ターゲットリシーケンス
ターゲットリシーケンスの概要
ターゲットリシーケンスでは、ゲノムの遺伝子または領域のサブセットが分離され、シーケンスされます。次世代シーケンス（NGS）を使用したターゲットを絞ったアプローチにより、研究者は時間、費用、データ解析を特定の関心領域に集中させることができます。このようなターゲット解析では、エクソーム（ゲノムのタンパク質コーディング領域）、関心のある特定の遺伝子（カスタムコンテンツ）、遺伝子内のターゲット、またはミトコンドリアDNAを含めることができます。
ターゲットリシーケンスの利点
ターゲットリシーケンスは、これまで以上にシンプルかつアクセスしやすくなっています。ターゲットNGSの優れた能力にアクセスする方法をご覧ください。
焦点を絞ったコンテンツによる手頃なシーケンス
- 関心領域に焦点を当て、より小さく、より管理しやすいデータセットを生成します
- シーケンスコストとデータ解析の負担を軽減します
- より広範なアプローチと比較して、ターンアラウンドタイムを短縮します
- 希少バリアント識別のための高いカバレッジレベルでのディープシーケンスを可能にします
全ゲノムシーケンスなどのより広範なアプローチと比較して、ターゲットシーケンスは、関心のある領域を調査するためのより費用効果の高い方法です。ターゲットリシーケンスにより、研究者は研究中の表現型に関与する可能性が最も高い領域に焦点を当て、リソースを節約し、より小さく、より管理しやすいデータセットを生成できます。ターゲットアプローチは、はるかに高いカバレッジレベルを提供することもできます。また、全ゲノムまたはサンガーシーケンスでは、希少かつ高価なバリアントの識別を可能にします。
現在、qPCRまたはサンガーシーケンスを使用していますか？
イルミナのターゲットシーケンスがどのように詳細を発見するのに役立つかをご覧ください。
NGSを使用して特定の遺伝子またはDNA領域を解析するにはどうすればよいですか？
エクソームからアンプリコンシーケンスなど、一般的なターゲットNGSメソッドを探索します。
ターゲットNGSを適用するにはどうすればよいですか？
がんから微生物学など、さまざまな研究分野でターゲットシーケンスを使用して、遺伝子変異を発見、検証、またはスクリーニングします。
ターゲットNGSの使用法を探るターゲットリシーケンスの応用
がん遺伝子シーケンス
ターゲットシーケンス研究は、がんとの関連が知られている遺伝子または遺伝子領域の選択されたセットに焦点を当てています。ターゲットリシーケンスによって提供される深いカバレッジにより、希少腫瘍サブクローンのバリアントを精確にコールでき、より高い感度を提供できます。ターゲットがんシーケンスの詳細はこちら。
希少疾患のターゲットシーケンス
ターゲットシーケンスは、既知の病気の原因となる遺伝子を調べる比較的安価な手法です。特定の状態や病状が疑われる場合の希少疾患の解析に最も効果的です。希少疾患ターゲットシーケンスの詳細はこちら。
複雑な疾患研究
メンデル遺伝病は、希少遺伝子バリアントに起因する可能性があります。エクソームシーケンスにより、ゲノムのタンパク質コード領域にターゲットを絞って探索し、複雑な遺伝性疾患に寄与する希少バリアントを特定できます。複雑な疾患のゲノミクスの詳細はこちら。
医薬品開発
将来的には、創薬ターゲットの検証や、がん治療やその他の治療法として注目されるバリアントの確認に、ターゲットシーケンスが使用されるかもしれません。医薬品開発におけるNGSの詳細はこちら。
ミトコンドリア病研究
ターゲットNGSにより、研究者はミトコンドリア病に関連するバリアントを特定および解析することができます。ミトコンドリアシーケンスの詳細はこちら。
細菌識別
細菌の16SリボソームRNA遺伝子のシーケンスは、特定のサンプル内に存在する細菌を識別および比較するために使用される一般的なアンプリコンシーケンスメソッドです。複雑なマイクロバイオームや環境サンプルの研究に役立ちます。16S rRNAシーケンスの詳細はこちら。
環境DNAシーケンス
環境DNA（eDNA）シーケンスは、生物多様性を研究し、生態系の変化を監視するための急速に普及しつつあるメソッドです。eDNAシーケンスの詳細はこちら。
注目のターゲットシーケンスワークフロー：カスタムアンプリコンシーケンス
この重要なメソッドでは、PCRアンプリコンの超ディープシーケンスを使用して、特定のゲノム領域をターゲットにします。
コンテンツ選択
DesignStudio Assay Designer
オンラインツールを使用すると、ターゲット領域のカバレッジを簡単に最適化できます。
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
関心のあるコンテンツに最適化されたカスタムターゲットシーケンスパネルを作成します。
シーケンス
iSeq 100システム
ターゲットを絞った、または小規模ゲノムシーケンスに向けた、お求めやすく、かつ高速でアクセスしやすいシーケンスパワーをあらゆる研究室に提供します。
MiniSeqシステム
広範囲のターゲットDNAおよびRNAアプリケーションをサポート。
データ解析
Local Run Manager（DNA Amplicon Analysis Module）
シーケンスランの作成、ランのステータス監視、データ解析のためのオンプレミス型ソフトウェアソリューションです。
BaseSpace Sequence Hub（DNA Amplicon App）
NGSデータの解析と管理を行うイルミナのゲノミクスクラウドコンピューティング環境。
感染症の脅威を特定および追跡する
NGSは、感染症の伝播を減らすための効果的なゲノムサーベイランス戦略をサポートします。ターゲットシーケンスは、人獣共通感染症や呼吸器系病原体のモニタリングに使用することができます。
ゲノムサーベイランスの詳細はこちら
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補足資料
Advancing Clinical Cancer Research
Targeted NGS enables cancer researchers to cost-effectively assess multiple genes in a single test.
Basics of NGS for FFPE Tumor Specimens
Learn how to start using targeted NGS in your clinical research lab.
Targeted Sequencing for HIV Studies
Researchers used targeted resequencing to detect minor variants associated with human immunodeficiency virus (HIV) tropism.
Transitioning to AmpliSeq for Illumina
Our detailed guide is designed to help you transfer projects from TruSeq Custom Amplicon to AmpliSeq for Illumina panels.
AmpliSeq for Illumina on the iSeq 100 System
Find step-by-step guidance designed to help you transition your workflows to AmpliSeq for Illumina panels on the iSeq 100 System.