小規模全ゲノムシーケンス
小規模全ゲノムシーケンスの紹介
小規模ゲノムシーケンス（≤ 5 Mb）では、細菌、ウイルス、またはその他の微生物のゲノム全体をシーケンスし、そのシーケンスを既知のリファレンスと比較します。小さな微生物ゲノムのシーケンスは、公衆衛生、感染症サーベイランス、分子疫学研究、環境メタゲノムにおける食品検査に有用です。
スモールゲノムシーケンスの利点
- 単一生物の培養からすべての遺伝子を研究できます
- 数千の生物を並行してシーケンス
- 微生物またはウイルスゲノムの包括的な解析を提供
- 相同染色体から明確な遺伝子情報を提供することで、微生物またはウイルスサンプル内の新しいバイオマーカーの発見を支援し、ハプロタイピングをサポートします
迅速で培養不要の微生物解析
従来のアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）を用いた小規模全ゲノムシーケンス（WGS）研究では、手間のかかるクローニングステップに頼ることはありません。また、NGSにより、生物学者はマルチプレックスにより数百の生物を同時にシーケンスすることができます。NGSは、低頻度バリアント、ゲノム再構成、およびその他の遺伝子変化を同定することができ、見逃されたり、他の方法を使用して同定するにはコストがかかりすぎたりする可能性があります。小さなゲノムの場合、わずか2日でDNAライブラリーを調製、シーケンス、解析できます。
小規模全ゲノムシーケンスの推奨ワークフロー
ライブラリー調製
シーケンス
データ解析
全ゲノムシーケンスと創薬
Joseph Petrosino博士が、全ゲノムショットガンシーケンスを使用して、微生物叢研究で機能的な遺伝子パスウェイと系統ベースの情報をどのように取得しているかをご覧ください。 これらの手法は、研究者や製薬会社に創薬と開発を改良するためのデータを提供します。
記事を読むCOVID-19ソリューション
イルミナNGSは、感染症サーベイランスと感染拡大モデルにおいて独自の立場にあります。NGS法を比較し、SARS-CoV2の検出と特性評価、感染経路の追跡、同時感染の研究、ウイルスの進化を調べるためのソリューションを見つけます。
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包括的な小規模全ゲノムシーケンスワークフロー
イルミナのSequence by Synthesis（SBS）ケミストリーは、最も広く採用されている次世代シーケンサー（NGS）技術で、世界のシーケンスデータの約90%を生み出しています。*
イルミナは、業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析まで、小さなゲノムシーケンスを簡素化する統合ワークフローを提供しています。
関連ソリューション
ショットガンメタゲノミクス
特定の複雑なサンプルに存在するすべての生物のすべての遺伝子を包括的に解析します。見落とされがちな、または他の方法で同定するには高価すぎる、非常に少量の微生物を検出します。ショットガンメタゲノムシーケンスの詳細はこちら。
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Additional Resources
エボラウイルスの追跡
ハーバード大の研究チームは、エボラのアウトブレークの研究とウイルス変異の把握のためにシーケンスを利用しました。
NextSeq シリーズによる小さいゲノムサイズ生物種のシーケンス
NextSeqシリーズのシーケンスシステムは、使いやすい全ゲノムシーケンスソリューションをもたらします。
ワインおよびチーズのマイクロバイオーム研究
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海洋微生物のシングルセルシーケンス
Dr. Ramunas Stepanauskasは、シングルセルシーケンスを利用して海洋微生物の特性解析を行っています。
シーケンスによる致死性ブタウイルスの追跡
Dr. Ganwu Liなどの獣医学研究者は、シーケンスを利用して養豚業に脅威をもたらすウイルスを研究しています。
Nextera DNA Flex on the iSeq 100 System
View tips on transitioning to Nextera DNA Flex on the iSeq 100 System, including considerations for viral and bacterial sequencing.
*データ計算はファイルに保存しています。Illumina, Inc., 2015