シトシンのメチル化は、時間的かつ空間的遺伝子発現およびクロマチンリモデリングを大幅に修正します。次世代シーケンサー(NGS)の力を活用して、ゲノム全体の解析とターゲット化したアプローチの両方により、研究者らは単一ヌクレオチドレベルでのメチル化パターンについての洞察を得ることができます。
メチル化シーケンスの利点
このeBookは、遺伝子発現と制御の研究に関するものです。サイエンティスト達が、メチル化シーケンスとアレイ手法をどのように使って研究を発展させているかを見る。
今すぐダウンロードNGSの高品質と高感度を活かして、メチル解析を行うアプローチが多い多くの手法は、DNAのバイサルファイト交換によって、非メチル化シトシンを検出します。バイサルファイト変換は、ライブラリー調製時、非メチル化シトシンをウラシルに変換します。PCR後変換されたベースは、シーケンスデータ中のチミンとして同定され、またリードカウントは、メチル化シトシンの割合(%)を決定するために使われます。
バイサルファイト変換シーケンスは、アンプリコンメチル化シーケンスまたはターゲットエンリッチメントなどのターゲット化された手法、または全ゲノムバイサルファイトシーケンスにより実施されます。さらに、OxBSやTAB-Seqのような代替ケミストリーは、NGSで、メチル化(5-mc)解析と組み合わせて、ヒドロキシメチル化(5-hMc)の同定に使われます。
DNAメチル化解析法ガイドでメチル化解析手法の詳細を見る。
90%を超える世界のシーケンスデータは、イルミナのNGSテクノロジーを用いて生成されています。*
イルミナは、メチル化シーケンスにおいて、ライブラリー調製からデータ解析までを完全にサポートしたワークフローを提供します。
DRAGEN Bio-ITプラットフォームは、高カバレッジ密度のエピジェネティック研究に、正確で超高速のメチル化シーケンスデータ解析を提供します。
詳細はこちらメチル化異常や転写因子の結合の変化など、エピジェネティクスの変化の研究は、重要な腫瘍パスウェイにおける洞察をもたらすことがあります。がんエピジェネティクス研究の詳細はこちら。
チャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)DP-12セルのDNAメチル化の状況。
J Biotechnol 199 38-46 2015
単一細胞DNAメチル化シーケンスとエピゲノム細胞状態のダイナミクスのバイオインフォマティクス推論。
Cell Rep 10 1386-97 2015
iPSC再組み替え要因における体細胞セル分化転換中の多能性の一過性発現。
Nat Biotechnol 33 769-74 2015
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*ファイルに基づいた計算Illumina, Inc., 2015