微生物トランスクリプトミクス

微生物トランスクリプトームとメタトランスクリプトームの情報は、特定の抗生物質に対する耐性の予測、宿主と病原体の免疫相互作用の理解、遺伝子発現の変化の定量化、疾患進行の追跡に重要です。細菌、ウイルス、その他の微生物の次世代RNAシーケンス（RNA-Seq）は、トランスクリプトームやメタトランスクリプトーム情報を解析するための標準的な手法となっています。

トランスクリプトームは、生物のゲノムによってコードされるRNAの包括的なセットです。メタトランスクリプトームは、複雑なサンプル中の生物群によってコードされるすべてのRNAを包含します。

細菌、ウイルス、その他の微生物によるRNA-Seq実験により、包括的な微生物転写産物のアノテーションと定量化が可能になります。細胞RNAは抽出され、cDNAに変換されます。cDNAはシーケンスライブラリーの調製に使用されます。その後、シーケンスリードはリファレンスゲノムにマッピングされ、エクソンジャンクションやスプライシング部位などの特徴に関する定性的情報のほか、多くの実験セットで比較できる定量的転写データを提供します。

マイクロアレイなどのハイブリダイゼーションベースの方法とは異なり、RNA-Seqは、一般的および新規の転写産物の偏りのない鎖特異的同定を可能にします。幅広いダイナミックレンジにより、単一の細菌、ウイルス、またはその他の微生物RNA-Seq実験で高発現物質と低発現物質の両方を確実に同定できます。自動化に適した合理化されたワークフローにより、複数のサンプルを一度に処理できます。