がんトランスクリプトームの理解
がんRNAシーケンス（RNA-Seq）による遺伝子発現およびトランスクリプトーム変化のモニタリングは、腫瘍の分類や進行の解明に役立っています。がんは多数の遺伝的変化を蓄積しますが、通常、腫瘍の進行を進めるものはほんのわずかです。がんRNA-Seqは、がんサンプルで発現した変異の断定に役立っています。
がんRNA-Seqはトランスクリプトーム変化を検出
コーディング領域あるいはがんにおける全トランスクリプトームのシーケンスを行うことにより、腫瘍の遺伝子発現変化に関する貴重な情報を得ることができます。がんRNA-Seqは遺伝子調節の重要な要素の一つである、ストランド特異的な情報の検出を可能にします。がんにおけるトランスクリプトームシーケンスにより、コーディングおよび非コーディングRNAのいずれもキャプチャーし、発現ダイナミックスを俯瞰するストランド情報が得られます。
RNA-Seq の詳細はこちらターゲットがん遺伝子発現プロファイリング
ターゲットRNAアンプリコンシーケンスにより、特定のがん遺伝子の発現を解析することができます。あらかじめ設計されたがん遺伝子発現パネルは、p53、NF-ΚBなど関連のある経路をターゲットにしています。研究者はカスタムコンテンツを追加して、実験の範囲を広げることができます。
ターゲットアンプリコンRNA-Seq についての詳細はこちらがんトランスクリプトーム内のSmall RNA
削除または増幅されたmiRNA遺伝子座を含むゲノム領域は、複数のがん種に関連付けられてきました。Small RNA-Seqによって、miRNAやその他のがんトランスクリプトーム内にみられる低分子の非コーディングRNAを発見し、プロファイリングすることが可能になります。
低分子RNA-Seqの詳細はこちらFFPEサンプルを使ったがんRNA-Seq
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）腫瘍サンプルには、がんの発症機序や転帰に関する重要な情報が含まれている可能性があります。FFPEサンプルには概して部分的に分解されたRNAが含まれているため、がんRNA-Seqの障壁となる場合があります。研究者は次世代RNA-Seq法によってこの重要なデータにアクセスし、分解されたFFPEサンプル由来のRNAから質の高い結果を得ることができます。
FFPEサンプルを使ったRNA-Seqについての詳細はこちらCancer RNA-Seq for Precision Oncology Research
Clinical researchers at Avera Health rely on next-generation sequencing to uncover multiple drug-susceptible tumorigenic pathways. Learn why RNA-Seq is an essential part of their method.
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イルミナ製品
イルミナはがんRNA-Seqのためのライブラリー調製、シーケンス、データ解析などの選択肢を提供します。効率化されたライブラリー調製ワークフローおよび柔軟なキット構成によって多くの試験デザインに対応できます。イルミナシステムは業界をリードするデータ品質を実現しており、実際に、世界のシーケンスデータの約90%が1塩基合成反応（SBS）ケミストリーに基づくイルミナのシーケンサーを用いて産生されています。
BaseSpace内のタッチパネル操作のアプリケーションはデータ解析を単純化しているため、データ解析に費やす時間を減らし、新たな発見に向けた作業に割けるを増やすことができます。
以下の をクリックしてワークフローの各ステップで使用する製品をご覧ください。
TruSight RNA Pan-Cancer
1385のがん関連遺伝子をターゲットとし、FFPEを含むすべての種類のRNAサンプルにおける遺伝子発現、変異、融合遺伝子を検出
TruSight Tumor 170固形腫瘍進行に寄与する一塩基多型（SNV）、増幅、融合を検出する包括パネル
TruSeq RNA Access Library Prep KitFFPEおよび他の低品質のサンプルから抽出したコーディングRNAをシーケンスする、経済的で再現性のある経済的な手法
TruSeq Targeted RNA Expression Kitがん遺伝子発現プロファイリング用にあらかじめ設計されたパネルあるいはカスタムパネル
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
アンチセンス転写産物の検出、選択的転写産物や融合遺伝子、アリル特異的な遺伝子発現などの発見のためのｍRNAストランド情報を精確に測定します。
TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kitトランスクリプトームの全体像を捉え精確なストランド情報を提供する、全トランスクリプトーム解析用の拡張性の高いソリューション
TruSeq Small RNA Library Prep KitmicroRNA解析用の感受性キット
MiniSeq システム
低スループット遺伝子発現プロファイリングのための、最もシンプルで経済的なソリューション
MiSeq システムシンプルなNGSワークフロー、統合化されたデータ解析ソフトウェア、および比類のない精確さを備えたデスクトップ型シーケンサー
NextSeq 550 システム全トランスクリプトーム解析およびがん遺伝子発現プロファイリングを含むさまざまながんRNA-Seqアプリケーションを実行するための柔軟なデスクトップ型シーケンスシステム。
HiSeq 2500 システム
大規模ながんRNA-Seq実験用の高スループットシステム
HiSeq 3000/HiSeq 4000 システム生産規模のがんRNA-Seq実験に対応した極めて高いスループットのシステム
NovaSeq 6000 システム事実上、いかなるゲノム、シーケンス方法、プロジェクトのスケールにも対応した拡張可能なスループットと柔軟性
RNA Express アプリ
STARアライナーでRNAリードをアラインしたのち、DESeq2で差異的遺伝子発現解析を行います。
TopHat Alignment アプリRNAサンプルのためのスプライスアライメント、変異コール、およびリファレンスの定量化を行ないます。
Cufflinks Assembly & DE アプリRNAサンプルで新規転写産物のアセンブリおよび差次的遺伝子発現解析を行ないます。
MiSeq Reporter
MiSeqシステムでの解析と変異コール用の使いやすいソフトウェア。
BaseSpace Cloud または OnsiteNGSデータの解析と管理を行うイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。
NextBio Research研究者が疾患の機序、薬剤標的、バイオマーカー、および疾患予後バイオマーカーまたは効果予測バイオマーカーを特定することを支援するキュレーションされたゲノムデータで充実したライブラリー。
RNA Biomarkers for Drug Response
RNA sequencing is increasingly being used to discover and profile RNA-based drug response biomarkers.
追加リソース
Integrative Genomics to Inform Cancer Prognosis
Molecular profiling that combines DNA- and RNA-level data can more easily identify genes that may be driving cancer.
Library Prep Comparison for Cancer RNA-Seq
Researchers compared two TruSeq RNA kits to identify the optimal library prep method for their cancer gene expression studies.
Removing Cancer's Veil: TruSight Tumor 170
A new enrichment-based cancer research assay interrogates both DNA and RNA, detecting small variants, gene amplifications, gene fusions, and splice variants.