De Novoシーケンス
De Novoシーケンスとは？
De novoシーケンスとは、アライメントに利用できるリファレンスシーケンスがない新規ゲノムのシーケンスを指します。シーケンスリードはコンティグとして組み立てられ、de novoシーケンスデータのカバレッジ品質は、コンティグのサイズと連続性（つまり、データ内のギャップ数）に依存します。
次世代シーケンサー（NGS）は、サンガーシーケンスなどの従来の手法と比較して、あらゆる種のより高速で正確な特性評価を可能にします。イルミナのNGSテクノロジーは、あらゆる種の迅速で包括的かつ正確な特性評価を提供します。
De Novoシーケンスの利点
- 複雑なゲノムや倍数体ゲノムでも正確なリファレンスシーケンスを生成
- 新規生物のゲノムマッピングや既知の生物のゲノム仕上げに有用な情報を提供します
- 非常に類似している領域や反復する領域を明確化し、正確なde novoアセンブリを実現
- 構造的バリアントや、欠失、逆位、転座などの複雑な再構成を同定
正確なDe Novoゲノムアセンブリ
ゲノムを初めてシーケンスする場合、組み合わせたアプローチにより、より高品質のアセンブリが得られます。例えば、短挿入、ペアエンド、長挿入のメイトペアシーケンスを組み合わせることで、カバレッジを最大化することができます。より深い深度でシーケンスされたショートリードは、長いインサートで覆われていないギャップを埋めることができます。
この組み合わせにより、幅広い構造バリアントタイプを検出することができ、複雑な再構成の正確な同定に不可欠です。
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包括的なDe Novoゲノムシーケンスワークフロー
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イルミナは、業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析まで、de novoシーケンスを簡素化する統合ワークフローを提供しています。
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Illumina DNA PCR-Free Prep
ヒトWGS、de novo微生物ゲノムアセンブリ、腫瘍/正常バリアントコーリングなどの高感度アプリケーション向けの優れた使いやすさ、均一なカバレッジ、高精度データ。
ロングリードシーケンス
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iSeq 100 システム
迅速で使いやすく、手頃な価格のシーケンスで、微生物種の均一なカバレッジとゲノムアセンブリを実現します。
MiSeqシステムターゲット化した小規模ゲノムシーケンスのためのスピードと簡潔性。
NovaSeq 6000システム拡張性のあるスループットと柔軟性により、ほぼすべてのゲノム、シーケンス手法、プロジェクト規模に対応します。
イルミナシーケンスプラットフォーム
シーケンスプラットフォームを比較して、それぞれのラボやアプリケーションに最適なシステムを特定できます。
シーケンス試薬イルミナのシーケンスシステムに適したシーケンス試薬、フローセル、バッファーが含まれるキットを検索できます。
BaseSpace SPAdes Genome Assemblerアプリ
シングルセルおよび分離ゲノムに適したDe novoアセンブラ。
BaseSpace Velvet De Novo Assemblyアプリベルベットアセンブラを使用した細菌ゲノムのde novoアセンブリ。
統合的ゲノミクスビューア複雑なバリアント解析を実行するための複数のサンプルからのアライメントとバリアントを表示します。
DRAGEN Bio-IT Platform
NGSデータの超高速二次解析を実行します。
BaseSpace Sequence HubNGSデータ解析と管理を行うイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。
NovaSeq 6000 Flow Cell Options
Reagent kits for the NovaSeq 6000 System are available in multiple flow cell configurations to support a broad range of applications. SP and S1 are ideal for small batch sizes or in situations where rapid turnaround time is required. S2 is a quick, powerful, and cost-effective option for high-throughput applications. S4 offers ultra-high throughput sequencing across a wide range of sequencing methods.
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*社内計算データ Illumina, Inc., 2015