空間トランスクリプトミクスが無傷の組織切片における転写活性の包括的なロードマップを提供します。アプローチに応じて、この方法はハイブリダイゼーション技術または次世代シーケンサー(NGS)によるRNAシーケンサー(RNA-Seq)テクノロジーを用いて高感度で転写活性を検出することができます。方法にかかわらず、空間トランスクリプトミクスにより、構造的に保存された組織において、細胞レベルでmRNA発現を正確に解決することができます。
NanoString GeoMx Digital Spatial Profilerとイルミナシーケンスシステムを使用して、腎組織の高解像度、ハイスループットの空間トランスクリプトミクスについて学びます。
空間トランスクリプトミクスの主な利点は、組織切片にマッピングされた遺伝子発現パターンのトポグラフィー配置を提供し、構造と活性を関連付けることです。この能力により、研究者は細胞レベルで生物学的相互作用を明確にし、腫瘍微小環境などの複雑な組織に対する新しい洞察を得ることができます。
この方法では、正常組織と疾患組織における細胞活性をチャート化し、未知の相互作用を発見し、細胞活性の定量的アトラスを作成することができます。イルミナは、パートナーソリューションと統合するシーケンスプラットフォームとソフトウェア解析ツールを提供し、信頼性、拡張性、感度を備えたシームレスなエンドツーエンドの空間トランスクリプトミクスソリューションを提供します。
組織切片のmRNA発現を空間的に解決するために、切片化された凍結組織またはホルマリン固定パラフィン包埋組織からの転写産物は、空間的に局在化したプローブを使用してスライドに取り込まれるか、または光活性のin-situハイブリダイゼーションプローブを使用して特定の関心領域で直接検出されます。cDNAライブラリーはシーケンスされ、発現レベルを定量化するために解析されます。選択する方法に応じて、1,200~21,000のタンパク質コード遺伝子の発現を1回のリードアウトで定量的に解析し、組織切片の転写情報を得るために正確にマッピングすることができます。
10x GenomicsのVisium Spatial Gene Expressionを活用して、組織切片全体の転写プロファイリングを行います。
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空間生物学では、エピゲノム、ゲノム、プロテオミクスなどの他の解析方法を細胞レベルで組み込むことができ、同様に保存組織内で状況に応じた情報を提供します。これらの手法は、集合的に空間マルチオミクスという用語に分類され、生物系を包括的に理解するための多次元アプローチを提供します。多くの空間マルチオミクスアプリケーションにおいて、イルミナは、構造的、機能的、空間的洞察を結び付けて次の発見を可能にするNGSテクノロジーを提供しています。
新鮮凍結組織またはホルマリン固定パラフィン包埋組織を切片化し、スライドに調製します。
シーケンスステップ用のライブラリーのイメージ化と構築。
イルミナのシーケンス装置をアプリケーション、スループット、その他の主要な仕様で比較し、ニーズに適したプラットフォームを決定します。
イルミナのRNA-Seqソリューションを使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織から高品質の結果を得ることができます。
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