Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションに対応する、高速で、統合されたライブラリー調製のワークフロー。

~3-4時間

アッセイ時間

1〜1.5時間

ハンズオンタイム

小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。

インプット量

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Nextera DNA Flex製品は、現在Illumina DNA Prepと呼ばれています。(M)は、350 bp以下のインサートサイズを生成するビーズ結合トランスポソームを示します。Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654、20091656、20091658、20091660)を注文することをお勧めします。IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D(20027213、20027214、20042666、20042667)のIDTの生産は終了しており、最終注文日は2025年1月30日です。

概要

Illumina DNA Prep は、以前はNextera DNA Flexと呼ばれていましたが、ヒト全ゲノムシーケンスからシーケンスアンプリコン、プラスミド、微生物種まで、幅広いDNAインプットタイプと量からノーマライズされたシーケンス対応ライブラリーを調製するための迅速でロバストかつ柔軟なワークフローを提供します。1

  • 均一なゲノムカバレッジと卓越したデータ品質を実現 

  • 統合DNA抽出プロトコールによりライブラリー調製効率を向上 

  • 迅速で使いやすいワークフローにより、ライブラリー調製時間の合計を約3.5時間に短縮 

信頼できる結果の取得

Illumina DNA Prep ワークフローは、DNA インプット量やゲノム サイズに関係なく、一貫したインサートサイズ、均一なカバレッジ、最適化されたパフォーマンスを実現します。ビーズベースのテクノロジーにより、バイアスやエラーの可能性が最小限に抑えられるため、再現性の高いシーケンスデータが得られます。 

柔軟なスループットオプションへのアクセス

Illumina DNA/RNA UD Indexes Setは、最大384のユニークデュアルインデックスを提供し、読み取りを精確に割り当て、フロー セルの有効に利用できるようにします。 


Illumina DNA Prepプロダクトライン

幅広いアプリケーションで使用できる、高速で最適化されたシーケンスライブラリー調製ソリューションを見つけましょう。

仕様

必要な製品

シーケンスに使用するサンプルプーリングのレベルに関係なく、各Illumina DNA Prepキットには、プロトコールを完了するために以下のインデックスキットのうちの一つが必要です。可能な限り、独自のデュアルインデックスを使用することをお勧めします。お客様のアプリケーションに最適なインデックスオプションの選択の詳細をご覧ください。 

インデックスキットには、Nextera DNAまたはNextera XT Index Kitとの互換性はありません。 

Flex Lysis Kitは、Illumina DNA Prepでの血液DNA抽出を補完する別個の製品です。

Illumina精製ビーズはIllumina DNA Prepキットに含まれており、別途購入する必要はありません。  

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アプリケーション

Illumina DNA Prepは、幅広いDNAインプット範囲(1~500 ng)をサポートし、大きな全ゲノムからアンプリコン、プラスミド、微生物種まで、わずか約3.5時間でシーケンスサンプル用の高品質のライブラリーを提供します。 

ワークフローの例

プロジェクトの推奨事項

装置 サンプルタイプとアプリケーション
(最小カバレッジまたはリード/サンプル)
フローセルあたりのサンプル 推奨リード長
NextSeq 2000システム ヒトゲノム(30xカバレッジ、>120 Gb) P2 - 1サンプル、P3 - 3サンプル、P4 - 4サンプル 2 x 150 bp

細菌分離株全ゲノム(5 Mbゲノムの30xカバレッジ、1サンプルあたり150 Mb)

P1 - 192サンプル、P2 - 384サンプル 2 x 150 bp

シャローショットガンメタゲノミクス(1Mシングルリードまたは2M PEリード/サンプル)

P1 - 96サンプル、P2 - 384サンプル 2x150または2x300 bp

ショットガンメタゲノミクス(10Mシングルリードまたは20M PEリード/サンプル)

P1 - 10サンプル、P2 - 40サンプル、P3 - 120サンプル、P4 - 180サンプル 2x150または2x300 bp
NovaSeq 6000システム ヒトゲノム(30xカバレッジ、>120 Gb) SP - 2サンプル、S1 - 4サンプル、S2 - 10サンプル、S4 - 24サンプル 2 x 150 bp

細菌分離株全ゲノム(5 Mbゲノムの30xカバレッジ、1サンプルあたり150 Mb)

SP - 384サンプル 2 x 150 bp

シャローショットガンメタゲノミクス(1Mシングルリードまたは2M PEリード/サンプル)

SP - 384サンプル 2 x 150 bp

ショットガンメタゲノミクス(10Mシングルリードまたは20M PEリード/サンプル)

SP - 80サンプル、S1 - 150サンプル、S2 - 384サンプル 2 x 150 bp
NovaSeq Xシステム ヒトゲノム(30xカバレッジ、>120 Gb) 1.5B - 4サンプル、10B - 24サンプル、25B - 64サンプル 2 x 150 bp

