小規模全ゲノムシーケンス
小規模全ゲノムシーケンスの紹介
小規模ゲノムシーケンス（≤ 5 Mb）は、細菌、ウイルス、他の微生物の全ゲノムをシーケンシングし、そのシーケンスを既知のリファレンスと比較する手法です。小規模微生物ゲノムシーケンスは、公衆衛生における食品検査、感染症監視、分子疫学研究、環境メタゲノムに役立ちます。
柔軟でアクセシブルなシーケンス装置
ベンチトップシーケンスシステムにより、初心者は幅広いアプリケーションにわたってターゲットシーケンスを実行できます。
小規模ゲノムシーケンスの利点
- 単一生物の培養からすべての遺伝子を研究できます
- 数千もの生物を並行してシーケンスします
- 微生物またはウイルスゲノムの包括的な解析を提供します
- 相同染色体からの特定の遺伝子情報を提供することによって、微生物やウイルスサンプル内で新たなバイオマーカーを探索できるようにし、ハプロタイプ解析をサポートします
迅速で培養不要の微生物解析
従来のアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）を用いた小規模全ゲノムシーケンス（WGS）研究は、手間のかかるクローニング工程を必要としません。また、生物学者は、NGSを使用したマルチプレックスにより数百の生物を同時にシーケンスすることが可能です。NGSは、他の方法では見逃される可能性がある、または同定するのにコストがかかりすぎる、低頻度の変異やゲノム再編成、その他の遺伝学的変異を同定することも可能です。小規模ゲノムの場合、最短2日でDNAライブラリーを調製し、シーケンシングと解析を行えます。
小規模全ゲノムシーケンスの推奨ワークフロー
全ゲノムシーケンスと創薬
Joseph Petrosino, PhDが全ゲノムショットガンシーケンスを使用して、どのようにマイクロバイオーム研究で機能遺伝子経路と株ベースの情報を取得しているかをご覧ください。 この手法は、研究者や製薬会社に創薬と開発を改良するためのデータを提供します。
記事を読むCOVID-19ソリューション
イルミナ次世代シーケンサー（NGS）は、感染症サーベイランスや感染拡大モデルにおいて独自の優位性を持っています。NGS法を比較し、SARS-CoV-2を検出して特性化し、感染経路を追跡し、同時感染を研究し、ウイルスの進化を調査するためのソリューションを見つけます。
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小規模全ゲノムシーケンスの全ワークフロー
イルミナのSequence by Synthesis（SBS）ケミストリーは、最も広く採用されている次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーであり、世界のシーケンスデータの約90%を生成しています。*
イルミナは、業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析までの小規模ゲノムシーケンス作業を簡素化する統合ワークフローを提供します。
画期的なゲノム探索へのアクセスを強化
イルミナのベンチトップ型シーケンスシステムは、世界中のラボでNGSテクノロジーをより身近なものにしています。これらのシステムが、微生物学研究、がん研究などにおいて、画期的な進歩をもたらすスピード、パワー、柔軟性をどのように実現しているかをご覧ください。MiSeq i100シリーズや、NextSeq 1000およびNextSeq 2000システムは、NGS研究の目標を手の届くものにします。
eBookをダウンロード関連ソリューション
微生物全ゲノムシーケンス（WGS）
新規生物のゲノムマッピング、既知生物のゲノムの解読、または複数のサンプルにわたるゲノムの比較が可能になります。全ゲノムシーケンスの詳細についてはこちらをご覧ください。
ショットガンメタゲノミクス
複雑なサンプルに存在するすべての生物のすべての遺伝子を包括的に解析します。他の方法では見逃されたり、コストが高すぎて特定できないような、極めて少量の微生物を検出することが可能です。ショットガンメタゲノミクスの詳細についてはこちらをご覧ください。
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Additional Resources
エボラウイルスの追跡
ハーバード大の研究チームは、エボラのアウトブレークの研究とウイルス変異の把握のためにシーケンスを利用しました。
NextSeq シリーズによる小さいゲノムサイズ生物種のシーケンス
NextSeqシリーズのシーケンスシステムは、使いやすい全ゲノムシーケンスソリューションをもたらします。
ワインおよびチーズのマイクロバイオーム研究
Dr. David Millsはワインおよびチーズ製造に関与する微生物のシーケンスにより、これらが製品の風味に及ぼす影響を解明しています。
海洋微生物のシングルセルシーケンス
Dr. Ramunas Stepanauskasは、シングルセルシーケンスを利用して海洋微生物の特性解析を行っています。
シーケンスによる致死性ブタウイルスの追跡
Dr. Ganwu Liなどの獣医学研究者は、シーケンスを利用して養豚業に脅威をもたらすウイルスを研究しています。
Nextera DNA Flex on the iSeq 100 System
View tips on transitioning to Nextera DNA Flex on the iSeq 100 System, including considerations for viral and bacterial sequencing.
*データ計算はファイルに保存しています。Illumina, Inc., 2015