画期的なベンチトップシーケンサーは、現在および将来のさまざまなアプリケーションにおいて、より高い効率性と少ない制約で新しい発見を探索することを可能にします。
Ribo-Seqは、能動的翻訳を受けている転写産物を同定することで、遺伝子制御の重要な側面を可視化することができます。
リボソームプロファイリングとは？
リボソームプロファイリングは、リボソームで保護されたmRNA断片のディープシーケンスに基づく手法です。Ribo-Seq（リボソームシーケンス）またはART-Seq（能動的mRNA翻訳シーケンス）としても知られるリボソームプロファイリングは、特定の時点で細胞に活性のあるすべてのリボソームのスナップショットを提供します。この情報は、研究者がどのタンパク質が細胞内で積極的に翻訳されているかを判断するのに役立ちます。
リボソームプロファイリング解析は、細胞翻訳プロセスの系統的なモニタリングとタンパク質存在量の予測を可能にします。メッセージのどの領域が翻訳されているかを判断することは、複雑な生物のプロテオームを定義するのに役立ちます。超並列ハイスループット次世代シーケンサー（NGS）と組み合わせることで、Ribo-Seqを用いたリボソームプロファイリングにより、タンパク質産生のin vivo解析を詳細かつ正確に行うことができます。
リボソームプロファイリングの利点
リボソームプロファイリングのためのシーケンスライブラリーの生成
リボソームプロファイリングプロトコールでは、サイズ排除クロマトグラフィーをよく使用します。この手法では、リボソームで保護されたRNA断片をイルミナの装置でシーケンスと互換性のあるライブラリーに変換するステップが合理化されます。特殊な装置を必要としない、シンプルで迅速、かつスケーラブルな手法です。一方、ポリソームとモノソームを分離する他の手法は、スクロースグラジエントまたはクッションのいずれかを使用した数時間の超遠心に依存しています。
Ribo-Seqプロトコールとソリューション
イルミナのシーケンス装置を用いたリボソームプロファイリングに関する様々な論文が、参考資料として利用可能です。例えば、以下のNature Cell Biologyの論文では、早期の神経発達の研究におけるRibo-Seqの使用を考察しています。この論文には、Ribo-Seqによるサンプル調製とデータ解析プロトコールが記載されており、イルミナのNovaSeq 6000システムを用いてシーケンスが実施されたことが示されています。また、イルミナは現在、Ribo-Seqライブラリー調製キットは販売していませんが、イルミナのシーケンサー用に最適化されたRibo-Seqキットは、Immagina Biotechなどの他社から入手できます。
論文を読む：リボソームレベルと神経発達
注目の製品
データを管理、解析、共有するための経済的で強力なクラウドコンピューティング環境により、バイオインフォマティクスを簡素化します。
補足資料
このシーケンス手法では、単一細胞のリードアウト内の細胞表面タンパク質とトランスクリプトームデータを同時に定量化します。
ユーザーフレンドリーなソフトウェアツールにより、バイオインフォマティクスの経験に関係なく、生物学者のRNA-Seqデータ解析が簡素化されます。
Illumina TruSeq Ribo Profileキット（製造中止）は、このNature Protocols誌掲載論文に記載されているプロトコールと試薬に基づいていました。
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