細菌分離株全ゲノム(5 Mbゲノムの30xカバレッジ、1サンプルあたり150 Mb)

1.5B - 384サンプル 2 x 150 bp

シャローショットガンメタゲノミクス(1Mシングルリードまたは2M PEリード/サンプル)

1.5B - 384サンプル 2x150または2x300 bp

ショットガンメタゲノミクス(10Mシングルリードまたは20M PEリード/サンプル)

1.5B - 150サンプル、10B - 384サンプル 2x150または2x300 bp

関連するアプリケーションと手法

ドキュメント

製品資料

製品比較

Illumina DNA Prep TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano Nextera XT DNA Library Preparation Kit
アッセイ時間 ~3-4時間 合計アッセイ時間5時間 ~6時間 ~5.5時間でDNA抽出からライブラリーのノーマライズまで。(ライブラリー調製時間:~90分)。
自動化機能 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム 自動液体分注システム
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 さまざまなサンプルタイプとDNAインプット量に対応する迅速で柔軟なライブラリー調製ワークフローにより、ヒトから微生物の全ゲノムシーケンスまで、幅広いアプリケーションにアクセスできます。  ゲノムの困難な領域を配列解析できる、全ゲノムシーケンスのためのシンプルで包括的なPCR-Free Prep。 高いゲノムカバレッジ品質とバイアスの低減を実現するローインプット研究法。 小規模ゲノム、PCRアンプリコンおよびプラスミド用のシーケンスライブラリーを90分で調製でき、必要なインプット量が少量です。
ハンズオンタイム 1〜1.5時間 4時間 ~4時間 15分
インプット量 小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。 DNA 1 ug 100 ng ゲノムDNA 1 ng DNA
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NextSeq 550Dx システム研究(RUO)モード, NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, 研究(RUO)モードのMiSeqDx システム, MiniSeq System, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeq System, NextSeq 500システム
作用機序 ビーズ結合トランスポソーム メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローはPCRフリー、ゲルフリー。 メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローでは、低バイアスPCRを使用し、ゲルフリーです。 酵素による断片化
手法 アンプリコンシーケンス, 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス, ショットガンシーケンス シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス アンプリコンシーケンス, 全ゲノムシーケンス, 16S rRNAシーケンス, de novoシーケンス, ショットガンシーケンス
マルチプレックス 最大384のユニークデュアル(UD)の組み合わせと96のコンビナトリアルデュアル(CD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ ユニークにインデックスされた最大384サンプルをプールし、一緒にシーケンスできます。
核酸の種類 DNA DNA DNA DNA
Sample type details Blood, dried blood spots, saliva, and amplified single cell DNA or cDNA. FFPE samples are demonstrated but not validated.
特殊なサンプルタイプ 血液, FFPE非対応, 唾液 FFPE非対応 FFPE非対応, 少量インプットサンプル 少量インプットサンプル, シングルセル
生物種カテゴリー ショウジョウバエ, すべて, 哺乳類, マウス, 酵母, ゼブラフィッシュ, ヒト, ラット, 植物, ウイルス, 線形動物, 細菌 その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物 その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物 ショウジョウバエ, すべて, 哺乳類, マウス, 酵母, ゼブラフィッシュ, 真菌, ヒト, ラット, 植物, ウイルス, 線形動物, 細菌
生物種詳細 任意の種に対応 ほとんどの大きなDNAゲノムに対応。 ほとんどの大きなDNAゲノムに対応。 任意の種に対応
Analytical sensitivity ~ 350 bp 350 bpまたは550 bp 350 bpまたは550 bp 300 bp~1.5 kb
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス シーケンス
バリアントクラス 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 構造バリアント

選択ツール:

イルミナのビーズ結合トランスポソームケミストリー

(A) ビーズ結合トランスポソームは、gDNAの断片化およびイルミナシーケンスプライマーの付加を同時に媒介します。(B) サイクルを減らしたPCR増幅により、すぐにシーケンスできるDNA断片を増幅し、インデックスとアダプターを付加します。(C) すぐにシーケンスできる断片を洗浄しプーリングします。

Illumina DNA Prepは最速のイルミナワークフローを提供します

DNA抽出からライブラリーノーマライゼーションおよびプーリングまでのワークフロー時間の総比較。Illumina DNA Prepは、ステップ数が最も少なく、合計ワークフロー時間が最も速いワークフローを作成します。 

カバレッジ均一性の向上

(A) Illumina DNA Prepは、TruSeq DNA Nanoキットに匹敵するゲノム全体で均一なカバレッジを提供します。(B) GC含有率が極めて高いまたは低い微生物のカバレッジを示します。オンビーズタグメンテーションライブラリー調製の化学的性質が改善されたことから、Illumina DNA PrepはNextera XTよりも均一なカバレッジを示しています。

