がんエピジェネティクス
エピジェネティクスががん研究にとって重要な理由
がんはゲノムの疾患ですが、遺伝子変異は一つの要因にすぎません。遺伝子以外の変化も表現型に影響を与えます。エピジェネティックランドスケープを理解することは、がんの開始、進行、治療応答のモデリングにますます重要になっています。エピゲノミクスでは、DNAメチル化などのプロセスを通じて細胞が遺伝子活性をどのように制御するかを調べます。
エピゲノム技術は、がん遺伝子または薬剤耐性の制御に関連する細胞バイオマーカーを同定することができます。
- クロマチンアクセシビリティ
- クロマチン相互作用
- DNA修飾
- DNA-タンパク質相互作用
がんにおけるエピジェネティックな変化を研究する方法
ATAC-Seq
がん研究者は、ATAC-Seqを使用して、規制要素の事前知識なしにゲノム全体のエピジェネティックな特徴を研究できます。ATAC-Seqは、ゲノムDNAをTn5に曝露します。Tn5は、オープンクロマチン部位に優先的に挿入し、シーケンスプライマーを追加します。ゲノムプロファイリングやトランスクリプトームプロファイリングを含むその後のNGS解析は、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティに関する洞察を提供します。
クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）、制御エレメントシーケンスのホルムアルデヒド支援による単離（FAIRE-Seq）、またはDNase Iハイパーセンシティブサイトシーケンス（DNase-Seq）などのいくつかの従来の手法は、クロマチンとDNAの相互作用部位の領域を研究するために使用できますが、ATAC-Seqはオープンクロマチンの領域を照らします。
ATAC-Seqの主な利点
- 研究者は、Tn5トランスポサーゼを使用することで、クロマチンの高感度な酵素消化や抗体の厳密な検証を回避できます
- わずか500～50,000細胞というインプット要件で貴重ながんサンプルを調べることができます
- 研究者は、< 3時間で完了できる合理化されたワークフローにより、迅速に結果を得ることができます
- ATAC-SeqはRNA-Seqとペアにして、オープンクロマチンの領域が発現しているかどうかを直接判断することができます
メチル化アレイ
メチル化アレイにより、研究者はがん細胞のエピゲノム全体のメチル化部位を一塩基分解で定量的に調べることができます。アレイベースのソリューションは、CpGアイランド、CHH部位、エンハンサー、オープンクロマチン、転写因子結合部位を含むがこれらに限定されない、包括的なゲノムワイドカバレッジを提供します。ハイスループットの研究手法として、メチル化シーケンスの代替品と比較して、サンプルあたりのコストは最小限です。
メチル化アレイのプロトコールは、>98%のアッセイ再現性とFFPEサンプルのサポートにより、ユーザーフレンドリーで合理化されたワークフローを備えており、バイオバンク組織へのメチル化アレイの適用性を高めます。
メチル化アレイの主な利点
- サンプルからデータまでのシンプルさ
- FFPEサンプルなどの難しいサンプルタイプとの互換性
- サンプル間の組織特異的差異の分類
- 他の方法に比べて低コスト
ChIP-Seq
クロマチン免疫沈降（ChIP）アッセイとシーケンス（ChIP-Seq）は、転写因子やその他のタンパク質のゲノムワイドなDNA結合部位を同定する強力な方法です。この方法では、一部のがんの発生と進行に重要な役割を果たす遺伝子制御イベントや生物学的経路に関する洞察を得ることができます。イルミナは、ChIP-Seqを用いてゲノムワイドな遺伝子制御調査を実施できる効率的なワークフローソリューションを提供します。
ChIP-Seqの主な利点
- あらゆる生物の全ゲノムにわたり、転写因子やヒストン修飾のターゲットとなるDNAを捕捉
- 転写因子結合部位を定義
- RNAシーケンスとメチル化解析との組み合わせで、遺伝子制御ネットワークを明らかにする
- 様々な入力DNAサンプルに対応
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がん研究手法に関するガイド
イルミナシーケンスの概要と、一般的ながん研究手法のワークフローの提案。
マルチオミクスメソッドガイド
このガイドでは、詳細なエンドツーエンドのワークフローとともに、最近の文献からのマルチオミクス研究の例を紹介します。サンプル単離、ライブラリー調製、シーケンス深度、データ解析などの推奨事項を参照してください。
がん研究用のエピジェネティック解析製品
Infinium MethylationEPIC BeadChip キット
- 専門家が厳選したコンテンツを搭載したマイクロアレイ
- シングルヌクレオチド分解能で、サンプルあたり>850,000のメチル化部位をカバー
- FFPE互換性
iScan アレイスキャナー
- 高いサンプルスループット
- 複数アプリケーションに対応する柔軟性
- 業界をリードするデータ品質
- 自動化に関する互換性
TruSeq ChIP Library Preparation Kit
- ChIP由来のDNAからクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）ライブラリーを生成
- 低DNAインプット要件
- 24の固有インデックスによるマルチプレックスシーケンス
がんエピジェネティック解析の主なリソース
がん研究におけるエピジェネティクスの重要性
このインフォグラフィックは、エピゲノミクスががんの理解に大きく影響する理由を知るためのビジュアルガイドとして機能します。
メチル化マイクロアレイによるがん生物学の理解
がん生物学の専門家が、生物医学研究にメチル化マイクロアレイを活用する多くの利点について議論します。
マルチオミクスでがん研究を加速
マルチオミクスを通じて複雑な表現型の原因と結果を結び付け、これまで不可能だった発見を可能にする方法を学びます。