がんトランスクリプトームの理解
がんRNAシーケンス（RNA-Seq）で遺伝子発現とトランスクリプトームの変化をモニタリングすることは、腫瘍の分類と進行を理解するのに役立ちます。がんは多くの遺伝的変化を蓄積しますが、通常、腫瘍の進行をドライブするものはごくわずかです。がんRNA-Seqは科学者を支援することができます。
- がんサンプルで発現されている変異を同定する
- 個々の腫瘍、単一細胞、および腫瘍タイプに関連する遺伝子発現シグネチャーと変異プロファイルを特定する
- 明確な機能的影響を持つ体細胞変異にフォーカスし、主要ながんドライバー変異を同定する
- 遺伝子発現を制御する新規small RNAを見つける
- 染色体転座から生じる融合遺伝子を同定する
トランスクリプトームの変化を検出するがんRNA-Seq
コード領域またはがんの全トランスクリプトームをシーケンスすることで、腫瘍における遺伝子発現の変化に関する貴重な情報を得ることができます。がんRNA-Seqは、遺伝子制御の重要な要素であるストランド特異的な情報の検出を可能にします。がんにおけるトランスクリプトームシーケンスにより、コーディングRNAとノンコーディングRNAのいずれもキャプチャし、発現ダイナミックスの全体像を把握するためのストランドの配向が得られます。
RNA-Seqについてもっと知るターゲットがん遺伝子発現プロファイリング
ターゲットRNAアンプリコンシーケンスは、特定のがん遺伝子の発現を解析します。あらかじめ設計されたがん遺伝子発現パネルは、p53、NFκBなど関連のあるパスウェイをターゲットにしています研究者は、カスタムコンテンツを追加して、実験の範囲を広げることができます。
ターゲットRNA-Seqについて知る
がんトランスクリプトームにおけるSmall RNA
miRNA遺伝子座の欠失または増幅を含むゲノム領域は、複数のがんとの関連が指摘されています。Small RNA-Seqによって、がんトランスクリプトームにおけるmiRNAやその他のsmall nocoding RNAの発見とプロファイリングが可能になります。
Small RNA-Seqについて知るがん細胞RNAにおけるシングルセル解析
シングルセルのアプローチにより、がん研究者が腫瘍の発生、がん幹細胞、転移、および治療反応をよりよく理解できます。高感度のNGSベースRNA-Seqメソッドにより、シングルセルを含む非常に少ないサンプルのインプットでの遺伝子発現解析が可能になります。
シングルセルRNA-Seqを知る
その他のがんRNA-Seqアプリケーション
がん研究および分子生物学におけるシングルセルのマルチオミクス
教授たちは、腫瘍の不均一性やがんの進行などを研究するために、新しいシングルセルシーケンス技術をどのように使用して、トランスクリプトーム、エピゲノム、エピトランスクリプトーム、プロテオームの情報を取得しているかを議論します。
ウェビナーを見る腫瘍免疫プロファイリングによる神経膠芽腫ターゲットの同定
MDアンダーソンがんセンターのPadmanee Sharma博士研究室のSwetha Anandhan氏は、シングルセルRNA-Seqを使用して、神経膠芽腫における組み合わせターゲットとしてのCD73を同定したことを強調しています。
ウェビナーを見るRNA-Seqによる腫瘍の免疫コンテキストの定量化
RNAシーケンスと画像データの解析を組み合わせることにより、ズラトコ・トラジャノスキ（Zlatko Trajanoski）教授の研究室は、免疫腫瘍学上の発見を可能にする強力なワークフローを考案しました。
ウェビナーを見るシングルセル研究の推進
ワイズマン（Weizmann）研究所の研究者は、DNA、RNA、エピジェネティクスシーケンスのアプローチを使用して、免疫系細胞が健康な組織や腫瘍細胞とどのように相互作用するかを研究しています。
論文を読む乳がんの遺伝学
ルンド大学（Lund University）のエーケ・ボルグ（Åke Borg）博士は、遺伝子発現、DNAメチル化、ヌクレオチド置換、およびゲノム再配列のパターンに基づく乳がんのサブタイプ分類について解説しています。
ポッドキャストを聞くよく一緒に購入される製品
主ながんRNAシーケンスソリューション
イルミナは、全トランスクリプトームやターゲットアプローチを含むがんRNA-Seqのライブラリー調製、シーケンス、およびデータ解析のオプションを複数提供しています。効率化されたライブラリー調製ワークフローおよび柔軟なキット構成により、複数の試験デザインに対応します。イルミナのシステムは業界をリードするデータ品質を提供します。実際、世界のシーケンスデータの約90%はイルミナの1塩基合成（SBS）ケミストリーを使用して生成されています。
