はじめに：De Novo シーケンス
De novo シーケンスとはアライメント用のリファレンスシーケンスがない場合に新規ゲノムをシーケンスすることを指します。シーケンスリードはコンティグと同様にアセンブルされ、De novoシーケンスデータのカバレッジ品質は、コンティグのサイズと連続性（データ内のギャップ数）に依存します。
次世代シーケンス（NGS）はサンガーシーケンスなどの従来手法と比較して、どの生物種においても特性評価を迅速かつ精確に行うことができます。イルミナはメイトペアシーケンスおよびロングリードテクノロジーを提供し、生物種における精確で完全な特性評価のために短いリードを補完します。
De Novoシーケンスの利点
- 複雑なゲノムあるいは倍数体ゲノムの場合でも、精確なリファレンスシーケンスを生成
- 新規微生物のゲノムまたは既知の微生物のフィニッシングゲノムをマッピングするための有用な情報の提供
- 精確なde novoアセンブルのための、極めて類似したまたは反復性のある領域の明確化
- 欠失、挿入、転座などの構造多型および複雑な再編の同定
精確なゲノムアセンブリ
初めてゲノムシーケンスを行う場合、アプローチを組み合わせて高品質のアセンブリを行います。短いインサート、ペアエンド、および長いインサートを組み合わせるメイトペアシーケンスはカバレッジを最大化するための理想的な手法です。短いリードは高い深度でシーケンスされると、長いインサートではカバーされないギャップを埋めることができます。
この組合せは、最も広い範囲の構造多型タイプの検出を可能にし、複雑な再編の精確な同定にとって不可欠です。合成された長いリードも精確さを維持するために短いリードから「縫合」された長いコンティグを提供するため、アセンブリをサポートすることができます。
De Novo 微生物シーケンス 推奨ワークフロー
データ解析
Velvet De Novo Assembly ・ Prokka Genome Annotation
Push-button de novo assembly pipeline for bacterial samples, for rapid annotation of genes and identification of coding regions.
Assembly Report
Prokka Input Form
シーケンス手法エクスプローラー
このベータ版の直観的なツールでは、科学論文からまとめられた次世代シーケンサー（NGS）ライブラリー調製手法を探すことができるツールです。このツールは、上記にあるシーケンス手法レビュー記事、およびポスターの手法が含まれています。新しい手法については、継続的に追加する予定です。
De Novoゲノムシーケンスワークフロー
イルミナの1塩基合成反応（SBS：sequencing by synthesis）ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産出されています。*
イルミナは業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析までde novoシーケンスを単純化する統合ワークフローを提供します。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。
Nextera Mate Pair Library Prep Kit
シーケンス用のメイトペアライブラリーを少量のDNAから調製するゲルフリーおよびゲル使用の手法。
TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit
全ゲノムシーケンスまたはゲノムフェージングのために、短いリードからロングシーケンスリードを高精度にアセンブル。
MiSeq システム
ターゲットおよび低分子ゲノムシーケンスアプリケーション向けのスピードと使いやすさ。
NextSeq シリーズ1回のランで1つのヒトゲノムまで処理可能な、あらゆる生物種のゲノム、エクソーム、またはトランスクリプトームのシーケンスを実現する自由度の高い性能。
HiSeq 2500 システム1回のランで最大10個の高分子ゲノムシーケンスを実現する生産性に優れた性能と効率性。
HiSeq 3000/4000 システム1回のランで最大12個の高分子ゲノムシーケンスを実現する、低コストかつ大容量で多彩なアプリケーションに対応する高スループットシーケンサー。
NovaSeq 6000 システム
拡張性の高いスケーラブルなスループットと、すべてのゲノム、シーケンス手法、サンプル規模に対応するフレキシビリティー。
プラットフォーム比較ツールシーケンスプラットフォームを比較し、研究室およびアプリケーションに最適なシステムをお探しください。
シーケンス試薬イルミナのシーケンスシステム用のシーケンス試薬、フローセル、バッファーが同梱されているキットをご覧ください。
Nexteraメイトペア
SPAdesゲノムアセンブラーシングルセルゲノムおよび単離ゲノムに最適なDe novoアセンブラー。
Velvet De Novo アセンブルアプリNexteraメイトペアデータに焦点をおいてVelvetアセンブラーを用いる細菌ゲノムのDe novoアセンブリ。
TruSeq Synthetic Long-Readデータ
TruSeq Long-Readアセンブリアプリde novoゲノムアセンブリおよびゲノムフィニッシングのために、短いシーケンスリードから合成された長いリードを作成します。
可視化
Broad IGV複雑な変異解析を行なうための多数のサンプルからのアライメントおよび変異を表示します。
BaseSpace Sequence HubNGSデータの解析と管理のためのイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。
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その他のリソース
食の安全性を改善するためのシーケンス
南アフリカのAgricultural Research Councilの科学者はシーケンスを使って、既知および新規のサツマイモウイルスを同定しています。
* データはイルミナにて公的データベースをもとに計算（2015）