小規模ゲノムシーケンス(≤ 5 Mb)では、細菌、ウイルス、またはその他の微生物のゲノム全体をシーケンスし、そのシーケンスを既知のリファレンスと比較します。小さな微生物ゲノムのシーケンスは、公衆衛生、感染症サーベイランス、分子疫学研究、環境メタゲノムにおける食品検査に有用です。
従来のアプローチとは異なり、次世代シーケンサー(NGS)を用いた小規模全ゲノムシーケンス(WGS)研究では、手間のかかるクローニングステップに依存しません。また、NGSは、マルチプレックスを介して何百もの生物を同時にシーケンスすることを可能にします。NGSは、低頻度のバリアント、ゲノム再構成、およびその他の遺伝子変化を同定することができ、見逃されたり、他の手法で同定するにはコストがかかりすぎたりする可能性があります。小さなゲノムの場合、わずか2日間でDNAライブラリーを調製、シーケンス、解析できます。
Joseph Petrosino博士が全ゲノムショットガンシーケンスを使用して、微生物叢研究で機能的な遺伝子パスウェイと系統ベースの情報をどのように取得しているかをご覧ください。 これらの手法は、研究者や製薬会社に創薬と開発を改良するためのデータを提供します。
記事を読むイルミナのNGSは、感染症サーベイランスと感染拡大モデルにおいて独自の立場にあります。NGS法を比較し、SARS-CoV2の検出と特性評価、感染経路の追跡、同時感染の研究、ウイルスの進化を調べるためのソリューションを見つけます。
詳細はこちらイルミナのSequence by Synthesis(SBS)ケミストリーは、最も広く採用されている次世代シーケンサー(NGS)技術で、世界のシーケンスデータの約90%を生み出しています。*
イルミナは、業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析まで、小さなゲノムシーケンスを簡素化する統合ワークフローを提供しています。
特定の複雑なサンプルに存在するすべての生物のすべての遺伝子を包括的に解析します。見落とされたり、他の方法で同定するには高価すぎる可能性がある、非常に少量の微生物を検出します。ショットガンメタゲノムシーケンスの詳細はこちら。
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*データ計算はファイルに保存しています。Illumina, Inc., 2015