空間トランスクリプトミクス

空間トランスクリプトミクスとは何ですか？

空間トランスクリプトミクスの主な利点は、組織切片にマッピングされた遺伝子発現パターンのトポグラフィー配置を提供し、構造と活性を関連付けることです。この能力により、研究者は細胞レベルで生物学的相互作用を明確化でき、腫瘍微小環境などの複雑な組織に対する新しい洞察を得られると共に、正常組織と疾患組織の細胞活性を比較するマッピングや、細胞活性の定量的アトラスの作成など、様々な応用が可能になります。

従来、免疫組織化学（IHC）およびin situハイブリダイゼーションは、組織切片における空間的な遺伝子発現を解明するための主要なツールとなってきました。しかし、この方法によるスループットは限られており、一度に解析できる遺伝子の数はわずかです。ハイスループットのイメージングとシーケンシングを組み合わせることで、RNA-Seqによる空間トランスクリプトミクスは、これまでアクセスできなかった形態学的なトランスクリプトームを表示します。空間RNA-Seq法は、組織検体内の生体分子の正確な位置を保持することで、健康と疾患のメカニズムの理解をさらに深めることができます。

空間生物学では、エピゲノム、ゲノム、プロテオミクスなどの他の解析方法を細胞レベルで組み込むことができ、同様に保存組織内の背景情報を提供します。これらの手法は、集合的に空間マルチオミクスという用語に分類され、生物系を包括的に理解するための多次元アプローチを提供します。多くの空間マルチオミクスアプリケーションにおいて、イルミナは、構造的、機能的、空間的洞察を結び付けて次の探索を可能にするNGSテクノロジーを提供しています。