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超微量サンプルおよびシングルセル RNA-Seq 解析

シングルセルRNAシーケンス解析のご紹介

複雑な生物系は個々の細胞の協調的な機能によって決定されます。バルクゲノムやトランスクリプトームのデータを提供する従来の方法は、こうした複雑性をもたらす細胞の不均質性を解明することができません。シングルセル解析は、個々の細胞のゲノムやトランスクリプトームを調べる次世代シーケンス(NGS)法であり、細胞間の変異を高解像度で把握できます。

超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seq 解析により、複雑な組織内の個々のシングルセル細胞の異なる生態を調べ、環境に対する亜集団の応答を把握することができます。これらのアッセイは、分化、増殖、および腫瘍形成などの時間依存性のプロセスにおける細胞機能と多様性の研究に役立ちます。

超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seqの利点

シングルセル解析の利点

超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seq 解析は、最小限のサンプルから偏りなくトランスクリプトーム全体を調べることができる強力なツールです。

  • シングルセルのインプットレベルまで頑健なトランスクリプトーム解析を行い、クオリティの高いデータを得ることができます。
  • 統合されたプロトコールを直接全細胞から行うため、サンプルの完全性が維持されます。
  • 高解像度により、通常はバルクサンプリング法により隠れてしまう細胞の差異を確認できます。
NEW シングルセルシーケンスワークフロー

NGSを用いたシングルセルシーケンスの各ステップにおける重要なポイントと、幅広い実験手法についての概略をご覧ください。

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ハイスループットおよびロースループット法

シングルセルRNA-Seq法は、細胞スループットで区別できます。ロースループット法では、機械的操作またはセルソーティング/分配法が使用され、1回の実験で数十個から数百個の細胞を処理することができます。

マイクロフルイディクス技術における最近の進歩により、優れたコスト効率で1回の実験において数百個から数万個もの細胞を調べることのできるハイスループットのシングルセルプロファイリングが実現しました。ハイスループットおよびロースループット法は、最も広く採用されているNGSテクノロジーである、Sequence by Synthesis(SBS)ケミストリーを利用しており、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。*

やってみよう!single cell RNA-seq解析ことはじめ

本ウェビナーではサンプルの前処理の例など実際のscRNA-seq実験の流れを紹介するとともに、インフォマティック解析の専門ではない者が自身の手でデータを解析するための環境構築・解析手法について実データを用いて説明いたします。また、scRNA-seqの標準手法となってきているmonocleやvelocytoなど偽時系列解析 (pseudotime analysis)についても紹介いたします。

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シングルセル研究論文集 Vol.2

生体組織はさまざまな細胞種で構成されています。これらの細胞種は、それぞれに異なる系譜と固有の機能を持ち、組織や器官の生物学的特性に貢献し、究極的には全体としての生命体を機能させています。細胞がどのように相互に反応し、環境に応答するかは、それぞれの細胞の系譜と発達段階によって決まります。また、同種の細胞のサブポピュレーションは、別の細胞種と同様に、互いに遺伝的に不均一であることがよくあります。組織および器官の生物学的特性をシングルセルレベルで完全に理解することは、依然として困難なものですが、最近のシングルセル解析における進歩によって将来の展望が見えてきています。

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超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seqのハイスループットワークフロー

イルミナのBio-Rad シングルセルRNAシーケンスソリューションでは、非常に革新的なBio-RadのDroplet Digital™技術(ddSEQ™)とイルミナのNGSライブラリー調製、シーケンス、および解析の技術が組み合わされています。コスト効率が高く高感度で拡張性の高いこのハイスループットワークフローで、遺伝子発現の有益な知見が得られます。

超微量サンプルおよびシングルセルRNA-Seqのロースループットワークフロー

特定の試験で、1回の実験で数十個から数百個の細胞といった少数の細胞を処理したい場合は、下記のロースループット法をおすすめします。

Considerations, trends and future of single-cell sequencing

The NIHR Guy’s およびSt Thomas’ Biomedical Research CentreのDr Alka Saxenaに、シングルセルシーケンス解析に興味がある研究者へのアドバイス、実験計画の際に考慮すべき点、さらに、シングルセルゲノミクス分野におけるトレンドについて話を伺いました。

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Considerations, trends and future of single-cell sequencing

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がん研究におけるRNA-Seq

腫瘍の異なる領域におけるトランスクリプトームプロファイルの違いを調べることで、再発や転移に関する理解を深めることができます。 がんRNA-Seqの詳細はこちら.

シングルセル研究論文集

イルミナのシングルセル解析技術を利用したピアレビュー論文の概要をご覧ください。これらの論文には、さまざまなシングルセル解析のアプリケーションおよび技術が示されています。研究論文集を読む.

次世代シーケンスとqPCRの比較

次世代シーケンス(NGS)テクノロジーとqPCRテクノロジーとを比較した場合、重要な違いは検出力です。2つのテクノロジーを比較し、幅広いダイナミックレンジと高い感度を備えるNGSがどのように変異を検出し定量化できるかをご覧ください。

詳細はこちらから
次世代シーケンスとqPCRの比較

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*Data calculations on file.Illumina, Inc., 2015