アレイデータを意味のある結果に変換

GenomeStudioソフトウェア

Protein Analysis Module
  • 免疫タンパク質アッセイを解析

Protein Analysis Moduleでは、BeadXpress Readerでスキャンしたカルボキシル基ビーズの解析が行えます。標準曲線を用いた検体の濃度検出、あるいはサンプル間で異なる発現を示すタンパク質の解析が行えます。また、タンパク質レベルをmRNA発現量と比較することも場合によっていは可能です。結果はラインプロット、ヒストグラム、樹形図、ボックスプロット、サンプルの表、遺伝子クラスターなどで表示でいます。

Protein Analysis Moduleの特長
  • タンパク質レベルをmRNA発現と比較
  • ラインプロット、ヒストグラム、樹形図、ボックスプロット、サンプルの表、遺伝子クラスターなどで結果を表示
Protein Analysis Module

GenomeStudioソフトウェアは、イルミナのマイクロアレイから得られたデータを視覚化して解析できます。このパワフルなソフトウェアは、アレイデータの一次解析をサポートします。GenomeStudioは、使いやすいインターフェースと最適化されたパフォーマンスにより、データから意味のある結果を導き出すツールとしてご利用いただけます。

GenomeStudioソフトウェアの紹介

GenomeStudioは、7つのアプリケーションモジュールにより構成されています。ゲノムや遺伝子発現、遺伝子制御の包括的な知識を得るために、異なるアプリケーションからのデータを比較することができます。また、新たなアプリケーションを使用の際には、追加でアプリケーションモジュールを搭載すれば対応できる柔軟性と簡便性を持ち合わせています。

イルミナのプラットフォームから得られたデータは、数多くのサードパーティツールでも下流解析ができます。IlluminaConnectのパートナーから提供されているこうしたツールは、イルミナGenomeStudioのモジュール内でプラグインを行うことにより、一連の解析に使用できます。GenomeStudioソフトウェアをどのように使用してジェノタイピング、遺伝子発現、およびメチル化アレイのデータを解析するのか、またその他のアプリケーションについて、詳細をご確認ください。

Genotyping Module
  • イルミナのBeadChipからSNPおよびCNVを解析
  • サンプルのアウトライヤーの検出

GenomeStudioでは、ジェノタイプの視覚化はGenoplotで行います。データポイントはコールごとに色で確認できます(AA = 赤、AB = 紫、BB = 青)。各サンプル(ドット)ごとにジェノタイプがコールされますが、これはシグナル強度(norm R)およびアリル頻度(norm Theta)を使い、クラスターの位置と相対的に計算されます。

GenomeStudio Genotyping Moduleでは、InfiniumおよびGoldenGateで得られたジェノタイピングアッセイの解析が可能です。このモジュールでは、ジェノタイピングデータの補正、クラスター作成、強度データの解析、LOHの計算、コピー数多型(CNV)解析が実施できます。Infinium LIMSサーバーと統合されている場合、データのアクセスおよびプロジェクトの管理がGenomeStudioから行えます。

他のモジュールと同様、GenomeStudioでは表からIllumina Genome ViewerおよびIllumina Chromosome Browserにて、視覚的に結果を表示することができます。

Genotyping Moduleの特長
  • 数百万のマーカーを対象に、SNPおよびCNVを解析
  • Log R比およびBアリル頻度からコピー数解析
  • ジェノタイプのコール、補正、およびクラスター作成を行い、SNP統計を計算
  • ジェノタイプのデータを様々なサードパーティツール用にエクスポート
  • 染色体ヒートマップを作成しコピー数変化を複数サンプルで確認
  • 同一プロジェクトにおいて、二つの異なるバージョンへのデータアクセス
Genotyping Module
Gene Expression Module
  • 遺伝子発現差の解析
  • microRNA発現のプロファイリング
  • mRNAおよびmicroRNAの結果を統合

