シングルセルRNAシーケンス解析のご紹介
複雑な生物系は個々の細胞の協調的な機能によって決定されます。バルクゲノムやトランスクリプトームのデータを提供する従来の方法は、こうした複雑性をもたらす細胞の不均質性を解明することができません。シングルセル解析は、個々の細胞のゲノムやトランスクリプトームを調べる次世代シーケンス（NGS）法であり、細胞間の変異を高解像度で把握できます。
超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seq 解析により、複雑な組織内の個々のシングルセル細胞の異なる生態を調べ、環境に対する亜集団の応答を把握することができます。これらのアッセイは、分化、増殖、および腫瘍形成などの時間依存性のプロセスにおける細胞機能と多様性の研究に役立ちます。
シングルセル解析の利点
超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seq 解析は、最小限のサンプルから偏りなくトランスクリプトーム全体を調べることができる強力なツールです。
- シングルセルのインプットレベルまで頑健なトランスクリプトーム解析を行い、クオリティの高いデータを得ることができます。
- 統合されたプロトコールを直接全細胞から行うため、サンプルの完全性が維持されます。
- 高解像度により、通常はバルクサンプリング法により隠れてしまう細胞の差異を確認できます。
ハイスループットおよびロースループット法
シングルセルRNA-Seq法は、細胞スループットで区別できます。ロースループット法では、機械的操作またはセルソーティング/分配法が使用され、1回の実験で数十個から数百個の細胞を処理することができます。
マイクロフルイディクス技術における最近の進歩により、優れたコスト効率で1回の実験において数百個から数万個もの細胞を調べることのできるハイスループットのシングルセルプロファイリングが実現しました。ハイスループットおよびロースループット法は、最も広く採用されているNGSテクノロジーである、Sequence by Synthesis（SBS）ケミストリーを利用しており、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。*
やってみよう！single cell RNA-seq解析ことはじめ
本ウェビナーではサンプルの前処理の例など実際のscRNA-seq実験の流れを紹介するとともに、インフォマティック解析の専門ではない者が自身の手でデータを解析するための環境構築・解析手法について実データを用いて説明いたします。また、scRNA-seqの標準手法となってきているmonocleやvelocytoなど偽時系列解析 (pseudotime analysis)についても紹介いたします。
ウェビナーを見るNEW 遺伝子発現と制御研究の解析方法：重要な検討事項
本e-bookでは、NGSワークフローのすべてのステップの概要を説明し、バルクデータおよびシングルセルデータを解析するために、利用可能なコンピューター解析パイプラインに重点を置いています。重要な検討事項および潜在的な課題について考察し、市販製品を紹介し、思い通りのNGSベースの遺伝子発現と制御研究をデザインして実行するためのアドバイスを行います。
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超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seqのハイスループットワークフロー
イルミナのBio-Rad シングルセルRNAシーケンスソリューションでは、非常に革新的なBio-RadのDroplet Digital™技術（ddSEQ™）とイルミナのNGSライブラリー調製、シーケンス、および解析の技術が組み合わされています。コスト効率が高く高感度で拡張性の高いこのハイスループットワークフローで、遺伝子発現の有益な知見が得られます。
超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seqのロースループットワークフロー
特定の試験で、1回の実験で数十個から数百個の細胞といった少数の細胞を処理したい場合は、下記のロースループット法をおすすめします。
Considerations, trends and future of single-cell sequencing
The NIHR Guy’s およびSt Thomas’ Biomedical Research CentreのDr Alka Saxenaに、シングルセルシーケンス解析に興味がある研究者へのアドバイス、実験計画の際に考慮すべき点、さらに、シングルセルゲノミクス分野におけるトレンドについて話を伺いました。
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*Data calculations on file.Illumina, Inc., 2015