腫瘍を特性付けるゲノムツール
腫瘍がどのように自然免疫反応を回避するかについて詳細な理解が進むにつれ、免疫腫瘍学（イムノオンコロジー）は、新たな分野としてがんとの闘いにおいて大きな進歩を遂げています。がん免疫研究を牽引する主要な研究者たちは、NGSテクノロジーを利用して免疫療法応答要因を研究し、バイオマーカーを発見し、個別化免疫療法にゲノミクスを応用しています。
腫瘍が免疫反応を阻害する機序に関する研究では、有望な治療標的が見つかっています。このような療法は、免疫系ががんを標的とする能力を高めるか、腫瘍が免疫反応を阻害する能力を制限します。さらに、NGSは腫瘍環境でどのパスウェイが活性化するか、またがん細胞の増殖、生存、侵入、および転移などのプロセスに関係しているのはどのパスウェイかを特定するのに役立ちます。
NGSを利用したがん免疫研究のソリューション
特定のがん療法に対する反応は、数多くの要因に影響されることが明らかとなっています。このようにダイナミックな相互作用を、NGSでリアルタイムに高感度な解析を行ってモニターすることができます。
注目のがん免疫療法研究
発生生物学と免疫療法の融合
シンガポールがん科学研究所のGuo-Liang Chew博士が、がんに対する免疫反応の制御における発生遺伝子の新しい役割について話すのをお聞きください。
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ヒト腫瘍の免疫プロファイリング
MDアンダーソンがんセンターのSwetha Anandhan医師は、チェックポイント阻害免疫療法を回避する悪性細胞の能力を強化するメカニズムについて研究しています。免疫チェックポイント阻害剤による治療後も持続する多形性膠芽腫におけるマクロファージのユニークな集団を、シングルセルRNAシーケンスを用いて特定しました。
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がん免疫研究におけるRNA-Seqの利点
トランスクリプトーム解析は、がん免疫療法研究の進展に貢献しています。このホワイトペーパーでは、57の腫瘍組織サンプルの定量分析において、ハイブリダイゼーションに基づくデジタルカウント法（Nanostring Technologies）と比較したIllumina TruSeq RNA Exomeの性能を実証しています。
ホワイトペーパーを読むがんの免疫療法研究に適したイルミナ製品
イルミナでは、がん免疫研究に対応したデータ解析オプションが利用できるライブラリー調製およびシーケンスオプションを複数ご用意しています。効率化されたワークフローとフレキシブルなキット構成で、さまざまな研究デザインに対応しています。
世界のシーケンスデータの約90％は、イルミナのSequence by Synthesis（SBS）ケミストリー*を用いて作成されています。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップに対応する製品をご覧ください。
TruSight Oncology 500
低品質のサンプルでも、腫瘍の変異負担やマイクロサテライト不安定性など、複数のバリアントタイプをターゲットにしたアッセイ。
TruSeq RNA Exomeライブラリープレップキットは、FFPEを含む限られたサンプルや低品質のサンプルから分離したヒトRNAを低コストで解析するためのソリューションです。
TruSeq DNA ExomeTruSeq DNA Exomeは、費用対効果の高いライブラリー調製およびエクソームエンリッチメントソリューションです。
AmpliSeq for Illumina 免疫応答パネル
腫瘍と免疫系の相互作用に関わる395遺伝子を対象とした標的RNA発現研究パネル。
イルミナDNAプレップ（エンリッチメント付き）オンビーズタグメンテーションケミストリーとシンプルなシングルハイブリダイゼーションプロトコルを組み合わせ、ワークフローの総時間を短縮します。
TruSeq Stranded Total RNAライブラリー調製キット様々な生物種やサンプルタイプに対応した、堅牢で拡張性の高い全トランスクリプトーム解析ソリューションです。
NextSeq 550システム
ラン当たり最大12エクソームをサポートする柔軟な構成。
NextSeq 1000および2000システムコスト効率が高く、使いやすいミッドスループットのベンチトップシーケンサーは、現在のアプリケーションと新しいアプリケーションの両方をサポートする極めて高い柔軟性を備えています。
NovaSeq 6000システム
ほぼすべてのゲノム、シーケンス手法、プロジェクト規模に対応する柔軟性と高いスループット。
BaseSpace Sequence Hubアプリ
RNA-Seqやその他の一般的な手法に対応したユーザーフレンドリーなデータ解析アプリです。
DRAGEN Bio-ITプラットフォームオンプレミスまたはクラウドで、NGSデータを正確かつ超高速に解析します。
Isaac Enrichmentアプリ
Isaac Genome Alignment SoftwareとIsaac Variant Callerを使ったエクソームデータ解析が行えます。
マルチオームシーケンスアプリケーション
10X Genomics Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression (遺伝子発現)
単一細胞の遺伝子発現とクロマチンアクセシビリティを統合し、遺伝子制御を行う細胞内メカニズムを明らかにします。
テクニカルノートを読むRNA-Seqと一緒にタンパク質の発現を測定する
バルクRNA-Seqにタンパク質検出を組み込む方法と、BEN-Seqのワークフローを開発し、細胞解析に全体的なアプローチを提供します。
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補足資料
がんおよび免疫疾患の原因となるウイルスの正体を暴く
Emilie Hultin博士と研究チームは、イルミナのシーケンサーを用いて、非黒色腫性の皮膚がんに関連する新種のHPVを同定しています。
* データ計算はファイルに保存しています。Illumina, Inc., 2015