NTRK融合遺伝子
がん患者のNTRK融合遺伝子スクリーニング
遺伝子融合はがん組織系統に関わらず、転移性がんの15%で検出されます。キナーゼ融合遺伝子は、既知の融合遺伝子の35%を占めており¹、神経栄養性チロシンキナーゼ遺伝子（NTRK1、NTRK2、NTRK3）との融合遺伝子の治療法など、いくつかの新規治療法のターゲットになっています。
がんにおいてNTRK融合遺伝子が重要な理由
NTRK生物学の多様性と複雑性は、新規融合パートナーが度々発見されることで一層高まっています。ターゲット化が可能なキナーゼ融合は、融合パートナーに関わらず、チロシンキナーゼ阻害剤に対する反応を示します2。NTRK融合パートナーは、市販のアンプリコンベースのNTRK検出アッセイでは見逃される可能性があるため3-5、新規融合パートナーを検出できる包括的なアッセイには価値があります。
NTRK融合パートナーの70%は、市販のアンプリコンアッセイでは見逃される可能性があります 3-5。
NGSベースの新規NTRK融合遺伝子の検出
ハイブリッドキャプチャーケミストリーを使用してRNAを検索する次世代シーケンサー（NGS）アッセイは、新規NTRK RNA融合遺伝子をキャプチャーできます。プライマー設計の事前知識がなくても、未知の融合パートナーをキャプチャーしてシーケンスすることができるため、新規バイオマーカーの発見につながります。
遺伝子融合に目を向けると、臨床医が知っておくべき重要な遺伝子融合がますます増えていることがわかります。すなわち、ALK、RET、RAS 、NTRK、FGFR などです。NGSアプローチによる検査では、1回の反応ですべてを検査できるため、追加の組織を必要としません。
CGP（がんゲノムプロファイリング）検査は、NTRKのRNA融合遺伝子と多くの遺伝子を1回のアッセイで解析します
がんにおける融合ベースのバイオマーカーと標的治療の数は増加し続けています。時間やサンプルが限られている場合、個々のバイオマーカーの反復検査が困難になることがあります。CGPでは、関連バイオマーカーを1つの検査に集約し、ハイブリッドキャプチャーケミストリーを使用して新規融合遺伝子を検出することによりサンプル、時間、コストを大幅に節約することができます。
NTRKワークフローの例
ライブラリー調製
シーケンス
データ解析
Local Run Manager TruSight Oncology Comprehensive（JP）解析モジュール（装置に搭載されているソフトウェア）
*CEマーク付き体外診断用（IVD）製品
包括的NTRK融合遺伝子の検出
RNAベースのハイブリッドキャプチャーNGSでは、融合パートナーに依存しないDNAシーケンスのみより多くのNTRK融合遺伝子をキャプチャーできます。イルミナのNGSテクノロジーがNTRK融合遺伝子を含むより多くの融合遺伝子を検出する方法についてご覧ください。
NTRK融合遺伝子に関するニュースとインタビュー
希少遺伝子変異を有する患者を標的治療にマッチングさせる
Illumina TruSight Oncology Comprehensive（EU）検査では、NTRK融合遺伝子を有するがん患者に対しBayerのVITRAKVI®（ラロトレクチニブ）を用いた標的治療が可能になります。
Vivek Subbiah, MDと実施する融合遺伝子検査
Vivek Subbiah, MDはNTRK遺伝子融合の次世代シーケンサーベースの検査によって、希少腫瘍や一般的な腫瘍を有する患者がどのような恩恵を得ることができるかを説明しています。
患者ケアを強化するための院内CGPの影響を評価する共同研究
イルミナはAllegheny Health Networkと協力して、組織サンプルと血液サンプルの両方を用いた院内検査の有効性を評価し、血液ベースの検査が最も有益である事例の識別を行います。
参考文献
- Zehir, et al. Mutational Landscape of Metastatic Cancer Revealed from Prospective Clinical Sequencing of 10,000 Patients Nat Med. 2017;23(6):703-713.
- Vitravki [package insert]. Stamford, CT: Loxo Oncology, Inc; November 2018.
- Hsiao SJ, Zehir A, Sireci AN, Aisner DL. Detection of tumor NTRK gene fusions to identify patients who may benefit from TRK inhibitor therapy. J Mol Diagn. 2019. doi: 10.1016/j.jmoldx.2019.03.008.
- OncomineTM Focus Assay, AmpliSeqTM Library page. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A35957. アクセス日：2019年2月14日。
- St. James’s Hospital, Cancer Molecular Diagnostics Solid Tumour Service User Guide, http://www.stjames.ie/Departments/DepartmentsA-Z/C/CancerMolecularDiagnosticsLaboratory/DepartmentinDepth/User%20handbook%20v2.pdf. アクセス日：2019年2月14日。
- Cheng DT, Mitchell TN, Zehir A, et al. Memorial Sloan Kettering-Integrated Mutation Proling of Actionable Cancer Targets (MSK-IMPACT): A hybridization capture-based next-generation sequencing clinical assay for solid tumor molecular oncology. J Mol Diagn. 2015;17(3):251-264.