Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションに対応するライブラリー調製を実現する、高速で統合されたワークフローです。

約3~4時間(DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで)

アッセイ時間

1〜1.5時間

ハンズオンタイム

1~500 ng DNA

インプット量

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Nextera DNA Flex製品は、現在はIllumina DNA Prepとして提供されています。(M)は、350 bp以下のインサートサイズを生成するビーズ結合トランスポソームを示します。

概要

Illumina DNA Prep(旧Nextera DNA Flex) は、ヒト全ゲノムシーケンスからアンプリコン、プラスミド、微生物種まで、幅広いDNAインプットタイプおよび量から、シーケンス可能なノーマライズされたライブラリーを調製するための、迅速かつロバストで柔軟なワークフローを提供します。1

  • 均一なゲノムカバレッジと卓越したデータ品質を実現 

  • 統合DNA抽出プロトコールによりライブラリー調製効率を向上 

  • 迅速で使いやすいワークフローにより、ライブラリー調製時間の合計を約3.5時間に短縮 

信頼性の高い結果の提供

Illumina DNA Prepワークフローは、DNAインプット量やゲノムサイズに関わらず、一貫したインサートサイズ、均一なカバレッジ、最適化されたパフォーマンスを実現します。ビーズベースのテクノロジーにより、バイアスやエラーの発生が最小限に抑え、再現性の高いシーケンスデータを提供します。

柔軟なスループットオプションを利用可能

Illumina DNA/RNA UD Indexes Setは、最大384のユニークデュアルインデックスを提供し、高精度なリードアサインメントとフローセルの効率的な利用を実現します。 


Illumina DNA Prep製品ライン

幅広いアプリケーションで使用できる、高速で最適化されたシーケンスライブラリー調製ソリューションをご覧ください。

仕様

必要な製品

シーケンスに使用するサンプルプーリングのレベルに関係なく、Illumina DNA Prepの各キットについて、プロトコールを完了するには以下のインデックスキットのうちの一つが必要です。可能な限り、独自のデュアルインデックスの使用をお勧めします。お客様のアプリケーションに最適なインデックスオプションの選択の詳細をご覧ください。 

本インデックスキットには、Nextera DNAまたはNextera XT Index Kitとの互換性はありません。 

Flex Lysis Kitは、Illumina DNA Prepでの血液DNA抽出を補完する別個の製品です。

Illumina精製ビーズはIllumina DNA Prepキットに含まれており、別途購入する必要はありません。  

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アプリケーション

Illumina DNA Prepは、幅広いDNAインプット範囲(1~500 ng)に対応し、大きな全ゲノムからアンプリコン、プラスミド、微生物種まで、わずか約3.5時間でシーケンスサンプル向けの高品質なライブラリー調整を完了できます。

ワークフローの例

プロジェクトの推奨事項

装置 サンプルタイプとアプリケーション
(最小カバレッジまたはリード/サンプル)
フローセルあたりのサンプル 推奨リード長
NextSeq 2000システム ヒトゲノム(30xカバレッジ、>120 Gb) P2 - 1サンプル、P3 - 3サンプル、P4 - 4サンプル 2 x 150 bp

細菌分離株全ゲノム(5 Mbゲノムの30xカバレッジ、1サンプルあたり150 Mb)

P1 - 192サンプル、P2 - 384サンプル 2 × 150 bp

シャローショットガンメタゲノミクス(1Mシングルリードまたは2M PEリード/サンプル)

P1 - 96サンプル、P2 - 384サンプル 2x150または2x300 bp

ショットガンメタゲノミクス(10Mシングルリードまたは20M PEリード/サンプル)

P1 - 10サンプル、P2 - 40サンプル、P3 - 120サンプル、P4 - 180サンプル 2x150または2x300 bp
NovaSeq 6000システム ヒトゲノム(30xカバレッジ、>120 Gb) SP - 2サンプル、S1 - 4サンプル、S2 - 10サンプル、S4 - 24サンプル 2 × 150 bp

細菌分離株全ゲノム(5 Mbゲノムの30xカバレッジ、1サンプルあたり150 Mb)

SP - 384サンプル 2 × 150 bp

シャローショットガンメタゲノミクス(1Mシングルリードまたは2M PEリード/サンプル)

SP - 384サンプル 2 × 150 bp

ショットガンメタゲノミクス(10Mシングルリードまたは20M PEリード/サンプル)

SP - 80サンプル、S1 - 150サンプル、S2 - 384サンプル 2 × 150 bp
NovaSeq Xシステム ヒトゲノム(30xカバレッジ、>120 Gb) 1.5B - 4サンプル、10B - 24サンプル、25B - 64サンプル 2 × 150 bp

細菌分離株全ゲノム(5 Mbゲノムの30xカバレッジ、1サンプルあたり150 Mb)

1.5B - 384サンプル 2 × 150 bp

シャローショットガンメタゲノミクス(1Mシングルリードまたは2M PEリード/サンプル)

1.5B - 384サンプル 2x150または2x300 bp

ショットガンメタゲノミクス(10Mシングルリードまたは20M PEリード/サンプル)

