空間トランスクリプトミクス

空間トランスクリプトミクスとは何ですか?

空間トランスクリプトミクスが無傷の組織切片における転写活性の包括的なロードマップを提供します。アプローチに応じて、この方法はハイブリダイゼーション技術または次世代シーケンサー(NGS)によるRNAシーケンサー(RNA-Seq)テクノロジーを用いて高感度で転写活性を検出することができます。方法にかかわらず、空間トランスクリプトミクスにより、構造的に保存された組織において、細胞レベルでmRNA発現を正確に解決することができます。

複雑な組織の空間トランスクリプトミクス

NanoString GeoMx Digital Spatial Profilerとイルミナシーケンスシステムを使用して、腎組織の高解像度、ハイスループットの空間トランスクリプトミクスについて学びます。

空間トランスクリプトミクスの利点

空間トランスクリプトミクスの主な利点は、組織切片にマッピングされた遺伝子発現パターンのトポグラフィー配置を提供し、構造と活性を関連付けることです。この能力により、研究者は細胞レベルで生物学的相互作用を明確にし、腫瘍微小環境などの複雑な組織に対する新しい洞察を得ることができます。

この方法では、正常組織と疾患組織における細胞活性をチャート化し、未知の相互作用を発見し、細胞活性の定量的アトラスを作成することができます。イルミナは、パートナーソリューションと統合するシーケンスプラットフォームとソフトウェア解析ツールを提供し、信頼性、拡張性、感度を備えたシームレスなエンドツーエンドの空間トランスクリプトミクスソリューションを提供します。

空間トランスクリプトミクスの仕組み

組織切片のmRNA発現を空間的に解決するために、切片化された凍結組織またはホルマリン固定パラフィン包埋組織からの転写産物は、空間的に局在化したプローブを使用してスライドに取り込まれるか、または光活性のin-situハイブリダイゼーションプローブを使用して特定の関心領域で直接検出されます。cDNAライブラリーはシーケンスされ、発現レベルを定量化するために解析されます。選択する方法に応じて、1,200~21,000のタンパク質コード遺伝子の発現を1回のリードアウトで定量的に解析し、組織切片の転写情報を得るために正確にマッピングすることができます。

組織切片の転写プロファイリング

10x GenomicsのVisium Spatial Gene Expressionを活用して、組織切片全体の転写プロファイリングを行います。

マルチオミクスの力

マルチオミクス手法が最先端のシーケンスとアレイテクノロジーによって研究に革命をもたらした経緯について、詳細なeBookをダウンロードしてください。

空間生物学へのマルチオミクスアプローチ

空間生物学では、エピゲノム、ゲノム、プロテオミクスなどの他の解析方法を細胞レベルで組み込むことができ、同様に保存組織内で状況に応じた情報を提供します。これらの手法は、集合的に空間マルチオミクスという用語に分類され、生物系を包括的に理解するための多次元アプローチを提供します。多くの空間マルチオミクスアプリケーションにおいて、イルミナは、構造的、機能的、空間的洞察を結び付けて次の発見を可能にするNGSテクノロジーを提供しています。

空間トランスクリプトミクスを用いた研究のハイライト

免疫アトラス

研究者が、空間トランスクリプトミクスを用いて発達中のヒト免疫システムのアトラスをどのように作成するかをご覧ください。

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腫瘍微小環境の理解

研究者が、微小環境、遺伝子発現、および治療奏功の違いを同定するために、どのように腫瘍の空間トランスクリプトミクスを使用しているかをご覧ください。

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多様な組織の空間マッピング

サイエンティストが、空間トランスクリプトミクスを使用して、さまざまな組織内の多様な細胞の空間レイアウトをどのように発見したかをご覧ください。

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注目のソリューション

シーケンス装置

イルミナのシーケンス装置をアプリケーション、スループット、その他の主要な仕様で比較し、ニーズに適したプラットフォームを決定します。

劣化した組織からのFFPE RNA-Seq

イルミナのRNA-Seqソリューションを使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織から高品質の結果を得ることができます。

