GenomeStudio Softwareにより、イルミナアレイプラットフォームで生成されたデータを可視化し、解析します。この強力なソリューションは、マイクロアレイデータのジェノタイピング解析をサポートします。パフォーマンスが最適化されたツールと使いやすいグラフィカルインターフェースにより、データを迅速かつ簡単に意味のある結果に変換できます。
GenomeStudioのジェノタイプのグラフィック表示はGenoplotで、コールのデータポイントが色分けされています(赤=AA、紫=AB、青=BB)。ジェノタイプは、特定のSNPマーカーの標準的なクラスター位置(暗いシェーディング)に対するシグナル強度(標準R)およびアリル頻度(標準シータ)によって、各サンプル(ドット)に対して呼び出されます。
GenomeStudio Genotyping(GT)モジュールは、InfiniumおよびGoldenGateジェノタイピングアレイデータの解析をサポートします。このモジュールにより、効率的なジェノタイピングデータのノーマライゼーション、ジェノタイピングコール、クラスター化、データ強度解析、ヘテロ接合性喪失(LOH)計算、コピー数変動(CNV)解析が可能になります。Infinium LIMSサーバーと完全に統合されたGTモジュールにより、GenomeStudio内から直接データにアクセスし、プロジェクトを管理できます。
すべてのGenomeStudioモジュールと同様に、GenomeStudio Frameworkは表形式でデータ出力を表示し、イルミナゲノムビューアーとイルミナ染色体ブラウザのグラフィカルツールを使用して迅速かつ簡単に結果を視覚化できます。
このGenomeStudioヒートマップデンドログラムは、行(ターゲットID)と列(差分スコア)をクラスター化します。GenomeStudio Gene Expression Moduleのヒートマップツールを使用すると、大量のデータを簡単に視覚化して解析できます。
GenomeStudio Gene Expression(GX)モジュールは、Direct HybおよびDASL発現アレイデータの解析をサポートします。これにより、ラインプロット、ヒストグラム、デンドログラム、ボックスプロット、ヒートマップ、散布図、サンプルテーブル、および遺伝子クラスターダイアグラムとして、mRNAとmicroRNA発現の差異解析を視覚化できます。GenomeStudio Softwareの簡素化されたデータ管理ツールには、サンプル、グループ、グループセット、および関連するすべてのプロジェクト解析の階層的編成が含まれます。
すべてのGenomeStudioモジュールと同様に、GenomeStudio Frameworkは表形式でデータ出力を表示し、イルミナゲノムビューアーとイルミナ染色体ブラウザのグラフィカルツールを使用して 迅速かつ簡単に結果を視覚化できます。
GenomeStudio Methylation(M)モジュールは、InfiniumおよびGoldenGateメチル化アレイデータの解析をサポートします。このモジュールは、メチル化レベル(ベータ値)を計算し、実験グループ間の異なるメチル化レベルを分析します。イルミナゲノムブラウザとイルミナ染色体ブラウザを使用して、ゲノム全体のCpGアイランドメチル化ステータスを表示できます。
シングルサイト解像度データは、ラインプロット、棒グラフ、散布図、ヒストグラム、デンドログラム、ボックスプロット、またはヒートマップとして視覚化できます。このモジュールでは、同じGenomeStudioプロジェクト内でメチル化データと遺伝子発現プロファイリング実験を組み合わせて、メチル化部位のレベル(ベータ値)と差次的遺伝子発現レベル(p値)の相関関係を構築することもできます。
Polyploid Genotyping Moduleは、小麦やジャガイモなどの多倍体生物のジェノタイピングデータ解析をサポートします。2つの密度クラスターアルゴリズムを使用して、意味のあるクラスターにサンプルを割り当てます。PolyGentrainおよび密度ベースのノイズを伴うアプリケーションの空間クラスター化(DBSCAN)。
GenomeStudio 2.0へのアクセスが無料になりました。GenomeStudio 2.0の使用を開始します。
BaseSpace Sequence Hubは、バイオインフォマティクスの経験に関係なく、あらゆる研究者がNGSデータ解析にアクセスできるようにします。
NGSおよびマイクロアレイテクノロジー用の当社のバイオインフォマティクスツールは、複雑なゲノムデータを洞察に変換するのに役立ちます。