1.5B - 150サンプル、10B - 384サンプル 2x150または2x300 bp

関連するアプリケーションおよび手法

ドキュメント

製品資料

製品比較

Illumina DNA Prep TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano Nextera XT DNA Library Preparation Kit
アッセイ時間 約3~4時間(DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで) アッセイの合計所要時間は5時間 合計アッセイ時間約6時間 NA抽出から正規化ライブラリーまで約5.5時間。(ライブラリー調製時間:約90分)
自動化機能 Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s)
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 さまざまなサンプルタイプとDNAインプット量に対応する迅速で柔軟なライブラリー調製ワークフローにより、ヒトから微生物の全ゲノムシーケンスまで、幅広いアプリケーションにアクセスできます。  ゲノムの困難な領域を配列解析できる、全ゲノムシーケンスのためのシンプルで包括的なPCR-Free Prep。 高いゲノムカバレッジ品質とバイアスの低減を実現するローインプット研究法。 DNAローインプット要件で、小規模ゲノム、PCRアンプリコンおよびプラスミド用のシーケンス対応ライブラリーを90分で調製します。
ハンズオンタイム 1〜1.5時間 4時間 ~4時間 15分
インプット量 小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。 DNA 1 ug 100 ng ゲノムDNA 1 ng DNA
システム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiSeqDx システム研究(RUO)モード, MiniSeqシステム, NextSeq 550Dx システム研究(RUO)モード, NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiSeqDx システム研究(RUO)モード, MiniSeqシステム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, MiSeqDx システム研究(RUO)モード, MiniSeqシステム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiniSeqシステム, NextSeq 500 System
作用機序 ビーズ結合トランスポソーム メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローはPCRフリー、ゲルフリー。 メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローでは、低バイアスPCRを使用し、ゲルフリーです。 酵素による断片化
手法 アンプリコンシーケンス, 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス, ショットガンシーケンス シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス アンプリコンシーケンス, 16S rRNAシーケンス, 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス, ショットガンシーケンス
マルチプレックス 最大384のユニークデュアル(UD)の組み合わせと96のコンビナトリアルデュアル(CD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ ユニークにインデックスされた最大384サンプルをプールし、一緒にシーケンスできます。
核酸の種類 DNA DNA DNA DNA
サンプルタイプの詳細 血液、乾燥血液スポット、唾液、および増幅された単一細胞DNAまたはcDNA。FFPEサンプルは実証済みですが、検証はされていません。
対応サンプルタイプ 血液, FFPE非対応, 唾液 FFPE非対応 FFPE非対応, 少量インプットサンプル 少量インプットサンプル, シングルセル
生物種カテゴリー ショウジョウバエ, Any species, 哺乳類, マウス, 酵母, ゼブラフィッシュ, ヒト, ラット, 植物, ウイルス, 線形動物, 細菌 その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物 その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物 ショウジョウバエ, Any species, 哺乳類, マウス, 酵母, ゼブラフィッシュ, 真菌, ヒト, ラット, 植物, ウイルス, 線形動物, 細菌
生物種詳細 任意の種に対応 ほとんどの大きなDNAゲノムに対応。 ほとんどの大きなDNAゲノムに対応。 任意の種に対応
ターゲットインサートサイズ ~350 bp 350 bpまたは550 bp 350 bpまたは550 bp 300 bp~1.5 kb
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス シーケンス
バリアントクラス 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失(LOH), 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失(Indel), コピー数バリアント(CNV) 1塩基変異多型(SNP), 構造バリアント

選択ツール:

イルミナのビーズ結合トランスポソームケミストリー

(A) ビーズ結合トランスポソームは、gDNAの断片化およびイルミナシーケンスプライマーの付加を同時に媒介します。(B) サイクルを減らしたPCR増幅により、シーケンス可能なDNA断片を増幅し、インデックスとアダプターを付加します。(C) シーケンス可能な断片を洗浄しプーリングします。

Illumina DNA Prepは、最速のイルミナワークフローを提供します

DNA抽出からライブラリーノーマライゼーションおよびプーリングまでの合計ワークフロー時間の比較。Illumina DNA Prepは、最小限の工程で完了し、合計ワークフロー時間の短縮を実現します。 

優れたカバレッジ均一性

(A) Illumina DNA Prepは、TruSeq DNA Nanoキットと同等の、ゲノム全体にわたる均一なカバレッジを提供します。(B) GC含有率が極めて高い、または低い微生物ゲノムにおけるカバレッジを示します。オンビーズタグメンテーションによって改善されたライブラリー調整ケミストリーにより、Illumina DNA Prepは、Nextera XTよりも均一なカバレッジを実現しています。

リソース

動画およびウェビナー

サムネール

Illumina DNA Prep:紹介

Illumina DNA Prepキットをはじめるための入門プレゼンテーション資料。

サムネール

迅速かつシンプルなイルミナのライブラリー調製

迅速かつシンプルなイルミナのライブラリー調製とエンリッチメントワークフローをぜひご体験ください。

サムネール

顧客事例:Joyn Ginkgo

Ginkgo BioworksとBayerの合弁企業であるJoyn Bioは、イルミナのNGSを使用して、Ginkgoの合成生物学の専門知識とBayerの微生物および農業の専門知識を統合し、農業ソリューション用の微生物を設計しています。

