Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

約3~4時間(DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで)

アッセイ時間

1〜1.5時間

ハンズオンタイム

小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。

インプット量

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Nextera DNA Flex製品は、現在Illumina DNA Prepと呼ばれています。(M)は、約350 bpのインサートサイズを生成するビーズ結合トランスポソームを示します。Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654、20091656、20091658、20091660)を注文することをお勧めします。IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D(20027213、20027214、20042666、20042667)のIDTの生産は終了しており、最終注文日は2025年1月30日です。

概要

Illumina DNA Prep は、以前はNextera DNA Flexと呼ばれていましたが、ヒト全ゲノムシーケンスからシーケンスアンプリコン、プラスミド、微生物種まで、幅広いDNAインプットタイプと量からノーマライズされたシーケンス対応ライブラリーを調製するための迅速でロバストかつ柔軟なワークフローを提供します。1

  • 均一なゲノムカバレッジと卓越したデータ品質を実現 

  • 統合DNA抽出プロトコールによりライブラリー調製効率を向上 

  • 迅速で使いやすいワークフローにより、ライブラリー調製時間の合計を約3.5時間に短縮 

信頼できる結果の取得

Illumina DNA Prep ワークフローは、DNA インプット量やゲノム サイズに関係なく、一貫したインサートサイズ、均一なカバレッジ、最適化されたパフォーマンスを実現します。ビーズベースのテクノロジーにより、バイアスやエラーの可能性が最小限に抑えられるため、再現性の高いシーケンスデータが得られます。

柔軟なスループットオプションへのアクセス

Illumina DNA/RNA UD Indexes Setは、最大384のユニークデュアルインデックスを提供し、読み取りを精確に割り当て、フロー セルの有効に利用できるようにします。

イルミナアドバンテージ製品の入手可能性

本製品はIllumina Advantage(TG)製品としてもご用意しています。Illumina Advantageの大規模なシーケンス製品は、ロット単位の出荷検査、より長い有効期間、そして事前製品変更通知の提供を特長とし、研究室の効率性を高めます。


Illumina DNA Prep製品ライン

幅広いアプリケーションで使用できる、高速で最適化されたシーケンスライブラリー調製ソリューションを見つけましょう。


仕様


必要な製品

シーケンスに使用するサンプルプーリングのレベルに関係なく、各Illumina DNA Prepキットには、プロトコールを完了するために以下のインデックスキットのうちの一つが必要です。可能な限り、独自のデュアルインデックスを使用することをお勧めします。お客様のアプリケーションに適したインデックスオプションの選択の詳細 をご覧ください。 

インデックスキットには、Nextera DNAまたはNextera XT Index Kitとの互換性はありません。

Flex Lysis Kitは、Illumina DNA Prepでの血液DNA抽出を補完する別個の製品です。

Illumina精製ビーズはIllumina DNA Prepキットに含まれており、別途購入する必要はありません。  

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アプリケーション

Illumina DNA Prepは、幅広いDNAインプット範囲(1~500 ng)をサポートし、大きな全ゲノムからアンプリコン、プラスミド、微生物種まで、わずか約3.5時間でシーケンスサンプル用の高品質のライブラリーを提供します。 

ワークフローの例


主なアプリケーションノート


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

1 sample per run (high output; based on 30× coverage of a human genome)

最大2 × 150 bp

NovaSeq 6000 System

2–10 samples per run  (dual flow cell; based on 30× coverage of a human genome)

最大2 × 125 bp(高速ラン) 
最大2 × 150 bp(高出力)


