ターゲットNGSを使用してコストを削減し、解析を高速化
ターゲット化した微生物シーケンシングとは、複雑なサンプル内で、微生物のDNA/RNA配列を非微生物のDNA/RNAから効率的に区別する方法です。これにより、研究者は目的の微生物を効率的に同定し、特性評価を行うことができます。次世代シーケンシング（NGS）の能力を活用することで、アンプリコンシーケンシングやハイブリダイゼーション（ハイブリッド）キャプチャー濃縮などの技術によって、シーケンシングのコストが削減され、データ解析を効率化することができます。
次回のワークフローから手探りをなくしましょう。NGS Workflow Finderーは、パーソナライズされたソリューションの提案とリソースを提供し、自信を持ってシーケンスが進められるようサポートします。
アンプリコンシーケンシングとハイブリッドキャプチャーは、ターゲットシーケンスを行うための一般的な手法です。それぞれの手法については、研究の目的に応じて異なる考慮事項があります。アンプリコンシーケンシングは、特定のゲノム領域における遺伝的変異を解析するための非常に的確な手法です。この手法では、小さなゲノムや目的とする特定領域をターゲットにして増幅するように設計されたオリゴヌクレオチドプライマーを使用した後で、NGSで解析します。ハイブリッドキャプチャーは、目的のゲノム領域に特異的なビオチン化プローブを使用する手法です。一度結合すると、これらのハイブリッド化したゲノム断片は、ストレプトアビジンを使って捕捉され、増幅とシーケンシングが行われます。
| アンプリコンシーケンス | ハイブリッドキャプチャー | |
|---|---|---|
| ターゲット | ターゲット数が少ない場合 |
ターゲット数が多い場合 |
| ユースケースの例 | 単一ウイルス変異株の追跡 |
広範な病原体サーベイランス |
| ワークフロー | よりシンプルで迅速なターンアラウンドタイム |
より複雑で時間がかかる |
今こそ精密メタゲノム（PMG）の時代です。ハイブリッドキャプチャーエンリッチメントによる精密メタゲノムは、複雑なサンプル中の病原体を検出し、特性評価を行うための革新的なソリューションです。このeBookでは、その理由についてご紹介しています。PMGによる公共衛生、ワークフロー、および応用分野の改善についても詳しくご紹介しています。
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新しいSARS-CoV-2変異株の出現および有病率を特定して追跡するための、ロースループット～ミッドスループットのNGSアッセイ。
Illumina Microbial Amplicon Prep—Influenza A/B
大きな影響力をもたらすインフルエンザA型およびB型ウイルス研究や公衆衛生サーベイランスのために合理化された全ゲノムNGSライブラリー調製キット。
Illumina Microbial Amplicon Prep（IMAP）
さまざまな公衆衛生サーベイランスおよび微生物研究アプリケーションを可能にする、柔軟で合理化されたNGSライブラリー調製キット。
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit
マイコバクテリウム、結核菌複合体（MTBC）株、および抗菌剤耐性マーカーをシーケンスするためのターゲットNGSアッセイ。
ターゲットシーケンスアプリケーションのためのシンプルで使いやすいベンチトップシーケンス。
迅速でコスト効率の高い、微生物シーケンスアプリケーションに最適な強力かつコンパクトなシステム。
実績のあるNGSテクノロジーと調整可能な出力を組み合わせ、さまざまなアプリケーションに対応したシーケンシングおよびアレイ機能を実現します。
包括的なワークフローにより、プロセス全体を通して研究の成果に貢献します。
このアプリは、イルミナのハイブリッドキャプチャー（エンリッチメント）パネルまたはタイル状アンプリコンパネル（COVIDseq）から生成されたシーケンスライブラリーの解析用に設計されています。
Deeplex Myc-TBターゲットアンプリコンキットによる解析結果を、インタラクティブに視覚化し、簡単に解釈できるツール。
SARS-CoV-2株を含む一般的な呼吸器系ウイルスを高感度で検出し、特性評価を提供する合理的なワークフロー。
公衆衛生において高リスクとして同定された200種類以上のRNAおよびDNAウイルスおよびそのサブタイプに関する全ゲノムシーケンス。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
高感度で包括的な呼吸器病原体の同定と抗菌剤耐性に関する洞察を提供するライブラリー調製および濃縮キット。
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit
一般的で認知度の低い尿路病原体やAMR遺伝子を培養なしで高感度に検出および解析できるライブラリー調製および濃縮キット。
