メチル化シーケンス

Wippermann A, Rupp O, Brinkrolf K, Hoffrogge R, Noll T

J Biotechnol 199 38-46 2015

治療用タンパク質を生成するために、チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)セルを用いる上での基本の必須要件は、十分に解明されているゲノムシーケンス、トランスクリプトームデータ、遺伝型と表現型の関係に関する深い知識です。本論は、シングルベースソリューションにおけるCHOセルラインの初めてのDNAメチル化マップを提示しています。このセルラインは、遺伝子発現解析と組み合わされたイルミナの全ゲノムバイサルファイトシーケンスによって生成されたものです。著者は、哺乳類のメチロームの大部分と、CpGアイランドと呼ばれる遺伝子プロモーターにおけるCpG密度領域のハイポメチルを比較して、CHO DP-12セルがグローバルハイポメチルを示すと説いています。

Farlik M, Sheffield NC, Nuzzo A, Datlinger P, Schönegger A, Klughammer J, Bock C

Cell Rep 10 1386-97 2015

DNAメチル化やヒストン修飾のようなエピジェネティックマークにおける変化は、ゲノムワイドアレイを用いて研究されており、細胞分化におけるエピゲノムリモデリングに洞察を与えています。この研究では、非常に小規模な細胞集団や単一細胞におけるDNAメチル化マッピングを可能する全ゲノムバイサルファイトシーケンス（WGBS）アッセイについて解説されています。単一細胞のメチロームコレクションを解析するために、イルミナシーケンスをバイオインフォマティクス手法と組み合わせたことで、著者は単一細胞の細胞状態のダイナミクスを研究できました。このアッセイはメチローム複合体、および、複雑な組織検体の細胞間不均一性の解析で利用される可能性が多いにあります。

Maza I, Caspi I, Zviran A, Chomsky E, Rais Y, Viukov S, Geula S, Buenrostro JD, Weinberger L, Krupalnik V, Hanna S, Zerbib M, Dutton JR, Greenleaf WJ, Massarwa R, Novershtern N, Hanna JH

Nat Biotechnol 33 769-74 2015

全ゲノムメチル化カバレッジこの研究は、内因性転写因子とX染色体再活性化の発現について、遺伝的系統追跡を用いて、iPSCリプログラミングの手法を検証しています。イルミナRNAシーケンスとDNAメチル化の全ゲノムバイサルファイトシーケンスが利用されています。著者は、リプログラミングされた心筋細胞、もしくはマウス線維芽細胞から採取された神経幹細胞の大多数が、一過性の多能性状態を経ること、またその派生がiPSC形成メカニズムと分子結合することを証明しています。