル化データと統合
- イルミナゲノムビューアに全ゲノムデータおよびベータ値を表示
- Illumina Chromosome Browserで1つ以上のサンプルのベータ値を可視化
ポリポリドジェノタイピングモジュール
- 多倍体生物のジェノタイピングデータの解析
Polyploid Genotyping Moduleは、小麦やジャガイモなどの多倍体生物のジェノタイピングデータ解析をサポートします。2つの密度クラスターアルゴリズムを使用して、意味のあるクラスターにサンプルを割り当てます。PolyGentrainおよび密度ベースのノイズを伴うアプリケーションの空間クラスター化（DBSCAN）。
ポリポリドジェノタイピングモジュールのハイライト
- 必要な数のクラスターを呼び出し、六倍体またはオクトロイド種の研究を可能にします
- 多倍体生物のクラスター化とジェノタイピングの自動化
GenomeStudioソフトウェアへのアクセス
GenomeStudio 2.0へのアクセスが無料になりました。GenomeStudio 2.0の使用を開始します。
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補足資料
プッシュボタンインフォマティクス
BaseSpace Sequence Hubは、バイオインフォマティクスの経験に関係なく、あらゆる研究者がNGSデータ解析にアクセスできるようにします。
データ解析および管理ツール
NGSおよびマイクロアレイテクノロジー用の当社のバイオインフォマティクスツールは、複雑なゲノムデータを洞察に変換するのに役立ちます。
