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Ribosome Profiling

はじめに:リボソームプロファイリング

リボゾームプロファイリングはリボゾームが付加されたmRNA断片をディープシーケンスする手法です。これらの断片の精製とシーケンスにより、ある特定時における細胞内のリボゾームの活動を捉えることができます。この情報により、細胞内でどのタンパク質が活性化されているかを同定することができます。

リボゾームプロファイリングは細胞翻訳プロセスの系統的なモニタリングとタンパク質量の予測を可能にします。どの領域のmRNAが翻訳されているかを決定することにより、複雑な生物種のプロテオームの理解を進めることができます。イルミナの次世代シーケンサーと組み合わせることで、リボゾームのプロファイリングは高精度で詳細な in vivo のタンパク質産出解析を行えます。

リボソームプロファイリングの利点

遺伝子制御の重要な側面を明確にする翻訳処理をされている転写産物を同定します。

  • 転写制御の解析
  • Identify translation start sites
  • タンパク質合成率の評価
  • タンパク質量の予測

リボソームプロファイリングのためのシーケンスライブラリーを産出

リボゾームプロファイリングはサイズ排除クロマトグラフィーが使われています。この手法では、イルミナ次世代シーケンサーと互換性のあるライブラリーをリボゾームが付加されたRNA断片から作製するステップを合理化しています。シンプルで迅速、拡張性の高いこの手法は、特別な機器を必要としません。ポリソームやモノソームを抽出する他の手法の場合、ショ糖密度勾配やクッションを使い、数時間にもわたる超遠心分離法を必要としています。

Featured Products for Ribosome Profiling

NextSeq 550 System

柔軟性のパワーに、スピードと簡素化をもたらし、日々のゲノム解析に使えるシステムです。ランあたり7-20サンプルのリボソームプロファイリングが可能です。

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BaseSpace TopHat Alignment App

Aligns RNA reads and detects gene fusions using the industry-standard method. Integrated with the Cufflinks Assembly & DE App.

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Alternative to TruSeq Ribo Profile

The TruSeq Ribo Profile kits, which have been discontinued, are based on the following published protocol for ribosome profiling: Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nat Protoc. 2012;7(8);1534-1550. This publication provides detailed information about the reagents required for the assay and where they can be purchased.

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関連ソリューション

がん研究:遺伝子の脱制御

リボソーム保護されたmRNA断片をシーケンスすることで、がんにおける遺伝子脱制御の重要な明察を手にすることができます。特定mRNAの翻訳において関与しているリボソームの数を測定することで、研究者はがん発達における機能変化の理解を深めることができます。
がんゲノム研究 >>

複雑な疾患研究:翻訳制御

翻訳制御は、翻訳処理されている転写産物の割合を決定します。リボソームプロファイリングはゲノムとトランスクリプトーム、プロテオームのギャップを埋め、翻訳後制御の重要な役割を明確にし、複雑な疾患をもたらすメカニズムに新しい洞察をもたらす可能性があります。
NGSと複雑な疾患ゲノミクス >>

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追加のリソース

RNA-Seq と NextSeq シリーズ
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NextSeqシリーズのシーケンスシステムはコスト効率的なRNA-Seqソリューションを手軽に手にすることができます。

RNA-Seq データ解析
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ユーザーフレンドリーなソフトウェアツールが、バイオインフォマティクスの経験がなくても、生物学者のためのmRNA-Seqデータ解析を簡素化させます。

リボソームプロファイリングですべての翻訳解析を可能に
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タンパク質合成レベルで遺伝子発現を解析する直接的な手法です。

*Data calculations on file. Illumina, Inc., 2015