がんはゲノムの疾患ですが、遺伝子変異は一つの要因にすぎません。遺伝子以外の変化も表現型に影響を与えます。エピジェネティックランドスケープを理解することは、がんの開始、進行、治療応答のモデリングにますます重要になっています。エピゲノミクスでは、DNAメチル化などのプロセスを通じて細胞が遺伝子活性をどのように制御するかを調べます。
エピゲノム技術は、がん遺伝子または薬剤耐性の制御に関連する細胞バイオマーカーを同定することができます。
がん研究者は、ATAC-Seqを使用して、規制要素の事前知識なしにゲノム全体のエピジェネティックな特徴を研究できます。ATAC-Seqは、ゲノムDNAをTn5に曝露します。Tn5は、オープンクロマチン部位に優先的に挿入し、シーケンスプライマーを追加します。ゲノムプロファイリングやトランスクリプトームプロファイリングを含むその後のNGS解析は、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティに関する洞察を提供します。
クロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-Seq)、制御エレメントシーケンスのホルムアルデヒド支援による単離(FAIRE-Seq)、またはDNase Iハイパーセンシティブサイトシーケンス(DNase-Seq)などのいくつかの従来の手法は、クロマチンとDNAの相互作用部位の領域を研究するために使用できますが、ATAC-Seqはオープンクロマチンの領域を照らします。
メチル化アレイにより、研究者はがん細胞のエピゲノム全体のメチル化部位を一塩基分解で定量的に調べることができます。アレイベースのソリューションは、CpGアイランド、CHH部位、エンハンサー、オープンクロマチン、転写因子結合部位を含むがこれらに限定されない、包括的なゲノムワイドカバレッジを提供します。ハイスループットの研究手法として、メチル化シーケンスの代替品と比較して、サンプルあたりのコストは最小限です。
メチル化アレイのプロトコールは、>98%のアッセイ再現性とFFPEサンプルのサポートにより、ユーザーフレンドリーで合理化されたワークフローを備えており、バイオバンク組織へのメチル化アレイの適用性を高めます。
クロマチン免疫沈降(ChIP)アッセイとシーケンス(ChIP-Seq)は、転写因子やその他のタンパク質のゲノムワイドなDNA結合部位を同定する強力な方法です。この方法では、一部のがんの発生と進行に重要な役割を果たす遺伝子制御イベントや生物学的経路に関する洞察を得ることができます。イルミナは、ChIP-Seqを用いてゲノムワイドな遺伝子制御調査を実施できる効率的なワークフローソリューションを提供します。
イルミナシーケンスの概要と、一般的ながん研究手法のワークフローの提案。
このガイドでは、詳細なエンドツーエンドのワークフローとともに、最近の文献からのマルチオミクス研究の例を紹介します。サンプル単離、ライブラリー調製、シーケンス深度、データ解析などの推奨事項を参照してください。
このインフォグラフィックは、エピゲノミクスががんの理解に大きく影響する理由を知るためのビジュアルガイドとして機能します。
がん生物学の専門家が、生物医学研究にメチル化マイクロアレイを活用する多くの利点について議論します。
マルチオミクスを通じて複雑な表現型の原因と結果を結び付け、これまで不可能だった発見を可能にする方法を学びます。