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

比較する

Illumina DNA Prep TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano Nextera XT DNA Library Preparation Kit
アッセイ時間 約3~4時間(DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで) 合計アッセイ時間5時間 合計アッセイ時間約6時間 DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで約5.5時間。(ライブラリー調製時間:約90分)。
Automation capability Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots
自動化の詳細 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 さまざまなサンプルタイプとDNAインプット量に対応する迅速で柔軟なライブラリー調製ワークフローにより、ヒトから微生物の全ゲノムシーケンスまで、幅広いアプリケーションにアクセスできます。  ゲノムの困難な領域を配列解析できる、全ゲノムシーケンスのためのシンプルで包括的なPCR-Free Prep。 高いゲノムカバレッジ品質とバイアスの低減を実現するローインプット研究法。 DNAローインプット要件で、小規模ゲノム、PCRアンプリコンおよびプラスミド用のシーケンス対応ライブラリーを90分で調製します。
ハンズオンタイム 1〜1.5時間 4時間 約4時間 15分
インプット量 小さなゲノム(微生物など)の場合はDNA 1~500 ng、大きなゲノム(ヒトなど)の場合はDNA 100~500 ng。(血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。 DNA 1 ug 100 ng ゲノムDNA 1 ng DNA
システム MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeqシステム, NextSeq 500 Desktop Sequencer
作用機序 ビーズ結合トランスポソーム メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローはPCRフリー、ゲルフリー。 メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローでは、低バイアスPCRを使用し、ゲルフリーです。 酵素による断片化
手法 Amplicon sequencing, Whole-genome sequencing, De novo sequencing, Shotgun sequencing Genotyping by sequencing, Whole-genome sequencing, Shotgun sequencing Genotyping by sequencing, Whole-genome sequencing, Shotgun sequencing Amplicon sequencing, Whole-genome sequencing, 16s rRNA sequencing, De novo sequencing, Shotgun sequencing
マルチプレックス 最大384のユニークデュアル(UD)の組み合わせと96のコンビナトリアルデュアル(CD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ 最大24のシングル、96のコンビナトリアルデュアル(CD)、24のユニークデュアル、96のユニークデュアル(UD)の組み合わせ ユニークにインデックスされた最大384サンプルをプールし、一緒にシーケンスできます。
Nucleic acid type DNA DNA DNA DNA
サンプルタイプの詳細 FFPEサンプルでの使用は検証されていません 
Specialized sample types Blood, Not FFPE-compatible, Saliva Not FFPE-compatible Not FFPE-compatible, Low-input samples Low-input samples, Single cells
Species category Drosophila, すべて, Mammalian, マウス, Yeast, Zebrafish, ヒト, ラット, Plant, Virus, Nematode, Bacteria Other, Mammalian, マウス, ヒト, ラット, Plant Other, Mammalian, マウス, ヒト, ラット, Plant Drosophila, すべて, Mammalian, マウス, Yeast, Zebrafish, Fungal, ヒト, ラット, Plant, Virus, Nematode, Bacteria
生物種詳細 任意の種に対応 ほとんどの大きなDNAゲノムに対応。 ほとんどの大きなDNAゲノムに対応。 任意の種に対応
ターゲットインサートサイズ 約350 bp 350 bpまたは550 bp 350 bpまたは550 bp 300 bp~1.5 kb
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Chromosomal abnormalities, Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants

選択ツール:

イルミナのビーズ結合トランスポソームケミストリー

(A) ビーズ結合トランスポソームは、gDNAの断片化およびイルミナシーケンスプライマーの付加を同時に媒介します。(B) サイクルを減らしたPCR増幅により、すぐにシーケンスできるDNA断片を増幅し、インデックスとアダプターを付加します。(C) すぐにシーケンスできる断片を洗浄しプーリングします。

Illumina DNA Prepは最速のイルミナワークフローを提供します

DNA抽出からライブラリーノーマライゼーションおよびプーリングまでのワークフロー時間の総比較。Illumina DNA Prepは、ステップ数が最も少なく、合計ワークフロー時間が最も速いワークフローを作成します。 

カバレッジ均一性の向上

(A) Illumina DNA Prepは、TruSeq DNA Nanoキットに匹敵するゲノム全体で均一なカバレッジを提供します。(B) GC含有量が極めて高いまたは低い微生物のカバレッジを示します。オンビーズタグメンテーションライブラリー調製の化学的性質が改善されたため、Illumina DNA PrepはNextera XTよりも均一なカバレッジを示します。

