微生物の全ゲノムシーケンス
微生物の全ゲノムシーケンスは、新規微生物のゲノムのマッピング、既知微生物のゲノムフィニッシング、または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。また、全ゲノムシーケンスは、正確なレファレンスゲノムの生成、微生物同定および他の比較ゲノム研究にとって重要です。
キャピラリーシーケンスやPCRをベースとするアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）は、そのマルチプレックスの威力で、微生物学研究者が何百もの微生物をシーケンスするのを可能にします。従来の方法と異なり、次世代シーケンサーは、労力のかかるクローニングステップに頼ることなく、時間を節約してワークフローを簡素化します。次世代シーケンサーは、他の手法では見逃されるか、コストが膨大になり同定できないような低頻度多型およびゲノム再編成を同定することができます。
de novo 微生物ゲノムシーケンス
全ゲノムシーケンスとは、ゲノムレファレンスを用いずにゲノムをアセンブルすることであり、多くは新規微生物ゲノムのシーケンスに用いられます。イルミナのシーケンサーは、高品質なドラフトおよび完全な微生物ゲノムアセンブリーのために、比類のない生のリード精度、リード長およびリード深度を提供します。
微生物の全ゲノムリシーケンス
全ゲノムリシーケンスでは、微生物の全ゲノムをシーケンスして、そのシーケンスを既知のレファレンスのものと比較します。迅速かつ正確なシーケンス情報を産出することは、低頻度変異の検出、重要な欠失および挿入の発見、ならびに微生物株間における他の遺伝的変化の発見に不可欠です。
微生物全ゲノムシーケンスワークフローおよび製品のご提案
こうした実験を行うには多くの手法がありますが、それらの手法はワークフローのステップごとに製品としてご提案することができます。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。
QuickExtract細菌DNA抽出キット
グラム陽性菌およびグラム陰性菌からDNAを抽出する簡便な方法。
MasterPure Complete DNA and RNA精製キット
あらゆるタイプの生物物質からの無処置全核酸（TNA）、DNAまたはRNAの効果的な精製を可能にします。
Nextera Mate-Pairサンプル調製キット
ゲルを必要としない手法であり、低いDNAインプットで最高12 kbのライブラリーを調製します。この手法は、de novoシーケンス、ゲノムフィニッシングおよび構造上の変異検出にとって理想的です。
Nextera XTサンプル調製キット小さなゲノム（細菌、古細菌、ウイルス）、アンプリコンおよびプラスミドを対象とするシーケンスが即可能なライブラリーであり、ワークフローは90分以内（ハンズオンタイム15分）に終了します。
TruSeq DNA PCRフリーサンプル調製キット
シンプルで、ゲルを必要としない短いワークフロー、最も難しい領域をシーケンスする能力、および全ゲノムシーケンスアプリケーションのための最大量の多型を同定する力のすべてを兼ね備えたサンプル調製です。
MiSeqシステム
MiSeq v3試薬キット
最高出力15 Gbの使いやすいベンチトップ型シーケンサーおよび試薬
NextSeq 500The NextSeq desktop sequencing system is the first and only desktop sequencer to offer exome, transcriptome, and whole-genome sequencing.
MiSeq Reporter
各サンプルに関する品質およびカバレッジの情報のみならず、一次および二次解析データは、シンプルかつ直観的なグラフィック形式でご利用できます DNAStar SeqMan Ngen（BaseSpaceでご利用可能） 細菌ゲノムシーケンスのde novoアセンブリ
SPAdes Genome Assembler BaseSpace AppOnline bioinformatics tool for assembling microbial genome sequences.
Assemble bacteria de novo BaseSpace App
DNASTAR SeqMan NGen performs de novo assembly of bacterial genome sequences.
統合型ゲノミクスビューワー（IGV)
複雑な多型解析を行うために、多くのサンプル由来のアラインメントおよび多型を表示する強力なゲノムブラウザー。
電子メールにて微生物ゲノムにおける最新のニュース、事例研究、アプリケーションなどの情報をご提供します。ぜひご登録ください。
追加リソース
参考文献
- Köser CU, Bryant JM, Becq J, Török ME, Ellington MJ, et al. (2013) Whole-genome sequencing for rapid susceptibility testing of M. tuberculosis. N Engl J Med 369(3):290–2.
- Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, et al. (2013) Whole-genome sequencing identifies zoonotic transmission of MRSA isolates with the novel mecA homologue mecC. EMBO Mol Med 5(4):509–15.
- Kato-Maeda M, Ho C, Passarelli B, Banaei N, Grinsdale et al. (2013) Use of whole genome sequencing to determine the microevolution of Mycobacterium tuberculosis during an outbreak. PLoS One 8(3):e58235.