実績のあるNGSテクノロジーと調整可能な出力を組み合わせ、さまざまなアプリケーションに対応したシーケンシングおよびアレイ機能を実現します。
包括的なワークフローにより、プロセス全体を通して研究の成果に貢献します。
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
DRAGEN Microbial Enrichment Plus
このアプリは、Viral Surveillance Panel v2やRespiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kitなど、イルミナの微生物学研究エンリッチメントベースの（ハイブリッドキャプチャー）パネルから生成されたシーケンスライブラリーを解析できるように設計されています。
この方法により、微生物学者は細菌の多様性を評価し、さまざまな環境における微生物の存在量を検出することができます。また、他の方法では分析が困難な（または不可能な）培養不可能な微生物を研究することもできます。その詳細をご紹介します。
微生物の全ゲノムシーケンスは、新規生物のゲノムマッピングを行う場合、既知の生物のゲノムを解読する場合、複数サンプル間でゲノムを比較する場合などに重要な役割を果たすツールです。この点についてご紹介します。
結核研究へのNGSの活用
このeBookをダウンロードして、NGSが薬剤耐性結核（DR-TB）研究の未来をどのように支えているかをご覧ください。DR-TBが世界に及ぼす影響、NGSがWHOの結核撲滅目標を推進するための活用事例、Illuminaのターゲットシーケンスおよび全ゲノムシーケンスワークフローなどについてご紹介しています。
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このアプリケーションノートでは、公衆衛生の取り組みをサポートする、廃水サーベイランスにおける広範なウイルス検出のためのNGSワークフローを概説します。MiSeq i100シリーズは、即日結果を提供する迅速な対応を可能にします。
このウェビナーでは、抗菌薬耐性病原体によって日常生活に影響を与え続ける尿路感染症（UTI）や創傷感染症などの慢性感染症の状況を見極めるための、NGSを活用したツールの使用方法について解説します。
ターゲットエンリッチメントにより呼吸器系ウイルスを検出して特徴づける
このアプリケーションノートでは、COVID-19株を含む一般的な呼吸器系ウイルスを高感度で検出し、特性を解明するための網羅的かつ迅速なターゲットエンリッチメントのシーケンシングワークフローについて詳しく解説しています。
このアプリケーションノートでは、MiSeqシステムでIllumina COVIDSeq AssayおよびRespiratory Virus Enrichment Kitを使用して、排水サンプルからSARS-CoV-2バリアントやその他の呼吸器系ウイルスを検出する方法について詳しく説明しています。
Fast, accurate respiratory virus detection with MiSeq i100
Discover how the MiSeq i100 Series enables same-day, high-sensitivity detection of RSV-A, RSV-B, and SARS-CoV-2 using targeted NGS. This application note highlights streamlined workflows, robust performance across sample types, and flexible prep kits for single or multipathogen surveillance making it a powerful tool for public health labs.
IMAPによる高速かつ柔軟なライブラリー調製
この動画では、イルミナのサイエンティストであるJeff Kobleが、Illumina Microbial Amplicon Prepアッセイの概要を説明するとともに、ライブラリー調製を確実に成功させるためのヒントやコツについても詳しく言及しています。
DRAGEN Targeted Microbial Appによるシンプルかつ効率的なIMAP解析
イルミナのバイオインフォマティクスサイエンティストであるSoo Bin Kwon氏が、DRAGEN Targeted Microbialを使用してIMAPでシーケンスされた微生物ターゲットを包括的に解析する方法を紹介しています。
PrimalScheme3によるIMAPプロトコールのプライマー設計
バーミンガム大学のChristopher Kent氏がPrimalScheme3を紹介し、IMAP実験の最適化に役立つプライマー設計のベストプラクティスについて解説します。
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