NovaSeq Xシリーズのご購入
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。
Urinary Pathogen ID/AMR Panel（UPIP）は、尿路感染症（UTI）およびその複数感染の原因となる170以上の尿路病原菌を検出および定量できる次世代シーケンサー（NGS）研究パネルで、抗菌剤耐性（AMR）に関連する3700以上のマーカーおよびその対立遺伝子を網羅しています。
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit
一般的で認知度の低い尿路病原体やAMR遺伝子を培養なしで高感度に検出および解析できるライブラリー調製および濃縮キット。
ライブラリー調製および濃縮時間<9時間
アッセイ時間
ライブラリー調製および濃縮時間<2時間
ハンズオンタイム
容量に基づく（濃度に依存しない）
インプット量
概要
主な特長
合理的なワークフロー
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Panelキットには、オンビーズタグメンテーション用のすべてのライブラリー調製試薬およびエンリッチメント試薬、インデックス、パネルプローブが含まれ、その後、濃縮ライブラリーを生成するための単一のハイブリダイゼーションステップが続きます。 エンリッチメントキットをDNA抽出、シーケンス、DRAGEN Microbial Enrichment Plusと統合することで、UTIの検出と同定のための包括的でシンプルなワークフローが可能になります。
仕様
| アッセイ時間 | ライブラリー調製および濃縮時間<9時間 |
|---|---|
| 自動化機能 | Liquid handling robot(s) |
| コンテンツ仕様 | 120種類以上の細菌、14種類の真菌、35種類のウイルス、27種類の性感染症病原体を含む4種類の寄生虫、3,700種類以上の抗菌剤耐性マーカーを検出します |
| 説明 | DNA 抽出、Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kitを使用したライブラリー調製、シーケンス、およびさまざまな種類のサンプルから尿路病原体および抗菌剤耐性マーカーを検出し同定するためのDRAGEN Microbial Enrichment Plus Data Analysisを組み込んだ合理的なワークフローです。 |
| ハンズオンタイム | ライブラリー調製および濃縮時間<2時間 |
| インプット量 | 容量に基づく（濃度に依存しない） |
| システム | MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム |
| 作用機序 | オンビーズタグメンテーションとそれに続くシングルハイブリダイゼーションステップ |
| 手法 | ターゲットDNAシーケンス, ターゲット濃縮 |
| マルチプレックス | ユニークデュアルインデックスで1回のランで最大384サンプル |
| 核酸の種類 | DNA |
| サンプルタイプの詳細 | ヒトの臨床研究用尿サンプルおよび廃水などのサーベイランス関連サンプルから抽出したDNA |
| 対応サンプルタイプ | FFPE非対応 |
| 生物種カテゴリー | その他, ヒト, ウイルス, 細菌 |
| 生物種詳細 | 真菌、寄生虫 |
| テクノロジー | シーケンス |
必要な製品
アクセサリーは必要ありません。
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件
アプリケーション
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichmentキットは、臨床尿研究・環境・その他のサンプルタイプを含むさまざまなサンプルタイプから、170種類を超える尿路病原体、3700種類以上の抗菌剤耐性マーカー、およびそれらの対立遺伝子を検出および同定するために使用されます。
主なワークフロー
ライブラリー調製
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit
プロジェクトの推奨事項
関連するアプリケーションと手法
仮説の不要なメソッドとして、NGSは、わずか1つのSNPだけ異なる感染症株を区別し、複数の検査を置き換えることができます。
ターゲットエンリッチメントは、ハイブリダイゼーションを使用して目的のゲノム領域を捕捉します。ターゲットエンリッチメントについて、また、複数サンプルを一度に評価するためにどのように使用できるかについて学ぶ。
複雑なサンプルに存在するすべての生物のすべての遺伝子を包括的にサンプリングして、NGSを使用して細菌の多様性を評価し、培養不可能な微生物を検出します。
ドキュメント
製品資料
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選択ツール：
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
図
Urinary Pathogen ID/AMR Panelでカバーされる微生物
Urinary Pathogen ID/AMR Panel Kitは、一般的および非一般的な尿路病原体を含む174種の微生物と、27種の性感染症病原体を検出および定量できます。
高感度な病原体検出
Urinary Pathogen ID/AMR Panel（UPIP）Kitは、ショットガンメタゲノミクス（SM）や培養法よりも高感度に病原体を検出します。UPIPによる尿サンプル399例中342例（86%）、SMによる尿サンプル399例中262例（66%）、尿培養による尿サンプル399例中205例（51%）に1つ以上の尿路病原体が検出されました。
分析感度の向上
UPIPによる細菌負荷の測定値は、SM陽性サンプルでSM陰性サンプルよりも高く（p < 0.0001）、ターゲット濃縮シーケンシングがSMと比較して解析感度の向上を予測する結果と一致していました。SM陰性サンプル中の細菌の検出は、ショットガンメタゲノミクスと比較して、濃縮の感度が向上することをさらに証明しています。
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes,96 samples)