リソース

動画とウェビナー

サムネール

Illumina DNA Prep:はじめに

Illumina DNA Prepキットを開始するための入門プレゼンテーション資料。

サムネール

イルミナの迅速でシンプルなライブラリー調製

イルミナの迅速でシンプルなライブラリー調製とエンリッチメントワークフローを体験してください。

サムネール

Joyn BioによるイルミナNGSの使用事例

Ginkgo BioworksとBayerの合弁企業であるJoyn Bioは、イルミナのNGSを使用して、Ginkgoの合成生物学の専門知識とBayerの微生物および農業の専門知識を統合し、農業ソリューション用の微生物を設計しています。

Illumina DNA Prepは、酵素による断片化の利便性を提供し、ライブラリー調製後の定量化の必要性を最小限に抑えます。

DNAライブラリー調製とRNAライブラリー調製の両方に、使いやすく、迅速でシンプルなソリューションを提供するために設計されたイルミナのテクノロジーについてご覧ください。

その他のリソース

オンビーズタグメンテーションライブラリー調製ケミストリーは、DNA抽出、断片化、ライブラリー調製、ライブラリーノーマライゼーションを統合します。

ライブラリー調製 (2)

Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (24 Samples, IPB)

20060060

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。イルミナ精製ビーズが含まれています。エンリッチメントプローブパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (96 Samples, IPB)

20060059

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。イルミナ精製ビーズが含まれています。エンリッチメントプローブパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (9)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Discounts:

IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Nextera™ DNA CD Indexes (96 Indexes, 96 Samples)

20018708

20のインデックス、8つのi500および12のi700インデックスを含み、96のサンプルのラベル付けに十分な96のデュアルインデックス機能を提供します。インデックスは96ウェル形式で提供されます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Nextera DNA Flex - Customer Site

20022900

ゲノムDNAの定量と品質管理、ライブラリーの品質と量の確認、Nextera DNA Flexワークフロー全体のトレーニング。

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お問い合わせ

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アクセサリー製品 (6)

Illumina® Lysis Kit

20042221

Illumina DNA PCR-Free Prepで血液サンプルを処理するための溶解キットが1つ含まれています。ライブラリー調製アダプターとインデックスアダプターは別売りです。

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Illumina Purification Beads 30 ml

20119944

Illumina Purification Beads 30 ml

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Illumina Purification Bead, 100mL

20060057

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器が1個含まれています。ライブラリー調製試薬および濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Illumina Purification Bead, 400mL

20060058

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器4個が含まれます。ライブラリー調製試薬および濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Flex Lysis Reagent Kit (96 reactions)

20018706

Illumina DNA PrepおよびIllumina DNA Prep with Enrichmentで血液サンプルを処理するための試薬が含まれます。ライブラリー調製、濃縮、濃縮プローブパネル、およびインデックスアダプター試薬は別売りです。

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NextSeq PhiX Control Kit

FC-110-3002

NextSeqイルミナシーケンスプラットフォーム用DNAコントロール。10 µnM PhiXソリューションで最大150 bpのシングルエンドリードおよびペアエンドリードに対応。

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選択中の製品一覧

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よくある質問

はい、イルミナは血液と唾液の両方に対して特定の抽出プロトコールを設計しました。プロトコールはIllumina DNA Prepリファレンスガイドに記載されています。

一般的に、Illumina DNA Prepは、ほとんどのリキッドハンドリング処理システムと互換性を持たせるように設計されています。 イルミナの自動化パートナーは全員、1つ以上の既存の自動化プラットフォームに対応する手法を構築しています。

詳細については、ライブラリー調製の自動化ページをご覧ください。 

GCが豊富な領域のカバレッジは、使用するサーマルサイクラーのモデル、設定、性能の影響を受ける可能性があります。イルミナは、Illumina DNA Prepとの併用に向けて、Bio-Rad DNA Engine Tetrad 2、Bio-Rad S1000、Bio-Rad C1000、およびMJ Research PTC-225 DNA Engine Tetradサーマルサイクラーを検証しました。その他のサーマルサイクラーでは性能が異なるため、ゲノムカバレッジに影響を与える可能性があります。

はい、Illumina DNA Prepの最小インプット範囲(1~500 ng)では、Dryed Blood Spot(DBS)カードから抽出されたDNAを使用できます。 

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

NextSeq 1000/2000試薬

NextSeq 1000/2000システムの試薬は、使いやすいカートリッジと複数のフローセル構成を備えており、柔軟なシーケンスオプションが可能です。

Illumina DNA Prep with Enrichment

幅広いアプリケーションに対応する完全なターゲットリシーケンスソリューションは、迅速な統合ワークフローとカスタムおよび固定エンリッチメントパネルの選択肢を取り揃えています。

注釈

1. Bruinsma S, Burgess J, Schlingman D, et al. Bead-Linked Transposomes Enable a Normalization-Free Workflow for NGS Library Preparation. 2018;19:722. BMC Genomics. Published online 2018 Oct 1. doi: 10.1186/s12864-018-5096-9

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