結核（TB）サーベイランス
世界の健康危機に備える結核サーベイランス
結核（TB）サーベイランスは、COVID-19のすぐ後ろに潜む世界で2番目に死亡者が多い感染症であるこの疾患を根絶するための重要なステップです1。結核菌（Mtb）を含む結核菌群（MTBC）の細菌によって引き起こされる結核は、治療可能な疾患ですが、薬剤耐性結核（DR-TB）は依然として公衆衛生上の危機であり、保健安全保障上の脅威です1。ゲノムベースの結核サーベイランスは、以下の分野で公衆衛生当局を支援することができます。
- Mtbおよび非TB種の検出
- 抗結核薬に対する薬剤耐性の特性評価
- 伝播経路の追跡
- マイコバクテリウムの進化と、既存および新規治療法に抵抗性を示す新規変異のモニタリング
次世代シーケンサーの識別力により、感染拡大に対してスピードと自信をもって対処することができます。
NGS：結核の検出、特性評価、根絶のための革新的なアプローチ
NGSが薬剤耐性結核（DR-TB）研究の未来をどのように支えているかをご覧ください。このeBookでは、DR-TBが世界に及ぼす影響を解説するとともに、WHOの結核撲滅の目標達成に向けたNGSの活用方法を詳しく説明しています。また、結核のゲノム調査や研究に適用可能なイルミナのターゲット化した全ゲノムシーケンスワークフローの概要も網羅しており、有益な一冊です。
eBookをダウンロードするNGSがDR-TBサーベイランスを前進
DR-TBは、1つ以上の抗TB薬に耐性を示すMTBCであり、病原体の診断、治療、根絶を制御する上で大きな課題となります2。これらの菌株の検出と特性評価は疾患サーベイランスの重要な部分です。
NGSは、Mtbおよび抗結核薬に対する薬剤耐性に関連する遺伝子領域を広く捕捉する独自の能力を備えており、結核の臨床研究の進歩に最適です。NGSを通じて得られる洞察には、以下が含まれます。
- ヌクレオチドレベルの遺伝子多型を正確に特性化。3
- 複数の遺伝子領域または全ゲノムの詳細なシーケンス情報。3
- 幅広い第一選択および第二選択抗結核薬に対する耐性の検出。3,4
- 臨床的関連性のあるマイコバクテリア種の鑑別検出。4,5
- MTBC株のジェノタイピングとスポリゴタイピング。4
- 混合感染とヘテロ耐性を亜集団の3%まで検出。4
イルミナは、結核撲滅を目指す世界保健機関（WHO）の使命を全面的に支援しています。世界結核デーのためのこの包括的なインフォグラフィックでは、結核の治療薬、治療、サーベイランス方法、視覚化された結核統計に関する情報を示しています。
tNGSでDR-TB検出を変革：エビデンス、コスト分析、および導入に関する考慮事項
結核検出における最新の進歩について、世界中の専門家がご紹介します。このオンデマンド動画シリーズでは、薬剤耐性結核との闘いに次世代シーケンサーを採用することの経済的、科学的、および政策的な意味について解説します。
- 疫学と医療経済学の専門家であるDr. Alice Zwirlingが、薬剤耐性結核を検出するためのターゲット次世代シーケンス（tNGS）の経済解析について説明します。
- FINDのゲノミクスおよびシーケンスの責任者であるAnita Suresh氏が、薬剤耐性結核（TB）検出のためのターゲット次世代シーケンサー（tNGS）と、エビデンスから政策への移行について講演します。
- Dr. Shaheed Omarが、南アフリカにおける薬剤耐性結核の検出のためのターゲット次世代シーケンサーの導入について説明します。彼は、南アフリカにおける全ゲノムシーケンシングの取り組み、その過程で直面した現在の薬剤耐性検出方法の課題、および薬剤耐性結核の検出におけるNGSの有望な役割について説明します。
主な製品
IlluminaとGenoscreen Deeplex Myc-TB Combo Kit
このキットは、MTBC株とマイコバクテリア種を同定するtNGSパネルであり、MTBC株のジェノタイピングと薬剤耐性変異を予測するためのソリューションを提供します。これは、結核の薬剤耐性を特性評価し、48時間未満で迅速に結果が得られる包括的で培養不要のソリューションです。
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ムンバイにおける結核サーベイランスのためのゲノミクスの活用
この特集記事では、インドのムンバイにあるP.D.ヒンドゥージャ病院および医療研究センターで、Dr. Camilla RodriguesがNGSを活用して薬剤耐性結核（DR-TB）と闘っている様子をご紹介します。
薬剤耐性菌の発生源を探る
Dr. Supplyへのインタビューをご紹介します。このインタビューでは、DB-TBの深刻化する問題、Illumina NGSシステムがその検出にもたらす価値などについて取り上げています。
南アフリカにおける薬剤耐性結核との闘い
NGSを使用したDR-TBの検出と追跡に関して、ヨハネスブルグにある南アフリカ結核センターのサイエンティフィックリードの意見をぜひお読みください。
細菌の直接コロニーシーケンス
効率的で費用対効果の高いFlex Direct Colonyメソッドにより、個別のDNA分離や高精度な定量ステップが不要になります。
Swapna Uplekar氏のECCMID 2023における動画
この講演では、FIND（スイス）の上級科学責任者であるDr. Swapna Uplekarが、薬剤耐性結核の検出と診断のためにターゲットNGSを活用する方法を紹介します。
結核患者から提唱者へ
結核の元患者が、世界で2番目に多い感染症による死因である結核に立ち向かうために、どのように他者を支援する活動に取り組むようになったかをご覧ください。
参考文献
- Tuberculosis. who.int/news-room/fact-sheets/detail/tuberculosis. Accessed September 20, 2023.
- Castro RAD, Borrell S, Gagneux S. The within-host evolution of antimicrobial resistance in Mycobacterium tuberculosis. FEMS Microbiol Rev. 2021 Aug 17;45(4) doi: 10.1093/femsre/fuaa071
- 結核菌複合体における薬剤耐性に関連する変異の検出のために、次世代シーケンサー技術を使用するテクニカルガイド。ジュネーブ：世界保健機関; 2018. iris.who.int/handle/10665/274443. Accessed September 21, 2023.
- Jouet A, Gaudin C, Badalato N, et al. 13種類の抗結核薬に対する感受性または耐性を、培養不要で予測するためのディープアンプリコンシーケンス。Eur Respir J. 2021 Mar 18;57(3):2002338. doi: 10.1183/13993003.02338-2020.
- Guidance for the surveillance of drug resistance in tuberculosis, sixth edition（結核における薬剤耐性サーベイランスのためのガイダンス、第6版）。ジュネーブ：World Health Organization; 2020. iris.who.int/handle/10665/339760. Accessed September 21, 2023.