20090308
タグメンテーションとPCR試薬、イルミナDNA/RNA UD Indexes Set A用IDT、96サンプルからライブラリーを調製するための尿病原体ID/AMR Panel、32の3プレックス濃縮反応など、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20090309
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit（UPIP）には、3,500の抗菌薬耐性（AMR）マーカー、121の細菌、14の真菌、および35のウイルスと4つの寄生虫をターゲットとするために使用されるすべてのライブラリー調製試薬、インデックス、パネルが含まれています。BaseSpace Sequence HubのUPIP ExplifyアプリとIllumina DNA prep with Enrichmentキットおよび解析を組み合わせることで、UPIPエンリッチメントパネルは、尿路病原体の幅広い検出と混合性重複感染の同定のためのAMRのプロファイリングを可能にします。キットにはライブラリー調製試薬、インデックス（セットB）、パネルが含まれており、3プレックスで96サンプルを調製し、UPIP Explifyアプリで解析します。
List Price:
Discounts:
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20090310
タグメンテーションおよびPCR試薬、イルミナDNA/RNA UD Indexes Set C用IDT、96サンプルからライブラリーを調製し、その後32の3プレックス濃縮反応を行うUrinary Pathogen ID/AMR Panelなど、ライブラリー調製および濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20090311
タグメンテーションとPCR試薬、イルミナDNA/RNA UD Indexes Set D用IDT、96サンプルからライブラリーを調製するための尿病原体ID/AMRパネル、32の3プレックス濃縮反応など、ライブラリー調製と濃縮に必要なすべての試薬が含まれます。
List Price:
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よくある質問（FAQ）
いいえ、DNA抽出前にサンプルを培養する必要はありません。Urinary Pathogen ID/AMR Enrichmentキットには、すべてのライブラリー調製およびエンリッチメント試薬、インデックス、およびオンビーズタグメンテーション用のパネルプローブが含まれており、その後単一のハイブリダイゼーションステップにより、シーケンス用の濃縮ライブラリーを作成する迅速なワークフローを提供します。
スピンカラムキットは最も信頼性が高く、NGSに一般的に使用されているため、DNAの分離にはスピンカラムキットの使用をお勧めします。Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment KitのDNA抽出プロトコールは、こちらをご覧ください。
病原体の種類に関係なく、ベンチトップシーケンスシステムでは、ライブラリー調製とシーケンスステップは2日間で完了できます。ただし、シーケンスプロセス中にMiniSeqシーケンスシステムとMiniSeqラピッド試薬キットを使用すれば、24時間以内に検出を完了できます。
このキットのパネルには、市販のコントロール10種類を認識するプローブが含まれています。ただし、これらのコントロールは本キットの一部としては提供されるものではなく、別途購入し、DNAおよびRNA抽出前にサンプルに添加する必要があります。各実験/サンプルに必要な添加コントロールは1つだけです。
通常、最低1 x 100 bpまたは2 x 100 bpのシーケンスケミストリーを使用して、サンプルごとに1Mシングルリードまたは2Mペアエンドリードから開始することを推奨しています。これらの数値は出発点に過ぎず、サンプルタイプやターゲット量に基づいて最適化する必要があります。
はい。このパネルで取り上げたターゲットが実験の目的と合致していれば、さまざまなサンプルタイプから抽出したDNAを使用できます。廃水サンプルは、これらの病原体やそれに関連するAMRのサーベイランスのために、このキットを使用して検査されることがよくあります。廃水サンプルの場合、一般的にリード数を10Mシングルリードまたは20Mペアエンドリードに増やすことをお勧めします。
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件
MiSeq Reagent Kit v3
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
TruSight Oncology 500 v2
FFPE組織から、すべての主要バリアントクラスに加え、重要なバイオマーカー（TMB、MSI、HRD）を網羅する大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現します。
Illumina DNA Prep
幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。
NextSeq 500/550 v2.5 Kit
Reagent v2.5 Kitは、初期の蛍光強度を維持する耐久性のあるフローセルを使用しており、以前のバージョンと比較して安定性と性能が向上しています。
MiniSeq試薬キット
MiniSeqシステム試薬キットは、2チャンネルのSBSケミストリーを備えたすぐに使えるカートリッジで、サンプル数が少ない場合でもコスト効率の高いシーケンスが可能です。
MiSeq Reagent Kit v3
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
高感度で包括的な呼吸器病原体の同定と抗菌剤耐性に関する洞察を提供するライブラリー調製および濃縮キット。
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