Illumina DNA Prepは、酵素ベースの効率的な断片化プロセスにより、ライブラリー調製後の定量作業の負担を軽減します。

DNAライブラリー調製とRNAライブラリー調製の両方に対応する、使いやすく迅速かつシンプルなソリューションを実現する、イルミナのテクノロジーをご覧ください。

その他のリソース

オンビーズタグメンテーションライブラリー調製ケミストリーは、DNA抽出、断片化、ライブラリー調製、ライブラリーノーマライゼーションを統合します。

ライブラリー調製 (2)

Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (24 Samples, IPB)

20060060

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。Illumina Purification Beadsが含まれています。濃縮プローブパネルとインデックスアダプターは別途ご購入ください。

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Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (96 Samples, IPB)

20060059

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。Illumina Purification Beadsが含まれています。濃縮プローブパネルとインデックスアダプターは別途ご購入ください。

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インデックスアダプター (5)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Nextera™ DNA CD Indexes (96 Indexes, 96 Samples)

20018708

20インデックス(8 i500インデックス、12 i700インデックス)を含み、合わせて96デュアルインデックスを提供し、96サンプルの標識に十分に対応します。インデックスは96ウェル形式で提供されます。ライブラリー調製およびプローブパネルは別途ご購入ください。

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サービス (1)

Illumina DNA Prep- Customer Site

20022900

Illumina DNA Prepライブラリー調製ワークフローの1日間のオンサイトトレーニング。参加者は、サンプルインプットおよびライブラリー調製、品質管理、ベストプラクティス、トラブルシューティングを含むワークフローのすべてのステップを学習します。イルミナがサポートするシーケンスおよびIllumina DNA Prepワークフローに特化したデータ解析ツールに関するトレーニングが含まれます。

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アクセサリー製品 (6)

Illumina® Lysis Kit

20042221

Illumina DNA PCR-Free Prepで血液サンプルを処理するための溶解キットが1つ含まれています。ライブラリー調製アダプターとインデックスアダプターは別売りです。

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Illumina Purification Beads 30 ml

20119944

Illumina Purification Beads 30 ml

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Illumina Purification Bead, 100mL

20060057

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器が1個含まれています。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Illumina Purification Bead, 400mL

20060058

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器4個が含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Flex Lysis Reagent Kit (96 reactions)

20018706

Illumina DNA PrepおよびIllumina DNA Prep with Enrichmentで血液サンプルを処理するための試薬が含まれます。ライブラリー調製、濃縮、濃縮プローブパネル、およびインデックスアダプターの試薬は別途ご購入ください。

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NextSeq PhiX Control Kit

FC-110-3002

NextSeqイルミナシーケンスプラットフォーム用DNAコントロール。シングルエンドおよびペアエンドリードに対応、最大300塩基対、10 µlの10 nM PhiX溶液。

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選択中の製品一覧

製品名

数量

単価

よくある質問

はい、イルミナでは、血液と唾液の両方に対して特定の抽出プロトコールを用意しています。プロトコールはIllumina DNA Prepリファレンスガイドに記載されています。

Illumina DNA Prepは、一般的なリキッドハンドラーとの互換性を考慮して設計されています。さらに、イルミナの自動化パートナー各社は、既存の自動化プラットフォームに対応した手法を開発しています。

詳細については、ライブラリー調製の自動化ページをご覧ください。 

GCが豊富な領域のカバレッジは、使用するサーマルサイクラーのモデル、設定、性能の影響を受ける可能性があります。イルミナは、Illumina DNA Prepとの併用について、Bio-Rad DNA Engine Tetrad 2、Bio-Rad S1000、Bio-Rad C1000、およびMJ Research PTC-225 DNA Engine Tetradサーマルサイクラーを検証しました。その他のサーマルサイクラーは、性能が異なるため、ゲノムカバレッジに影響を与える可能性があります。

はい、Illumina DNA Prepの最小インプット範囲(1~500 ng)では、Dryed Blood Spot(DBS)カードから抽出されたDNAを使用できます。 

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NovaSeq Xシリーズのご購入

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

NextSeq 1000/2000試薬

NextSeq 1000/2000システム用の試薬は、使いやすいカートリッジ形式で提供され、柔軟なシーケンス オプションを実現する複数のフローセル構成を備えています。

Illumina DNA Prep with Enrichment

幅広いアプリケーションに対応する完全なターゲットリシーケンスソリューションは、迅速な統合ワークフローとカスタムおよび固定エンリッチメントパネルの選択肢を取り揃えています。

参考文献

1. Bruinsma S, Burgess J, Schlingman D, et al. Bead-Linked Transposomes Enable a Normalization-Free Workflow for NGS Library Preparation. 2018;19:722. BMC Genomics. Published online 2018 Oct 1. doi: 10.1186/s12864-018-5096-9

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