プッシュボタン式アプリは、データの解析と解釈を簡素化するため、データ解析に費やす時間を減らし、次のブレークスルーに焦点を当てることに、より多くの時間を割くことができます。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップで使用する製品をご覧ください。
TruSight RNA Pan-Cancer
FFPEを含むすべてのRNAサンプルタイプでの遺伝子発現、バリアントおよび融合検出のために1385の腫瘍学遺伝子をターゲットにしています。
TruSight Tumor 170固形がんの進行に寄与する一塩基変異（SNV）、増幅、融合などを検出する包括的なパネルです。
Illumina RNA Prep with Enrichment優れたキャプチャ効率とカバレッジの均一性で、膨大な数の標的遺伝子の迅速な探索を実現します。
AmpliSeq for Illumina Custom RNA Fusion Panel融合遺伝子を検出し、遺伝子発現を測定するためのカスタマイズ可能なターゲットパネル
Stranded mRNA Prep
インプット量わずか25 ngの標準（未分解）RNAを利用してコーディングトランスクリプトームを解析できるシンプルで拡張性が高くコスト効率の良い、1日で完了できる迅速ソリューション
Ribo-Zero PlusつきIllumina Stranded Total RNA Prepコーディングおよびノンコーディングトランスクリプトームを研究するための、FFPEを含む幅広いサンプルタイプに対応する迅速なライブラリー調製キット。
TruSeq Small RNA Library Prep KitmicroRNA解析用の高感度キット
イルミナカスタムRNAパネル用AmpliSeq最大1200のターゲットのシーケンスに設計されたターゲットカスタムRNAリサーチパネル。
MiniSeqシステム
ロースループットのターゲット遺伝子発現プロファイリングのための最もシンプルで最も手頃なソリューション
MiSeqシステムシンプルなNGSワークフロー、統合されたデータ解析ソフトウェア、および比類のない精度を備えたデスクトップシーケンサー
NextSeq 550システム実証済みの機器関連テクノロジーと調整可能な出力を、シーケンス機能とアレイ機能と組み合わせています。
NextSeq 1000および2000システム
画期的なベンチトップシーケンサーは、現在および将来のさまざまなアプリケーションにおいて、より高い効率性と少ない制約で新しい発見を探索することを可能にします。
NovaSeq 6000システム拡張可能なスループットと柔軟性により、ほぼすべてのゲノム、シーケンス手法、プロジェクト規模に対応します。
DRAGEN RNAパイプライン
アライメント、定量化、および融合遺伝子検出を行います。
RNA-Seq差次的発現差次的遺伝子発現の解析が可能です。
MiSeqレポーターMiSeq システムでの解析とバリアントコールのための使いやすいソフトウェア。
BaseSpace Sequence HubNGSデータの解析と管理を行うイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。
DRAGEN Bio-ITプラットフォーム
RNA-Seqデータを含むシーケンスデータの正確で超高速な二次解析を行います。
BaseSpace Correlation Engine疾患メカニズム、創薬ターゲット、または疾患予後バイオマーカー特定の研究をサポートするために、キュレーションされたゲノムデータで拡大し続けるライブラリー。
RNA Biomarkers for Drug Response
RNA sequencing (RNA-Seq) is increasingly being used to discover and profile RNA-based drug response biomarkers. Find resources designed to help you adopt RNA-Seq for biomarker analysis, including a workflow introduction, experimental considerations, and start-up advice.
Learn More
詳細はこちら
NextSeq 1000およびNextSeq 2000シングルセルRNAシーケンスソリューション
この費用対効果の高い柔軟なワークフローでは、シングルセルの遺伝子発現を測定でき、通常はバルクサンプリングメソッドでマスクされた細胞の違いを発見できる高解像度分析が可能になります。このアプリケーションノートはワークフローを概説し、研究設計の例やスループットチャートなどを提供します。