このヒートマップでは、ターゲットIDと発現差を示しています。こうしたヒートマップツールを使うことで、たくさんのデータの視覚化と解析を容易に実施することができます。

Gene Expression Moduleでは、Direct HybアッセイおよびDASLアッセイのデータを解析することができます。このモジュールではmRNAとmicroRNAを視覚化することができ、ヒストグラム、樹形図、ボックスプロット、散布図などを表示させることができます。GenomeStudioでのサンプル、グループ、グループセットで区分けをすることにより、シンプルなデータ管理が可能です。

他のモジュールと同様、GenomeStudioでは表からIllumina Genome ViewerおよびIllumina Chromosome Browserにて、視覚的に結果を表示することができます。

Gene Expression Moduleの特長
  • 遺伝子レベルで発現差の解析
  • ラインプロット、ヒストグラム、樹形図、ボックスプロット、サンプルの表、遺伝子クラスターなどで結果を表示
  • サンプル、グループ、グループセットの区分けでシンプルなデータ管理
  • 発現差の同定、T検定およびANOVA検定を実施
  • DNAメチル化データと遺伝子発現データを統合表示
  • eQTL解析のためのサードパーティツール用にエクスポート
Gene Expression Module
Methylation Module
  • シトシンメチル化を1塩基の解像度で検出
  • 全ゲノムを対象に、メチル化パターンを検出

Methylation Moduleでは、InfiniumおよびGoldenGateからのメチル化データを解析できます。このモジュールでは、メチル化のレベルをベータ値として計算し、CpGサイトにおける異なる実験群のメチル化状態を比較することがでいます。結果はIllumina Genome BrowserおよびIllumina Chromosome Browserで表示できます。

1サイトごとの解像度は、ラインプロット、バーグラフ、散布図、ヒストグラム、樹形図、ボックスプロット、そしてヒートマップで表示させることができます。このモジュールはDNAメチル化の状態(ベータ値)と、遺伝子発現解析の状態(P値)を一緒に視覚化し、関連性を調べることができます。

Methylation Moduleの特長
  • CpGレベルでのメチル化を計算し視覚化
  • 二つの実験群のメチル化状態を解析
  • ラインプロット、バーグラフ、散布図、ヒストグラム、樹形図、ボックスプロット、そしてヒートマップで結果を表示
  • DNAメチル化データと遺伝子発現データを統合表示
  • Illumina Genome Viewerで全ゲノムデータとベータ値の視覚化
  • Illumina Chromosome Browserで複数サンプルのベータ値の視覚化
Methylation Module
Polyploid Clustering Module
  • 倍数体生物のジェノタイピングデータを解析

Polyploid Clustering Moduleは小麦やジャガイモなどの倍数体生物のジェノタイピングデータを解析することができます。本モジュールでは、二つの有名な標準的濃度クラスタリングアルゴリズム:Ordering Points to Identify the Clustering Structure(OPTICS)およびDensity Based Spatial Clustering of Applications with Noise(DBSCAN)を使用し、サンプルを意味のあるクラスターに割り当てます。

倍数体種の遺伝子型の割り当ては、生物の集団および生物学に大きく依存します。このため、モジュールはクラスターへの割り当ては行いますが、ジェノタイプコールは行いません。

Polyploid Clustering Moduleの特長
  • 必要なだけクラスターをコールするため、6倍体または8倍体の研究が可能
  • 倍数体生物のクラスタリングを自動化
  • ジェノタイプコールを行うため、クラスターデータをサードパーティアプリケーションにエクスポート
Polyploid Clustering Module

適切なGenomeStudioモジュールへのアクセスが装置購入時についてきます。追加のユーザーおよびアプリケーションのライセンスは別途購入することができます。

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GenomeStudioソフトウェアデータシート
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GenomeStudioが広範な遺伝子解析アッセイでデータの視覚化および結果解析をどのように提供するのかご確認ください。

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