次世代シーケンサー(NGS)は、研究者らがネオアンチゲンの同定、免疫反応を高める革新的な治療法の研究、および遺伝的変異がその効果に与える影響を解明するのに役立ちます。また、発現したネオアンチゲンの特性は、ワクチンや細胞治療法の開発にも貢献しています。
がん関連変異を包括的にカバーし、フィルタリングアルゴリズムの改良により、マイクロサテライト不安定性だけでなく、腫瘍変異負荷(TMB)におけるロバストな解析を行うことができます。
腫瘍変異負荷(TMB)の臨床的有用性が定義される一方、TMB分析を標準化しようとする取り組みが引き続き行われています。
最近の研究では、ターゲットシーケンスパネルを用いて、腫瘍変異負荷(TMB)が効果的に推定できることが示されています。5-6TMBスコアリングの精度を高めるために、ゲノムサイズ1.5Mb以上、免疫原性に寄与しそうにない変異をフィルタリングするアルゴリズムなど、特定の機能が推奨されています。5-6
がん細胞におけるタンパク質をコードする遺伝子変異は、免疫系が標的とする潜在的なネオアンチゲンの原因になります。NGSは、腫瘍特異的な反応を誘発するために適用できる新規の腫瘍抗原の予測的な選択を可能にします。
DNAやRNAは、エクソームシーケンスやトランスクリプトームシーケンスによって効率的に特性化されます。バイオインフォマティクスツールの改良により、免疫系が認識する変異ペプチドの提示を予測し、ネオアンチゲンの選択を支援します。
改良型インフォマティクスツールが、NGSに基づくネオアンチゲンの予測や腫瘍微小環境の研究を可能にします。
イルミナでは、腫瘍変異負荷(TMB)およびネオアンチゲン同定に対応したデータ解析オプションが利用できるライブラリー調製およびシーケンスオプションを複数ご用意しています。効率化されたワークフローとフレキシブルなキット構成で、さまざまな研究デザインに対応しています。
世界のシーケンスデータの約90%は、イルミナのSequence by Synthesis(SBS)ケミストリー*を用いて作成されています。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップに対応する製品をご覧ください。
低品質のサンプルでも、腫瘍変異負荷(TMB)やマイクロサテライト不安定性など、複数のバリアントタイプをターゲットにしたアッセイ。
TruSeq DNA Exome費用対効果の高いライブラリー調製およびエクソームエンリッチメントソリューションです。
ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)を含む限られたサンプルや低品質のサンプルから分離したヒトRNAを低コストで解析するためのソリューション。
TruSeq Stranded Total RNAライブラリー調製キットホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)を含むさまざまな生物種やサンプルタイプに対応した、堅牢で拡張性の高い全トランスクリプトーム解析ソリューション。
ラン当たり最大12エクソームをサポートする柔軟な構成。
ほぼすべてのゲノム、シーケンス手法、プロジェクト規模に対応する柔軟性と拡張性のあるスループット。
RNA-Seqやその他の一般的な手法のための、ユーザーフレンドリーなデータ解析アプリを探索します。
このアプリは、Isaacを用いてサンプルを高速にアライメントし、Indel、1塩基変異(SNV)、コピー数バリアント(CNV)、SVの解析とアノテーションを行います。
Size Matters: Dissecting Key Parameters for Panel-Based Tumor Mutational Burden (TMB) Analysis.
Int J Cancer 2019;144(4):848-858
Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade-based immunotherapy.
Science 2018;362(6411)
Tumor mutational load predicts survival after immunotherapy across multiple cancer types.
Nat Genet. 2019 doi: 10.1038/s41588-018-0312-8.
*ファイルにおけるデータ算出、イルミナ社、2017年