医療関連感染のサーベイランス

医療関連感染サーベイランスのためのゲノム

医療関連感染サーベイランスのためのゲノム

医療関連感染症(HAI)は、医療機関内で発生する感染症であり、高所得国では約7%、低・中所得国の急性期医療病院では約15%の患者が罹患すると推定されています。これらの感染症は、多剤耐性生物によって引き起こされることが多く、重大な罹患率と死亡率、医療費の増加、規制の不遵守につながる可能性があります。HAIのサーベイランスは、感染予防および制御プログラムの中核をなす要素であり、発生状況や感染経路の特定、感染予防および制御対策の指針提供、さらには特定病原体の流行状況や分布、耐性パターンに関する貴重なデータを提供する役割を果たします。1

このサーベイランスの取り組みの一環として、ゲノミクスは病原体の遺伝子構造に関する重要な洞察を解明し、感染拡大と感染経路に関する、より正確な同定と追跡を可能にしています。次世代シーケンサー(NGS)により、ラボや診療所は大規模並列ワークフローを活用し、従来にない速度とスケーラビリティでHAIに関連するゲノム研究を実施することが可能になりました。

医療関連感染サーベイランスのためのNGSアプリケーション

DNAシーケンスは、HAIの原因となる特定の微生物を同定し、抗菌薬に耐性を与える遺伝子の存在など、その遺伝子構造を特徴づける強力なツールです。この情報は、医療施設内での感染拡大を追跡し、さらなる感染拡大を防ぐ、ターゲット化した感染管理対策を実施するために使用できます。

病院からの廃水に含まれる抗生物質耐性遺伝子のアイコン
病院からの廃水に含まれる抗生物質耐性遺伝子

研究者が、病院からの廃水に含まれる抗生物質耐性遺伝子をどのように発見し、環境への耐性菌の循環を理解しているかをお読みください。


耐性株の追跡のアイコン
耐性株の追跡

次世代シーケンサー(NGS)は、HAIの増大する脅威に対処するため、研究者が多剤耐性病原体を追跡する上で重要なツールとして活用されています。以下に、NGSが病院で使用される他の方法と比較してどのような利点があるかを示します。


感染拡大検出のためのwgsサーベイランスのアイコン
全ゲノムシーケンス(WGS)サーベイランスで感染拡大の検出を強化

全ゲノムシーケンスによるサーベイランスと電子健康記録(EHR)を活用した機械学習を組み合わせることで、これまで検出されなかった感染拡大や感染経路を特定する方法について、この画期的な可能性を秘めたレポートをぜひお読みください。

細菌のゲノムシーケンス
細菌ゲノムシーケンスによる医療関連感染症サーベイランスの強化

このアプリケーションノートでは、イルミナのシーケンスとSRST2 BaseSpaceアプリを使用した病原性分離株の網羅的な同定について説明しています。

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病院内の多薬剤耐性菌

ネバダ州立健康研究所で、世界的な健康上の脅威であるカンジダ・アウリスを検出して、微量感染を防ぎ、感染拡大を防止するために、イルミナのシーケンスのプラットフォームがどのように使用されているかをご覧ください。

参考文献
  1. World Health Organization. Global report on infection and prevention control(感染および予防管理に関するグローバルレポート).who.int/publications/i/item/9789240051164. Published 2022.