リソース

DNAライブラリー調製とRNAライブラリー調製の両方に、使いやすく、迅速でシンプルなソリューションを提供するために設計されたイルミナのテクノロジーについて学びます。

Illumina DNA Prepキット入門プレゼンテーション。

オンビーズタグメンテーションライブラリー調製ケミストリーは、DNA抽出、断片化、ライブラリー調製、ライブラリーノーマライゼーションを統合します。

ライブラリー調製 (2)

Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (24 Samples, IPB)

20060060

24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。イルミナ精製ビーズが含まれています。エンリッチメントプローブパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (96 Samples, IPB)

20060059

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。イルミナ精製ビーズが含まれています。エンリッチメントプローブパネルとインデックスアダプターは別売りです。

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インデックスアダプター (9)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Nextera™ DNA CD Indexes (96 Indexes, 96 Samples)

20018708

20のインデックス、8つのi500および12のi700インデックスを含み、96のサンプルのラベル付けに十分な96のデュアルインデックス機能を提供します。インデックスは96ウェル形式で提供されます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Nextera DNA Flex - Customer Site

20022900

ゲノムDNAの定量と品質管理、ライブラリーの品質と量の確認、Nextera DNA Flexワークフロー全体のトレーニング。

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お問い合わせ

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アクセサリー製品 (6)

Illumina Purification Bead, 100mL

20060057

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器が1個含まれています。ライブラリー調製試薬および濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Illumina Purification Bead, 400mL

20060058

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器4個が含まれます。ライブラリー調製試薬および濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Flex Lysis Reagent Kit (96 reactions)

20018706

Illumina DNA PrepおよびIllumina DNA Prep with Enrichmentで血液サンプルを処理するための試薬が含まれます。ライブラリー調製、濃縮、濃縮プローブパネル、およびインデックスアダプター試薬は別売りです。

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Illumina® Free Adapter Blocking Reagent (12 Reactions)

20024144

この試薬をライブラリー調製時に使用することで、インデックスホッピングレベルが低減されます。

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Illumina® Free Adapter Blocking Reagent (48 Reactions)

20024145

この試薬をライブラリー調製時に使用することで、インデックスホッピングレベルが低減されます。

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NextSeq PhiX Control Kit

FC-110-3002

NextSeqイルミナシーケンスプラットフォーム用DNAコントロール。10 µnM PhiXソリューションで最大150 bpのシングルエンドリードおよびペアエンドリードに対応。

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選択中の製品一覧

製品名

数量

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よくある質問(FAQ)

はい、イルミナは血液と唾液の両方に対して特定の抽出プロトコールを設計しました。プロトコールはIllumina DNA Prepリファレンスガイドに記載されています。

一般的に、Illumina DNA Prepは、ほとんどの自動リキッドハンドリングシステムと互換性があるように設計されています。 

イルミナのオートメーションパートナーは全員、少なくとも1つの既存の自動化プラットフォームのための手法を開発しています。詳細については、各パートナーにお問い合わせください。 

GCが豊富な領域のカバレッジは、使用するサーマルサイクラーのモデル、設定、性能の影響を受ける可能性があります。イルミナは、Bio-Rad DNA Engine Tetrad 2、Bio-Rad S1000、Bio-Rad C1000、およびMJ Research PTC-225 DNA Engine TetradサーマルサイクラーをIllumina DNA Prep と使用するために検証しました。他のサーマルサイクラーでは性能が異なるため、ゲノムカバレッジに影響を与える可能性があります。

はい、Illumina DNA Prepの最小入力範囲(1~500 ng)では、Dryed Blood Spot(DBS)カードから抽出されたDNAを使用できます。 

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

参考文献

1. Bruinsma S, Burgess J, Schlingman D, et al. ビーズ結合トランスポソームは、NGSライブラリー調製のためのノーマライゼーションフリーワークフローを可能にします。2018;19:722。BMC Genomics. 2018年10月1日オンライン公開。doi: 10.1186/s12864-018-5096-9

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