16SおよびITS rRNAシーケンス
16SおよびITS rRNAシーケンスとは。
16SおよびInternal Transcribed Spacer（ITS）リボソームRNA（rRNA）シーケンスは、与えられたサンプル内に存在する細菌や真菌を同定し比較するために用いられる一般的なアンプリコンシーケンス法です。次世代シーケンサー（NGS）ベースのITSおよび16S rRNA遺伝子シーケンスは、複雑なマイクロバイオームや調査が困難または不可能な環境からのサンプルの系統や分類を比較するために確立された方法です。
原核生物の16S rRNA遺伝子は、約1500bpの長さで、保存領域の間に9つの可変領域があります。16S rRNA遺伝子の可変領域は、多様な微生物集団における属や種の系統分類にしばしば用いられています。1rRNAシストロンのITS1領域は、メタゲノムサンプルで真菌種を同定するためのDNAマーカーとして一般的に用いられています。2
16SおよびITS rRNAシーケンスとは。
16SおよびInternal Transcribed Spacer（ITS）リボソームRNA（rRNA）シーケンスは、与えられたサンプル内に存在する細菌や真菌を同定し比較するために用いられる一般的なアンプリコンシーケンス法です。NGSベースのITSおよび16S rRNA遺伝子シーケンスは、複雑なマイクロバイオームや調査が困難または不可能な環境からのサンプルの系統や分類を比較するために確立された方法です。
原核生物の16S rRNA遺伝子は、約1500bpの長さで、保存領域の間に9つの可変領域があります。16S rRNA遺伝子の可変領域は、多様な微生物集団における属や種の系統分類にしばしば用いられています。1rRNAシストロンのITS1領域は、メタゲノムサンプルで真菌種を同定するためのDNAマーカーとして一般的に用いられています。2
iSeq 100システムを用いた16S rRNAシーケンス
iSeq 100システムを用いた16Sメタゲノムワークフローにより、細菌集団の調査において属レベルの感度を達成することが可能です。
NGSベースのITSおよび16S rRNA解析のメリット
16SおよびITSリボソームRNA NGS法の主な利点は、従来の方法では発見し難い株を同定するための費用対効果の高い手法を提供することです。キャピラリーシーケンスやPCRを用いたアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）は培養を必要としないため、サンプル内の微生物集団全体を解析することが可能です。さらに、NGSでは1回のシーケンスランにおいて複数サンプルを組み合わせることができます。
真菌のシーケンスと分類
ITSメタゲノムワークフローにより、多様性のあるサンプルタイプの真菌を属レベルで検出。
NGSベースのITSおよび16S rRNA解析のメリット
16SおよびITSリボソームRNA NGS法の主な利点は、従来の方法では発見し難い株を同定するための費用対効果の高い手法を提供することです。キャピラリーシーケンスやPCRを用いたアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）は培養を必要としないため、サンプル内の微生物集団全体を解析することが可能です。
16S rRNA NGSにより、細菌学者は細菌集団のメタゲノム調査において属レベルの感度を達成することが可能です。NGSを用いたITS解析により、真菌の同定を迅速に行うことができ、マイコバイオームの理解促進を助けます。さらに、NGSでは1回のシーケンスランにおいて複数サンプルを組み合わせることができます。
サイエンティストが語る16S rRNAシーケンス
口腔内微生物をシーケンスする
Saca la Lenguaプロジェクトでは、人間の口腔内に生息する細菌と真菌を同定するために16Sおよび18S rRNAのシーケンスを使用しました。
インタビューを読む
eDNAシーケンスにより生物多様性を強力に観察する
Michael Bunce博士は、次世代シーケンサー（NGS）とメタバーコード法を用いて、環境DNA（eDNA）の研究を行っています。
インタビューを読む
微生物の不思議な世界
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インタビューを読む16SおよびITS rRNAのシーケンスの適用例
NGSベースのITSおよび16S rRNA解析のメリット
16SおよびITSリボソームRNA NGS法の主な利点は、従来の方法では発見し難い株を同定するための費用対効果の高い手法を提供することです。キャピラリーシーケンスやPCRを用いたアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）は培養を必要としないため、サンプル内の微生物集団全体を解析することが可能です。さらに、NGSでは1回のシーケンスランにおいて複数サンプルを組み合わせることができます。
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微生物検査法ガイド
ライブラリーの準備から最終的なデータ解析まで、必要な情報をすべて提供しています。お客様の研究室に合わせた、幅広い微生物学アプリケーションに最適なツールをお選びください。
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微生物とメタゲノミクス研究レビュー
メタゲノミクスは、最も急速に成長している科学的専門分野の1つです。本書では、イルミナシーケンス技術をメタゲノム研究に適用した査読付き出版物を紹介します。
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ITSおよび16S rRNAシーケンスのワークフロー
イルミナは、NGSベースの16SおよびITS rRNA解析研究を、ライブラリー調製からデータ解析および解釈までサポートする製品を提供しています。弊社のユーザーフレンドリーなワークフローは、実験から勘に頼る作業をなくすのに役立ちます。
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Nextera XT v2 Index Kits
より高いサンプルスループットを実現するマルチプレックスサンプル。
iSeq 100システム
ターゲットを絞った、または小規模のゲノムシーケンスに向けた、お求めやすく、かつ高速でアクセスしやすいシーケンスパワーをあらゆる研究室に提供します。
MiSeqシステム
微生物学における広範囲にわたる用途のための速度、真度、簡易性。
分類用のBaseSpaceアプリ
16Sメタゲノム解析GreenGenes分類学的データベースのイルミナ精選版を用いて、16S rRNAターゲットアンプリコン解読の分類学的手法を実施します。
DRAGEN Metagenomics Pipeline分類学的手法によるリードを実施し、単一サンプルおよび集計レポート作成を提供します。
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MiSeq System
The MiSeq benchtop sequencer enables targeted and microbial genome applications, with high-quality sequencing, simple data analysis, and cloud storage.
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Nextera XT and Nextera DNA Flex
Prepare sequencing libraries for small genomes, amplicons, plasmids, and other applications.
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参考文献
- Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, Lane DJ. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J Bacteriol. 1991;173(2):697–703
- Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proc Natl Acad Sci. 2012;109(16):6241-6
- The Human Microbiome Project Consortium (2012) Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature 486:207–14.
- McCafferty J, Mühlbauer M, Gharaibeh RZ, Arthur JC, Perez-Chanona E., et al. (2013) Stochastic changes over time and not founder effects drive cage effects in microbial community assembly in a mouse model. ISME Journal doi: 10.1038/ismej.2013.106.