ターゲット遺伝子シーケンスパネルは、与えられたサンプル中の特定の変異を解析する上で有用なツールです。焦点を絞ったパネルには、研究対象の疾患または表現型との関連性があることが判明しているか関連性がある疑いのある一連の遺伝子または遺伝子領域が含まれます。遺伝子パネルは、あらかじめ選択されたコンテンツを購入することもできますし、興味のあるゲノム領域を含むようにカスタム設計することも可能です。
次世代シーケンサー(NGS)は、目的とするターゲット遺伝子を評価するための拡張性、速度、解像度を提供します。多数のサンプルにわたって複数の遺伝子を並行して評価できるため、複数の異なるアッセイの実行に伴う時間を節約し、コストを削減できます。ターゲット遺伝子シーケンスでは、全ゲノムシーケンスのようなより幅広いアプローチと比べて、より小さく管理しやすいデータセットが生成されるため、解析がより容易になります。
ベンチトップシーケンスシステムにより、初心者は幅広いアプリケーションにわたってターゲットシーケンスを実行できます。
研究者は、カスタムデザインを使用して、特定の研究的興味に関連するゲノム領域をターゲットにできます。カスタムターゲットシーケンスは、特定のパスウェイ内の遺伝子の調査や、全ゲノム関連解析(GWAS)または全ゲノムシーケンスからのフォローアップ実験に理想的です。
イルミナは、カスタムターゲット遺伝子シーケンシングのために、ターゲットエンリッチメントとアンプリコンシーケンシングの2つの手法をサポートしています。
注目のソリューション:
Illumina DNA Prep with Enrichment:genomic DNA、組織、血液、唾液、FFPEサンプルのための迅速で柔軟なターゲットシーケンスライブラリー調製ソリューションです。
Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment:cfDNAサンプルからの高感度変異検出のための高速でスケーラブルなライブラリー調製。
Illumina Custom Enrichment Panel v2:完全にカスタマイズされたエンリッチメントソリューションを可能にするカスタムターゲットエンリッチメントシーケンスパネル。
DesignStudioソフトウェア:プローブデザインを最適化するために動的フィードバックを提供する使いやすいオンラインソフトウェアツールです。
AmpliSeq for Illuminaカスタムパネル:目的のコンテンツに最適化されたカスタム化したターゲットシーケンスパネルを作成します。
ターゲットエンリッチメント |
アンプリコンシーケンス |
大きな遺伝子構成、通常は50個超の遺伝子 | 小さな遺伝子構成、通常は50個未満の遺伝子 |
すべてのバリアントタイプを対象とした、より包括的なプロファイリング | 1塩基変異(SNV)と挿入と欠失(Indel)の解析に理想的 |
より包括的な手法だが、ハンズオンタイムとターンアラウンドタイム*が長い | より経済的で、ワークフローがより簡単 |
*ターンアラウンドタイムは、ライブラリー調製アッセイタイム(DNAからライブラリー完成まで)です。
事前に設計されたターゲット遺伝子シーケンスパネルには、出版物や専門家のガイダンスから選択された、疾患や表現型に関連する重要な遺伝子や遺伝子領域が含まれます。関与する可能性が最も高い遺伝子に焦点を当てることで、これらのパネルは、リソースを保存し、データ解析に関する検討事項を最小限に抑えています。事前に設計されたNGSパネルは、がん、遺伝性疾患、心臓疾患、自閉症などのさまざまな疾患の研究に使用できます。
プローブデザインを最適化するために動的フィードバックを提供する使いやすいオンラインソフトウェアツールです。
複数のターゲットシーケンスアプリケーション向けのシンプルで効率的なソリューションを提供する、ターゲット化したカスタムエンリッチメントパネル。
DNA用の高速で柔軟なターゲットシーケンスライブラリー調製ソリューション。
NGSを使用してサンガー法からターゲットシーケンス法に切り替えたことで、ミラノの研究者は、神経疾患や代謝性疾患に関連するバリアントのデータを明らかにしました。
インタビューはこちらターゲットがん遺伝子パネルは、がんとの関連性があることが判明している一連の遺伝子または遺伝子領域に焦点を当てています。ターゲットリシーケンス研究によって提供される深いカバレッジにより、高感度な希少バリアントコールが可能になります。ターゲットがん遺伝子パネルの詳細はこちら
NGSは、サイエンティストが、希少疾患や未診断疾患に関連するバリアントを明らかにしたり、疾患のメカニズムを調査したりするのに役に立ちます。希少疾患ゲノミクスの詳細はこちら
仮説のない方法として、NGSは、わずか1つのSNPだけ異なる感染症株を区別し、複数の検査を置き換えることができます。感染症のNGSの詳細はこちら。
このアプローチは、23対の染色体すべてをスクリーニングすることによって胚の染色体状態を判断するもので、体外受精の研究に貴重な洞察をもたらします。着床前遺伝子検査の詳細はこちら。
Dr. Ravindra Kolheのラボでターゲットを絞ったNGSパネルを使用することで、単一のアッセイで腫瘍に関連する多数のバリアントをどのように研究できたかについてDr. Ravindra Kolheが話します。
Dr. Jonathan Pevsnerのラボが、自閉症研究用の遺伝子パネルの開発にどのように貢献できたかについてDr. Jonathan Pevsnerが話しをします。
このインタビューでは、Regina Maria Genetic Center LaboratoryのコーディネーターであるDr. Irina Iordanescuが、小児の遺伝性疾患検査や腫瘍学における全エクソームシーケンスやターゲットシーケンスパネルなどのアッセイをNGSがどのように強化したかについて説明します。同医師がNGSを使用して、どのようにしてコストを削減しながら、サンプル処理の高速化と拡張を実現したかを詳しくご覧ください。