がんにおけるエピジェネティックな変化を研究

メチル化アレイは、がん細胞のエピゲノム全体にわたるメチル化状態を、単一部位レベルで定量的に解析できる手法です。アレイベースのメチル化プロファイリングは、CpGアイランド、特定のCHH部位、エンハンサー、オープンクロマチン領域、転写因子結合部位の高精度なターゲット解析を実現します*。ハイスループットの研究手法として、アレイは代替品と比較してサンプルあたりのコストが低くなります。

メチル化アレイのプロトコールは、98%を超えるアッセイ再現性とホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE) サンプルのサポートにより、ユーザーフレンドリーで合理化されたワークフローを備えており、バイオバンク組織へのメチル化アレイの適用性を高めます。

*CpG：シトシンのすぐ後にグアニンが続くゲノム領域、CHH：メチル化が起こりうるその他のゲノム領域であり、直後にグアニン以外のヌクレオチドが続くシトシンによって定義される（H = A、T、またはC）

がん研究者は、トランスポザーゼアクセス可能クロマチンアッセイ(ATAC-Seq)を用いて、制御エレメントの事前知識なしにゲノム全体のエピジェネティックな特徴を研究することができます。ATAC-Seqでは、活性の高いトランスポザーゼであるTn5をゲノムDNAに作用させます。Tn5はオープンクロマチン領域に優先的に挿入され、同時にシーケンス用プライマーを付加します。ゲノムプロファイリングまたはトランスクリプトームプロファイリングを含むその後のNGS解析により、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティに関する洞察が得られます。

クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）は、転写因子やその他のタンパク質のゲノムワイドなDNA結合部位を同定するための強力な手法です。この手法では、一部のがんの発生と進行に重要な役割を果たす遺伝子制御イベントや生物学的パスウェイに関する洞察を得ることができます。イルミナは、ChIP-Seqを用いてゲノムワイドな遺伝子制御調査を実施できる効率的なワークフローソリューションを提供します。