がんRNAシーケンサー
がんトランスクリプトームの理解
がんRNAシーケンス（RNA-Seq）で遺伝子発現とトランスクリプトームの変化をモニタリングすることは、腫瘍の分類と進行を理解するのに役立ちます。がんは多くの遺伝的変化を蓄積しますが、通常、腫瘍の進行をドライブするものはごくわずかです。がんRNA-Seqは科学者を支援することができます。
- がんサンプルで発現されている変異を同定する
- 個々の腫瘍、単一細胞、および腫瘍タイプに関連する遺伝子発現シグネチャーと変異プロファイルを特定する
- 明確な機能的影響を持つ体細胞変異にフォーカスし、主要ながんドライバー変異を同定する
- 遺伝子発現を制御する新規small RNAを見つける
- 染色体転座から生じる融合遺伝子を同定する
がんRNAシーケンスの主な利点
- 遺伝子発現を転写産物レベルで高感度かつ精確に測定
- 定性的データと定量的データの両方を提供
- 高い特異性と精度を持つシーケンス
- mRNAワークフローとトータルRNAワークフローの両方について、ストランド固有の情報を維持および追跡
- ホルマリン固定パラフィン包埋や組織などのサンプルからの分解されたRNAで優れた性能を発揮
がん研究におけるRNA-seqの応用の可能性
数千もの査読済み科学論文に裏付けられた、非常に明確に定義されたワークフローで、バルクRNA-Seqを活用してください。使いやすさと導入コストの低さにより、RNA-SeqはNGSを初めて使用する人々のために高品質のトランスクリプトームデータを取得するための理想的な方法です。
初心者向けNGSの詳細はこちらRNA-Seqでは、以下を行うことができます。
ドライバー変異とパッセンジャー変異の区別
がん細胞には多くの変異がありますが、がんの発症と進行に寄与する変異はごくわずかです。研究者は、バルクRNA-Seqを使用して、ゲノムによって生成されるRNA転写産物一式を完全に調べることができます。RNA-Seq実験のデータは、変異がトランスクリプトームの変化をもたらし、それががんを促進するかどうか、またはパッセンジャー変異として機能するかどうかを明らかにすることができます。
潜在的に薬物治療可能なパスウェイを同定する
RNA-Seqは、がんにおいてアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションされているパスウェイを明らかにすることができます。この機能的情報は、精密治療のための分子標的の同定に不可欠です。例えば、亢進するパスウェイをターゲットにすることは、腫瘍増殖を抑制する一般的な方法です。
疾患に関連するパスウェイを発見する
がんサンプルと非がん組織間のトランスクリプトームの違いに関する研究は、がんサブタイプの区別、変異の影響の評価、バイオマーカーの同定、およびその他の変数に有用であることがわかっています。
生物学的反応を評価する
Bulk RNA-Seqは、モデルシステムにおける免疫療法または過去の組織検体を用いたレトロスペクティブ研究など、新規がん治療に対する生物学的反応に関連する遺伝子やパスウェイを同定することができます。
主ながんRNA-Seq手法
バルクRNA-Seq
RNA-Seqでは、1回のアッセイで既知と新規の特性を検出でき、予備知識の有無に関わらず、転写産物アイソフォーム、融合遺伝子、一塩基変異およびその他の特性を検出できます。
シングルセルRNA-Seq
シングルセルRNAシーケンスの詳細をご覧になり、個々の細胞のトランスクリプトームを調べて、細胞間バリエーションを高解像度で見ましょう。
mRNA-Seq
mRNA-Seqが、既知および新規の転写産物アイソフォーム、融合遺伝子、その他の特性、ならびにアレル特異的発現をどのようにして同定し、コーディングトランスクリプトームの全体像の把握にいかに役立つかをご覧ください。
トータルRNA-Seq
トータルRNA-Seqがどのようにして遺伝子と転写産物の量を精確に測定し、既知および新規のトランスクリプトームの特性を同定するかをご覧ください。
CITE-Seq
単一細胞リードアウト内で細胞表面タンパク質とトランスクリプトームデータを同時に定量化するこのメソッドのユニークな利点を探ります。
空間トランスクリプトーム
この手法が、組織切片にマッピングされた遺伝子発現パターンのトポグラフィー配置をどのように提供し、構造と活性を関連付けられるかを探ります。
がん研究手法に関するガイド
がん研究手法に関するガイドは、幅広いがん研究アプリケーションのためのシンプルで包括的なワークフローを紹介した40ページ以上にわたる包括的なリソースです。このガイドには、シングルセルシーケンス、空間シーケンス、メチル化プロファイリング、マルチオミクス、セルフリーRNAシーケンスなどが含まれます。
無料ガイドをダウンロードがんRNAシーケンスワークフロー
ライブラリー調製
Illumina Stranded mRNA Prep
ライブラリー調製とハイブリダイゼーション試薬、包括的なエクソームプローブパネル、クリーンアップとサイズ選択ビーズ、インデックスを含む、高性能で高速、かつ完全な全エクソームシーケンスキットです。
Illumina Stranded Total RNA Prep w/ Ribo-Zero Plus
Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plusは、コーディングと複数形態の非コーディングRNAの解析にすぐれたパフォーマンスを発揮します。
Illumina RNA Prep for Enrichment
Illumina RNA Prep with Enrichmentは、オンビーズタグメンテーションテクノロジーとそれに続くシンプルなシングルハイブリダイゼーションを使用して、RNAベースのライブラリー調製と濃縮のための超高速ワークフローを提供します。
シーケンスまたはアレイ
NextSeq 1000 & 2000システム
コスト効率に優れ、使いやすいミッドスループットのベンチトップ型シーケンサーは、新しいアプリケーションに対応する極めて高い柔軟性を備えています。
NovaSeq Xシリーズ
NovaSeq Xシリーズは、膨大なアプリケーションを幅広く提供することで、生産規模でのデータ集約型の手法を可能にします。
データ解析
DRAGEN RNAおよびDRAGEN RNA 発現差異アプリ
アライメント、定量化、融合遺伝子検出、差次的遺伝子発現解析など、NGSデータの精確で包括的かつ効率的な解析。
Correlation Engine (for mRNA)
Correlation Engineはインタラクティブなオミクスの知識ベースで、プライベートなオミクスデータを生物学的コンテキストにおいて、高度にキュレーションされた公開データに当てはめます。
その他の情報
がん研究のためのRNA融合イベントを同定する簡単なワークフロー
Illumina RNA Prep with EnrichmentとTrusightパネルを使用して、がん研究者ががん関連の遺伝子の発現と融合の検出に焦点をあてた結果を得るための方法を説明します。
がんにおける長鎖ノンコーディングRNAの役割を解読
研究者がRNA-Seqを用いて、がんの特定、測定および治療にlncRNAを使用する方法を説明します。
ターゲットRNA-Seq
ターゲットRNAシーケンスは、特定のがん遺伝子および対象の転写産物の発現を解析します。
ゲノミクスとトランスクリプトームの基礎
インフォグラフィックをダウンロードして、ゲノムシーケンスとトランスクリプトームシーケンスの基礎を一目で学びましょう。
同じサンプルからのDNAとRNAのシーケンス
マルチオミクスシーケンス用の高品質のDNAおよびRNAサンプルの調製方法については、新しいラボ内クイックスタート動画をご覧ください。
マルチオミクスでがん研究を加速
マルチオミクスを通じて複雑な表現型の原因と結果を結び付け、これまで不可能だった探索を可能にする方法を学びます。