空間的プロテオミクスおよびプロテオゲノミクスに関する洞察

Nanostring GeoMx DSPとイルミナシーケンスを使用してRNAとタンパク質の空間解析を組み合わせ、ヒト星細胞腫と膠芽腫サンプルの不均一な病理学を理解します。

注目のウェビナー

がん研究における動的な微小環境の解決

NGSベースのソリューションとNanoStringのGeoMxアッセイが、腫瘍や微小環境に対する深い洞察をどのように提供するかをご覧ください。

腫瘍免疫アトラスの構築

研究者が組織形態と生物活性を結び付け、腫瘍病理学のためのリファレンスアトラスを作成する様子をご覧ください。

発達中のヒト皮質の空間分解能

サイエンティストが、10xテクノロジー、シングルセルRNA-Seq、Visium with Illuminaシーケンスを使用して、発生中のヒト胎児皮質の空間分解能をどのように明らかにしているかをご覧ください。

空間生物学とがん研究の進歩

科学専門家は、空間生物学の観点から、NanoStringとイルミナのソリューションを使用したがん研究の歴史的な道のりを強調しています。

心臓組織の空間的時間的変化

早発性急性心筋梗塞における心臓組織のさまざまな領域の転写変化について学びます。

アルツハイマー病における単一細胞トランスクリプトームの展望

Vivek Swarup博士の空間トランスクリプトミクスの応用が、どのように後期アルツハイマー病の理解の進歩につながったかをご覧ください。

NextSeq 1000およびNextSeq 2000システムおよび試薬の詳細はこちら

75以上の画期的なイノベーションを備えたこれらのシーケンシングシステムは、ドライ装置、より簡単な実行セットアップ、およびオンボードの DRAGEN ソフトウェアによる高速二次解析を提供します。これまでで最もシンプルなワークフローを体験し、幅広い新興およびミッドスループットシーケンスアプリケーションを実行します。

詳細はこちら

試薬の発見

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お客様事例とリソース

細胞相互作用の視覚化

研究者が空間的洞察を用いて、シングルセルトランスクリプトームデータに別の次元を追加した方法をご覧ください。

腫瘍微小環境の理解

腫瘍微小環境が、疾患細胞の挙動に関する重要な手がかりをどのように提供できるかをご覧ください。

精密免疫療法

3本柱の解析アプローチが、がん免疫療法の有望な免疫ターゲットの同定にどのように役立っているかをご覧ください。

シーケンスベースの空間ゲノム解析

空間的マルチオミクスプロファイリングが、がん生検サンプルにおいて、いかに前例のない分子情報を提供できるかをご覧ください。

マルチオミクス研究の未来

空間情報が、がん研究のためのマルチオミクスデータの次世代の改善にどのように貢献しているかをご覧ください。

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複数のレベルのデータを研究に統合する方法を知りたいですか? マルチオミクスが、どのように生物学的システムをより包括的に理解できるかをご覧ください。

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当社は、従来の細胞および分子生物学の研究技術を超える技術を提供しており、お客様はゲノム、トランスクリプトミクス、およびエピゲノムデータの能力を効率的かつ正確に活用することができます。

単一細胞RNAシーケンス

シングルセルRNAシーケンスは、最小限のサンプルインプットで、複雑な生物学的システムを高解像度で解明するソリューションを提供します。

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)シーケンスとアレイ

イルミナのFFPEシーケンスとマイクロアレイソリューションの包括的な範囲を使用してFFPEサンプルを解析する方法を学びます。

がん研究におけるNGS

空間トランスクリプトミクスを含む、がん研究におけるNGSベースのアプリケーションのためのメソッドガイドが入手可能です。

シングルセルワークフローガイド

当社のeBookガイドをダウンロードして、シングルセルシーケンスでより高い検出力を実現する方法をご覧ください。

遺伝子発現および制御についてのリサーチ

Illumina RNA-Seq ソリューションがトランスクリプトームおよびエピジェネティック手法をどのように強化し、生物学の発見を前進させることができるかをご覧ください。

遺伝子発現とトランスクリプトーム解析

遺伝子発現と転写活性(コーディングとノンコーディング)の包括的な見解が、NGSベースのRNA-Seqを使用して生物学をより深く理解する上でどのように役立つかをご覧ください。