微生物全ゲノムシーケンスの概要
微生物全ゲノムシーケンスは、新規生物のゲノムマッピング、既知の生物のゲノム仕上げ、または複数のサンプルにわたるゲノム比較のための重要なツールです。細菌、ウイルス、およびその他の微生物ゲノム全体のシーケンスは、正確なリファレンスゲノムの生成、微生物の同定、およびその他の比較ゲノム研究のために重要です。
キャピラリーシーケンスやPCRベースのアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）は、微生物学研究者がマルチプレックスの力で何百もの生物をシーケンスすることを可能にします。従来の手法とは異なり、NGSベースの微生物ゲノムシーケンスは、手間のかかるクローニングステップに頼らず、時間を節約し、ワークフローを簡素化します。NGSは、見逃される可能性のある低頻度バリアントやゲノム再配列、または他の手法で同定するには高すぎる可能性のある低頻度バリアントやゲノム再配列を同定することができます。
De Novo微生物ゲノムシーケンス
De novo全ゲノムシーケンスは、ゲノムリファレンスを使用せずにゲノムを組み立てることを伴い、多くの場合、新しい微生物ゲノムのシーケンスに使用されます。イルミナのシーケンサーは、高品質のドラフトおよび完全な微生物ゲノムアセンブリのために、比類のない生のリード精度、リード長、リード深度を提供します。
Get the Illumina DNA Prep Advantage
A fast, integrated workflow for a wide range of applications, from human whole-genome sequencing to amplicons, plasmids, and microbial species.
微生物全ゲノムリシーケンス
微生物の全ゲノムリシーケンスでは、細菌、ウイルス、またはその他の微生物の全ゲノムをシーケンスし、そのシーケンスを既知のリファレンスと比較します。迅速で正確な微生物ゲノムシーケンス情報の生成は、低頻度の変異の検出、重要な欠失や挿入の検出、微生物株間のその他の遺伝子変化の発見に不可欠です。
Surveillance of Healthcare-Acquired Infections with Bacterial Genome Sequencing
Outbreak detection is possible through comprehensive isolate discrimination and characterization through microbial WGS.
主な微生物全ゲノムシーケンスワークフロー
この次世代シーケンスワークフローは、初心者向けに設計されており、このアプリケーションの各ステップで推奨される手法と製品について説明しています。
ワークフローを見る
主な製品
微生物検査法ガイド
ライブラリーの準備から最終的なデータ解析まで、必要な情報をすべて提供しています。お客様の研究室に合わせた、幅広い微生物学アプリケーションに最適なツールをお選びください。
ガイドを入手する
微生物全ゲノムシーケンスの推奨ワークフロー
これらの実験を実行するには複数の方法がありますが、これらはワークフローの各ステップで推奨される製品です。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップに対応する製品をご覧ください。
Illumina DNA Prep Library Prep Kit
ヒト全ゲノムシーケンスからアンプリコン、プラスミド、微生物の種まで、広範囲のアプリケーション用の迅速な統合ワークフロー。
Nextera XT Library Prep Kit小さなゲノム（バクテリア、古細菌、ウイルス）、アンプリコン、およびプラスミドのすぐにシーケンスできるライブラリーを90分未満で調製します。
TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kits
ゲルフリーワークフローの短縮、困難な領域をシーケンスする能力、ゲノム全体のバリアントを同定するパワーを備えたシンプルで包括的なライブラリー調製。
iSeqシステム
あらゆるラボでお求めやすく、高速で利用しやすい、ターゲットまたは小規模ゲノムシーケンス用のシーケンスパワー
MiniSeqシステム広範囲のターゲットDNAおよびRNAアプリケーションをサポート。
MiSeqシステム小型ゲノムの効率的なマッピングのための500サイクルキットを含む、いくつかのキット構成。1～4サンプルのコスト効率の高いシーケンスに利用できるマイクロフォーマットとナノフォーマット。
NextSeq 1000 & 2000システム
画期的なベンチトップシーケンサーは、現在および将来のさまざまなアプリケーションにおいて、より高い効率性と少ない制約で新しい発見を探索することを可能にします。
NovaSeq 6000システム拡張性のあるスループットと柔軟性により、ほぼすべてのゲノム、シーケンス手法、プロジェクト規模に対応します。
de novoアセンブリまたはコンティグと足場のマッピング用のBaseSpaceアプリ
Velvet de novoアセンブリNextera Mateペアデータに焦点を当てたベルベットアセンブラを使用した細菌のde novoアセンブリ。
ストリンググラフアセンブラコンティグアセンブリを実行し、足場を構築し、メイトペアアダプターシーケンスを削除し、アセンブリ品質メトリクスを計算します。
SPAdesゲノムアセンブラー微生物ゲノムシーケンスを組み立てるオンラインバイオインフォマティクスツール。
Prokkaゲノムアノテーション
de novoアセンブリシーケンスから、原核生物ゲノムの遺伝子に迅速にアノテーションを付け、コーディングシーケンスを同定します。
救出アセンブリエラーを除去し、コンセンサスシーケンスのギャップを埋めることで、細菌de novoアセンブリの足場を改善します。
TELLSeqTell-ReadおよびTell-Linkアプリは、de novo WGSのアセンブリの読み取りと作成を行います。
合わせて購入されることの多い製品
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補足資料
Saccharomyces cerevisiae Genomeのアセンブリ
このアプリケーションノートでは、MiSeqで小型ゲノムをシーケンスするための完全なワークフローについて説明します。
TELL-Seq：長距離シーケンスにスピードと精度をもたらす
TELL-Seqテクノロジーは、イルミナのNGSシステムが高精度で経済的なロングレンジシーケンス情報を生成できるようにするシンプルなライブラリー調製ソリューションです。
参考文献
- Köser CU, Bryant JM, Becq J, Török ME, Ellington MJ, et al. （2013）結核菌の迅速な感受性検査のための全ゲノムシーケンス。N Engl J Med 369(3):290–2.
- Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, et al. （2013）全ゲノムシーケンスにより、新しいmecA相同体mecCでMRSA分離株の人獣共通感染が同定されました。EMBO Mol Med 5(4):509–15。
- Kato-Maeda M, Ho C, Passarelli B, Banaei N, Grinsdale et al. （2013）全ゲノムシーケンスを使用して、感染拡大中の結核菌の微小進化を判定。PLoS One 8(3):e58235。