数千もの微生物種を同時にシーケンス

複雑なサンプル中に存在する微生物すべての全遺伝子を包括的に抽出

ショットガンメタゲノミクスシーケンス

ショットガンメタゲノミクスは、採取した複雑なサンプル中に存在する微生物すべての全遺伝子の包括的な標本抽出法です。この手法によって、研究者は、細菌の多様性を評価し、自然環境および様々な条件下における豊富な種を検出することができます。ショットガンメタゲノミクスはまた、研究室で培養できないか、研究するのが困難または不可能な微生物の研究を可能にします。

キャピラリーシーケンスまたはPCRをベースとするアプローチとは異なり、次世代シーケンサー(NGS)は、研究者が何千もの微生物を並列してシーケンスできるようにします。次世代シーケンサーは、1回のシーケンスで多くのサンプルを組み合わせ、サンプル当たりの高いシーケンスカバレッジが得られるため、微生物群において、他の手法では見逃されるか、コストが膨大になり同定できないような非常に少数の微生物の検出を可能にします。

メタゲノミクス研究で用いられる方法には、他に16S rRNAシーケンス があります。

メタゲノミクス研究事例

NGS is Revealing the Mysterious World of Microbes
微生物の神秘的な世界

Phil Hugenholtz博士に、NGSによるショットガンメタゲノミクスシーケンスが彼の研究をどのように変えたかを伺いました。

インタビューを読む
Shotgun Sequencing of Environmental DNA
eDNAのショットガンシーケンス

Michal Bunce博士は、環境サンプルの生物多様性を調べるために、ショットガンシーケンスとNGSバーコーディングを使用しています。

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Metagenomics to Map Ocean Biodiversity
生物多様性をマップするためのメタゲノミクス

海洋生態系におけるプランクトンの多様性を調べるために、世界中の海水サンプルをシーケンス

インタビューを読む
ヒトの健康における細菌およびメタゲノム

メタゲノミクスムは最も急激な成長を遂げている科学専門分野の1つであり、ラボでは培養不可能な微生物のDNAを研究します。 近年のシーケンステクノロジーの向上により、環境サンプルまたは臨床サンプルから直接得られた個々の微生物から特別な培養法を使用することなくほぼ完全なゲノムアセンブルを得ることができました。 このようにメタゲノミクスムのシーケンス情報が急増したことで、微生物集団およびそれらが環境と人間の健康に及ぼす影響に対する新たな認識が生まれました。

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Microbes and Metagenomics Research Review

こうした実験を行うには多くの手法がありますが、それらの手法はワークフローのステップごとに製品としてご提案することができます。

以下の をクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。

Nextera DNA Flex Library Prep Kit

ヒト全ゲノムシーケンスから、アンプリコン、プラスミド、微生物種まで、幅広いアプリケーションのための迅速で統合されたワークフロー。

Nextera XT Library Prep Kit

小さなゲノム(細菌、古細菌、ウイルス)、アンプリコンおよびプラスミドを対象とするシーケンス用ライブラリーで、ワークフローは90分以内(ハンズオンタイム15分)に終了します。

TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kits

全ゲノムシーケンスアプリケーションを対象としたシンプルで包括的なサンプル調製。 細菌などの小さなゲノムから全ヒトゲノムまで、多種多様な微生物をシーケンスできます。

ベンチトップシーケンサー

MiSeq システム

ターゲットおよび低分子ゲノムシーケンスアプリケーション向けのスピードと使いやすさ

MiSeq v3 Reagents Kits

クラスター密度を高め、リード長を向上し、シーケンスクオリティスコアを改善するために最適化されたケミストリー

MiSeq v2 Reagents Kits

カートリッジに調製不要の試薬を充填したMiSeqシーケンス試薬。サンプル量の少ないアプリケーション用にマイクロとナノキットも利用可能

NextSeq シリーズ

エクソーム、トランスクリプトーム、全ゲノムシーケンスに適したデスクトップシーケンサー

NextSeq 500/550 v2 Kits

データ品質の向上とエラーのないリード数の最大化を達成する高スループットシーケンスのパワーをデスクトップ型システムにもたらします。

ハイスループットシーケンサー

HiSeq 2500 システム

大規模ゲノム解析のためのパワーと効率性

HiSeq 2500 Reagent Kits

最高出力600 Gbのハイスループットのシーケンサーおよび試薬


HiSeq 3000/HiSeq 4000 システム

ハイスループットで低コストな生産規模ゲノム解析

HiSeq 3000/4000 SBS Kit および PE Cluster Kit

整列化フローセル技術を活用し、1回のデュアルフローセルランで最大1500Gb(1.5Tb)のデータを産出

BaseSpace Apps for k-mer alignments and taxonomic classification

Kraken Metagenomics

Assigns taxonomic labels to short DNA sequences with high sensitivity and speed using exact alignments of k-mers and a novel classification algorithm.

One Codex

Enables metagenomics analysis by rapidly assessing your samples from BaseSpace Sequence Hub with a fast, comprehensive, accurate data platform

GENIUS Metagenomics: Know Now

Uses CosmosID's curated genome database and high performance algorithms to provide rapid, accurate, and actionable bacterial identification at the species, subspecies, and strain level.

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Lungs, Germs and Metabolites: A Cystic Fibrosis Story
微生物研究を促進する 細菌叢解析

微生物ゲノム解析の手法、サンプル中の微生物群集を調べる細菌叢解析法について解説します。

特集ページを見る
Metagenomic Analysis of Environmental Water Samples
環境水サンプルからのメタゲノム解析

NextSeq 500 システムを使ったショットガンメタゲノムシーケンスで、貯水池における環境に対する微生物の反応を捉えることができます。

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Metagenomics Research Review
メタゲノミクス研究レビュー

微生物群をより十分に理解するために、シーケンスに関する論文をご覧ください。

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HiSeq and Shotgun Metagenomics
HiSeqとショットガンシーケンス

HiSeqシーケンサーは、ショットガンメタゲノムシーケンスのための理想的なシステムです。

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